MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 20165

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
8001	NC_022110	ATGC	2	8	411257	411264	25 %	25 %	25 %	25 %	532354066
8002	NC_022110	TTC	2	6	411273	411278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354066
8003	NC_022110	CT	4	8	411294	411301	0 %	50 %	0 %	50 %	532354066
8004	NC_022110	AT	3	6	411316	411321	50 %	50 %	0 %	0 %	532354066
8005	NC_022110	TTCT	2	8	411342	411349	0 %	75 %	0 %	25 %	532354066
8006	NC_022110	TTC	2	6	411378	411383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354066
8007	NC_022110	CT	3	6	411396	411401	0 %	50 %	0 %	50 %	532354066
8008	NC_022110	TC	3	6	411423	411428	0 %	50 %	0 %	50 %	532354066
8009	NC_022110	A	6	6	411430	411435	100 %	0 %	0 %	0 %	532354066
8010	NC_022110	CTT	3	9	411443	411451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354066
8011	NC_022110	CACT	2	8	411508	411515	25 %	25 %	0 %	50 %	532353539
8012	NC_022110	CT	3	6	411526	411531	0 %	50 %	0 %	50 %	532353539
8013	NC_022110	A	6	6	411610	411615	100 %	0 %	0 %	0 %	532353539
8014	NC_022110	CAA	2	6	411632	411637	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353539
8015	NC_022110	T	8	8	411641	411648	0 %	100 %	0 %	0 %	532353539
8016	NC_022110	AAT	2	6	411649	411654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353539
8017	NC_022110	TTCT	3	12	411748	411759	0 %	75 %	0 %	25 %	532353539
8018	NC_022110	CT	3	6	411758	411763	0 %	50 %	0 %	50 %	532353539
8019	NC_022110	CTG	2	6	411792	411797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353539
8020	NC_022110	AATG	2	8	411799	411806	50 %	25 %	25 %	0 %	532353539
8021	NC_022110	GCT	2	6	411844	411849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353539
8022	NC_022110	AGCA	2	8	411863	411870	50 %	0 %	25 %	25 %	532353539
8023	NC_022110	TTA	2	6	411954	411959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353539
8024	NC_022110	TAA	2	6	411976	411981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353539
8025	NC_022110	AGA	2	6	412004	412009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353539
8026	NC_022110	TTA	2	6	412043	412048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353539
8027	NC_022110	TTC	2	6	412267	412272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353540
8028	NC_022110	GAC	2	6	412285	412290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353540
8029	NC_022110	GTC	2	6	412388	412393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353540
8030	NC_022110	AATC	2	8	412671	412678	50 %	25 %	0 %	25 %	532353540
8031	NC_022110	AAAC	2	8	412749	412756	75 %	0 %	0 %	25 %	532353540
8032	NC_022110	AAATA	2	10	412813	412822	80 %	20 %	0 %	0 %	532353540
8033	NC_022110	CGAA	2	8	412846	412853	50 %	0 %	25 %	25 %	532353540
8034	NC_022110	CT	3	6	412859	412864	0 %	50 %	0 %	50 %	532353540
8035	NC_022110	AGC	2	6	412867	412872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353540
8036	NC_022110	CAA	2	6	412960	412965	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353540
8037	NC_022110	TTA	2	6	412991	412996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353540
8038	NC_022110	AATTA	2	10	412999	413008	60 %	40 %	0 %	0 %	532353540
8039	NC_022110	AGCT	2	8	413086	413093	25 %	25 %	25 %	25 %	532353541
8040	NC_022110	CTT	2	6	413397	413402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353541
8041	NC_022110	CT	3	6	413605	413610	0 %	50 %	0 %	50 %	532353541
8042	NC_022110	AG	3	6	413633	413638	50 %	0 %	50 %	0 %	532353541
8043	NC_022110	C	6	6	413653	413658	0 %	0 %	0 %	100 %	532353541
8044	NC_022110	TCT	2	6	413726	413731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353541
8045	NC_022110	CCGC	2	8	413781	413788	0 %	0 %	25 %	75 %	532353541
8046	NC_022110	CAG	2	6	413855	413860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353541
8047	NC_022110	AGAA	2	8	413923	413930	75 %	0 %	25 %	0 %	532353541
8048	NC_022110	CT	3	6	414048	414053	0 %	50 %	0 %	50 %	532353541
8049	NC_022110	AAC	3	9	414112	414120	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353541
8050	NC_022110	TCTT	2	8	414130	414137	0 %	75 %	0 %	25 %	532353541
8051	NC_022110	TCG	2	6	414157	414162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353541
8052	NC_022110	AC	3	6	414202	414207	50 %	0 %	0 %	50 %	532353541
8053	NC_022110	T	6	6	414219	414224	0 %	100 %	0 %	0 %	532353541
8054	NC_022110	CT	3	6	414243	414248	0 %	50 %	0 %	50 %	532353541
8055	NC_022110	TGA	2	6	414249	414254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353541
8056	NC_022110	TCC	2	6	414260	414265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353541
8057	NC_022110	CTC	2	6	414310	414315	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353541
8058	NC_022110	CCG	2	6	414363	414368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532353541
8059	NC_022110	ATC	2	6	414398	414403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353542
8060	NC_022110	AAG	2	6	414481	414486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353542
8061	NC_022110	TCT	2	6	414492	414497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353542
8062	NC_022110	TC	3	6	414625	414630	0 %	50 %	0 %	50 %	532353542
8063	NC_022110	TCT	2	6	414637	414642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353542
8064	NC_022110	ACATGC	2	12	414738	414749	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	532353542
8065	NC_022110	ACA	2	6	414760	414765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353542
8066	NC_022110	ACA	2	6	414800	414805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353542
8067	NC_022110	TAA	2	6	414817	414822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353542
8068	NC_022110	A	6	6	414831	414836	100 %	0 %	0 %	0 %	532353542
8069	NC_022110	TTC	2	6	414842	414847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353542
