MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile R20291 chromosome

Total Repeats: 24859

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
14501	NC_013316	GAT	2	6	2300282	2300287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14502	NC_013316	A	6	6	2300583	2300588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14503	NC_013316	T	6	6	2300608	2300613	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14504	NC_013316	TAA	2	6	2300618	2300623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14505	NC_013316	TTA	2	6	2300624	2300629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14506	NC_013316	AT	3	6	2300630	2300635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14507	NC_013316	CAAAA	2	10	2300715	2300724	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14508	NC_013316	AATT	2	8	2300746	2300753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14509	NC_013316	ATA	2	6	2300812	2300817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14510	NC_013316	TAAAT	2	10	2300836	2300845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14511	NC_013316	TATTAA	2	12	2300879	2300890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14512	NC_013316	ATT	2	6	2300960	2300965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14513	NC_013316	TATT	2	8	2300974	2300981	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14514	NC_013316	CTC	2	6	2301394	2301399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14515	NC_013316	TTTA	2	8	2301453	2301460	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14516	NC_013316	TTA	2	6	2301478	2301483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14517	NC_013316	A	6	6	2301488	2301493	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14518	NC_013316	AC	3	6	2301517	2301522	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14519	NC_013316	TCTAT	2	10	2301547	2301556	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14520	NC_013316	ATA	2	6	2301597	2301602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14521	NC_013316	TA	3	6	2301601	2301606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14522	NC_013316	T	6	6	2301609	2301614	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14523	NC_013316	AAAT	2	8	2301615	2301622	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14524	NC_013316	AT	3	6	2301621	2301626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14525	NC_013316	ATT	2	6	2301662	2301667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14526	NC_013316	AT	5	10	2301673	2301682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14527	NC_013316	TAA	2	6	2301687	2301692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14528	NC_013316	TTAGC	2	10	2302859	2302868	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14529	NC_013316	TATC	2	8	2302899	2302906	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14530	NC_013316	TAA	2	6	2302913	2302918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14531	NC_013316	AAT	2	6	2302926	2302931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14532	NC_013316	TTTTA	2	10	2302935	2302944	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14533	NC_013316	TTA	2	6	2302959	2302964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14534	NC_013316	T	6	6	2302968	2302973	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14535	NC_013316	A	6	6	2302996	2303001	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14536	NC_013316	C	6	6	2303528	2303533	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14537	NC_013316	TA	3	6	2303541	2303546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14538	NC_013316	TAT	2	6	2303551	2303556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14539	NC_013316	ATC	2	6	2303557	2303562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14540	NC_013316	TATAT	2	10	2303566	2303575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14541	NC_013316	TAA	2	6	2303613	2303618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14542	NC_013316	ACA	2	6	2303629	2303634	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14543	NC_013316	A	6	6	2303636	2303641	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14544	NC_013316	CCT	2	6	2303642	2303647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14545	NC_013316	AC	3	6	2303667	2303672	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14546	NC_013316	TAA	2	6	2303712	2303717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14547	NC_013316	AT	3	6	2305346	2305351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14548	NC_013316	CTTT	2	8	2305356	2305363	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14549	NC_013316	ATTT	2	8	2305373	2305380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14550	NC_013316	TAT	2	6	2305406	2305411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14551	NC_013316	AT	3	6	2305410	2305415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14552	NC_013316	T	6	6	2305434	2305439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14553	NC_013316	ATA	2	6	2305468	2305473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14554	NC_013316	TTATA	2	10	2305509	2305518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14555	NC_013316	ATTC	2	8	2305546	2305553	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14556	NC_013316	TTA	2	6	2305574	2305579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14557	NC_013316	TAAA	2	8	2305587	2305594	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14558	NC_013316	CAT	2	6	2305611	2305616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14559	NC_013316	TGTTT	2	10	2305623	2305632	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14560	NC_013316	T	6	6	2305668	2305673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14561	NC_013316	AT	3	6	2307290	2307295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14562	NC_013316	TA	5	10	2307338	2307347	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14563	NC_013316	ATT	2	6	2308132	2308137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14564	NC_013316	TGT	2	6	2308202	2308207	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14565	NC_013316	ACA	2	6	2308210	2308215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14566	