MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 2946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	A	6	6	1803	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017441	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017441	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017441	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017441	T	7	7	1847	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017441	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017441	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017441	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017441	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017441	T	7	7	2261	2267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017441	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017441	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017441	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017441	A	6	6	5666	5671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017441	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017441	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017441	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017441	CTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017441	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017441	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017441	A	6	6	7613	7618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017441	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017441	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017441	TTA	2	6	7754	7759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017441	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017441	GAA	2	6	7803	7808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017441	ATG	2	6	7838	7843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017441	A	6	6	9731	9736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017441	TTC	3	9	9776	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017441	ATC	2	6	9792	9797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017441	A	6	6	9816	9821	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017441	GAA	2	6	9830	9835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017441	A	6	6	9886	9891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017441	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017441	CCT	2	6	9931	9936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017441	TAG	2	6	11792	11797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017441	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017441	CTT	2	6	11842	11847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017441	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017441	TCA	2	6	11879	11884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017441	T	6	6	11899	11904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017441	AG	3	6	11909	11914	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017441	AAT	2	6	11929	11934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017441	AATG	2	8	12131	12138	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017441	AGG	2	6	12162	12167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017441	ATA	3	9	12172	12180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017441	TAT	2	6	12191	12196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017441	T	6	6	12196	12201	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017441	ACA	2	6	12202	12207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017441	AAGAA	2	10	12394	12403	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017441	A	6	6	12409	12414	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017441	TA	3	6	12459	12464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017441	T	6	6	12468	12473	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017441	TAC	2	6	12495	12500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017441	TCA	2	6	12502	12507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017441	TTC	2	6	12540	12545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017441	TTA	2	6	12556	12561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017441	AGA	2	6	12597	12602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017441	TAGTGA	2	12	12695	12706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017441	CAA	2	6	12899	12904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017441	ATTT	2	8	12908	12915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017441	ATC	2	6	12922	12927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017441	T	6	6	12936	12941	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017441	ATA	2	6	13063	13068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017441	TA	3	6	13929	13934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017441	ATT	2	6	13963	13968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017441	AAG	2	6	13980	13985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017441	TTA	2	6	14006	14011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017441	AAGG	2	8	14028	14035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017441	AAG	2	6	14040	14045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017441	AAC	2	6	14124	14129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017441	TA	4	8	14153	14160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017441	CTT	2	6	15547	15552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017441	CAAA	2	8	16662	16669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017441	AG	3	6	18105	18110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017441	GA	3	6	18118	18123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017441	GTT	2	6	18220	18225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017441	GAA	2	6	18964	18969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017441	AAT	3	9	19028	19036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017441	CT	3	6	19040	19045	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017441	TCT	2	6	19056	19061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017441	TGCG	2	8	19116	19123	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017441	CTT	3	9	20482	20490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017441	T	6	6	20489	20494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017441	T	6	6	20496	20501	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017441	A	8	8	20978	20985	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017441	A	6	6	20994	20999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017441	GAA	2	6	21007	21012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017441	A	6	6	21069	21074	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017441	AG	3	6	21106	21111	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017441	A	6	6	21144	21149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017441	CCT	2	6	21155	21160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_017441	GGA	2	6	21201	21206	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017441	AGA	3	9	21241	21249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017441	GA	3	6	21264	21269	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017441	TGG	2	6	21460	21465	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017441	AAC	2	6	21499	21504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017441	AGC	2	6	21516	21521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017441	AGG	2	6	21605	21610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017441	TGA	2	6	21717	21722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017441	AG	3	6	21781	21786	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017441	TCC	2	6	21834	21839	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017441	CT	3	6	21850	21855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017441	CGCT	2	8	21858	21865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017441	TTAA	2	8	21879	21886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017441	GTTA	2	8	21916	21923	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017441	GATC	2	8	21971	21978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017441	AAT	2	6	22010	22015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017441	A	7	7	25150	25156	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017441	TTA	2	6	25163	25168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017441	T	9	9	25178	25186	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017441	GA	3	6	27102	27107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017441	CT	3	6	27109	27114	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017441	ACT	2	6	27117	27122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017441	A	6	6	27133	27138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017441	T	7	7	27145	27151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017441	T	7	7	28459	28465	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017441	TAA	2	6	28470	28475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017441	TC	3	6	28477	28482	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_017441	ATTG	2	8	28528	28535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017441	AG	3	6	28560	28565	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017441	AGA	2	6	28582	28587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017441	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017441	CTG	2	6	33711	33716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017441	GA	3	6	36974	36979	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017441	T	9	9	37008	37016	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017441	CTT	2	6	37068	37073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017441	AT	3	6	37076	37081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017441	CT	3	6	39343	39348	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017441	TAA	2	6	39406	39411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017441	T	6	6	39426	39431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017441	AAG	2	6	39447	39452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017441	CAT	2	6	40600	40605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017441	A	7	7	40704	40710	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017441	CT	3	6	40713	40718	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_017441	T	6	6	40718	40723	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017441	CTC	2	6	40724	40729	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_017441	AAG	2	6	40809	40814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017441	T	8	8	40899	40906	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017441	AG	3	6	42839	42844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017441	AAG	2	6	42856	42861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017441	CT	3	6	42905	42910	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_017441	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017441	ATG	2	6	42966	42971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017441	GAG	2	6	42980	42985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017441	T	6	6	43025	43030	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017441	T	7	7	43072	43078	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017441	ACC	2	6	43123	43128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_017441	A	6	6	43170	43175	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017441	GA	5	10	43180	43189	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017441	A	7	7	43219	43225	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017441	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017441	A	7	7	43240	43246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017441	GAT	2	6	43264	43269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017441	AAG	2	6	43270	43275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017441	AG	3	6	43304	43309	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017441	A	6	6	43310	43315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017441	GGA	2	6	43322	43327	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_017441	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017441	A	8	8	44444	44451	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017441	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_017441	TAA	2	6	48576	48581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017441	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017441	G	6	6	48610	48615	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017441	AG	3	6	48632	48637	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017441	TGT	2	6	48651	48656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017441	T	8	8	49197	49204	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017441	GTC	2	6	49329	49334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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177	NC_017441	A	6	6	49525	49530	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017441	T	6	6	49635	49640	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017441	AGA	2	6	50150	50155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_017441	AAT	2	6	50302	50307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_017441	AATAA	2	10	88576	88585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_017441	GA	3	6	93914	93919	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
293	NC_017441	GAA	2	6	93925	93930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017441	TGA	2	6	93936	93941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
295	NC_017441	TAA	2	6	94062	94067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_017441	TTTAA	2	10	94112	94121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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