MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 20165

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_022110	TGT	2	6	289191	289196	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353438
5502	NC_022110	TCAT	2	8	289241	289248	25 %	50 %	0 %	25 %	532353438
5503	NC_022110	ATA	2	6	289298	289303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353438
5504	NC_022110	CTT	2	6	289394	289399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353438
5505	NC_022110	GAAC	2	8	289405	289412	50 %	0 %	25 %	25 %	532353438
5506	NC_022110	AC	3	6	289424	289429	50 %	0 %	0 %	50 %	532353438
5507	NC_022110	ATT	2	6	289459	289464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353438
5508	NC_022110	ACA	2	6	289483	289488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353438
5509	NC_022110	CTC	2	6	289520	289525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353438
5510	NC_022110	CTG	2	6	289639	289644	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353438
5511	NC_022110	TGC	2	6	289675	289680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353438
5512	NC_022110	TCT	3	9	289691	289699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353438
5513	NC_022110	AGA	2	6	289795	289800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353439
5514	NC_022110	GCT	2	6	290004	290009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353439
5515	NC_022110	TAA	2	6	290014	290019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353439
5516	NC_022110	CGAA	2	8	290071	290078	50 %	0 %	25 %	25 %	532353439
5517	NC_022110	CCT	2	6	290081	290086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353439
5518	NC_022110	TGT	2	6	290087	290092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353439
5519	NC_022110	CCT	2	6	290093	290098	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353439
5520	NC_022110	ATT	2	6	290105	290110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353439
5521	NC_022110	AAG	2	6	290137	290142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353439
5522	NC_022110	CTT	2	6	290220	290225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353439
5523	NC_022110	AGT	2	6	290258	290263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353439
5524	NC_022110	CTT	2	6	290367	290372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353439
5525	NC_022110	AAC	2	6	290389	290394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353439
5526	NC_022110	AAGT	2	8	290417	290424	50 %	25 %	25 %	0 %	532353439
5527	NC_022110	TGCT	2	8	290437	290444	0 %	50 %	25 %	25 %	532353439
5528	NC_022110	CTG	2	6	290460	290465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353439
5529	NC_022110	TAA	2	6	290484	290489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353439
5530	NC_022110	T	6	6	290617	290622	0 %	100 %	0 %	0 %	532353439
5531	NC_022110	TTTC	2	8	290626	290633	0 %	75 %	0 %	25 %	532353439
5532	NC_022110	TA	3	6	290744	290749	50 %	50 %	0 %	0 %	532353439
5533	NC_022110	CTT	2	6	290840	290845	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353439
5534	NC_022110	AGT	2	6	290850	290855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353439
5535	NC_022110	AT	3	6	290867	290872	50 %	50 %	0 %	0 %	532353439
5536	NC_022110	A	6	6	290918	290923	100 %	0 %	0 %	0 %	532353440
5537	NC_022110	TCT	2	6	290932	290937	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353440
5538	NC_022110	TC	3	6	290951	290956	0 %	50 %	0 %	50 %	532353440
5539	NC_022110	GAC	2	6	290978	290983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353440
5540	NC_022110	TTCC	2	8	291007	291014	0 %	50 %	0 %	50 %	532353440
5541	NC_022110	AGT	2	6	291186	291191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353440
5542	NC_022110	TAA	2	6	291237	291242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353440
5543	NC_022110	AAG	2	6	291356	291361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353440
5544	NC_022110	GCAATG	2	12	291397	291408	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	532353440
5545	NC_022110	GTT	2	6	291444	291449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353440
5546	NC_022110	CTAA	2	8	291454	291461	50 %	25 %	0 %	25 %	532353440
5547	NC_022110	CAA	2	6	291497	291502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353440
5548	NC_022110	TCA	2	6	291503	291508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353440
5549	NC_022110	AATC	2	8	291548	291555	50 %	25 %	0 %	25 %	532353440
5550	NC_022110	T	7	7	291585	291591	0 %	100 %	0 %	0 %	532353440
5551	NC_022110	A	6	6	291592	291597	100 %	0 %	0 %	0 %	532353440
5552	NC_022110	GAA	3	9	291690	291698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354054
5553	NC_022110	C	11	11	291710	291720	0 %	0 %	0 %	100 %	532354054
5554	NC_022110	A	6	6	291748	291753	100 %	0 %	0 %	0 %	532354054
5555	NC_022110	TAA	2	6	291796	291801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354054
5556	NC_022110	AAT	2	6	291849	291854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354054
5557	NC_022110	CTT	2	6	291889	291894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354054
5558	NC_022110	CT	3	6	291952	291957	0 %	50 %	0 %	50 %	532353441
5559	NC_022110	CAG	2	6	292020	292025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353441
5560	NC_022110	CGACAT	2	12	292070	292081	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	532353441
5561	NC_022110	ATT	2	6	292113	292118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353441
5562	NC_022110	TAC	2	6	292168	292173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353441
5563	NC_022110	CTT	2	6	292211	292216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353441
5564	NC_022110	AGCA	2	8	292270	292277	50 %	0 %	25 %	25 %	532353441
5565	NC_022110	T	6	6	292338	292343	0 %	100 %	0 %	0 %	532353441
5566	NC_022110	AGAT	2	8	292368	292375	50 %	25 %	25 %	0 %	532353441
5567	NC_022110	AGCT	2	8	292392	292399	25 %	25 %	25 %	25 %	532353441
5568	NC_022110	CGAG	2	8	292416	292423	25 %	0 %	50 %	25 %	532353441
5569	NC_022110	CTG	2	6	292461	292466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353442
5570	NC_022110	ATA	2	6	292563	292568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353442
5571	NC_022110	A	7	7	292681	292687	100 %	0 %	0 %	0 %	532353442
5572	NC_022110	GAA	2	6	292745	292750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353442
