MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 751

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	CA	3	6	11	16	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_019744	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019744	TC	3	6	53	58	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_019744	G	6	6	97	102	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019744	TCC	2	6	146	151	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_019744	TTTC	2	8	191	198	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_019744	CTT	2	6	223	228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_019744	TTTC	2	8	234	241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_019744	GTTC	2	8	266	273	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_019744	AT	3	6	277	282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019744	A	6	6	327	332	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019744	CTT	2	6	488	493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_019744	TCAG	2	8	1952	1959	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_019744	ACT	2	6	1982	1987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019744	TTG	2	6	2003	2008	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019744	ATT	2	6	3462	3467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019744	TA	3	6	3477	3482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019744	ATT	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019744	ATT	2	6	3698	3703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019744	TCAT	2	8	3767	3774	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_019744	T	7	7	3774	3780	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019744	ATG	2	6	5649	5654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019744	AGA	2	6	5720	5725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019744	CTTA	2	8	8375	8382	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_019744	TAA	2	6	8385	8390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019744	TTG	2	6	8405	8410	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019744	ACAA	2	8	8477	8484	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_019744	ACAAT	2	10	8514	8523	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_019744	TAC	2	6	8529	8534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019744	CTT	2	6	9508	9513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019744	GTT	2	6	9558	9563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019744	AAATT	2	10	9570	9579	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019744	CAA	2	6	9596	9601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019744	GTCT	2	8	10640	10647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_019744	A	6	6	10725	10730	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019744	T	7	7	11755	11761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019744	GTAA	2	8	11783	11790	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019744	TCAT	2	8	11865	11872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_019744	A	7	7	11915	11921	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019744	GCA	2	6	12345	12350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019744	GCT	2	6	12895	12900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019744	T	7	7	12913	12919	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019744	TAAA	2	8	12981	12988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019744	AGA	2	6	13014	13019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019744	ACC	2	6	13062	13067	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_019744	A	6	6	13145	13150	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019744	TTG	2	6	14968	14973	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019744	CTC	3	9	15018	15026	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_019744	AAG	2	6	15058	15063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019744	TTG	2	6	15081	15086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019744	GTT	2	6	15101	15106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019744	AAC	3	9	15144	15152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_019744	TGT	2	6	15181	15186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019744	ACC	2	6	15237	15242	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_019744	ACC	2	6	15303	15308	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_019744	GCTG	2	8	15363	15370	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019744	ACA	2	6	15381	15386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_019744	TCA	2	6	15394	15399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019744	CTGC	2	8	15455	15462	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_019744	CGT	2	6	15469	15474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019744	TATGAC	2	12	15497	15508	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_019744	GCGT	2	8	15509	15516	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_019744	T	9	9	15529	15537	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019744	TGT	2	6	15612	15617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019744	CCT	2	6	15666	15671	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_019744	TCC	2	6	15712	15717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_019744	TG	3	6	15757	15762	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019744	TGT	2	6	15880	15885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019744	TCT	2	6	15954	15959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_019744	ACC	2	6	16002	16007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_019744	AG	3	6	16018	16023	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019744	TGGG	2	8	16080	16087	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019744	CTT	2	6	16119	16124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_019744	TA	3	6	16144	16149	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019744	TTAGA	2	10	16162	16171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019744	A	6	6	16201	16206	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019744	ATTA	2	8	16238	16245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019744	AGC	2	6	16303	16308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019744	GGA	2	6	16317	16322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019744	CATTT	2	10	16417	16426	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_019744	AATC	2	8	16479	16486	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_019744	AAC	2	6	16502	16507	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019744	CAAACT	2	12	16564	16575	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019744	T	6	6	16628	16633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019744	ATA	2	6	16646	16651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019744	CAA	2	6	16661	16666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019744	A	8	8	17746	17753	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019744	CTGT	2	8	17762	17769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019744	ATC	2	6	17770	17775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_019744	GA	3	6	17854	17859	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019744	AGGG	2	8	18596	18603	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019744	TCC	2	6	18622	18627	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_019744	CTC	2	6	18630	18635	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_019744	TCA	2	6	18667	18672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_019744	TAA	2	6	20369	20374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019744	TAGT	2	8	20430	20437	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019744	AAC	2	6	20449	20454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019744	GTA	2	6	20551	20556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019744	GGGT	2	8	20631	20638	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019744	TTC	2	6	20737	20742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019744	AAG	2	6	20789	20794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019744	CTTA	2	8	21548	21555	