MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Crinalium epipsammum PCC 9333 plasmid pCRI9333.01

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019733	TGCT	2	8	3	10	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_019733	TAG	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019733	CAA	3	9	275	283	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019733	ATTA	2	8	318	325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019733	T	6	6	329	334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019733	TAA	2	6	348	353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019733	ACC	2	6	388	393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_019733	CTTTC	2	10	419	428	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_019733	AGAA	2	8	447	454	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019733	ATA	2	6	480	485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019733	AGT	2	6	490	495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019733	CTT	2	6	507	512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_019733	ACG	2	6	1308	1313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019733	T	6	6	1365	1370	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019733	AGC	2	6	1424	1429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_019733	TAAA	2	8	1486	1493	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019733	CAAT	2	8	6341	6348	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_019733	ATG	2	6	6473	6478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019733	GTT	2	6	7993	7998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019733	CA	3	6	8001	8006	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_019733	TAA	2	6	8014	8019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019733	ATT	2	6	8112	8117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019733	TA	3	6	8527	8532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019733	AATG	2	8	8555	8562	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019733	AG	3	6	8566	8571	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019733	ATG	2	6	8606	8611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019733	ATT	2	6	8630	8635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019733	ATTA	2	8	8660	8667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019733	GAA	2	6	8676	8681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019733	T	6	6	9628	9633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019733	CAAAC	2	10	9681	9690	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_019733	TAGG	2	8	9741	9748	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019733	AAG	2	6	9752	9757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019733	GAGAG	2	10	9838	9847	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019733	AATT	2	8	10029	10036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019733	CCAA	2	8	10082	10089	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019733	GAG	2	6	10101	10106	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019733	GAT	2	6	10142	10147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019733	AGC	2	6	10161	10166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_019733	CAT	2	6	11025	11030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019733	TA	3	6	11039	11044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019733	ATT	2	6	11068	11073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019733	ACA	2	6	11088	11093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019733	CAA	2	6	11102	11107	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_019733	A	6	6	11149	11154	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019733	GTAAA	2	10	11739	11748	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019733	AAAC	2	8	11750	11757	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_019733	ATC	2	6	11765	11770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_019733	AACGCT	2	12	11781	11792	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019733	TGA	2	6	11799	11804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019733	AAG	2	6	11837	11842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019733	C	6	6	11856	11861	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
53	NC_019733	TGC	2	6	11904	11909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_019733	CT	3	6	12078	12083	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_019733	TTA	2	6	12116	12121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019733	TAC	2	6	12232	12237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_019733	A	8	8	12253	12260	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019733	CTG	2	6	12290	12295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019733	CAG	2	6	12320	12325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019733	CCA	2	6	12334	12339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_019733	CAA	2	6	12450	12455	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_019733	CAA	2	6	12466	12471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019733	ACT	2	6	12502	12507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019733	TA	3	6	12602	12607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019733	TCTA	2	8	12611	12618	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_019733	AAGGTA	2	12	12627	12638	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019733	ATT	2	6	12662	12667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019733	TAA	2	6	12716	12721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019733	TGT	2	6	12750	12755	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019733	TAG	2	6	12835	12840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019733	TAA	2	6	12854	12859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019733	TA	3	6	12861	12866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019733	ATTA	3	12	12882	12893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019733	ATT	2	6	12940	12945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019733	TA	3	6	12964	12969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019733	AGT	2	6	13001	13006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019733	TAA	2	6	13019	13024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019733	CAC	2	6	13039	13044	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_019733	TAA	2	6	13057	13062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019733	TTG	2	6	13075	13080	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019733	TTTA	2	8	13085	13092	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019733	TACAC	2	10	13122	13131	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_019733	AG	3	6	13254	13259	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019733	AAT	2	6	13283	13288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019733	TTA	2	6	13307	13312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019733	TAA	2	6	15879	15884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019733	GAA	2	6	15976	15981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019733	TGCG	2	8	16079	16086	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019733	TGA	2	6	16167	16172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019733	TAAC	2	8	16337	16344	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_019733	TC	3	6	16347	16352	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_019733	AAG	2	6	16355	16360	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019733	CTTTC	2	10	16369	16378	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_019733	ACT	2	6	16385	16390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_019733	A	7	7	16404	16410	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019733	TAC	2	6	16473	16478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019733	ACTGC	2	10	16514	16523	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_019733	CTG	2	6	16564	16569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019733	ACT	2	6	16776	16781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019733	ATC	2	6	16818	16823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019733	AATCA	2	10	17928	17937	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_019733	TA	3	6	17948	17953	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019733	ACA	2	6	17970	17975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019733	ATTTG	2	10	18040	18049	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019733	GTA	2	6	18274	18279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019733	ACT	2	6	18284	18289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_019733	ACTTCA	2	12	18407	18418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019733	GGGAAA	2	12	18448	18459	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019733	ATC	2	6	19655	19660	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019733	CG	3	6	19714	19719	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_019733	TTA	2	6	19777	19782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019733	ACT	2	6	19814	19819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019733	GCT	2	6	19839	19844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019733	CT	4	8	19843	19850	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_019733	TGA	2	6	19937	19942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019733	AAT	2	6	20604	20609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019733	CCTG	2	8	20712	20719	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_019733	AAAC	2	8	20792	20799	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019733	TCTT	2	8	20846	20853	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_019733	CT	3	6	20865	20870	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_019733	TG	3	6	20943	20948	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019733	CCT	2	6	20986	20991	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_019733	CAG	2	6	21070	21075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019733	TTAA	2	8	21116	21123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019733	CTA	2	6	21130	21135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_019733	CA	3	6	21148	21153	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_019733	TA	4	8	21170	21177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019733	AT	3	6	21180	21185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019733	GAT	2	6	21478	21483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019733	AGG	2	6	22119	22124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019733	GTC	2	6	22137	22142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_019733	CTT	2	6	22178	22183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019733	ACT	2	6	22235	22240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_019733	ACC	2	6	22285	22290	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_019733	CTTA	2	8	22317	22324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_019733	TGG	2	6	22404	22409	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019733	CTA	2	6	22481	22486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_019733	TAT	2	6	22489	22494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019733	CG	3	6	22636	22641	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_019733	AGT	2	6	22673	22678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019733	ACT	2	6	22684	22689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019733	TTG	2	6	22720	22725	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019733	AGT	2	6	22997	23002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019733	CTTA	2	8	23008	23015	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_019733	TTA	2	6	23024	23029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019733	ATG	2	6	23034	23039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019733	ATA	2	6	23981	23986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_019733	ATA	2	6	24667	24672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_019733	T	6	6	36907	36912	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_019733	TCC	2	6	54865	54870	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
288	NC_019733	TA	4	8	54918	54925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.