MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 20344

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_020968	GAA	2	6	659619	659624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460048
13002	NC_020968	A	6	6	659905	659910	100 %	0 %	0 %	0 %	478460048
13003	NC_020968	TTTA	2	8	659978	659985	25 %	75 %	0 %	0 %	478460048
13004	NC_020968	GAA	2	6	660015	660020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460048
13005	NC_020968	AGA	2	6	660023	660028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460048
13006	NC_020968	AGA	2	6	660089	660094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460048
13007	NC_020968	AATC	2	8	660095	660102	50 %	25 %	0 %	25 %	478460048
13008	NC_020968	CAA	2	6	660174	660179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460048
13009	NC_020968	A	6	6	660187	660192	100 %	0 %	0 %	0 %	478460048
13010	NC_020968	TAAA	2	8	660278	660285	75 %	25 %	0 %	0 %	478460048
13011	NC_020968	A	6	6	660283	660288	100 %	0 %	0 %	0 %	478460048
13012	NC_020968	TG	3	6	660306	660311	0 %	50 %	50 %	0 %	478460049
13013	NC_020968	GGA	3	9	660312	660320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478460049
13014	NC_020968	TCC	2	6	660355	660360	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460049
13015	NC_020968	ATA	2	6	660517	660522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460049
13016	NC_020968	CTT	2	6	660560	660565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460049
13017	NC_020968	CTA	2	6	660596	660601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460049
13018	NC_020968	TAC	2	6	660606	660611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460049
13019	NC_020968	A	6	6	660652	660657	100 %	0 %	0 %	0 %	478460049
13020	NC_020968	CTT	2	6	660660	660665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460049
13021	NC_020968	ATG	2	6	660670	660675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13022	NC_020968	ACT	2	6	660781	660786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460049
13023	NC_020968	CT	3	6	660837	660842	0 %	50 %	0 %	50 %	478460049
13024	NC_020968	CCT	2	6	660871	660876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460049
13025	NC_020968	TCT	2	6	660925	660930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460049
13026	NC_020968	ACC	2	6	661029	661034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478460049
13027	NC_020968	CT	3	6	661045	661050	0 %	50 %	0 %	50 %	478460049
13028	NC_020968	GAA	2	6	661113	661118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13029	NC_020968	T	8	8	661135	661142	0 %	100 %	0 %	0 %	478460049
13030	NC_020968	ATT	2	6	661237	661242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460049
13031	NC_020968	GCT	2	6	661260	661265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13032	NC_020968	GCC	2	6	661274	661279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478460049
13033	NC_020968	CCT	2	6	661286	661291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460049
13034	NC_020968	GAT	2	6	661305	661310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13035	NC_020968	GAG	2	6	661369	661374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478460049
13036	NC_020968	TAG	2	6	661396	661401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13037	NC_020968	GAA	2	6	661452	661457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13038	NC_020968	TCG	2	6	661460	661465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13039	NC_020968	ATC	2	6	661536	661541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460049
13040	NC_020968	GAT	2	6	661611	661616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13041	NC_020968	AGA	2	6	661622	661627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13042	NC_020968	A	6	6	661657	661662	100 %	0 %	0 %	0 %	478460049
13043	NC_020968	A	7	7	661682	661688	100 %	0 %	0 %	0 %	478460049
13044	NC_020968	TGC	2	6	661730	661735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13045	NC_020968	CAG	2	6	661762	661767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13046	NC_020968	ATTG	2	8	661814	661821	25 %	50 %	25 %	0 %	478460049
13047	NC_020968	TCT	2	6	661829	661834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460049
13048	NC_020968	AAG	2	6	661891	661896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13049	NC_020968	GTA	2	6	661906	661911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13050	NC_020968	CT	3	6	661916	661921	0 %	50 %	0 %	50 %	478460049
13051	NC_020968	ACG	2	6	662024	662029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13052	NC_020968	CAA	2	6	662055	662060	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460049
13053	NC_020968	TAT	2	6	662081	662086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460049
13054	NC_020968	AAG	2	6	662116	662121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13055	NC_020968	AAG	2	6	662128	662133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13056	NC_020968	AGC	2	6	662207	662212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13057	NC_020968	TGA	2	6	662254	662259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460049
