MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 8801 plasmid pP880102

Total Repeats: 246

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011723	AGC	2	6	99	104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011723	AAAC	2	8	153	160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011723	AATTT	2	10	183	192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011723	ACCAA	2	10	218	227	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_011723	TGA	2	6	237	242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011723	AT	3	6	243	248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011723	T	6	6	253	258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011723	TTA	2	6	303	308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011723	TCTTG	2	10	372	381	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011723	GCAG	2	8	451	458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_011723	TAA	2	6	485	490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011723	T	8	8	1492	1499	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011723	TAT	3	9	1514	1522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011723	TTCA	2	8	1585	1592	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011723	AAC	2	6	1598	1603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_011723	AATT	2	8	1654	1661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011723	TGT	2	6	1669	1674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011723	ACG	2	6	1729	1734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_011723	AT	3	6	1764	1769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011723	ATC	2	6	1771	1776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011723	GA	3	6	1832	1837	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011723	TTCT	2	8	1863	1870	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_011723	T	6	6	1979	1984	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011723	TGA	2	6	1988	1993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011723	A	6	6	2052	2057	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011723	TTC	2	6	2092	2097	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011723	AC	3	6	2108	2113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_011723	T	6	6	2182	2187	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011723	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011723	ACA	2	6	2282	2287	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_011723	TAT	2	6	2319	2324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011723	TTTTC	2	10	2351	2360	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011723	TCTT	2	8	2377	2384	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_011723	TTC	2	6	2392	2397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011723	AAAG	2	8	2458	2465	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011723	ATA	2	6	2473	2478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011723	ATT	2	6	2587	2592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011723	T	6	6	2591	2596	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011723	GAAT	2	8	2614	2621	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011723	T	6	6	2640	2645	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011723	AGT	2	6	2680	2685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011723	GAA	2	6	2700	2705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011723	T	6	6	2738	2743	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011723	TAA	2	6	2752	2757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011723	TAT	2	6	2776	2781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011723	GTGAC	2	10	2789	2798	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011723	CAT	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011723	TAT	2	6	2823	2828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011723	CAAT	2	8	2837	2844	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011723	TC	3	6	2921	2926	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_011723	AGT	2	6	2929	2934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011723	CTT	2	6	2961	2966	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_011723	TTG	2	6	2971	2976	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011723	A	6	6	2993	2998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011723	TCT	2	6	3023	3028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011723	AGA	2	6	3029	3034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011723	TTGTC	2	10	3039	3048	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011723	GAAG	2	8	3074	3081	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011723	CAAT	2	8	3086	3093	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011723	T	6	6	3093	3098	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011723	TCT	2	6	3173	3178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011723	TAA	2	6	3201	3206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011723	A	6	6	3223	3228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011723	AT	3	6	3242	3247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011723	ACT	2	6	3319	3324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011723	AAT	2	6	3334	3339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011723	TTTA	2	8	3345	3352	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011723	TAAT	2	8	3365	3372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011723	AGA	2	6	3485	3490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011723	CAA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_011723	AAT	2	6	3736	3741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011723	CTATC	2	10	3752	3761	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011723	A	6	6	3797	3802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011723	AAC	2	6	4745	4750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011723	AGT	2	6	6122	6127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011723	A	6	6	6810	6815	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011723	GT	3	6	6900	6905	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011723	ATT	2	6	7063	7068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011723	GACTT	2	10	7124	7133	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011723	TTA	2	6	7150	7155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011723	TAT	2	6	7177	7182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011723	T	7	7	7223	7229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011723	ATT	3	9	7232	7240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011723	A	6	6	7251	7256	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011723	CGA	2	6	7312	7317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011723	GAT	3	9	8486	8494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011723	ATG	2	6	8503	8508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011723	TAGA	2	8	8582	8589	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011723	T	6	6	8624	8629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011723	TTG	2	6	8716	8721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011723	CTACG	2	10	8760	8769	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_011723	TAG	2	6	9320	9325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011723	ATT	2	6	9331	9336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011723	ATC	2	6	9369	9374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011723	ACA	2	6	9957	9962	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011723	GAT	2	6	10000	10005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011723	CAAA	2	8	10016	10023	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011723	AAAG	2	8	10062	10069	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011723	GAA	2	6	10162	10167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011723	G	6	6	10176	10181	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011723	TC	3	6	10229	10234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_011723	