MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013717	CTCCG	2	10	4	13	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_013717	CGT	2	6	14	19	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013717	TCG	2	6	153	158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013717	A	6	6	184	189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013717	GTA	2	6	192	197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013717	GAG	2	6	229	234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013717	AGA	2	6	521	526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013717	TGGC	2	8	562	569	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_013717	TCT	2	6	642	647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013717	CAA	2	6	698	703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013717	CCT	2	6	1661	1666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_013717	AAT	2	6	1670	1675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013717	A	6	6	1723	1728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013717	A	6	6	1743	1748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013717	TCA	2	6	1754	1759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013717	GCC	2	6	1895	1900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_013717	ACT	2	6	1953	1958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013717	CATT	2	8	1965	1972	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013717	CCTGT	2	10	1995	2004	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_013717	GACA	2	8	2006	2013	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013717	ATCA	2	8	2409	2416	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_013717	CGG	2	6	2438	2443	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013717	AAC	2	6	2465	2470	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013717	GCC	2	6	2476	2481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_013717	TA	3	6	2539	2544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013717	GT	3	6	3285	3290	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013717	T	7	7	3290	3296	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013717	G	6	6	3935	3940	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013717	T	6	6	3997	4002	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013717	ACA	2	6	4039	4044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013717	CCAG	2	8	4261	4268	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013717	CTG	2	6	4286	4291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013717	AGCCGC	2	12	4745	4756	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013717	GCCT	2	8	4759	4766	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013717	GCA	2	6	4773	4778	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_013717	CGT	2	6	4807	4812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013717	ATT	2	6	4858	4863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013717	G	7	7	4893	4899	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013717	TAA	2	6	5699	5704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013717	TAT	2	6	5705	5710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013717	GGAC	2	8	11735	11742	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_013717	GTCC	2	8	11758	11765	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_013717	AAT	2	6	11792	11797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013717	TCT	2	6	11799	11804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013717	A	7	7	11834	11840	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013717	AT	3	6	12023	12028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013717	ATG	2	6	12047	12052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013717	CTGG	2	8	12060	12067	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_013717	ATC	2	6	12078	12083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013717	AAATT	2	10	12092	12101	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013717	T	6	6	12119	12124	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013717	A	6	6	12130	12135	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013717	AAGG	2	8	12142	12149	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013717	G	6	6	12148	12153	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013717	GTT	2	6	12159	12164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013717	AT	3	6	12213	12218	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013717	ATG	2	6	12273	12278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013717	TCA	2	6	12288	12293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013717	T	6	6	12498	12503	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013717	ACATA	2	10	12555	12564	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013717	A	8	8	12579	12586	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013717	A	6	6	12619	12624	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013717	ATTTT	2	10	12629	12638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013717	TGC	2	6	12693	12698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013717	GAT	2	6	12752	12757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013717	GCT	2	6	12897	12902	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013717	AGC	2	6	12921	12926	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013717	TCA	2	6	12945	12950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013717	AGG	2	6	12980	12985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013717	TTA	2	6	13018	13023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013717	TGC	2	6	13119	13124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013717	TA	3	6	13203	13208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013717	ATA	2	6	13239	13244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013717	GAT	2	6	13259	13264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013717	ATT	2	6	13265	13270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013717	AT	3	6	13353	13358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013717	A	7	7	13375	13381	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013717	T	6	6	13436	13441	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013717	T	6	6	13448	13453	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013717	GTTG	2	8	13481	13488	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013717	TGTT	2	8	13492	13499	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013717	GGTT	2	8	13501	13508	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013717	TA	3	6	13961	13966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013717	TG	3	6	13967	13972	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013717	CAA	2	6	14010	14015	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013717	CAA	2	6	14024	14029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013717	GGA	2	6	14638	14643	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013717	ATGA	2	8	18832	18839	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013717	GATTG	2	10	18913	18922	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013717	ACA	2	6	19931	19936	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_013717	AAT	2	6	20872	20877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013717	ATG	2	6	20888	20893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013717	TTTA	2	8	20957	20964	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013717	CTTT	2	8	20969	20976	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_013717	GTTT	2	8	20991	20998	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013717	GGCAG	2	10	21001	21010	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013717	TC	3	6	21011	21016	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_013717	TGA	2	6	21705	21710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013717	TAG	2	6	21718	21723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013717	TTG	2	6	21835	21840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013717	TGA	2	6	21888	21893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013717	TCAG	2	8	21969	21976	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_013717	