MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile R20291 chromosome

Total Repeats: 24859

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
14001	NC_013316	TA	3	6	2247998	2248003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14002	NC_013316	ATC	2	6	2248009	2248014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14003	NC_013316	CCT	2	6	2248487	2248492	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14004	NC_013316	GTA	2	6	2248493	2248498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14005	NC_013316	T	6	6	2248499	2248504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14006	NC_013316	TAGT	2	8	2248515	2248522	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14007	NC_013316	CTAA	2	8	2248528	2248535	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14008	NC_013316	A	6	6	2248541	2248546	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14009	NC_013316	ATA	2	6	2248628	2248633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14010	NC_013316	AC	3	6	2248771	2248776	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14011	NC_013316	CTAT	2	8	2248791	2248798	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14012	NC_013316	TATT	2	8	2248808	2248815	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14013	NC_013316	TAT	2	6	2248904	2248909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14014	NC_013316	TA	3	6	2248922	2248927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14015	NC_013316	ATC	2	6	2248941	2248946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14016	NC_013316	TCC	2	6	2249902	2249907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14017	NC_013316	ATTTT	2	10	2249938	2249947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14018	NC_013316	ATA	2	6	2249948	2249953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14019	NC_013316	TTAT	2	8	2249986	2249993	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14020	NC_013316	AT	3	6	2250001	2250006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14021	NC_013316	TTTTTA	2	12	2250007	2250018	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14022	NC_013316	T	7	7	2250028	2250034	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14023	NC_013316	TA	3	6	2250036	2250041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14024	NC_013316	ATA	2	6	2250044	2250049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14025	NC_013316	A	6	6	2250066	2250071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14026	NC_013316	TA	3	6	2250084	2250089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14027	NC_013316	T	6	6	2250210	2250215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14028	NC_013316	T	6	6	2251914	2251919	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14029	NC_013316	ATA	2	6	2251928	2251933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14030	NC_013316	TTA	2	6	2251934	2251939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14031	NC_013316	AT	3	6	2251942	2251947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14032	NC_013316	ATTA	3	12	2251954	2251965	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14033	NC_013316	A	7	7	2251976	2251982	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14034	NC_013316	TTA	2	6	2252006	2252011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14035	NC_013316	T	6	6	2252015	2252020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14036	NC_013316	TAT	2	6	2252041	2252046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14037	NC_013316	ATA	2	6	2252047	2252052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14038	NC_013316	AT	3	6	2252064	2252069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14039	NC_013316	AT	3	6	2252081	2252086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14040	NC_013316	TTG	2	6	2252095	2252100	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14041	NC_013316	AGA	2	6	2252124	2252129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14042	NC_013316	TAA	2	6	2252170	2252175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14043	NC_013316	AT	3	6	2252190	2252195	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14044	NC_013316	TCT	2	6	2252270	2252275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14045	NC_013316	TAA	2	6	2252318	2252323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14046	NC_013316	GTA	3	9	2252327	2252335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14047	NC_013316	CTTT	2	8	2252385	2252392	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14048	NC_013316	CAA	2	6	2252394	2252399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14049	NC_013316	TTA	2	6	2252435	2252440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14050	NC_013316	CTA	3	9	2252463	2252471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14051	NC_013316	TCC	2	6	2252523	2252528	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14052	NC_013316	TAT	3	9	2252547	2252555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14053	NC_013316	AT	3	6	2252560	2252565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14054	NC_013316	TA	3	6	2252596	2252601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14055	NC_013316	TA	3	6	2252608	2252613	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14056	NC_013316	TA	4	8	2252631	2252638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14057	NC_013316	T	6	6	2252639	2252644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14058	NC_013316	TAA	2	6	2252650	2252655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14059	NC_013316	TAA	2	6	2252671	2252676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14060	NC_013316	TTA	2	6	2252689	2252694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14061	NC_013316	TAC	2	6	2253518	2253523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14062	NC_013316	AAAG	2	8	2253525	2253532	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14063	NC_013316	TTA	2	6	2253543	2253548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14064	NC_013316	TCC	2	6	2253831	2253836	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14065	NC_013316	ATA	2	6	2253867	2253872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14066	NC_013316	ATT	2	6	2253892	2253897	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14067	