TC	3	6	11007	11012	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_011723	ACG	2	6	11791	11796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011723	AGG	2	6	12508	12513	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011723	TTG	2	6	12520	12525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011723	TGGG	2	8	12587	12594	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011723	GAC	2	6	13450	13455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011723	TAG	2	6	13474	13479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011723	TAG	3	9	13520	13528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011723	CAA	2	6	13587	13592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011723	TAACG	2	10	13609	13618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_011723	A	7	7	13621	13627	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011723	GA	3	6	13656	13661	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011723	AGT	2	6	13691	13696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011723	TTA	2	6	13775	13780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011723	TTGC	2	8	13811	13818	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_011723	TTA	2	6	13853	13858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011723	TTC	2	6	13882	13887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011723	ACG	2	6	13889	13894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_011723	GAT	2	6	13916	13921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011723	AAG	2	6	13972	13977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011723	ATCAG	2	10	13997	14006	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_011723	T	7	7	14609	14615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011723	CAAT	2	8	14651	14658	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011723	T	8	8	14677	14684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011723	GA	3	6	16517	16522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011723	GAT	2	6	16543	16548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011723	T	7	7	16930	16936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011723	T	6	6	16961	16966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011723	A	7	7	16967	16973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011723	A	7	7	16983	16989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011723	TA	3	6	17651	17656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011723	AAT	2	6	17713	17718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011723	A	7	7	18468	18474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011723	ATC	2	6	18522	18527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011723	CAT	2	6	18533	18538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_011723	CCGT	2	8	18541	18548	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_011723	ACGG	2	8	18552	18559	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_011723	CAA	2	6	19391	19396	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011723	ACT	2	6	19417	19422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_011723	TTG	2	6	20336	20341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011723	ATT	2	6	20348	20353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011723	TA	3	6	20364	20369	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011723	TTAT	2	8	20382	20389	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011723	TAAA	2	8	20391	20398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011723	TA	3	6	20408	20413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011723	GAC	2	6	20428	20433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_011723	ATT	2	6	20472	20477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011723	ACA	2	6	20491	20496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_011723	T	6	6	20780	20785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011723	TGA	2	6	20843	20848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011723	GCA	2	6	20853	20858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_011723	ACG	2	6	20886	20891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_011723	TAGA	2	8	20914	20921	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011723	TTG	2	6	20961	20966	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011723	TTGA	2	8	20996	21003	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011723	AGT	2	6	21075	21080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011723	TAA	2	6	21131	21136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_011723	AGT	2	6	22456	22461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_011723	AAC	2	6	22501	22506	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_011723	TAG	2	6	22527	22532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011723	GAA	2	6	22597	22602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_011723	CTTA	2	8	22631	22638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_011723	AAC	2	6	22648	22653	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_011723	AAC	2	6	22687	22692	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_011723	A	6	6	22753	22758	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011723	AGAC	2	8	22847	22854	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_011723	A	6	6	22894	22899	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_011723	GTT	2	6	22905	22910	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_011723	AAATC	2	10	22955	22964	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_011723	ATT	2	6	23059	23064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_011723	GACTT	2	10	27917	27926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
175	NC_011723	TTA	2	6	27943	27948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_011723	TAT	2	6	27970	27975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011723	T	7	7	28016	28022	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_011723	ATT	3	9	28025	28033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_011723	A	6	6	28044	28049	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_011723	CGA	2	6	28105	28110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_011723	GAT	3	9	29279	29287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_011723	ATG	2	6	29296	29301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_011723	TAGA	2	8	29375	29382	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
184	NC_011723	T	6	6	29417	29422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_011723	TAC	2	6	29504	29509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_011723	CAG	2	6	29554	29559	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_011723	TAC	2	6	29568	29573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_011723	GCT	2	6	29603	29608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_011723	G	6	6	29613	29618	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
190	NC_011723	C	6	6	29623	29628	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
191	NC_011723	C	6	6	29632	29637	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
192	NC_011723	TTG	2	6	29666	29671	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NC_011723	TAA	2	6	29677	29682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_011723	ACA	2	6	29719	29724	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
195	NC_011723	TAA	2	6	30503	30508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_011723	TTG	2	6	30848	30853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
198	NC_011723	TAA	2	6	32349	32354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_011723	AAT	2	6	32478	32483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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203	NC_011723	TTA	2	6	33928	33933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
204	NC_011723	TTA	2	6	33973	33978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
205	NC_011723	TAA	2	6	34449	34454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.