MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. ATCC 51142 plasmid C

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010542	AAT	2	6	799	804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010542	AGAAA	2	10	809	818	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010542	CAC	2	6	843	848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_010542	CA	3	6	881	886	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010542	TATAG	2	10	891	900	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010542	TTAC	2	8	948	955	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_010542	ATT	2	6	1061	1066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010542	GGA	2	6	3606	3611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010542	GAAG	3	12	3638	3649	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010542	GAC	2	6	3652	3657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010542	A	6	6	3666	3671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010542	AAG	2	6	3686	3691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010542	A	6	6	3779	3784	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010542	ACAAA	2	10	3805	3814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010542	GTA	2	6	3820	3825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010542	C	6	6	3838	3843	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
17	NC_010542	T	7	7	3860	3866	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010542	TG	3	6	4132	4137	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010542	TTA	2	6	4235	4240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010542	A	6	6	4240	4245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010542	TCC	2	6	4247	4252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_010542	AGG	2	6	4262	4267	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010542	T	6	6	4692	4697	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010542	TAA	2	6	4700	4705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010542	T	11	11	4717	4727	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010542	A	7	7	4745	4751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010542	A	6	6	4773	4778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010542	T	7	7	4783	4789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010542	GAG	2	6	4790	4795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010542	TCAA	2	8	4800	4807	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_010542	TGAT	2	8	4815	4822	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010542	AGG	2	6	4872	4877	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010542	CTTTC	2	10	6766	6775	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010542	TATAG	2	10	6800	6809	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010542	TGA	2	6	6834	6839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010542	ATA	2	6	6865	6870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010542	TA	3	6	6878	6883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010542	TTAAG	2	10	7706	7715	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010542	ATC	2	6	8645	8650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010542	GATTAA	2	12	8653	8664	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010542	TAA	2	6	9401	9406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010542	TAGT	2	8	9419	9426	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010542	GGCGA	2	10	9910	9919	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010542	AT	3	6	9933	9938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010542	ACAA	2	8	9954	9961	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010542	TA	3	6	10588	10593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010542	TAC	2	6	10648	10653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010542	ATTA	2	8	10654	10661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010542	TTAA	2	8	10676	10683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010542	TTAA	2	8	10725	10732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010542	TAAT	2	8	10738	10745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010542	TAAA	2	8	10779	10786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010542	ACT	2	6	10811	10816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010542	GTAA	2	8	10829	10836	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010542	AAGTA	2	10	10840	10849	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010542	AAGTA	2	10	10854	10863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010542	AGT	2	6	10870	10875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010542	TTG	2	6	10892	10897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010542	TA	3	6	10913	10918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010542	ACT	2	6	10946	10951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010542	A	6	6	10982	10987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010542	AGC	2	6	10991	10996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010542	AGG	2	6	11040	11045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010542	G	6	6	11062	11067	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010542	G	6	6	11071	11076	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010542	C	6	6	11083	11088	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
67	NC_010542	ATC	2	6	11091	11096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010542	AAG	2	6	11118	11123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010542	GAA	2	6	11252	11257	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010542	TGA	2	6	11308	11313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010542	GCA	2	6	11319	11324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010542	TAA	2	6	11390	11395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010542	GAA	2	6	11412	11417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010542	A	6	6	11416	11421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010542	GA	3	6	11449	11454	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010542	GGA	3	9	11484	11492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010542	TGA	2	6	11602	11607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010542	TGA	2	6	11659	11664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010542	TAA	2	6	12349	12354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010542	GTT	2	6	12383	12388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010542	TA	3	6	12468	12473	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010542	AGG	2	6	12509	12514	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010542	TAT	2	6	13239	13244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010542	CAA	2	6	13304	13309	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010542	A	6	6	13308	13313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010542	AGA	2	6	13343	13348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010542	GTC	2	6	13607	13612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010542	CTT	2	6	13705	13710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010542	CTT	2	6	13722	13727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010542	CT	3	6	13761	13766	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010542	CT	3	6	13817	13822	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_010542	ATT	2	6	13850	13855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010542	AG	3	6	13861	13866	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010542	CTTG	2	8	14066	14073	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010542	T	6	6	14117	14122	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010542	TC	3	6	14129	14134	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_010542	TTA	2	6	14146	14151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010542	TTG	2	6	14189	14194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010542	TCA	2	6	14208	14213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010542	TAA	2	6	14277	14282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010542	TAA	2	6	14403	14408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.