MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD2

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013718	A	7	7	37	43	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013718	ATCC	2	8	648	655	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013718	A	6	6	701	706	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013718	T	7	7	729	735	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013718	ACC	3	9	770	778	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_013718	CTG	2	6	861	866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013718	TGG	2	6	920	925	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013718	AAC	2	6	926	931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013718	C	6	6	1373	1378	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
10	NC_013718	GCA	2	6	2055	2060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013718	GCT	2	6	3173	3178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013718	GGCT	2	8	3215	3222	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_013718	ATA	2	6	3223	3228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013718	GCA	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013718	AC	3	6	4243	4248	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_013718	ATCGC	2	10	4255	4264	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_013718	AC	3	6	4283	4288	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013718	CGGG	2	8	4347	4354	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013718	GA	3	6	4404	4409	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013718	CT	3	6	4771	4776	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_013718	A	6	6	4777	4782	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013718	ATA	2	6	5331	5336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013718	TTA	2	6	5365	5370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013718	A	6	6	5370	5375	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013718	T	8	8	5445	5452	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013718	AGTT	2	8	5713	5720	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013718	TGA	2	6	5801	5806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013718	TCA	2	6	5907	5912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013718	AAC	3	9	5920	5928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013718	CGC	2	6	5964	5969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_013718	GCA	2	6	6025	6030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013718	A	6	6	6087	6092	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013718	T	7	7	6112	6118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013718	T	6	6	6127	6132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013718	AGAT	2	8	6138	6145	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013718	ATA	2	6	6162	6167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013718	T	6	6	6186	6191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013718	AATT	2	8	6204	6211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013718	T	6	6	6348	6353	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013718	T	6	6	6374	6379	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013718	TGA	2	6	6472	6477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013718	CTGA	2	8	6512	6519	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_013718	TTA	2	6	6579	6584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013718	A	9	9	6598	6606	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013718	CTT	2	6	6634	6639	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013718	TGC	2	6	7683	7688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013718	T	6	6	7704	7709	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013718	AG	3	6	7732	7737	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013718	GAT	2	6	7738	7743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013718	ACAG	2	8	8160	8167	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_013718	TGCCTG	2	12	8244	8255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013718	TAT	2	6	9368	9373	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013718	GT	3	6	9654	9659	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013718	GT	3	6	9993	9998	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013718	CAT	2	6	10008	10013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013718	CCG	2	6	10080	10085	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_013718	TAT	2	6	10108	10113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013718	GT	3	6	10122	10127	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013718	AAT	2	6	10128	10133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013718	TCC	2	6	10806	10811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_013718	GT	3	6	10822	10827	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013718	GT	3	6	10893	10898	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013718	T	7	7	11748	11754	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013718	GAA	2	6	12057	12062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013718	A	6	6	12608	12613	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013718	CAG	2	6	12681	12686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013718	TAAGG	2	10	12729	12738	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013718	ACC	2	6	12827	12832	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_013718	CAGC	2	8	12877	12884	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013718	GAA	2	6	12923	12928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013718	TAT	2	6	12962	12967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013718	CGAT	2	8	13904	13911	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_013718	TGT	2	6	13935	13940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013718	GTT	2	6	13956	13961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013718	CGG	2	6	14007	14012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013718	GCTG	2	8	14783	14790	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013718	ATT	2	6	14840	14845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013718	T	6	6	18604	18609	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013718	TAA	2	6	19450	19455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013718	GAT	2	6	19459	19464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013718	AT	3	6	19485	19490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013718	TAA	2	6	19513	19518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013718	AAAC	2	8	19550	19557	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_013718	AGA	2	6	19630	19635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013718	GTT	2	6	20615	20620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013718	CGC	2	6	20624	20629	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_013718	GCG	2	6	20656	20661	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013718	TTAC	2	8	21016	21023	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013718	T	6	6	21103	21108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013718	GTC	2	6	21203	21208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_013718	ATC	2	6	22712	22717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013718	TTA	2	6	29220	29225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013718	GAA	2	6	29264	29269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013718	AAG	2	6	29286	29291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013718	AAG	2	6	29379	29384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013718	AAT	2	6	29414	29419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013718	CTGA	2	8	29440	29447	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_013718	ATA	2	6	29489	29494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013718	TTA	2	6	29502	29507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013718	CAA	2	6	29547	29552	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013718	A	8	8	29583	29590	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013718	TGT	2	6	30725	30730	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013718	TGT	2	6	30749	30754	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013718	CAT	2	6	30798	30803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013718	TTAT	2	8	30926	30933	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013718	T	6	6	31049	31054	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013718	TTG	2	6	31061	31066	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013718	CAA	2	6	32104	32109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013718	T	6	6	32115	32120	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013718	GCT	2	6	32402	32407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013718	AAT	2	6	32424	32429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013718	AT	3	6	36212	36217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013718	TAA	2	6	36241	36246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013718	AAT	2	6	36250	36255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013718	GTTTTC	2	12	36281	36292	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_013718	AATC	2	8	36381	36388	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_013718	A	6	6	36411	36416	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013718	ACA	2	6	36425	36430	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_013718	T	6	6	36449	36454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013718	A	7	7	36576	36582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013718	GTT	2	6	37159	37164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013718	GAAA	2	8	39180	39187	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013718	A	6	6	39185	39190	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013718	CGCTG	2	10	39248	39257	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.