13058	NC_020968	GCA	2	6	662262	662267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460049
13059	NC_020968	A	7	7	662267	662273	100 %	0 %	0 %	0 %	478460049
13060	NC_020968	CTC	2	6	662277	662282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460049
13061	NC_020968	GAA	3	9	662295	662303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460049
13062	NC_020968	GTC	2	6	662486	662491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460050
13063	NC_020968	GA	3	6	662509	662514	50 %	0 %	50 %	0 %	478460050
13064	NC_020968	TCA	2	6	662556	662561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460050
13065	NC_020968	GCGT	2	8	662585	662592	0 %	25 %	50 %	25 %	478460050
13066	NC_020968	TGAT	2	8	662763	662770	25 %	50 %	25 %	0 %	478460050
13067	NC_020968	GCT	2	6	662843	662848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460050
13068	NC_020968	TGG	2	6	662884	662889	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478460050
13069	NC_020968	ATG	2	6	662918	662923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460050
13070	NC_020968	ATGC	2	8	662942	662949	25 %	25 %	25 %	25 %	478460050
13071	NC_020968	A	8	8	663049	663056	100 %	0 %	0 %	0 %	478460050
13072	NC_020968	TGA	2	6	663091	663096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460050
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13075	NC_020968	TCT	2	6	663218	663223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460050
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13078	NC_020968	GAC	2	6	663404	663409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460050
13079	NC_020968	ATTG	2	8	663430	663437	25 %	50 %	25 %	0 %	478460050
13080	NC_020968	TCA	2	6	663474	663479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460050
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13085	NC_020968	GAA	2	6	663692	663697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460050
13086	NC_020968	AATA	2	8	663899	663906	75 %	25 %	0 %	0 %	478460051
13087	NC_020968	CACG	2	8	663924	663931	25 %	0 %	25 %	50 %	478460051
13088	NC_020968	TG	3	6	663956	663961	0 %	50 %	50 %	0 %	478460051
13089	NC_020968	TAT	2	6	663967	663972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460051
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13091	NC_020968	TTTA	2	8	664063	664070	25 %	75 %	0 %	0 %	478460051
13092	NC_020968	ACA	2	6	664084	664089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460051
13093	NC_020968	CT	3	6	664119	664124	0 %	50 %	0 %	50 %	478460051
13094	NC_020968	CTG	2	6	664158	664163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460051
13095	NC_020968	A	7	7	664234	664240	100 %	0 %	0 %	0 %	478460051
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13098	NC_020968	TATT	2	8	664460	664467	25 %	75 %	0 %	0 %	478460051
13099	NC_020968	CT	3	6	664494	664499	0 %	50 %	0 %	50 %	478460051
13100	NC_020968	TC	3	6	664516	664521	0 %	50 %	0 %	50 %	478460051
13101	NC_020968	CAT	2	6	664531	664536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460051
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13103	NC_020968	C	6	6	664633	664638	0 %	0 %	0 %	100 %	478460051
13104	NC_020968	TAC	2	6	664647	664652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460051
13105	NC_020968	C	6	6	664654	664659	0 %	0 %	0 %	100 %	478460051
13106	NC_020968	AT	3	6	664732	664737	50 %	50 %	0 %	0 %	478460051
13107	NC_020968	CT	3	6	664741	664746	0 %	50 %	0 %	50 %	478460051
13108	NC_020968	GAA	2	6	664778	664783	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460051
13109	NC_020968	CTT	2	6	664800	664805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460051
13110	NC_020968	CGA	2	6	664811	664816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460051
13111	NC_020968	TTG	2	6	664840	664845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460051
13112	NC_020968	T	6	6	664870	664875	0 %	100 %	0 %	0 %	478460051
13113	NC_020968	ATG	2	6	664922	664927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460051
13114	NC_020968	TCG	2	6	664933	664938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460051
13115	NC_020968	CCAT	2	8	664948	664955	25 %	25 %	0 %	50 %	478460051
13116	NC_020968	ATC	2	6	664986	664991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460051
13117	NC_020968	A	7	7	665049	665055	100 %	0 %	0 %	0 %	478460051
13118	NC_020968	GAA	2	6	665099	665104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460051
13119	NC_020968	CAA	2	6	665108	665113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460051
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13247	NC_020968	CT	3	6	670923	670928	0 %	50 %	0 %	50 %	478460054
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13487	NC_020968	TTTC	2	8	682738	682745	0 %	75 %	0 %	25 %	478460067
13488	NC_020968	TCT	2	6	682746	682751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460067
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13490	NC_020968	ATA	2	6	682809	682814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460067
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