NC_013316	CGC	2	6	2308230	2308235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14567	NC_013316	TA	3	6	2309592	2309597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14568	NC_013316	AT	3	6	2309618	2309623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14569	NC_013316	AATTTA	2	12	2309656	2309667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14570	NC_013316	TTA	2	6	2309684	2309689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14571	NC_013316	TTA	2	6	2312807	2312812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14572	NC_013316	TAA	2	6	2312828	2312833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14573	NC_013316	TATTTA	2	12	2312840	2312851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14574	NC_013316	GTA	2	6	2312857	2312862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14575	NC_013316	AT	3	6	2312875	2312880	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14576	NC_013316	TA	3	6	2314286	2314291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14577	NC_013316	AT	3	6	2314308	2314313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14578	NC_013316	ATG	2	6	2314321	2314326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14579	NC_013316	AT	3	6	2314353	2314358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14580	NC_013316	A	6	6	2314375	2314380	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14581	NC_013316	ATT	2	6	2314398	2314403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14582	NC_013316	TA	3	6	2314438	2314443	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14583	NC_013316	TAT	2	6	2314466	2314471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14584	NC_013316	T	6	6	2314488	2314493	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14585	NC_013316	TCTTCA	2	12	2314661	2314672	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14586	NC_013316	CT	4	8	2314724	2314731	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14587	NC_013316	CAC	2	6	2314838	2314843	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14588	NC_013316	TTTC	2	8	2314855	2314862	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14589	NC_013316	ATTT	2	8	2314954	2314961	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14590	NC_013316	ATA	2	6	2314988	2314993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14591	NC_013316	TTA	2	6	2315018	2315023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14592	NC_013316	AATT	2	8	2315024	2315031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14593	NC_013316	ATT	2	6	2315060	2315065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14594	NC_013316	TATAA	2	10	2315097	2315106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14595	NC_013316	TAA	2	6	2315128	2315133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14596	NC_013316	TCTA	2	8	2315206	2315213	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14597	NC_013316	AT	5	10	2315221	2315230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14598	NC_013316	ATT	2	6	2315250	2315255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14599	NC_013316	GTATA	2	10	2315334	2315343	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14600	NC_013316	ATC	2	6	2315402	2315407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14601	NC_013316	TTTTAT	2	12	2315419	2315430	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14602	NC_013316	AATT	2	8	2315432	2315439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14603	NC_013316	A	9	9	2315450	2315458	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14604	NC_013316	T	6	6	2315494	2315499	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14605	NC_013316	TAA	2	6	2315520	2315525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14606	NC_013316	TA	3	6	2315551	2315556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14607	NC_013316	GAT	2	6	2315573	2315578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14608	NC_013316	ATTA	2	8	2316694	2316701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14609	NC_013316	AT	4	8	2316738	2316745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14610	NC_013316	ATT	2	6	2316750	2316755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14611	NC_013316	TTAA	2	8	2316762	2316769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14612	NC_013316	TTA	2	6	2316786	2316791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14613	NC_013316	TAAT	2	8	2316801	2316808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14614	NC_013316	CAA	3	9	2316843	2316851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14615	NC_013316	A	6	6	2316850	2316855	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14616	NC_013316	TTATTT	2	12	2316882	2316893	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14617	NC_013316	T	6	6	2316903	2316908	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14618	NC_013316	AAT	2	6	2316913	2316918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14619	NC_013316	AT	4	8	2318023	2318030	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14620	NC_013316	CCT	2	6	2325786	2325791	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14621	NC_013316	TTTA	2	8	2325832	2325839	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14622	NC_013316	AAT	2	6	2325890	2325895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14623	NC_013316	T	6	6	2327118	2327123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14624	NC_013316	ATGT	2	8	2327127	2327134	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14625	NC_013316	TA	3	6	2327139	2327144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14626	NC_013316	TA	3	6	2327147	2327152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14627	NC_013316	TA	3	6	2327172	2327177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14628	NC_013316	TCT	2	6	2327178	2327183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14629	NC_013316	TAA	2	6	2327203	2327208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14630	NC_013316	ATT	2	6	2328457	2328462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14631	NC_013316	AT	3	6	2328482	2328487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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