MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile R20291 chromosome

Total Repeats: 24859

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_013316	TAT	3	9	2114278	2114286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13002	NC_013316	A	6	6	2114305	2114310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13003	NC_013316	TCA	2	6	2114318	2114323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13004	NC_013316	GT	3	6	2114338	2114343	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13005	NC_013316	ATT	2	6	2114349	2114354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13006	NC_013316	AGT	2	6	2114358	2114363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13007	NC_013316	AGG	2	6	2114390	2114395	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13008	NC_013316	AGG	2	6	2114401	2114406	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13009	NC_013316	TAA	2	6	2115599	2115604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13010	NC_013316	ATTA	2	8	2115632	2115639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13011	NC_013316	TTA	2	6	2115643	2115648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13012	NC_013316	GAT	2	6	2115656	2115661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13013	NC_013316	AGT	2	6	2116635	2116640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13014	NC_013316	T	6	6	2119996	2120001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13015	NC_013316	ATA	2	6	2120018	2120023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13016	NC_013316	TATAA	2	10	2120029	2120038	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13017	NC_013316	TTA	3	9	2122075	2122083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13018	NC_013316	T	6	6	2122101	2122106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13019	NC_013316	AAT	2	6	2122127	2122132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13020	NC_013316	ATAGA	2	10	2122231	2122240	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13021	NC_013316	TAA	2	6	2122254	2122259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13022	NC_013316	TA	3	6	2122268	2122273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13023	NC_013316	AGT	2	6	2122274	2122279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13024	NC_013316	ATG	2	6	2122288	2122293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13025	NC_013316	ATT	2	6	2122303	2122308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13026	NC_013316	GGA	2	6	2122317	2122322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13027	NC_013316	AATA	2	8	2122323	2122330	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13028	NC_013316	T	6	6	2122385	2122390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13029	NC_013316	ATA	2	6	2122391	2122396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13030	NC_013316	TAG	2	6	2122401	2122406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13031	NC_013316	TTTCA	2	10	2122466	2122475	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
13032	NC_013316	CTT	2	6	2122481	2122486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13033	NC_013316	TCC	2	6	2122504	2122509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13034	NC_013316	T	6	6	2122510	2122515	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13035	NC_013316	A	6	6	2122535	2122540	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13036	NC_013316	GGA	2	6	2122546	2122551	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13037	NC_013316	CCT	2	6	2123025	2123030	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13038	NC_013316	TACT	2	8	2123146	2123153	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13039	NC_013316	CTG	2	6	2123182	2123187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13040	NC_013316	AGA	2	6	2123230	2123235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13041	NC_013316	GATA	2	8	2123244	2123251	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13042	NC_013316	GAT	2	6	2123287	2123292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13043	NC_013316	GTG	2	6	2123297	2123302	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13044	NC_013316	AGC	2	6	2123369	2123374	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13045	NC_013316	ATA	2	6	2123413	2123418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13046	NC_013316	GGA	2	6	2123442	2123447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13047	NC_013316	TTTAGA	2	12	2123522	2123533	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13048	NC_013316	A	6	6	2123558	2123563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13049	NC_013316	GAGAAA	2	12	2123608	2123619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13050	NC_013316	AT	3	6	2123672	2123677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13051	NC_013316	AT	3	6	2123680	2123685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13052	NC_013316	A	6	6	2123720	2123725	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13053	NC_013316	AGAT	2	8	2123765	2123772	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13054	NC_013316	CT	3	6	2123816	2123821	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13055	NC_013316	TTG	2	6	2123837	2123842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13056	NC_013316	ATG	2	6	2123905	2123910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13057	NC_013316	TGC	2	6	2123982	2123987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13058	NC_013316	AAT	2	6	2124009	2124014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13059	NC_013316	TGA	2	6	2124083	2124088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13060	NC_013316	TGG	2	6	2124186	2124191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13061	NC_013316	ATA	2	6	2124232	2124237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13062	NC_013316	GAA	2	6	2124244	2124249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13063	NC_013316	GAA	3	9	2124440	2124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13064	NC_013316	GAAT	2	8	2124474	2124481	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13065	NC_013316	ATT	2	6	2124503	