MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742405

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011733	ATT	2	6	15	20	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011733	CT	3	6	25	30	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_011733	CCT	2	6	64	69	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_011733	TAT	2	6	72	77	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011733	TTGT	2	8	117	124	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011733	TTGAC	2	10	193	202	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011733	A	7	7	212	218	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011733	CAA	2	6	357	362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011733	CTC	2	6	498	503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_011733	ATT	2	6	545	550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011733	TAGAAA	2	12	636	647	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011733	AT	3	6	703	708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011733	TGA	2	6	2006	2011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011733	AGA	2	6	2020	2025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011733	CTT	2	6	2053	2058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_011733	TTA	2	6	3434	3439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011733	TAT	2	6	3480	3485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011733	TAT	2	6	3853	3858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011733	A	8	8	3868	3875	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011733	ATC	2	6	3883	3888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011733	TTAC	2	8	3889	3896	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_011733	AT	4	8	3919	3926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011733	TTC	2	6	3930	3935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011733	TGC	2	6	3990	3995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011733	GGC	2	6	4225	4230	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011733	GGGT	2	8	4304	4311	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011733	A	6	6	4347	4352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011733	GTCTG	2	10	4402	4411	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011733	TAA	2	6	4425	4430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011733	C	6	6	4441	4446	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
31	NC_011733	TCT	2	6	4447	4452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011733	TCC	2	6	4458	4463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_011733	TTC	2	6	4488	4493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011733	CTC	2	6	4496	4501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_011733	GA	3	6	4517	4522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011733	A	6	6	4522	4527	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011733	TCT	2	6	4536	4541	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011733	TAC	2	6	4557	4562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_011733	TAA	2	6	4578	4583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011733	ATT	2	6	4666	4671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011733	AAG	2	6	4729	4734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011733	GAC	2	6	4810	4815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_011733	CT	3	6	4837	4842	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_011733	AT	3	6	4944	4949	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011733	TC	3	6	4960	4965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_011733	ATT	2	6	4978	4983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011733	CAA	2	6	5038	5043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011733	TGA	2	6	5132	5137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011733	TGG	2	6	5140	5145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011733	AAG	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011733	TTTGGG	2	12	5178	5189	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011733	AAGT	2	8	5216	5223	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011733	TAGA	2	8	5236	5243	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011733	GATT	2	8	5246	5253	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011733	GTA	2	6	5268	5273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011733	ATA	2	6	5335	5340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011733	TAT	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011733	GTG	2	6	5392	5397	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011733	A	6	6	5464	5469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011733	AAT	2	6	5508	5513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011733	ATA	2	6	5536	5541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011733	GAT	2	6	5571	5576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011733	ATTTT	2	10	5620	5629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011733	AG	3	6	5640	5645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011733	CTG	2	6	5662	5667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011733	TAAT	2	8	5683	5690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011733	TAT	2	6	5694	5699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011733	GTTTTA	2	12	5712	5723	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011733	CGT	2	6	5735	5740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011733	AAT	2	6	5748	5753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011733	TAA	2	6	5780	5785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011733	ATG	2	6	5800	5805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011733	ATT	2	6	5808	5813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011733	GGC	2	6	6173	6178	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011733	TAT	2	6	6206	6211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011733	A	6	6	6220	6225	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011733	ACAGA	2	10	6306	6315	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011733	ACG	2	6	6380	6385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011733	A	6	6	6411	6416	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011733	CTT	2	6	6436	6441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011733	GAT	2	6	6453	6458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011733	CTA	2	6	6485	6490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_011733	AG	3	6	6521	6526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011733	TAA	2	6	6584	6589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011733	GGA	2	6	6653	6658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011733	TTG	2	6	6697	6702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011733	AGG	2	6	6703	6708	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011733	GAA	2	6	6731	6736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011733	TAG	2	6	6752	6757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011733	TAA	2	6	6782	6787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011733	CGA	2	6	6846	6851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011733	TAGGTT	2	12	6872	6883	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011733	ATC	2	6	6886	6891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_011733	GAG	2	6	6900	6905	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011733	A	6	6	7009	7014	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011733	AAT	2	6	7019	7024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011733	ATT	2	6	7080	7085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011733	GGC	2	6	7094	7099	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011733	CCG	2	6	7101	7106	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_011733	CCAAG	2	10	7113	7122	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_011733	ATT	2	6	7276	7281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011733	CT	3	6	7367	7372	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_011733	ATGG	2	8	7375	7382	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011733	TAAA	2	8	7407	7414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011733	ATC	2	6	9652	9657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011733	TTTC	2	8	9661	9668	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_011733	G	6	6	9682	9687	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011733	G	6	6	9794	9799	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011733	AAT	2	6	9880	9885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011733	CAA	2	6	11015	11020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011733	TTA	2	6	11050	11055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011733	TAAAT	2	10	11101	11110	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011733	AATTA	2	10	11146	11155	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011733	GAT	2	6	11223	11228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011733	TG	3	6	11279	11284	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011733	CAACT	2	10	11324	11333	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_011733	TGC	2	6	11342	11347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_011733	ATGT	2	8	11412	11419	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011733	TTG	2	6	11436	11441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011733	ATT	2	6	11497	11502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011733	TGA	2	6	11559	11564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011733	T	7	7	11667	11673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011733	AAGC	2	8	11696	11703	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_011733	TAATT	2	10	11715	11724	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011733	TCGT	2	8	11726	11733	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_011733	TGCTG	2	10	12822	12831	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_011733	AGC	2	6	12836	12841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_011733	T	8	8	12857	12864	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011733	ATA	2	6	12870	12875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011733	ACA	2	6	12880	12885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_011733	ATC	2	6	12900	12905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011733	TCG	2	6	12943	12948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011733	C	7	7	12951	12957	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
134	NC_011733	GGA	2	6	12963	12968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011733	TCC	2	6	12989	12994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_011733	GTA	2	6	13036	13041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011733	CGTC	2	8	13107	13114	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_011733	CAAAC	2	10	13152	13161	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_011733	TTAG	2	8	13647	13654	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011733	T	6	6	13696	13701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011733	TAG	2	6	14660	14665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011733	CAA	2	6	14698	14703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_011733	TAAG	2	8	14710	14717	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011733	TG	3	6	14721	14726	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011733	TTG	2	6	14791	14796	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011733	CT	3	6	14811	14816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_011733	TAA	2	6	14907	14912	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011733	AGT	2	6	14981	14986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011733	ATA	2	6	14995	15000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011733	AATA	2	8	15067	15074	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011733	ACCT	2	8	15103	15110	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_011733	AGC	2	6	15598	15603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_011733	TGC	2	6	15625	15630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_011733	TTC	2	6	15733	15738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_011733	TTA	2	6	15766	15771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011733	A	8	8	15783	15790	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011733	GTAAAA	2	12	15821	15832	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011733	ACT	2	6	15839	15844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_011733	TCC	2	6	15884	15889	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_011733	CAA	2	6	15907	15912	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_011733	A	6	6	16284	16289	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011733	TTC	2	6	16603	16608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_011733	CAA	2	6	16635	16640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_011733	ATT	2	6	17527	17532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011733	T	6	6	17537	17542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011733	TAC	2	6	17604	17609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.