MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/11023 chromosome

Total Repeats: 2696

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_017431	TCT	2	6	982466	982471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2502	NC_017431	GAA	2	6	982476	982481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_017431	ATA	2	6	982509	982514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_017431	GAA	2	6	984844	984849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_017431	CTT	2	6	984919	984924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2506	NC_017431	T	8	8	984985	984992	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_017431	TTTA	2	8	985039	985046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_017431	TAAAA	2	10	985054	985063	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_017431	ATTT	2	8	985077	985084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_017431	ATAAA	2	10	985085	985094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_017431	AGA	2	6	985097	985102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_017431	ATA	2	6	985113	985118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_017431	CAG	2	6	990386	990391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2514	NC_017431	GAAA	2	8	990398	990405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_017431	CTT	2	6	990410	990415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2516	NC_017431	T	6	6	990417	990422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_017431	ATA	2	6	990452	990457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_017431	AT	3	6	990468	990473	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_017431	AAT	2	6	990476	990481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_017431	GA	3	6	993279	993284	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_017431	TTA	2	6	993291	993296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_017431	CT	3	6	993300	993305	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2523	NC_017431	T	7	7	993305	993311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_017431	GT	3	6	993312	993317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_017431	CTAA	2	8	993333	993340	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2526	NC_017431	TAAG	2	8	993348	993355	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_017431	AGA	2	6	993466	993471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_017431	A	6	6	995877	995882	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_017431	AAG	2	6	995940	995945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_017431	T	8	8	995946	995953	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_017431	GTA	2	6	995993	995998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_017431	A	6	6	996023	996028	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_017431	T	6	6	996057	996062	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_017431	TA	3	6	996580	996585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_017431	TGA	2	6	997528	997533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_017431	TAT	2	6	997541	997546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_017431	CCTT	2	8	997571	997578	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2538	NC_017431	A	6	6	999188	999193	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_017431	T	7	7	999194	999200	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_017431	T	7	7	999203	999209	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_017431	T	6	6	999211	999216	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_017431	TC	3	6	999232	999237	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2543	NC_017431	TAA	2	6	999240	999245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_017431	ATA	2	6	999248	999253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_017431	CTTT	2	8	999288	999295	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2546	NC_017431	GA	3	6	999313	999318	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_017431	TCT	2	6	999333	999338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2548	NC_017431	TTC	2	6	999369	999374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2549	NC_017431	GGAA	2	8	999390	999397	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2550	NC_017431	GGA	2	6	999403	999408	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_017431	ATT	2	6	999418	999423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_017431	A	6	6	999692	999697	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2553	NC_017431	AGA	2	6	1001806	1001811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_017431	TGG	2	6	1003065	1003070	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_017431	TA	3	6	1003072	1003077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_017431	AAG	2	6	1003082	1003087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_017431	CA	3	6	1003130	1003135	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2558	NC_017431	TAA	2	6	1003169	1003174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_017431	A	6	6	1005018	1005023	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2560	NC_017431	GAAG	2	8	1005033	1005040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_017431	AG	3	6	1005053	1005058	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_017431	CGCC	2	8	1006472	1006479	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2563	NC_017431	CGGGG	2	10	1006495	1006504	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2564	NC_017431	CTG	2	6	1008243	1008248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2565	NC_017431	AG	3	6	1008302	1008307	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_017431	CT	3	6	1008316	1008321	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2567	NC_017431	AGT	2	6	1008382	1008387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_017431	TCA	2	6	1008399	1008404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2569	NC_017431	GAG	2	6	1008472	1008477	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_017431	G	6	6	1008477	1008482	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_017431	CAA	2	6	1008516	1008521	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2572	NC_017431	AG	3	6	1008604	1008609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_017431	T	6	6	1008630	1008635	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_017431	AAG	2	6	1008636	1008641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2576	NC_017431	GTG	2	6	1008680	1008685	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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2578	NC_017431	GAT	2	6	1008755	1008760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2579	NC_017431	CTT	2	6	1008795	1008800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2580	NC_017431	CTGT	2	8	1008868	1008875	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2581	NC_017431	TA	3	6	1008885	1008890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_017431	ATT	2	6	1008915	1008920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_017431	TTG	2	6	1012234	1012239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2584	NC_017431	TAA	2	6	1012251	1012256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2585	NC_017431	TTGTAA	2	12	1014779	1014790	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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2587	NC_017431	GTT	2	6	1014835	1014840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2589	NC_017431	TTA	2	6	1014874	1014879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2590	NC_017431	T	6	6	1014919	1014924	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2591	NC_017431	CAAGC	2	10	1014962	1014971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2592	NC_017431	T	9	9	1015114	1015122	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_017431	ATG	2	6	1015251	1015256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2597	NC_017431	AGA	2	6	1015486	1015491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2598	NC_017431	GGT	2	6	1015503	1015508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_017431	TGA	2	6	1015510	1015515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2600	NC_017431	AAC	2	6	1015520	1015525	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2601	NC_017431	TCT	2	6	1015544	1015549	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2602	NC_017431	TCT	2	6	1015584	1015589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2603	NC_017431	AGG	2	6	1015637	1015642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_017431	TCT	2	6	1015689	1015694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2605	NC_017431	T	8	8	1015694	1015701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_017431	CTAT	2	8	1015746	1015753	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2607	NC_017431	TTC	2	6	1015754	1015759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2608	NC_017431	GA	3	6	1015787	1015792	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_017431	GAA	2	6	1015825	1015830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2610	NC_017431	GAA	2	6	1015857	1015862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_017431	TGA	2	6	1015895	1015900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_017431	A	6	6	1015954	1015959	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_017431	TGT	2	6	1015976	1015981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_017431	AAG	2	6	1016128	1016133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_017431	TCTG	2	8	1016175	1016182	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2616	NC_017431	GA	4	8	1016218	1016225	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2617	NC_017431	ATA	2	6	1016259	1016264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_017431	AGG	2	6	1018289	1018294	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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2620	NC_017431	AT	3	6	1018369	1018374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2621	NC_017431	AGG	2	6	1018379	1018384	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2622	NC_017431	CAT	2	6	1018395	1018400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2623	NC_017431	GTA	2	6	1018421	1018426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2624	NC_017431	GAA	2	6	1018434	1018439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2625	NC_017431	T	8	8	1018479	1018486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2626	NC_017431	AGA	2	6	1018538	1018543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2627	NC_017431	AGA	2	6	1018553	1018558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2628	NC_017431	GGT	2	6	1018627	1018632	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2629	NC_017431	TCT	2	6	1018722	1018727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2630	NC_017431	TATT	2	8	1018745	1018752	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2631	NC_017431	T	6	6	1018773	1018778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2632	NC_017431	TTA	2	6	1020022	1020027	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2633	NC_017431	T	6	6	1020058	1020063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2634	NC_017431	TAGAA	2	10	1020081	1020090	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.