MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101B

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008264	A	6	6	4	9	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008264	T	6	6	16	21	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008264	AAT	2	6	51	56	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008264	CAA	2	6	65	70	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008264	TTA	2	6	85	90	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008264	AGA	2	6	111	116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008264	CTT	2	6	170	175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008264	AAT	2	6	232	237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008264	TTAT	2	8	244	251	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008264	CTT	2	6	302	307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008264	T	8	8	419	426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008264	AT	3	6	451	456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008264	TAA	2	6	482	487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008264	AT	3	6	527	532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008264	ATA	2	6	542	547	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008264	CT	3	6	3200	3205	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008264	T	6	6	3214	3219	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008264	ATA	2	6	3280	3285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008264	T	7	7	3328	3334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008264	T	7	7	3336	3342	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008264	TAAA	2	8	3363	3370	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008264	AGTTT	2	10	3374	3383	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008264	A	6	6	3406	3411	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008264	T	6	6	3419	3424	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008264	TTTA	2	8	3660	3667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008264	TAA	2	6	3693	3698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008264	ATTAA	2	10	3705	3714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008264	ATTT	2	8	4295	4302	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008264	T	6	6	4300	4305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008264	T	11	11	4319	4329	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008264	TA	3	6	4440	4445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008264	T	7	7	4452	4458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008264	T	6	6	4480	4485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008264	CTTT	2	8	4498	4505	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008264	AAATC	2	10	4522	4531	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008264	AT	3	6	4545	4550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008264	AAGA	2	8	4567	4574	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008264	TAA	2	6	5622	5627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008264	ATA	2	6	5630	5635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008264	A	6	6	5646	5651	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008264	T	7	7	5671	5677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008264	AT	3	6	6080	6085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008264	T	6	6	6672	6677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008264	ATTT	2	8	6682	6689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008264	TAT	2	6	6694	6699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008264	T	6	6	6738	6743	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008264	T	6	6	6771	6776	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008264	A	7	7	6783	6789	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008264	A	6	6	6798	6803	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008264	TAA	3	9	6820	6828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008264	T	6	6	6830	6835	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008264	AT	3	6	6845	6850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008264	AAAG	2	8	6861	6868	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008264	ATTA	2	8	7334	7341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008264	AGA	2	6	7350	7355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008264	T	6	6	7367	7372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008264	ATAA	2	8	7398	7405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008264	TCT	2	6	7418	7423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008264	AATG	2	8	7439	7446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008264	TAAAA	2	10	7457	7466	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008264	TAAGA	2	10	7529	7538	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008264	AGA	2	6	7557	7562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008264	ATA	2	6	8585	8590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008264	A	6	6	8597	8602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008264	TAA	2	6	8603	8608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008264	T	6	6	8613	8618	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008264	TCC	2	6	8635	8640	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008264	TAAA	2	8	8652	8659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008264	A	6	6	8734	8739	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008264	ATA	2	6	8751	8756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008264	GCA	2	6	8767	8772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008264	AATT	2	8	8773	8780	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008264	T	6	6	8779	8784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008264	A	6	6	8800	8805	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008264	T	6	6	8822	8827	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008264	A	6	6	8852	8857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008264	TA	4	8	8865	8872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008264	A	7	7	8872	8878	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008264	A	8	8	8884	8891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008264	AAT	2	6	8920	8925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008264	ACT	2	6	8975	8980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008264	TTA	2	6	9034	9039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008264	ATTT	2	8	9067	9074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008264	T	7	7	9072	9078	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008264	A	7	7	9139	9145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008264	A	6	6	9172	9177	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008264	TAA	2	6	9215	9220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008264	TTAAT	2	10	9225	9234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008264	TTAT	2	8	9271	9278	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008264	T	6	6	9287	9292	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008264	AAT	2	6	9302	9307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008264	ATA	2	6	9312	9317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008264	A	6	6	9326	9331	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008264	TAAT	2	8	9907	9914	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008264	AAT	2	6	9922	9927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008264	T	6	6	9937	9942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008264	TAA	2	6	9959	9964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008264	TCTAG	2	10	10032	10041	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008264	ATA	2	6	10147	10152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008264	T	6	6	10180	10185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008264	A	6	6	10202	10207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008264	TAA	2	6	10222	10227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008264	AACT	2	8	10240	10247	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008264	A	6	6	10253	10258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008264	A	7	7	10278	10284	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008264	A	6	6	10318	10323	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008264	ATTTT	2	10	10371	10380	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008264	ATA	2	6	10381	10386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008264	AT	3	6	11666	11671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008264	A	7	7	11676	11682	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008264	CTT	2	6	11740	11745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008264	TAA	2	6	11761	11766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008264	AT	3	6	11768	11773	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008264	TA	3	6	11806	11811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008264	TAT	2	6	11851	11856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008264	ATCT	2	8	11864	11871	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008264	T	6	6	11880	11885	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008264	TTA	2	6	11967	11972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008264	TTC	2	6	11978	11983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008264	CAAAAT	2	12	12031	12042	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008264	TATT	2	8	12091	12098	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008264	ATAA	2	8	12122	12129	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008264	T	6	6	12160	12165	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008264	CTA	2	6	12183	12188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.