NC_013316	TATTT	2	10	2253915	2253924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14068	NC_013316	T	6	6	2253922	2253927	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14069	NC_013316	ATT	2	6	2253934	2253939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14070	NC_013316	TA	3	6	2253940	2253945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14071	NC_013316	TAA	2	6	2253957	2253962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14072	NC_013316	A	6	6	2253961	2253966	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14073	NC_013316	T	6	6	2253983	2253988	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14074	NC_013316	ATA	2	6	2253990	2253995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14075	NC_013316	TAAAT	2	10	2254036	2254045	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14076	NC_013316	ATTT	2	8	2254085	2254092	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14077	NC_013316	A	6	6	2254117	2254122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14078	NC_013316	TA	3	6	2254170	2254175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14079	NC_013316	ATTA	2	8	2254179	2254186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14080	NC_013316	ACC	2	6	2254209	2254214	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14081	NC_013316	TCA	2	6	2254217	2254222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14082	NC_013316	TATACA	2	12	2254247	2254258	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14083	NC_013316	AT	3	6	2254273	2254278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14084	NC_013316	TAT	2	6	2254281	2254286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14085	NC_013316	T	9	9	2254295	2254303	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14086	NC_013316	ATTTT	2	10	2254316	2254325	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14087	NC_013316	CTT	2	6	2254749	2254754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14088	NC_013316	TAA	2	6	2254777	2254782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14089	NC_013316	T	6	6	2254842	2254847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14090	NC_013316	T	7	7	2254849	2254855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14091	NC_013316	AGT	2	6	2254861	2254866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14092	NC_013316	CAA	2	6	2254895	2254900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14093	NC_013316	CAA	2	6	2254932	2254937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14094	NC_013316	TAA	2	6	2254943	2254948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14095	NC_013316	AT	3	6	2254980	2254985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14096	NC_013316	TA	3	6	2255024	2255029	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14097	NC_013316	ATA	3	9	2255027	2255035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14098	NC_013316	A	6	6	2255057	2255062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14099	NC_013316	TAA	3	9	2255067	2255075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14100	NC_013316	A	7	7	2255077	2255083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14101	NC_013316	TAT	2	6	2255086	2255091	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14102	NC_013316	T	6	6	2255108	2255113	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14103	NC_013316	TA	3	6	2255121	2255126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14104	NC_013316	GAT	2	6	2255135	2255140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14105	NC_013316	TAT	2	6	2255144	2255149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14106	NC_013316	T	6	6	2255154	2255159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14107	NC_013316	AT	3	6	2255164	2255169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14108	NC_013316	T	7	7	2255172	2255178	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14109	NC_013316	ATTT	2	8	2255181	2255188	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14110	NC_013316	CTTT	2	8	2255191	2255198	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14111	NC_013316	GGAT	2	8	2255209	2255216	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14112	NC_013316	A	7	7	2255320	2255326	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14113	NC_013316	TATAA	2	10	2255333	2255342	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14114	NC_013316	T	6	6	2255346	2255351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14115	NC_013316	AGT	2	6	2255448	2255453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14116	NC_013316	TTA	2	6	2255477	2255482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14117	NC_013316	TTA	2	6	2255487	2255492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14118	NC_013316	AT	4	8	2255515	2255522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14119	NC_013316	C	6	6	2256447	2256452	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14120	NC_013316	TCA	2	6	2256453	2256458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14121	NC_013316	ATT	2	6	2256497	2256502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14122	NC_013316	TAT	2	6	2256512	2256517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14123	NC_013316	TAA	2	6	2256565	2256570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14124	NC_013316	TAA	2	6	2256576	2256581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14125	NC_013316	T	6	6	2258012	2258017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14126	NC_013316	ATTAT	2	10	2258038	2258047	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14127	NC_013316	AATTT	2	10	2258080	2258089	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14128	NC_013316	TTA	2	6	2258113	2258118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14129	NC_013316	TAAA	2	8	2258151	2258158	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14130	NC_013316	TAT	2	6	2258184	2258189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14131	NC_013316	CTT	2	6	2261444	2261449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14132	NC_013316	TCT	2	6	2261867	2261872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14133	NC_013316	ATA	2	6	2261894	2261899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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