MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605 plasmid pCHA6605.02

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019698	AT	3	6	7	12	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019698	ATT	3	9	34	42	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019698	A	7	7	61	67	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019698	CTAAT	2	10	218	227	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_019698	TAA	2	6	250	255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019698	GAC	2	6	293	298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_019698	ATCG	2	8	503	510	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_019698	TCGA	2	8	537	544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_019698	CTT	2	6	551	556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019698	GA	3	6	632	637	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019698	CCAGCA	2	12	1054	1065	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_019698	AGG	2	6	1070	1075	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019698	ATCGA	2	10	1124	1133	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019698	AAG	2	6	1145	1150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019698	TACT	2	8	2241	2248	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_019698	TCA	2	6	2283	2288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019698	TAT	2	6	3371	3376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019698	CCG	2	6	4302	4307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_019698	CAAAA	2	10	4310	4319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_019698	CGGA	2	8	4320	4327	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_019698	G	6	6	4347	4352	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019698	CTA	2	6	4365	4370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019698	AG	3	6	4434	4439	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019698	CAC	2	6	7417	7422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_019698	CCTT	2	8	7453	7460	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019698	C	6	6	7463	7468	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_019698	CTA	2	6	7489	7494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019698	CTT	2	6	7567	7572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019698	GAGG	2	8	7705	7712	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019698	CTT	2	6	7776	7781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019698	CGT	2	6	8462	8467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019698	ATA	2	6	8531	8536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019698	T	6	6	8549	8554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019698	CCT	2	6	8661	8666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_019698	GAG	2	6	8708	8713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019698	TCGA	2	8	8768	8775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_019698	ACC	3	9	10262	10270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_019698	ACT	2	6	10340	10345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019698	CTCAT	2	10	10375	10384	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_019698	GCT	2	6	10648	10653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019698	TCG	2	6	10677	10682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019698	CTC	2	6	10687	10692	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_019698	CGA	2	6	10753	10758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019698	CGAT	2	8	10772	10779	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_019698	AACG	2	8	10843	10850	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_019698	AAGGGG	2	12	11270	11281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019698	CGAT	2	8	11314	11321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_019698	CGAT	2	8	11342	11349	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_019698	A	6	6	11394	11399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019698	GAAA	2	8	11452	11459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019698	T	7	7	12923	12929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019698	TAA	2	6	12943	12948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019698	CCTTT	2	10	12988	12997	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_019698	CCT	2	6	12998	13003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_019698	AAG	2	6	13021	13026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019698	ATG	2	6	14835	14840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019698	AAT	2	6	14851	14856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019698	ATC	2	6	14866	14871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019698	ATA	2	6	14901	14906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019698	TGA	2	6	14920	14925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019698	TTA	2	6	14934	14939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019698	AT	4	8	14984	14991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019698	AT	3	6	15016	15021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019698	TCG	2	6	15051	15056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_019698	ATT	2	6	15071	15076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019698	GTA	2	6	15168	15173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019698	TTA	2	6	15202	15207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019698	T	6	6	15211	15216	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019698	TAT	2	6	15235	15240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019698	TTA	2	6	15270	15275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019698	AAG	2	6	15276	15281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019698	ATCT	2	8	15387	15394	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_019698	AATTA	2	10	15424	15433	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019698	ACT	2	6	15439	15444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019698	ATA	2	6	15449	15454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019698	T	6	6	15456	15461	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019698	A	7	7	15593	15599	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019698	GAA	2	6	15602	15607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019698	TAAT	2	8	15621	15628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019698	AGA	2	6	15643	15648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019698	ACTT	2	8	15678	15685	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_019698	CAA	2	6	15728	15733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019698	TAA	2	6	15769	15774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019698	TTA	2	6	15840	15845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019698	TC	3	6	15869	15874	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_019698	GTG	2	6	16026	16031	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019698	AAT	2	6	16124	16129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019698	AGA	2	6	16132	16137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019698	A	6	6	16137	16142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019698	A	6	6	16154	16159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019698	A	7	7	16209	16215	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019698	ATG	2	6	16224	16229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019698	AGA	2	6	16291	16296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019698	TAA	3	9	16335	16343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019698	AGAA	2	8	16356	16363	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019698	AG	3	6	16393	16398	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019698	GAAA	2	8	16399	16406	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019698	AAG	2	6	16449	16454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019698	TAATC	2	10	16459	16468	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_019698	A	6	6	16493	16498	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019698	TAA	2	6	16516	16521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019698	AAAT	2	8	16542	16549	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019698	GAAAT	2	10	16569	16578	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019698	TGA	2	6	16579	16584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019698	ATGAG	