MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CE isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 366

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018414	TAA	2	6	8160	8165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018414	TAAT	2	8	8185	8192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018414	TA	3	6	8207	8212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018414	ATT	3	9	8222	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018414	T	9	9	8229	8237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018414	AATAA	2	10	8238	8247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018414	TAA	2	6	10522	10527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018414	ATT	2	6	10539	10544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018414	ATT	2	6	10550	10555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018414	AAT	2	6	10556	10561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018414	A	9	9	10565	10573	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018414	T	6	6	13069	13074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018414	TAA	2	6	13079	13084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018414	CTA	2	6	13101	13106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018414	TAA	2	6	13109	13114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018414	A	6	6	13119	13124	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018414	ATTT	2	8	13132	13139	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018414	T	7	7	13142	13148	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018414	A	9	9	13151	13159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018414	TAA	2	6	13181	13186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018414	A	10	10	13185	13194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018414	A	10	10	13203	13212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018414	ATTT	2	8	29057	29064	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018414	TA	3	6	35445	35450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018414	ATT	2	6	35456	35461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018414	TCGT	2	8	35466	35473	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_018414	CGG	2	6	35500	35505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018414	ATC	2	6	35559	35564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018414	ATG	3	9	35570	35578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018414	A	8	8	35608	35615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018414	AAAT	2	8	35668	35675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018414	AAT	2	6	39017	39022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018414	TATT	2	8	39023	39030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018414	AAT	2	6	39042	39047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018414	AT	3	6	39046	39051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018414	TAT	3	9	39049	39057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018414	TAA	3	9	39058	39066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018414	A	8	8	39065	39072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018414	ATT	2	6	39076	39081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018414	A	8	8	39087	39094	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018414	A	8	8	39096	39103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018414	AGT	2	6	39176	39181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018414	ATC	2	6	39209	39214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018414	ATGA	2	8	39215	39222	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018414	TA	3	6	39242	39247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018414	A	9	9	40567	40575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018414	TAA	2	6	40608	40613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018414	T	6	6	46323	46328	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018414	A	6	6	46340	46345	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018414	TAT	2	6	46363	46368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018414	A	6	6	46383	46388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018414	A	6	6	46421	46426	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018414	A	8	8	51957	51964	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018414	T	8	8	51968	51975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018414	TTTA	2	8	51980	51987	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018414	ATT	2	6	51992	51997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018414	TAA	2	6	52008	52013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018414	A	7	7	52031	52037	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018414	ATTT	2	8	52046	52053	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018414	T	7	7	52051	52057	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018414	AAT	5	15	52058	52072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018414	TAAA	2	8	52241	52248	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018414	A	8	8	52290	52297	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018414	A	9	9	52305	52313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018414	TAT	2	6	52320	52325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018414	T	8	8	52334	52341	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018414	TAA	3	9	56834	56842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018414	ATTT	2	8	56868	56875	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018414	GTAG	2	8	60432	60439	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018414	GGT	2	6	60466	60471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018414	T	6	6	60491	60496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018414	AT	3	6	60497	60502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018414	T	7	7	60502	60508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018414	AT	3	6	60583	60588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018414	TAA	2	6	60650	60655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018414	T	7	7	60663	60669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018414	TGA	2	6	60675	60680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018414	A	7	7	60707	60713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018414	ATTA	2	8	60725	60732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018414	ATT	3	9	60743	60751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018414	TTA	2	6	60766	60771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018414	T	7	7	60785	60791	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018414	T	8	8	60810	60817	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018414	TAA	2	6	60824	60829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018414	ACTT	2	8	61161	61168	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_018414	A	8	8	61664	61671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018414	A	10	10	61683	61692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018414	T	8	8	63520	63527	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018414	A	11	11	64446	64456	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018414	T	8	8	64460	64467	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018414	T	7	7	64478	64484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018414	A	7	7	64488	64494	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018414	A	6	6	64497	64502	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018414	TAA	2	6	64544	64549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018414	A	14	14	64586	64599	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018414	TTA	2	6	68484	68489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018414	AAT	2	6	68490	68495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018414	ATA	2	6	68505	68510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018414	TAAA	2	8	68516	68523	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018414	TAAA	2	8	68527	68534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018414	AAT	2	6	68540	68545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018414	A	6	6	68621	68626	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018414	TCT	2	6	68661	68666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_018414	