MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13

Total Repeats: 2594

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_007429	TAA	2	6	1001458	1001463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2502	NC_007429	ATA	2	6	1001466	1001471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_007429	CTTT	2	8	1001506	1001513	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2504	NC_007429	GA	3	6	1001531	1001536	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_007429	TCT	2	6	1001551	1001556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2506	NC_007429	TTC	2	6	1001587	1001592	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2507	NC_007429	GGAA	2	8	1001608	1001615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_007429	GGA	2	6	1001621	1001626	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_007429	ATT	2	6	1001636	1001641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_007429	A	6	6	1001910	1001915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_007429	TGG	2	6	1005284	1005289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_007429	AAG	2	6	1005301	1005306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_007429	CA	3	6	1005349	1005354	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2514	NC_007429	TAA	2	6	1005388	1005393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_007429	T	8	8	1005413	1005420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_007429	A	6	6	1007237	1007242	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_007429	GAAG	2	8	1007252	1007259	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_007429	AG	3	6	1007272	1007277	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_007429	CGCC	2	8	1008691	1008698	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2520	NC_007429	CGGGG	2	10	1008714	1008723	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2521	NC_007429	CTG	2	6	1010462	1010467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2522	NC_007429	AG	3	6	1010521	1010526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_007429	CT	3	6	1010535	1010540	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2524	NC_007429	AGT	2	6	1010601	1010606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_007429	TCA	2	6	1010618	1010623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2526	NC_007429	TA	3	6	1010979	1010984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_007429	ATT	2	6	1011009	1011014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_007429	TAA	2	6	1012394	1012399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_007429	TTG	2	6	1014328	1014333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_007429	TAA	2	6	1014345	1014350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_007429	AGG	2	6	1020383	1020388	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_007429	GCA	2	6	1020437	1020442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2533	NC_007429	AT	3	6	1020463	1020468	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_007429	AGG	2	6	1020473	1020478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_007429	CAT	2	6	1020489	1020494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2536	NC_007429	GTA	2	6	1020515	1020520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_007429	GAA	2	6	1020528	1020533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_007429	T	8	8	1020573	1020580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_007429	AGA	2	6	1020632	1020637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_007429	AGA	2	6	1020647	1020652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_007429	GGT	2	6	1020721	1020726	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_007429	TCT	2	6	1020816	1020821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2543	NC_007429	GT	3	6	1020836	1020841	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_007429	T	6	6	1020867	1020872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_007429	TTA	2	6	1022116	1022121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_007429	T	6	6	1022152	1022157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_007429	TAGAA	2	10	1022175	1022184	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_007429	TCC	2	6	1022196	1022201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2549	NC_007429	AGG	2	6	1022235	1022240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2550	NC_007429	ATA	2	6	1022252	1022257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_007429	GAAA	2	8	1022299	1022306	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_007429	GAT	2	6	1022307	1022312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2553	NC_007429	TTA	2	6	1026624	1026629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_007429	AAT	2	6	1026638	1026643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_007429	AAAC	2	8	1026684	1026691	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2556	NC_007429	TTA	2	6	1026707	1026712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_007429	A	6	6	1026718	1026723	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_007429	CTG	2	6	1026732	1026737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2559	NC_007429	TC	3	6	1026784	1026789	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2560	NC_007429	TTAA	2	8	1028089	1028096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_007429	AAAG	2	8	1028103	1028110	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_007429	AT	3	6	1028112	1028117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_007429	T	6	6	1028134	1028139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_007429	ATT	2	6	1034295	1034300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_007429	AG	3	6	1034312	1034317	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_007429	T	6	6	1034369	1034374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_007429	TG	3	6	1034410	1034415	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_007429	TTTTC	2	10	1040552	1040561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2569	NC_007429	GTT	2	6	1040612	1040617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_007429	GAT	2	6	1040628	1040633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_007429	A	6	6	1040655	1040660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_007429	CT	3	6	1040668	1040673	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2573	NC_007429	AG	3	6	1040682	1040687	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_007429	CAAA	2	8	1040707	1040714	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2575	NC_007429	T	8	8	1040724	1040731	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2576	NC_007429	A	6	6	1040735	1040740	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_007429	AAG	2	6	1040819	1040824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_007429	ATTTTT	2	12	1040861	1040872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2579	NC_007429	AAT	2	6	1040873	1040878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2580	NC_007429	A	6	6	1040879	1040884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2581	NC_007429	TTA	2	6	1040917	1040922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_007429	T	6	6	1040934	1040939	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_007429	A	8	8	1041473	1041480	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2584	NC_007429	AG	4	8	1041492	1041499	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2585	NC_007429	AGA	2	6	1044209	1044214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2586	NC_007429	A	8	8	1044224	1044231	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2587	NC_007429	TAA	2	6	1044233	1044238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2588	NC_007429	A	6	6	1044353	1044358	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2589	NC_007429	AAT	2	6	1044362	1044367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2590	NC_007429	TATT	2	8	1044384	1044391	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2591	NC_007429	T	7	7	1044397	1044403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2592	NC_007429	TAAAAT	2	12	1044416	1044427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_007429	TTTTA	2	10	1044432	1044441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2594	NC_007429	GGTT	2	8	1044448	1044455	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.