MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii PC isolate NHV chromosome

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018418	ATTT	2	8	9011	9018	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018418	ATT	2	6	9069	9074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018418	A	6	6	11416	11421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018418	AT	3	6	13902	13907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018418	T	6	6	13907	13912	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018418	TAA	4	12	13919	13930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018418	TAG	2	6	13935	13940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018418	ATTTA	2	10	13955	13964	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018418	T	6	6	13968	13973	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018418	AAATT	2	10	13976	13985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018418	T	7	7	13992	13998	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018418	ACA	2	6	14003	14008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018418	T	6	6	22417	22422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018418	T	6	6	24544	24549	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018418	A	7	7	24550	24556	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018418	TAT	2	6	24564	24569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018418	T	10	10	24577	24586	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018418	A	10	10	24587	24596	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018418	TAA	2	6	24612	24617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018418	ATT	2	6	24638	24643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018418	A	6	6	24645	24650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018418	T	9	9	24658	24666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018418	TTAC	2	8	24706	24713	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_018418	TAT	2	6	24718	24723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018418	TTTAT	2	10	24724	24733	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018418	T	10	10	24733	24742	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018418	A	6	6	24743	24748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018418	TAA	4	12	29085	29096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018418	T	9	9	30318	30326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018418	ATTTTT	2	12	30330	30341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018418	T	6	6	30349	30354	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018418	TTTTA	2	10	30365	30374	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018418	A	6	6	30374	30379	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018418	T	6	6	30393	30398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018418	T	8	8	30402	30409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018418	A	6	6	30418	30423	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018418	AAAAT	2	10	30452	30461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018418	TTTAA	2	10	30462	30471	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018418	AATT	2	8	30482	30489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018418	AAAT	2	8	30496	30503	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018418	ATTA	2	8	30511	30518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018418	TAA	2	6	30532	30537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018418	A	9	9	30536	30544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018418	A	6	6	35610	35615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018418	CGG	2	6	35654	35659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018418	A	6	6	35660	35665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018418	T	10	10	37518	37527	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018418	TAA	2	6	37543	37548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018418	A	9	9	37554	37562	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018418	T	8	8	37563	37570	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018418	A	7	7	37573	37579	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018418	TTAA	2	8	37580	37587	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018418	T	7	7	37606	37612	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018418	A	10	10	37613	37622	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018418	TAT	2	6	37630	37635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018418	TAT	2	6	37674	37679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018418	ATT	2	6	37698	37703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018418	ATAA	2	8	37704	37711	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018418	T	7	7	37717	37723	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018418	T	6	6	37745	37750	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018418	T	11	11	37758	37768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018418	A	9	9	37769	37777	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018418	A	8	8	37782	37789	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018418	AGT	2	6	37867	37872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018418	ATC	2	6	37900	37905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018418	ATGA	2	8	37906	37913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018418	TA	3	6	37933	37938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018418	TTTAAT	2	12	37942	37953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018418	T	6	6	38420	38425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018418	ATTT	2	8	38436	38443	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018418	ATTT	2	8	38469	38476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018418	A	7	7	38486	38492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018418	TA	3	6	38494	38499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018418	AT	3	6	38500	38505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018418	A	9	9	38508	38516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018418	AT	3	6	41865	41870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018418	T	7	7	41870	41876	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018418	T	10	10	41878	41887	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018418	ATAA	2	8	41906	41913	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018418	TTA	2	6	41919	41924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018418	T	9	9	41961	41969	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018418	TGTA	2	8	42675	42682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018418	A	11	11	42718	42728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018418	ATTT	2	8	42754	42761	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018418	ATTT	2	8	48298	48305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018418	T	9	9	48303	48311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018418	T	7	7	48320	48326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018418	T	6	6	48330	48335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018418	ATA	2	6	48340	48345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018418	TTTTA	2	10	48355	48364	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018418	TAA	2	6	48385	48390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018418	T	6	6	48396	