5573	NC_022110	CTA	2	6	292844	292849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353442
5574	NC_022110	AGC	2	6	292990	292995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353442
5575	NC_022110	CAG	2	6	293030	293035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353442
5576	NC_022110	TCTT	2	8	293060	293067	0 %	75 %	0 %	25 %	532353442
5577	NC_022110	TCTT	2	8	293074	293081	0 %	75 %	0 %	25 %	532353442
5578	NC_022110	TCT	2	6	293134	293139	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353442
5579	NC_022110	ATT	2	6	293144	293149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353443
5580	NC_022110	ATG	2	6	293219	293224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353443
5581	NC_022110	ACT	2	6	293239	293244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353443
5582	NC_022110	AAC	2	6	293279	293284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353443
5583	NC_022110	ACA	2	6	293326	293331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353443
5584	NC_022110	TGC	2	6	293344	293349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353443
5585	NC_022110	TTCT	2	8	293408	293415	0 %	75 %	0 %	25 %	532353443
5586	NC_022110	TGG	2	6	293427	293432	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353443
5587	NC_022110	GAA	2	6	293446	293451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353443
5588	NC_022110	TAG	2	6	293480	293485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353443
5589	NC_022110	A	6	6	293507	293512	100 %	0 %	0 %	0 %	532353443
5590	NC_022110	CCCTTA	2	12	293524	293535	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	532353443
5591	NC_022110	TGA	2	6	293565	293570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353443
5592	NC_022110	A	7	7	293610	293616	100 %	0 %	0 %	0 %	532353443
5593	NC_022110	AGA	2	6	293715	293720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353443
5594	NC_022110	CT	3	6	293731	293736	0 %	50 %	0 %	50 %	532353443
5595	NC_022110	CTT	2	6	293795	293800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353443
5596	NC_022110	GCT	2	6	293822	293827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353443
5597	NC_022110	CT	4	8	293834	293841	0 %	50 %	0 %	50 %	532353443
5598	NC_022110	TAA	2	6	293857	293862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353443
5599	NC_022110	TACC	2	8	293875	293882	25 %	25 %	0 %	50 %	532353443
5600	NC_022110	GAG	2	6	293934	293939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353444
5601	NC_022110	C	6	6	293956	293961	0 %	0 %	0 %	100 %	532353444
5602	NC_022110	CTT	2	6	294026	294031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353444
5603	NC_022110	CAA	2	6	294069	294074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353444
5604	NC_022110	GAA	3	9	294083	294091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353444
5605	NC_022110	TCAG	2	8	294137	294144	25 %	25 %	25 %	25 %	532353444
5606	NC_022110	TAG	2	6	294225	294230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353444
5607	NC_022110	TCT	2	6	294257	294262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353444
5608	NC_022110	ACTAC	2	10	294264	294273	40 %	20 %	0 %	40 %	532353444
5609	NC_022110	CTT	2	6	294289	294294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353444
5610	NC_022110	A	6	6	294295	294300	100 %	0 %	0 %	0 %	532353444
5611	NC_022110	CT	3	6	294314	294319	0 %	50 %	0 %	50 %	532353444
5612	NC_022110	AT	3	6	294347	294352	50 %	50 %	0 %	0 %	532353444
5613	NC_022110	CAT	2	6	294392	294397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353444
5614	NC_022110	TAA	2	6	294472	294477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353444
5615	NC_022110	CTT	2	6	294480	294485	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353444
5616	NC_022110	GCA	2	6	294681	294686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353445
5617	NC_022110	TGC	2	6	294710	294715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353445
5618	NC_022110	TAA	2	6	294748	294753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353445
5619	NC_022110	GCTT	2	8	294800	294807	0 %	50 %	25 %	25 %	532353445
5620	NC_022110	CTT	3	9	294822	294830	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353445
5621	NC_022110	TGC	2	6	294890	294895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353445
5622	NC_022110	CA	3	6	294898	294903	50 %	0 %	0 %	50 %	532353445
5623	NC_022110	GA	3	6	294975	294980	50 %	0 %	50 %	0 %	532353445
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5748	NC_022110	TGA	2	6	300558	300563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353450
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5753	NC_022110	GTTA	2	8	300777	300784	25 %	50 %	25 %	0 %	532353450
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5843	NC_022110	TC	3	6	305356	305361	0 %	50 %	0 %	50 %	532353454
5844	NC_022110	CAAGAC	2	12	305377	305388	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532353454
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5858	NC_022110	GA	3	6	306123	306128	50 %	0 %	50 %	0 %	532353455
5859	NC_022110	TAT	2	6	306138	306143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353455
5860	NC_022110	TAA	2	6	306151	306156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353455
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5864	NC_022110	GTT	2	6	306567	306572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353456
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5866	NC_022110	TCCA	2	8	306704	306711	25 %	25 %	0 %	50 %	532353456
5867	NC_022110	TGC	2	6	306743	306748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353456
5868	NC_022110	TATT	2	8	306775	306782	25 %	75 %	0 %	0 %	532353456
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5994	NC_022110	CTT	2	6	313023	313028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353463
5995	NC_022110	TAA	2	6	313029	313034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353463
5996	NC_022110	AAG	2	6	313044	313049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353463
5997	NC_022110	GAT	2	6	313094	313099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353463
5998	NC_022110	GAAT	2	8	313121	313128	50 %	25 %	25 %	0 %	532353463
5999	NC_022110	AAT	2	6	313155	313160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353463
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