MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 20362

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474770
2	NC_020940	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478474770
3	NC_020940	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474770
4	NC_020940	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
5	NC_020940	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
6	NC_020940	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478474770
7	NC_020940	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474770
8	NC_020940	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474770
9	NC_020940	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
10	NC_020940	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474770
11	NC_020940	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474770
12	NC_020940	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478474770
13	NC_020940	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478474770
14	NC_020940	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478474770
15	NC_020940	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474770
16	NC_020940	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474770
17	NC_020940	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474770
18	NC_020940	TC	3	6	825	830	0 %	50 %	0 %	50 %	478474770
19	NC_020940	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474770
20	NC_020940	AG	3	6	847	852	50 %	0 %	50 %	0 %	478474770
21	NC_020940	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474770
22	NC_020940	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474770
23	NC_020940	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474770
24	NC_020940	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474770
25	NC_020940	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478474770
26	NC_020940	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474770
27	NC_020940	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474770
28	NC_020940	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
29	NC_020940	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
30	NC_020940	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478474770
31	NC_020940	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
32	NC_020940	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478474770
33	NC_020940	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
34	NC_020940	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474770
35	NC_020940	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474770
36	NC_020940	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474770
37	NC_020940	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
38	NC_020940	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474771
39	NC_020940	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474771
40	NC_020940	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474771
41	NC_020940	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474771
42	NC_020940	T	6	6	1984	1989	0 %	100 %	0 %	0 %	478474771
43	NC_020940	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474771
44	NC_020940	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474771
45	NC_020940	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474771
46	NC_020940	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474771
47	NC_020940	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478474771
48	NC_020940	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474771
49	NC_020940	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474771
50	NC_020940	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474772
51	NC_020940	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474772
52	NC_020940	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474772
53	NC_020940	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478474772
54	NC_020940	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478474772
55	NC_020940	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474772
56	NC_020940	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474772
57	NC_020940	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474772
58	NC_020940	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474772
59	NC_020940	AG	3	6	2753	2758	50 %	0 %	50 %	0 %	478474773
60	NC_020940	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474773
61	NC_020940	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478474773
62	NC_020940	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474773
63	NC_020940	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474773
64	NC_020940	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474773
65	NC_020940	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474773
66	NC_020940	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474773
67	NC_020940	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474773
68	NC_020940	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474773
69	NC_020940	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474773
70	NC_020940	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474773
71	NC_020940	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474773
72	NC_020940	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	478474773
73	NC_020940	T	6	6	3428	3433	0 %	100 %	0 %	0 %	478474773
74	NC_020940	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474773
75	NC_020940	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474773
76	NC_020940	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474773
77	NC_020940	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478474773
78	NC_020940	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474773
79	NC_020940	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474773
80	NC_020940	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474773
81	NC_020940	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474773
82	NC_020940	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478474773
83	NC_020940	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478474773
84	NC_020940	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474773
85	NC_020940	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474773
86	NC_020940	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474773
87	NC_020940	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474773
88	NC_020940	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478474774
89	NC_020940	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474774
90	NC_020940	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474774
91	NC_020940	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478474774
92	NC_020940	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474774
93	NC_020940	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478474774
94	NC_020940	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474774
95	NC_020940	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478474774
96	NC_020940	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474774
97	NC_020940	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474774
98	NC_020940	A	7	7	4928	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	478474774
99	NC_020940	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474774
100	NC_020940	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478474774
101	NC_020940	A	7	7	4974	4980	100 %	0 %	0 %	0 %	478474774
102	NC_020940	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474774
103	NC_020940	AT	3	6	5114	5119	50 %	50 %	0 %	0 %	478474774
104	NC_020940	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478474774
105	NC_020940	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474774
106	NC_020940	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474774
107	NC_020940	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474774
108	NC_020940	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474774
109	NC_020940	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474774
110	NC_020940	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478474774
111	NC_020940	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474774
112	NC_020940	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474774
113	NC_020940	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478474774
114	NC_020940	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474774
115	NC_020940	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474774
116	NC_020940	ATT	2	6	5749	5754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474775
117	NC_020940	TCT	2	6	5767	5772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474775
118	NC_020940	GCT	2	6	5813	5818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474775
119	NC_020940	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478474775
120	NC_020940	GAT	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474775
121	NC_020940	TC	3	6	5864	5869	0 %	50 %	0 %	50 %	478474775
122	NC_020940	GA	3	6	5875	5880	50 %	0 %	50 %	0 %	478474775
123	NC_020940	ACG	2	6	5886	5891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474775
124	NC_020940	GAA	2	6	5910	5915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474775
125	NC_020940	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478474775
126	NC_020940	AT	3	6	5979	5984	50 %	50 %	0 %	0 %	478474775
127	NC_020940	AGA	3	9	5987	5995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474775
128	NC_020940	GCT	2	6	5996	6001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474775
129	NC_020940	AGA	2	6	6005	6010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474775
130	NC_020940	TGG	2	6	6041	6046	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478474775
131	NC_020940	AGA	3	9	6059	6067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474775
132	NC_020940	GGA	2	6	6068	6073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474775
133	NC_020940	TG	3	6	6132	6137	0 %	50 %	50 %	0 %	478474775
134	NC_020940	T	6	6	6210	6215	0 %	100 %	0 %	0 %	478474775
135	NC_020940	TCA	2	6	6253	6258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474775
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