TAT	2	6	68704	68709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018414	ATT	2	6	68779	68784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018414	TA	3	6	68794	68799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018414	A	14	14	70439	70452	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018414	ATA	2	6	70455	70460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018414	T	7	7	70483	70489	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018414	T	7	7	70491	70497	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018414	AATA	2	8	70498	70505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018414	ATA	3	9	70503	70511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018414	T	7	7	70518	70524	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018414	T	9	9	70528	70536	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018414	A	10	10	70542	70551	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018414	AAAT	2	8	70557	70564	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018414	ATTT	2	8	70571	70578	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018414	TAA	2	6	70579	70584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018414	TTAT	2	8	70585	70592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018414	T	6	6	70592	70597	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018414	ATT	2	6	70603	70608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018414	ATT	2	6	70615	70620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018414	A	7	7	70627	70633	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018414	TA	3	6	70638	70643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018414	T	6	6	70649	70654	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018414	ATT	2	6	70655	70660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018414	A	6	6	70679	70684	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018414	A	9	9	70699	70707	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018414	TAT	2	6	70729	70734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018414	TGA	2	6	70738	70743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018414	AT	3	6	70770	70775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018414	ATA	2	6	70806	70811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018414	A	6	6	70820	70825	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018414	TTAATA	2	12	70826	70837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018414	ATA	2	6	70839	70844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018414	GTA	2	6	70860	70865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018414	GAA	2	6	70877	70882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018414	ATA	2	6	70890	70895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018414	ATTAAT	2	12	70898	70909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018414	AT	5	10	70920	70929	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018414	TAA	2	6	72806	72811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018414	A	9	9	72810	72818	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018414	TTAT	2	8	72819	72826	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018414	AT	3	6	72833	72838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018414	A	6	6	72887	72892	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018414	CAATTT	2	12	72936	72947	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_018414	TTTAAA	2	12	72952	72963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018414	A	9	9	72967	72975	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018414	TTTA	2	8	72976	72983	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018414	TTA	2	6	72986	72991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018414	TAA	2	6	73002	73007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018414	T	9	9	84003	84011	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_018414	GT	3	6	112504	112509	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
299	NC_018414	AAT	2	6	112608	112613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_018414	A	7	7	112645	112651	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_018414	TAT	2	6	112659	112664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018414	TG	3	6	112676	112681	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
303	NC_018414	ATG	2	6	112702	112707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
304	NC_018414	CGT	2	6	112714	112719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_018414	TCC	2	6	112728	112733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
306	NC_018414	T	6	6	112750	112755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_018414	ATT	2	6	112756	112761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_018414	T	8	8	112760	112767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_018414	TAA	2	6	112770	112775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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311	NC_018414	GAC	2	6	112834	112839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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313	NC_018414	TAT	2	6	112876	112881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_018414	TAA	2	6	112885	112890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_018414	TA	4	8	113045	113052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_018414	AAT	2	6	113058	113063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_018414	TTC	2	6	113064	113069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
318	NC_018414	TAT	2	6	113078	113083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_018414	TA	3	6	113097	113102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
320	NC_018414	TCT	2	6	113267	113272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
321	NC_018414	ATTA	2	8	113294	113301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_018414	ATTAA	2	10	113306	113315	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_018414	TAA	2	6	113319	113324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_018414	TAAT	2	8	113331	113338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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330	NC_018414	T	6	6	113477	113482	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_018414	TTC	3	9	113484	113492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
332	NC_018414	CTT	2	6	113524	113529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
333	NC_018414	CA	3	6	113530	113535	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
334	NC_018414	CTG	2	6	113583	113588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
335	NC_018414	CCTT	2	8	113589	113596	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
336	NC_018414	GTT	2	6	113629	113634	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
337	NC_018414	TTTTA	2	10	113675	113684	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_018414	ATT	2	6	113759	113764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_018414	TA	3	6	113767	113772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_018414	TATAT	2	10	113777	113786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_018414	TA	3	6	113809	113814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_018414	GCT	2	6	113829	113834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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346	NC_018414	TAT	2	6	113929	113934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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349	NC_018414	T	9	9	113956	113964	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
350	NC_018414	TAA	2	6	113977	113982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_018414	T	8	8	119369	119376	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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356	NC_018414	A	6	6	149660	149665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
357	NC_018414	ATA	2	6	149698	149703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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361	NC_018414	ATT	2	6	149837	149842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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366	NC_018414	A	10	10	161570	161579	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.