8070	NC_022110	AGT	2	6	414956	414961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353542
8071	NC_022110	CTG	2	6	414964	414969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353542
8072	NC_022110	GAAG	2	8	414982	414989	50 %	0 %	50 %	0 %	532353542
8073	NC_022110	ACA	2	6	414997	415002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353542
8074	NC_022110	AACGC	2	10	415099	415108	40 %	0 %	20 %	40 %	532353542
8075	NC_022110	AGA	2	6	415118	415123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353542
8076	NC_022110	CAA	2	6	415186	415191	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353542
8077	NC_022110	AAAC	2	8	415259	415266	75 %	0 %	0 %	25 %	532353542
8078	NC_022110	TCT	2	6	415320	415325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353542
8079	NC_022110	A	6	6	415349	415354	100 %	0 %	0 %	0 %	532353542
8080	NC_022110	GGCTCT	2	12	415468	415479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8081	NC_022110	CT	3	6	415488	415493	0 %	50 %	0 %	50 %	532353543
8082	NC_022110	CAT	2	6	415585	415590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353543
8083	NC_022110	AAG	2	6	415591	415596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353543
8084	NC_022110	GCA	2	6	415611	415616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8085	NC_022110	GCT	2	6	415620	415625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8086	NC_022110	ACA	3	9	415668	415676	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353543
8087	NC_022110	AAT	2	6	415745	415750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353543
8088	NC_022110	AGC	2	6	415785	415790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8089	NC_022110	TCT	2	6	415827	415832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353543
8090	NC_022110	AAC	2	6	415837	415842	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353543
8091	NC_022110	TCT	2	6	415864	415869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353543
8092	NC_022110	A	6	6	415886	415891	100 %	0 %	0 %	0 %	532353543
8093	NC_022110	GAC	2	6	415899	415904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8094	NC_022110	T	7	7	415965	415971	0 %	100 %	0 %	0 %	532353543
8095	NC_022110	ATA	2	6	415973	415978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353543
8096	NC_022110	CCA	2	6	415996	416001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353543
8097	NC_022110	GCA	2	6	416050	416055	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353543
8098	NC_022110	GTATA	2	10	416056	416065	40 %	40 %	20 %	0 %	532353543
8099	NC_022110	AGCAA	2	10	416092	416101	60 %	0 %	20 %	20 %	532353543
8100	NC_022110	ATTT	2	8	416127	416134	25 %	75 %	0 %	0 %	532353543
8101	NC_022110	AGAA	2	8	416137	416144	75 %	0 %	25 %	0 %	532353543
8102	NC_022110	CTC	2	6	416381	416386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353544
8103	NC_022110	AG	3	6	416439	416444	50 %	0 %	50 %	0 %	532353544
8104	NC_022110	TCTT	2	8	416496	416503	0 %	75 %	0 %	25 %	532353544
8105	NC_022110	AACT	2	8	416568	416575	50 %	25 %	0 %	25 %	532353544
8106	NC_022110	CTT	2	6	416595	416600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353544
8107	NC_022110	AAGC	2	8	416604	416611	50 %	0 %	25 %	25 %	532353544
8108	NC_022110	TAT	2	6	416636	416641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353544
8109	NC_022110	GC	3	6	416658	416663	0 %	0 %	50 %	50 %	532353544
8110	NC_022110	CTTCT	2	10	416675	416684	0 %	60 %	0 %	40 %	532353544
8111	NC_022110	TGA	2	6	416719	416724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353544
8112	NC_022110	AAC	2	6	416745	416750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353544
8113	NC_022110	GAT	2	6	416767	416772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353544
8114	NC_022110	CTC	2	6	416777	416782	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353544
8115	NC_022110	CAG	2	6	416810	416815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353544
8116	NC_022110	AAT	3	9	416863	416871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353544
8117	NC_022110	TGT	2	6	416893	416898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353544
8118	NC_022110	TTC	2	6	416899	416904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353544
8119	NC_022110	TGC	2	6	416916	416921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353544
8120	NC_022110	GAAG	2	8	416953	416960	50 %	0 %	50 %	0 %	532353544
8121	NC_022110	CT	3	6	416967	416972	0 %	50 %	0 %	50 %	532353544
8122	NC_022110	ACC	2	6	416983	416988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353544
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8124	NC_022110	CAA	2	6	417050	417055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353544
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8249	NC_022110	GATA	2	8	422249	422256	50 %	25 %	25 %	0 %	532353548
8250	NC_022110	AGA	2	6	422315	422320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353548
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8262	NC_022110	CTG	2	6	422881	422886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353548
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8344	NC_022110	GTAA	2	8	426313	426320	50 %	25 %	25 %	0 %	532353551
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8367	NC_022110	CTG	2	6	427277	427282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353552
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8496	NC_022110	TCTT	2	8	433621	433628	0 %	75 %	0 %	25 %	532353556
8497	NC_022110	TTTCT	2	10	433631	433640	0 %	80 %	0 %	20 %	532353556
8498	NC_022110	AGA	2	6	433768	433773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353556
8499	NC_022110	CATG	2	8	434709	434716	25 %	25 %	25 %	25 %	532353557
8500	NC_022110	TGAG	2	8	434828	434835	25 %	25 %	50 %	0 %	532353557

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