MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 20530

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_022120	ATG	2	6	129754	129759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427225
2502	NC_022120	AGA	2	6	129943	129948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427225
2503	NC_022120	T	6	6	129957	129962	0 %	100 %	0 %	0 %	532427225
2504	NC_022120	TG	3	6	129979	129984	0 %	50 %	50 %	0 %	532427225
2505	NC_022120	T	6	6	130003	130008	0 %	100 %	0 %	0 %	532427225
2506	NC_022120	GAGG	2	8	130068	130075	25 %	0 %	75 %	0 %	532427225
2507	NC_022120	ATG	2	6	130116	130121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427225
2508	NC_022120	AAG	2	6	130127	130132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427225
2509	NC_022120	CTT	2	6	130158	130163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427225
2510	NC_022120	TCA	2	6	130178	130183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427225
2511	NC_022120	TAAG	2	8	130184	130191	50 %	25 %	25 %	0 %	532427225
2512	NC_022120	AGC	2	6	130247	130252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427225
2513	NC_022120	GAAGA	2	10	130257	130266	60 %	0 %	40 %	0 %	532427225
2514	NC_022120	GTT	2	6	130269	130274	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427225
2515	NC_022120	T	7	7	130333	130339	0 %	100 %	0 %	0 %	532427225
2516	NC_022120	CAG	2	6	130388	130393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427225
2517	NC_022120	AGT	2	6	130438	130443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427225
2518	NC_022120	TC	3	6	130459	130464	0 %	50 %	0 %	50 %	532427225
2519	NC_022120	ATC	2	6	130499	130504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427972
2520	NC_022120	AG	3	6	130536	130541	50 %	0 %	50 %	0 %	532427972
2521	NC_022120	AG	3	6	130561	130566	50 %	0 %	50 %	0 %	532427972
2522	NC_022120	TTTG	2	8	130888	130895	0 %	75 %	25 %	0 %	532427226
2523	NC_022120	CTG	2	6	130936	130941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427226
2524	NC_022120	GAC	2	6	130944	130949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427226
2525	NC_022120	CAG	2	6	131013	131018	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427226
2526	NC_022120	TTG	2	6	131019	131024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427226
2527	NC_022120	AAG	2	6	131038	131043	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2528	NC_022120	CTT	2	6	131122	131127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427226
2529	NC_022120	AATT	2	8	131167	131174	50 %	50 %	0 %	0 %	532427226
2530	NC_022120	GAA	2	6	131217	131222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2531	NC_022120	TTCT	2	8	131332	131339	0 %	75 %	0 %	25 %	532427226
2532	NC_022120	AAT	2	6	131352	131357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427226
2533	NC_022120	AG	3	6	131441	131446	50 %	0 %	50 %	0 %	532427226
2534	NC_022120	TGTA	2	8	131464	131471	25 %	50 %	25 %	0 %	532427226
2535	NC_022120	GAG	2	6	131509	131514	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427226
2536	NC_022120	TGA	2	6	131585	131590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2537	NC_022120	TAG	2	6	131602	131607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2538	NC_022120	TGAA	2	8	131701	131708	50 %	25 %	25 %	0 %	532427226
2539	NC_022120	AT	3	6	131717	131722	50 %	50 %	0 %	0 %	532427226
2540	NC_022120	CTT	2	6	131776	131781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427226
2541	NC_022120	ATTC	2	8	131795	131802	25 %	50 %	0 %	25 %	532427226
2542	NC_022120	TTCT	2	8	131878	131885	0 %	75 %	0 %	25 %	532427226
2543	NC_022120	TTC	2	6	131908	131913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427226
2544	NC_022120	TGA	2	6	131936	131941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2545	NC_022120	TGA	2	6	131990	131995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2546	NC_022120	AAG	2	6	132031	132036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2547	NC_022120	AGCA	2	8	132049	132056	50 %	0 %	25 %	25 %	532427226
2548	NC_022120	GAA	2	6	132144	132149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2549	NC_022120	AAAAG	2	10	132170	132179	80 %	0 %	20 %	0 %	532427226
2550	NC_022120	CTT	2	6	132274	132279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427226
2551	NC_022120	GGA	2	6	132281	132286	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427226
2552	NC_022120	TGA	2	6	132350	132355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2553	NC_022120	GTT	2	6	132372	132377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427226
