MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 plasmid pQpDG

Total Repeats: 392

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009726	TTG	2	6	9	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009726	TA	4	8	30	37	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009726	AT	3	6	61	66	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009726	CAGG	2	8	1219	1226	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_009726	TTC	2	6	1253	1258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009726	GCC	2	6	1272	1277	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_009726	ATTG	2	8	1294	1301	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009726	TGC	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009726	GCC	2	6	1369	1374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_009726	T	6	6	1400	1405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009726	T	7	7	1469	1475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009726	TAT	2	6	1563	1568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009726	GAG	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009726	ATT	2	6	1599	1604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009726	A	6	6	1638	1643	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009726	A	6	6	1698	1703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009726	T	6	6	1716	1721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009726	TAA	2	6	2833	2838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009726	A	6	6	2837	2842	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009726	TTTA	2	8	2843	2850	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009726	CTT	2	6	4616	4621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009726	CGAG	2	8	4683	4690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_009726	TAG	2	6	4704	4709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009726	AAT	2	6	4733	4738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009726	ACC	2	6	4770	4775	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_009726	ATTA	2	8	4786	4793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009726	TAATT	2	10	4842	4851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009726	CCAA	2	8	4852	4859	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_009726	GAA	2	6	4863	4868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009726	TGA	2	6	5283	5288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009726	AAT	2	6	5322	5327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009726	T	6	6	5332	5337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009726	TAAC	2	8	5434	5441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_009726	CAA	2	6	5442	5447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009726	TGA	2	6	5477	5482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009726	GCA	2	6	5488	5493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009726	TTA	2	6	7745	7750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009726	TAA	2	6	7761	7766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009726	TAA	2	6	7772	7777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009726	GTA	2	6	7782	7787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009726	GTT	2	6	7813	7818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009726	TAAA	2	8	8399	8406	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009726	AGC	2	6	8418	8423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009726	T	6	6	10111	10116	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009726	TCA	2	6	10131	10136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009726	CAT	2	6	10156	10161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009726	CCA	2	6	10282	10287	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_009726	GCT	2	6	10359	10364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009726	TGAT	2	8	10394	10401	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009726	CA	3	6	10426	10431	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_009726	TG	3	6	10437	10442	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009726	GTT	2	6	10444	10449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009726	TTC	2	6	10466	10471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009726	CCA	2	6	10543	10548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_009726	TTC	2	6	10562	10567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009726	GGCGTA	2	12	10575	10586	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009726	TAA	2	6	10667	10672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009726	GCC	2	6	10719	10724	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_009726	CTGCG	2	10	10730	10739	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_009726	TCCT	2	8	10766	10773	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_009726	TCC	2	6	10776	10781	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_009726	GGCT	2	8	10819	10826	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_009726	TTGA	2	8	10885	10892	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009726	T	8	8	10907	10914	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009726	TTG	2	6	10917	10922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009726	T	9	9	10963	10971	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009726	AGG	2	6	11037	11042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009726	AAG	2	6	11046	11051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009726	T	6	6	11061	11066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009726	CTT	2	6	11184	11189	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009726	T	7	7	11208	11214	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009726	TCTT	2	8	11243	11250	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009726	AAC	2	6	11290	11295	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009726	TAAA	2	8	11347	11354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009726	CGA	2	6	11357	11362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009726	ATG	2	6	11373	11378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009726	CATTG	2	10	11415	11424	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009726	GCTT	2	8	11432	11439	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009726	ATA	2	6	11473	11478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009726	CTT	3	9	11490	11498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009726	TCG	2	6	11504	11509	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009726	GGA	2	6	11527	11532	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009726	GC	3	6	11566	11571	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_009726	TTC	2	6	11632	11637	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009726	TC	4	8	11640	11647	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009726	A	6	6	11719	11724	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009726	TC	3	6	11743	11748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009726	GCAC	2	8	11808	11815	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_009726	TTA	2	6	11826	11831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009726	A	6	6	11841	11846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009726	A	6	6	11875	11880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009726	TC	3	6	11919	11924	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009726	ATTCC	2	10	12035	12044	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009726	TAT	2	6	12109	12114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009726	TG	3	6	12164	12169	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009726	TTAT	2	8	12184	12191	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009726	GAT	2	6	14562	14567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009726	ATA	2	6	14637	14642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009726	A	7	7	14681	14687	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009726	ACA	2	6	14743	14748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009726	AGA	2	6	14880	14885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009726	TTAC	2	8	14901	14908	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_009726	CGT	2	6	16230	16235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009726	GCAA	2	8	16320	16327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_009726	ATA	2	6	16377	16382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009726	TTC	2	6	16405	16410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009726	T	6	6	16425	16430	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009726	TTG	2	6	16448	16453	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009726	CTG	2	6	17712	17717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009726	CTG	2	6	17790	17795	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009726	ACCA	2	8	17801	17808	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_009726	TTTC	2	8	17940	17947	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_009726	TG	3	6	18051	18056	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009726	CTT	2	6	18062	18067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009726	T	6	6	18085	18090	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009726	AGT	2	6	18126	18131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009726	AAC	2	6	18163	18168	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009726	CCA	2	6	18193	18198	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_009726	CCA	2	6	18227	18232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_009726	TTGG	2	8	18296	18303	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009726	TTA	2	6	18311	18316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009726	AGT	2	6	18328	18333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009726	TAA	2	6	18342	18347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009726	AAC	2	6	18410	18415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009726	T	8	8	18429	18436	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009726	ATT	2	6	18478	18483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009726	TG	3	6	18524	18529	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009726	A	7	7	18557	18563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009726	TGC	2	6	18564	18569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009726	AAT	2	6	18597	18602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009726	ATA	2	6	18639	18644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009726	TAA	2	6	18667	18672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009726	CCTG	2	8	18692	18699	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_009726	CTA	2	6	18721	18726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009726	ACA	2	6	19016	19021	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009726	T	6	6	20383	20388	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009726	AT	3	6	20424	20429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009726	GT	3	6	21156	21161	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009726	ACA	2	6	21168	21173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009726	ATA	2	6	21224	21229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009726	ATG	2	6	21230	21235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009726	T	6	6	21304	21309	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009726	A	7	7	22446	22452	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009726	TGT	2	6	22460	22465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009726	T	7	7	22469	22475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009726	GCT	2	6	22489	22494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_009726	A	7	7	22530	22536	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009726	CCT	2	6	23684	23689	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_009726	TAT	2	6	23722	23727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009726	AGA	2	6	23731	23736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009726	A	6	6	23740	23745	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009726	AGTTA	2	10	23761	23770	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009726	T	7	7	23849	23855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009726	AAT	2	6	23868	23873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009726	ATTT	2	8	24048	24055	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_009726	TAT	3	9	24103	24111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_009726	ATA	2	6	25447	25452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_009726	A	8	8	25472	25479	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_009726	ACA	2	6	25485	25490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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185	NC_009726	AAT	2	6	26325	26330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_009726	A	6	6	26341	26346	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_009726	TTATA	2	10	26357	26366	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_009726	ATT	2	6	27103	27108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_009726	TTA	2	6	27293	27298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_009726	GCTC	2	8	30630	30637	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
262	NC_009726	AGA	3	9	30710	30718	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
263	NC_009726	TA	3	6	30833	30838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_009726	AG	3	6	30907	30912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_009726	AGG	2	6	34097	34102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
288	NC_009726	T	6	6	34873	34878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_009726	TTA	2	6	34909	34914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.