2124508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13066	NC_013316	TAG	2	6	2124509	2124514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13067	NC_013316	AAT	2	6	2124534	2124539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13068	NC_013316	AC	3	6	2124628	2124633	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13069	NC_013316	TTA	2	6	2124634	2124639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13070	NC_013316	A	6	6	2124703	2124708	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13071	NC_013316	TAA	2	6	2124786	2124791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13072	NC_013316	AGA	2	6	2124801	2124806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13073	NC_013316	GAT	2	6	2124814	2124819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13074	NC_013316	TAA	2	6	2124833	2124838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13075	NC_013316	A	6	6	2124881	2124886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13076	NC_013316	GATA	2	8	2124924	2124931	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13077	NC_013316	AGA	2	6	2125024	2125029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13078	NC_013316	A	6	6	2125029	2125034	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13079	NC_013316	GAT	2	6	2125042	2125047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13080	NC_013316	A	7	7	2125110	2125116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13081	NC_013316	AT	3	6	2125153	2125158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13082	NC_013316	ATTT	2	8	2125168	2125175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13083	NC_013316	GCAG	2	8	2125211	2125218	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13084	NC_013316	GAA	2	6	2125255	2125260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13085	NC_013316	AGC	2	6	2125262	2125267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13086	NC_013316	TGA	2	6	2125314	2125319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13087	NC_013316	ATG	2	6	2125343	2125348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13088	NC_013316	GGA	3	9	2125414	2125422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13089	NC_013316	TGT	2	6	2125446	2125451	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13090	NC_013316	CTA	2	6	2125478	2125483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13091	NC_013316	ATA	2	6	2125484	2125489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13092	NC_013316	CTA	2	6	2125493	2125498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13093	NC_013316	CAG	2	6	2125583	2125588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13094	NC_013316	CTA	2	6	2125616	2125621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13095	NC_013316	AGT	2	6	2125659	2125664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13096	NC_013316	AAT	2	6	2125666	2125671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13097	NC_013316	GAT	2	6	2125705	2125710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13098	NC_013316	TAT	2	6	2125722	2125727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13099	NC_013316	GGA	2	6	2125750	2125755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13100	NC_013316	GA	3	6	2125808	2125813	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13101	NC_013316	TTA	2	6	2125820	2125825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13102	NC_013316	GTA	2	6	2125879	2125884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13103	NC_013316	CAG	2	6	2125895	2125900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13104	NC_013316	TAA	3	9	2125911	2125919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13105	NC_013316	TTA	2	6	2125948	2125953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13106	NC_013316	CAG	2	6	2125976	2125981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13107	NC_013316	ATG	2	6	2126072	2126077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13108	NC_013316	TAT	2	6	2126091	2126096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13109	NC_013316	TGGA	2	8	2126114	2126121	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13110	NC_013316	ATGGA	2	10	2126139	2126148	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13111	NC_013316	AGTT	2	8	2126208	2126215	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13112	NC_013316	TTC	2	6	2126220	2126225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13113	NC_013316	AT	3	6	2126229	2126234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13114	NC_013316	TTC	2	6	2126253	2126258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13115	NC_013316	CAA	2	6	2126283	2126288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13116	NC_013316	ATT	2	6	2126299	2126304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13117	NC_013316	TAT	2	6	2126334	2126339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13118	NC_013316	GAA	2	6	2126374	2126379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13119	NC_013316	TA	3	6	2126384	2126389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13120	NC_013316	GAT	2	6	2126443	2126448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13121	NC_013316	TGGA	2	8	2126483	2126490	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13122	NC_013316	ATGGA	2	10	2126508	2126517	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13123	NC_013316	TAA	2	6	2126552	2126557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13124	NC_013316	CAG	2	6	2126612	2126617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13125	NC_013316	AAGT	2	8	2126618	2126625	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13126	NC_013316	TCA	2	6	2126653	2126658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13127	NC_013316	CAG	2	6	2126684	2126689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13128	NC_013316	TAA	2	6	2126699	2126704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13252	NC_013316	T	6	6	2134935	2134940	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13255	NC_013316	TAT	2	6	2135833	2135838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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