2554	NC_022120	A	6	6	132403	132408	100 %	0 %	0 %	0 %	532427226
2555	NC_022120	GGAG	2	8	132413	132420	25 %	0 %	75 %	0 %	532427226
2556	NC_022120	GGA	2	6	132443	132448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427226
2557	NC_022120	AGA	2	6	132455	132460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2558	NC_022120	CAGT	2	8	132493	132500	25 %	25 %	25 %	25 %	532427226
2559	NC_022120	GATTC	2	10	132501	132510	20 %	40 %	20 %	20 %	532427226
2560	NC_022120	GCT	2	6	132513	132518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427226
2561	NC_022120	TAA	2	6	132626	132631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427226
2562	NC_022120	GAA	2	6	132633	132638	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2563	NC_022120	GAT	2	6	132641	132646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2564	NC_022120	AT	3	6	132665	132670	50 %	50 %	0 %	0 %	532427226
2565	NC_022120	TCC	2	6	132704	132709	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427226
2566	NC_022120	GAA	2	6	132726	132731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2567	NC_022120	GGAG	2	8	132732	132739	25 %	0 %	75 %	0 %	532427226
2568	NC_022120	TC	3	6	132740	132745	0 %	50 %	0 %	50 %	532427226
2569	NC_022120	AAG	2	6	132755	132760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2570	NC_022120	TGT	2	6	132773	132778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427226
2571	NC_022120	TGA	2	6	132785	132790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2572	NC_022120	AAG	2	6	132808	132813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
2573	NC_022120	TGA	2	6	132839	132844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2574	NC_022120	AAG	2	6	132864	132869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427226
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2580	NC_022120	GAT	2	6	133155	133160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
2581	NC_022120	AGT	2	6	133241	133246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427226
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2584	NC_022120	TG	3	6	133368	133373	0 %	50 %	50 %	0 %	532427226
2585	NC_022120	TCT	2	6	133410	133415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427227
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2587	NC_022120	GCGA	2	8	133431	133438	25 %	0 %	50 %	25 %	532427227
2588	NC_022120	CAA	2	6	133480	133485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427227
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2593	NC_022120	AG	3	6	133837	133842	50 %	0 %	50 %	0 %	532427227
2594	NC_022120	TGC	2	6	133854	133859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427227
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2599	NC_022120	GGA	2	6	134140	134145	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427227
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2601	NC_022120	TTC	2	6	134273	134278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427227
2602	NC_022120	GGC	2	6	134373	134378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427227
2603	NC_022120	ATCT	2	8	134427	134434	25 %	50 %	0 %	25 %	532427227
2604	NC_022120	AT	3	6	134451	134456	50 %	50 %	0 %	0 %	532427227
2605	NC_022120	GTT	2	6	134478	134483	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427227
2606	NC_022120	A	7	7	134526	134532	100 %	0 %	0 %	0 %	532427227
2607	NC_022120	AAG	2	6	134548	134553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427227
2608	NC_022120	AGGTTG	2	12	134575	134586	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	532427227
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2612	NC_022120	CT	3	6	134668	134673	0 %	50 %	0 %	50 %	532427227
2613	NC_022120	GTT	2	6	134772	134777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427227
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2615	NC_022120	CT	3	6	134798	134803	0 %	50 %	0 %	50 %	532427227
2616	NC_022120	AG	4	8	135109	135116	50 %	0 %	50 %	0 %	532427228
2617	NC_022120	GGATA	2	10	135121	135130	40 %	20 %	40 %	0 %	532427228
2618	NC_022120	AG	3	6	135139	135144	50 %	0 %	50 %	0 %	532427228
2619	NC_022120	TGG	2	6	135186	135191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427228
2620	NC_022120	GTT	2	6	135230	135235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427228
2621	NC_022120	TTG	2	6	135242	135247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427228
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2623	NC_022120	TTC	2	6	135296	135301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427228
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2735	NC_022120	TAGAT	2	10	141094	141103	40 %	40 %	20 %	0 %	532427236