TAT	2	6	22013	22018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013717	TAA	2	6	22052	22057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013717	TGT	2	6	22079	22084	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013717	TTA	2	6	22162	22167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013717	AGC	2	6	22197	22202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_013717	TTA	2	6	22246	22251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013717	ATA	2	6	26280	26285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013717	AAAT	2	8	26290	26297	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013717	ATAACC	2	12	26316	26327	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013717	AGG	2	6	26341	26346	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013717	AT	3	6	26350	26355	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013717	TTTTA	2	10	26415	26424	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013717	GTT	2	6	26455	26460	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013717	AGA	2	6	26478	26483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013717	CGG	2	6	26485	26490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013717	ATT	2	6	26554	26559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013717	TGTGT	2	10	26560	26569	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013717	TGT	2	6	26617	26622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013717	CTGA	2	8	26644	26651	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_013717	GCC	2	6	26830	26835	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_013717	TAC	2	6	26871	26876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_013717	GAT	2	6	26934	26939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013717	GAAA	2	8	26948	26955	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013717	CAG	2	6	26979	26984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_013717	AAT	2	6	26989	26994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013717	TGG	2	6	27008	27013	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013717	TGA	2	6	27521	27526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013717	CAA	2	6	27527	27532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013717	GGAG	2	8	27542	27549	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013717	TTC	2	6	27635	27640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_013717	CT	3	6	27657	27662	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_013717	G	6	6	27734	27739	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013717	CCTGAC	2	12	27774	27785	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013717	TGA	2	6	27821	27826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013717	CCT	2	6	27829	27834	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_013717	AGT	2	6	27871	27876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013717	GGT	2	6	27907	27912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013717	AC	3	6	30548	30553	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_013717	TA	3	6	30562	30567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013717	T	7	7	31060	31066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013717	TAG	2	6	31071	31076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013717	AT	4	8	31079	31086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013717	GGA	2	6	31102	31107	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013717	GA	3	6	31117	31122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013717	AGAC	2	8	31340	31347	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_013717	TAAT	2	8	31418	31425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013717	TAAC	2	8	31452	31459	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013717	ACA	2	6	31477	31482	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_013717	AG	3	6	31492	31497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013717	AAAT	2	8	32308	32315	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013717	GAGT	2	8	32343	32350	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013717	TAC	2	6	32424	32429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_013717	TCAT	2	8	32527	32534	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
156	NC_013717	TAA	2	6	32571	32576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013717	TATAAA	2	12	32596	32607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_013717	ATC	2	6	32662	32667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_013717	TTG	2	6	32716	32721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013717	AAT	2	6	32735	32740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_013717	GCT	2	6	32766	32771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_013717	CTG	2	6	32787	32792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_013717	AGA	2	6	32806	32811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013717	AAT	2	6	32827	32832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013717	CTG	2	6	32881	32886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_013717	AATC	2	8	32903	32910	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
167	NC_013717	ATATT	2	10	32914	32923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013717	T	8	8	32982	32989	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_013717	A	8	8	32991	32998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_013717	T	7	7	33009	33015	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_013717	GTAA	2	8	33018	33025	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
172	NC_013717	ACAG	2	8	33030	33037	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
173	NC_013717	T	6	6	33386	33391	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_013717	AAAT	2	8	33442	33449	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_013717	T	7	7	33492	33498	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_013717	CAT	2	6	33506	33511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_013717	TA	3	6	34562	34567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_013717	T	7	7	34645	34651	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_013717	GCA	2	6	34665	34670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_013717	TTG	2	6	34695	34700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
181	NC_013717	AGA	2	6	34721	34726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_013717	GTA	2	6	34782	34787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_013717	TTCAT	2	10	34798	34807	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_013717	AGA	2	6	34823	34828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_013717	TAT	2	6	35650	35655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_013717	CGG	2	6	36498	36503	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_013717	A	6	6	40764	40769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_013717	ATAACC	2	12	40793	40804	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_013717	T	6	6	40848	40853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_013717	TTTTA	2	10	40892	40901	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_013717	ATG	2	6	40947	40952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_013717	T	6	6	40970	40975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_013717	ATTT	2	8	41213	41220	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_013717	TA	3	6	41223	41228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_013717	CCTT	2	8	41788	41795	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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201	NC_013717	TA	3	6	43426	43431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_013717	CAG	3	9	53335	53343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_013717	ACC	2	6	53344	53349	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
273	NC_013717	AT	3	6	53408	53413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_013717	ATA	2	6	53417	53422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_013717	TAAT	2	8	53431	53438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.