2	10	16737	16746	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019698	AGAA	2	8	16903	16910	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019698	A	6	6	16909	16914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019698	TAT	2	6	16915	16920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019698	A	6	6	16936	16941	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019698	ATCG	2	8	16967	16974	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_019698	AGA	2	6	16993	16998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019698	AAG	2	6	17030	17035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019698	AGA	2	6	17140	17145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019698	CAAT	2	8	17154	17161	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_019698	AT	4	8	17160	17167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019698	TAA	2	6	17197	17202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019698	ATCT	2	8	17215	17222	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_019698	GAT	2	6	17245	17250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019698	CGAT	2	8	17263	17270	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_019698	TAAG	2	8	17295	17302	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019698	AGA	3	9	17361	17369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019698	AGC	2	6	17416	17421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019698	TCTA	2	8	17479	17486	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_019698	CTTAA	2	10	17492	17501	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019698	GGT	3	9	17528	17536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019698	AGTC	2	8	17542	17549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_019698	ATT	2	6	17612	17617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019698	T	6	6	17662	17667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019698	AAT	2	6	18390	18395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019698	TGA	2	6	18466	18471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019698	GAA	2	6	18509	18514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019698	TTC	2	6	18597	18602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019698	TTC	2	6	18632	18637	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_019698	TGA	2	6	18649	18654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019698	AT	3	6	18673	18678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019698	ACA	2	6	18748	18753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_019698	ATC	2	6	18780	18785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_019698	AGA	2	6	18796	18801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019698	CAA	2	6	18827	18832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_019698	TAA	2	6	18972	18977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019698	AGA	2	6	19033	19038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019698	AC	3	6	19061	19066	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_019698	GCGA	2	8	19125	19132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_019698	TGC	2	6	19207	19212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_019698	TTA	2	6	19222	19227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019698	AAC	2	6	19245	19250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019698	AT	3	6	19267	19272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019698	TAT	2	6	19276	19281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019698	TCA	2	6	19291	19296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_019698	TTAA	2	8	19322	19329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019698	ATG	2	6	19359	19364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019698	GCAGG	2	10	19433	19442	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
153	NC_019698	GTT	2	6	19541	19546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019698	TGA	2	6	19576	19581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019698	TCA	2	6	19618	19623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_019698	ATA	2	6	19646	19651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019698	CGAT	2	8	19701	19708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
158	NC_019698	AAG	2	6	19727	19732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019698	GT	3	6	19777	19782	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_019698	CAG	2	6	19832	19837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_019698	ACT	2	6	19873	19878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_019698	AAT	2	6	19997	20002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_019698	TCG	2	6	20083	20088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_019698	GA	3	6	20100	20105	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
165	NC_019698	AAG	2	6	20123	20128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_019698	AGTT	2	8	20140	20147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019698	TCA	2	6	20179	20184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_019698	TTC	2	6	20230	20235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_019698	ATC	2	6	20293	20298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_019698	ATT	2	6	20322	20327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_019698	TAA	2	6	20348	20353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_019698	TATGGG	2	12	20354	20365	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
173	NC_019698	CTT	2	6	20400	20405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_019698	TCA	2	6	20495	20500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_019698	TAG	2	6	20528	20533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_019698	AATT	2	8	20567	20574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_019698	ATT	2	6	20661	20666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_019698	CTC	2	6	20812	20817	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_019698	AT	4	8	20827	20834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_019698	TCA	2	6	20896	20901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_019698	AATT	2	8	20926	20933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_019698	GGA	2	6	20936	20941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
183	NC_019698	ACT	2	6	20988	20993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_019698	GAA	2	6	21032	21037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019698	ATC	2	6	21160	21165	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_019698	CAA	2	6	21228	21233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_019698	TTA	2	6	21275	21280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_019698	AGC	2	6	21319	21324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_019698	GCA	2	6	21377	21382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_019698	TCGA	2	8	21426	21433	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
191	NC_019698	AGC	2	6	21451	21456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_019698	A	6	6	21512	21517	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_019698	A	6	6	21529	21534	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_019698	ATG	2	6	21557	21562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_019698	GAA	2	6	21579	21584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_019698	GTA	2	6	21634	21639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
197	NC_019698	AAG	2	6	21641	21646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
198	NC_019698	CGA	2	6	21702	21707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_019698	TG	3	6	21717	21722	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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211	NC_019698	TA	3	6	23962	23967	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
212	NC_019698	T	6	6	25898	25903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
213	NC_019698	AT	3	6	25909	25914	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
214	NC_019698	A	6	6	26118	26123	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
215	NC_019698	AGA	2	6	26127	26132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_019698	ACCT	2	8	26257	26264	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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223	NC_019698	AATA	2	8	26754	26761	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.