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_019744	T	7	7	21578	21584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019744	ACAA	2	8	21601	21608	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_019744	ATTAT	2	10	21611	21620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019744	ATT	2	6	21638	21643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019744	AAG	2	6	26812	26817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019744	GA	3	6	26837	26842	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019744	CCA	2	6	26973	26978	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_019744	ATG	2	6	27079	27084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019744	AATC	2	8	27127	27134	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_019744	AAC	2	6	27150	27155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019744	TGC	2	6	27174	27179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019744	TC	3	6	27245	27250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_019744	T	6	6	27277	27282	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019744	ATG	2	6	29520	29525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019744	CTG	2	6	29538	29543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019744	TCG	2	6	29551	29556	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_019744	CCT	2	6	29597	29602	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_019744	TCA	2	6	29618	29623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019744	GTT	2	6	29626	29631	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019744	TGT	2	6	29660	29665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019744	CGA	2	6	29674	29679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019744	CCG	2	6	30500	30505	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_019744	TCG	2	6	30532	30537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019744	TCCA	2	8	30547	30554	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_019744	CCT	2	6	30671	30676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_019744	T	6	6	30696	30701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019744	TAAA	2	8	30779	30786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019744	AAG	2	6	30803	30808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019744	GCAA	2	8	30857	30864	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_019744	TTG	2	6	30883	30888	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019744	ACA	2	6	31934	31939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_019744	CAA	2	6	31956	31961	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_019744	AT	3	6	32013	32018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019744	GA	3	6	32057	32062	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019744	A	7	7	32470	32476	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019744	ATAA	2	8	32490	32497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019744	AT	3	6	32510	32515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019744	AAG	2	6	32518	32523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019744	AAT	2	6	32535	32540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019744	GTTA	2	8	32574	32581	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019744	TAAT	2	8	32794	32801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019744	TCA	2	6	32899	32904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_019744	A	6	6	32919	32924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019744	AAT	2	6	32930	32935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019744	TTA	2	6	33167	33172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019744	TCA	2	6	33234	33239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_019744	TTAT	2	8	33723	33730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019744	T	7	7	33735	33741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019744	AAG	2	6	33748	33753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019744	TTA	2	6	34981	34986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_019744	T	6	6	35003	35008	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019744	TCAAT	2	10	35013	35022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_019744	A	7	7	35099	35105	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_019744	GTA	2	6	35109	35114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_019744	AAT	2	6	35152	35157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019744	ATA	2	6	35710	35715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_019744	AAT	2	6	35766	35771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_019744	T	7	7	35773	35779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_019744	TCA	2	6	35806	35811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_019744	CAA	2	6	35825	35830	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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165	NC_019744	TTG	2	6	35862	35867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_019744	TGT	2	6	35886	35891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_019744	TAC	2	6	36095	36100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_019744	AAT	2	6	36419	36424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_019744	A	6	6	38978	38983	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_019744	AAAT	2	8	39135	39142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_019744	AT	3	6	39262	39267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019744	TAG	2	6	39335	39340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_019744	T	6	6	47697	47702	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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278	NC_019744	ATCA	2	8	58934	58941	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
279	NC_019744	TCT	2	6	58951	58956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_019744	GT	4	8	58957	58964	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
281	NC_019744	CAG	2	6	59035	59040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_019744	TAC	2	6	59098	59103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_019744	ACAA	2	8	59118	59125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
284	NC_019744	CAT	2	6	59153	59158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_019744	GAT	2	6	59236	59241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
286	NC_019744	TCA	2	6	59245	59250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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288	NC_019744	ACA	2	6	59453	59458	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_019744	AAAC	2	8	59468	59475	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
290	NC_019744	TGG	2	6	59651	59656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_019744	TTAAG	2	10	59769	59778	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_019744	T	6	6	61899	61904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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429	NC_019744	T	6	6	87412	87417	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_019744	TCAC	2	8	87436	87443	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
431	NC_019744	T	8	8	87471	87478	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_019744	GCTT	2	8	87527	87534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
433	NC_019744	TA	3	6	87536	87541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
434	NC_019744	TAA	2	6	87547	87552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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452	NC_019744	AG	3	6	91568	91573	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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481	NC_019744	CAG	2	6	93281	93286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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498	NC_019744	AATT	2	8	97043	97050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
499	NC_019744	AAG	2	6	97069	97074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
500	NC_019744	ACC	2	6	97075	97080	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

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