MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM1

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009478	GC	3	6	34	39	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009478	CGG	2	6	122	127	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_009478	CCG	2	6	128	133	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009478	GCC	2	6	134	139	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_009478	CGG	2	6	228	233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009478	GGT	2	6	237	242	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009478	GAC	2	6	294	299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009478	GGTGTC	2	12	309	320	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009478	TCG	2	6	323	328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009478	CG	3	6	330	335	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_009478	GCC	2	6	343	348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_009478	GCA	2	6	465	470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009478	GGC	2	6	556	561	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009478	GTG	2	6	625	630	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009478	CG	3	6	735	740	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009478	CGC	2	6	778	783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_009478	CGG	2	6	853	858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009478	CGA	2	6	863	868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009478	CAGC	2	8	885	892	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009478	CCGT	2	8	905	912	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_009478	CCG	2	6	957	962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_009478	C	6	6	970	975	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
23	NC_009478	GACCA	2	10	1005	1014	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_009478	GCCG	2	8	1019	1026	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_009478	GCAGC	2	10	1115	1124	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009478	CCGA	2	8	1182	1189	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_009478	TAGAA	2	10	1241	1250	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009478	GTTA	2	8	1892	1899	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009478	GAC	2	6	1912	1917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009478	GTAG	2	8	1953	1960	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009478	AC	4	8	2003	2010	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_009478	GGAAG	2	10	2047	2056	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009478	TCC	2	6	5330	5335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_009478	TCG	2	6	5382	5387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009478	ATG	2	6	5396	5401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009478	GCG	2	6	5468	5473	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009478	GGT	2	6	5482	5487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009478	ATG	2	6	5501	5506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009478	TCC	2	6	6772	6777	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_009478	GTG	2	6	6955	6960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009478	GCA	2	6	6985	6990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009478	GC	3	6	8263	8268	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_009478	CAC	2	6	8273	8278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_009478	C	7	7	8695	8701	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
45	NC_009478	TAGG	2	8	17423	17430	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009478	TGCG	2	8	17470	17477	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_009478	TCG	2	6	17500	17505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009478	CGG	2	6	17587	17592	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009478	GAG	2	6	17642	17647	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009478	CGG	2	6	19938	19943	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009478	AG	3	6	19952	19957	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009478	TGC	2	6	19975	19980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009478	TC	3	6	19985	19990	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009478	CAG	2	6	20024	20029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009478	GCC	2	6	20204	20209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_009478	TGC	2	6	20217	20222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009478	TGG	2	6	20223	20228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009478	CTA	2	6	20243	20248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009478	CGA	2	6	20727	20732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009478	CTC	2	6	22059	22064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009478	GGA	2	6	22100	22105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009478	GTTC	2	8	22134	22141	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_009478	ACG	2	6	22152	22157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009478	TCGG	2	8	22271	22278	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_009478	GCG	2	6	22319	22324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009478	CGTT	2	8	22426	22433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009478	GCGT	2	8	22463	22470	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_009478	TGG	2	6	22560	22565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009478	CTG	2	6	22638	22643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009478	ACC	2	6	23914	23919	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_009478	GGA	2	6	23949	23954	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009478	GCG	2	6	23955	23960	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009478	TGA	2	6	24110	24115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009478	GCCG	2	8	24141	24148	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_009478	CT	3	6	24188	24193	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009478	CGG	2	6	24247	24252	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009478	GCC	2	6	24253	24258	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_009478	GCCG	2	8	24299	24306	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009478	CG	4	8	24314	24321	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009478	CGG	2	6	24351	24356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009478	CGC	2	6	24403	24408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_009478	CGG	2	6	24422	24427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_009478	GCC	2	6	24730	24735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_009478	CAC	2	6	24737	24742	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_009478	CCG	2	6	24775	24780	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_009478	C	6	6	25082	25087	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
87	NC_009478	AGA	2	6	25164	25169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009478	CAT	2	6	25231	25236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009478	CGAG	2	8	25311	25318	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_009478	GC	3	6	25347	25352	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009478	GGA	2	6	25360	25365	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009478	GAC	2	6	26937	26942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_009478	GCTT	2	8	26951	26958	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009478	CT	3	6	26962	26967	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009478	C	6	6	26976	26981	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
96	NC_009478	CGC	2	6	26987	26992	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_009478	TCTG	2	8	27022	27029	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009478	AG	3	6	27062	27067	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009478	GCAA	2	8	27069	27076	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_009478	AG	4	8	27079	27086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009478	CAA	2	6	27102	27107	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009478	AAAG	2	8	27110	27117	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009478	GGT	2	6	27131	27136	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009478	GTG	2	6	27182	27187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009478	GCTC	3	12	27272	27283	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_009478	TCG	2	6	27285	27290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009478	CAGC	2	8	27350	27357	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.