48401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018418	T	6	6	48410	48415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018418	ATT	2	6	48417	48422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018418	A	8	8	48432	48439	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018418	TA	3	6	48441	48446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018418	CCGT	2	8	48593	48600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_018418	T	10	10	48606	48615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018418	A	9	9	53223	53231	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018418	TA	3	6	53263	53268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018418	ATA	2	6	53276	53281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018418	T	7	7	53282	53288	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018418	T	10	10	53313	53322	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018418	A	6	6	53324	53329	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018418	ATTTTA	2	12	53337	53348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018418	TA	3	6	53347	53352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018418	TAAA	2	8	53382	53389	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018418	T	6	6	53404	53409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018418	A	8	8	53413	53420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018418	TTAAAA	2	12	53424	53435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018418	TAA	2	6	53457	53462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018418	ATTTT	2	10	53466	53475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018418	T	9	9	53472	53480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018418	A	6	6	53490	53495	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018418	AT	3	6	53499	53504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018418	GTAG	2	8	53526	53533	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018418	GGT	2	6	53560	53565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018418	T	11	11	53731	53741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018418	A	16	16	53748	53763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018418	A	19	19	53769	53787	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018418	TAT	2	6	53831	53836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018418	A	10	10	54693	54702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018418	TA	3	6	54716	54721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018418	ATA	3	9	54719	54727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018418	T	7	7	56587	56593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018418	GTA	2	6	61526	61531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018418	AT	3	6	61570	61575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018418	T	7	7	65475	65481	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018418	A	10	10	65482	65491	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018418	A	8	8	65499	65506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018418	GTT	2	6	65723	65728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018418	T	10	10	65734	65743	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018418	A	7	7	69826	69832	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018418	A	6	6	69871	69876	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018418	AATT	2	8	69878	69885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018418	TTAA	2	8	69901	69908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018418	AAAT	2	8	73454	73461	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018418	T	10	10	79822	79831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018418	T	7	7	80901	80907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018418	ATTT	2	8	80913	80920	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018418	TTA	2	6	81317	81322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018418	ATA	2	6	83896	83901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018418	T	6	6	83907	83912	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018418	AATA	2	8	83913	83920	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018418	ATT	2	6	83921	83926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018418	A	7	7	83936	83942	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018418	AAAT	2	8	83960	83967	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018418	TA	3	6	83989	83994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018418	ATTTT	2	10	84013	84022	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018418	TA	3	6	84026	84031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018418	AAG	2	6	84058	84063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018418	T	6	6	84114	84119	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018418	TAA	2	6	84131	84136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_018418	ATT	2	6	84152	84157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018418	TAA	2	6	84172	84177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018418	AAT	2	6	84184	84189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_018418	TAAAA	2	10	84194	84203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_018418	A	6	6	84200	84205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018418	T	7	7	84206	84212	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_018418	TATTT	2	10	93765	93774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_018418	T	13	13	93772	93784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_018418	A	7	7	93789	93795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_018418	T	6	6	93828	93833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_018418	A	6	6	96528	96533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_018418	TAA	2	6	110198	110203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_018418	TA	3	6	110222	110227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_018418	TAT	2	6	110229	110234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_018418	GCT	2	6	110274	110279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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296	NC_018418	A	6	6	110378	110383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_018418	T	12	12	110386	110397	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_018418	TTC	2	6	110407	110412	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
299	NC_018418	A	10	10	110416	110425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_018418	A	7	7	111661	111667	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018418	TAA	2	6	111680	111685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_018418	T	7	7	111690	111696	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_018418	A	6	6	111713	111718	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_018418	A	7	7	111743	111749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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314	NC_018418	TAT	2	6	147178	147183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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316	NC_018418	ATA	2	6	147286	147291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_018418	GAA	2	6	147319	147324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_018418	ATT	2	6	147426	147431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_018418	ATTT	2	8	158877	158884	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.