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2738	NC_022120	CTG	2	6	141126	141131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427236
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2861	NC_022120	AG	3	6	147565	147570	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2862	NC_022120	AG	3	6	147592	147597	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
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2865	NC_022120	GAA	2	6	147974	147979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427243
2866	NC_022120	TG	3	6	147993	147998	0 %	50 %	50 %	0 %	532427243
2867	NC_022120	AG	3	6	148053	148058	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2868	NC_022120	AGGA	2	8	148073	148080	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
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2870	NC_022120	GAA	3	9	148105	148113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427243
2871	NC_022120	GAT	2	6	148127	148132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427243
2872	NC_022120	GA	3	6	148258	148263	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2873	NC_022120	CTT	2	6	148295	148300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427243
2874	NC_022120	GA	3	6	148325	148330	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2875	NC_022120	AG	3	6	148335	148340	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2876	NC_022120	AGA	2	6	148374	148379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427243
2877	NC_022120	TG	3	6	148390	148395	0 %	50 %	50 %	0 %	532427243
2878	NC_022120	CGTA	2	8	148414	148421	25 %	25 %	25 %	25 %	532427243
2879	NC_022120	TGA	2	6	148489	148494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427243
2880	NC_022120	TGA	2	6	148511	148516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427243
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2882	NC_022120	CAT	2	6	148655	148660	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427243
2883	NC_022120	AGT	2	6	148684	148689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427243
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2886	NC_022120	GA	4	8	148849	148856	50 %	0 %	50 %	0 %	532427243
2887	NC_022120	GCA	2	6	148954	148959	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427243
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2889	NC_022120	GAACC	2	10	149014	149023	40 %	0 %	20 %	40 %	532427243
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2891	NC_022120	AGC	2	6	149125	149130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427243
2892	NC_022120	TAG	2	6	149164	149169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427243
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2894	NC_022120	GAAAGG	2	12	149226	149237	50 %	0 %	50 %	0 %	532427244
2895	NC_022120	AGTA	2	8	149261	149268	50 %	25 %	25 %	0 %	532427244
2896	NC_022120	AG	3	6	149298	149303	50 %	0 %	50 %	0 %	532427244
2897	NC_022120	CT	3	6	149423	149428	0 %	50 %	0 %	50 %	532427244
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2982	NC_022120	CTTT	2	8	153326	153333	0 %	75 %	0 %	25 %	532427247
2983	NC_022120	AT	3	6	153451	153456	50 %	50 %	0 %	0 %	532427248
2984	NC_022120	T	7	7	153466	153472	0 %	100 %	0 %	0 %	532427248
2985	NC_022120	T	6	6	153537	153542	0 %	100 %	0 %	0 %	532427248
2986	NC_022120	ATC	2	6	153567	153572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427248
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2988	NC_022120	TCT	2	6	153716	153721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427248
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2991	NC_022120	ATT	2	6	153842	153847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427248
2992	NC_022120	ATG	2	6	153869	153874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427248
2993	NC_022120	ACG	2	6	153875	153880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427248
2994	NC_022120	TTC	2	6	153892	153897	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427248
2995	NC_022120	AGC	2	6	153934	153939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427248
2996	NC_022120	AATC	2	8	153947	153954	50 %	25 %	0 %	25 %	532427248
2997	NC_022120	GAA	2	6	153959	153964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427248
2998	NC_022120	TA	3	6	153992	153997	50 %	50 %	0 %	0 %	532427248
2999	NC_022120	GAT	2	6	154013	154018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427248
3000	NC_022120	TA	3	6	154050	154055	50 %	50 %	0 %	0 %	532427248

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