MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydophila caviae GPIC plasmid pCpGP1

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004720	CAAAA	2	10	120	129	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_004720	TCG	2	6	154	159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004720	ATC	2	6	212	217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_004720	CCA	2	6	274	279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_004720	AAG	2	6	299	304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004720	CTAG	2	8	310	317	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004720	TG	3	6	330	335	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004720	CAA	2	6	392	397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_004720	GAAA	2	8	445	452	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004720	CAA	2	6	455	460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_004720	TTA	2	6	550	555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004720	TAA	2	6	569	574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004720	AAAC	2	8	633	640	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_004720	CAG	2	6	1423	1428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_004720	T	6	6	1451	1456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004720	GA	3	6	1481	1486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004720	GGT	2	6	1500	1505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004720	GGT	2	6	1522	1527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004720	GGT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004720	GGT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004720	A	8	8	1584	1591	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004720	AG	3	6	2579	2584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004720	G	7	7	2584	2590	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004720	TTAG	2	8	2602	2609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004720	ATT	2	6	3666	3671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004720	TTG	2	6	6147	6152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004720	AATTA	2	10	6165	6174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004720	TTA	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004720	AT	3	6	7023	7028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004720	TTG	2	6	7031	7036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004720	T	7	7	7041	7047	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004720	A	6	6	7061	7066	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004720	GA	3	6	7085	7090	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004720	AAC	2	6	7476	7481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_004720	GTA	2	6	7499	7504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004720	TAAG	2	8	7517	7524	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004720	CAAAA	2	10	7653	7662	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_004720	TCG	2	6	7687	7692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_004720	ATC	2	6	7745	7750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_004720	CCA	2	6	7807	7812	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_004720	AAG	2	6	7832	7837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004720	CTAG	2	8	7843	7850	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_004720	TG	3	6	7863	7868	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004720	CAA	2	6	7925	7930	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.