MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605 plasmid pCHA6605.02

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019698	GGC	2	6	769	774	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389902
2	NC_019698	TGA	2	6	787	792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389902
3	NC_019698	ATT	2	6	866	871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389902
4	NC_019698	CCA	2	6	957	962	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389902
5	NC_019698	TGA	3	9	1012	1020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389902
6	NC_019698	AGATGA	3	18	1021	1038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	434389902
7	NC_019698	TAA	2	6	1201	1206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389903
8	NC_019698	CTC	2	6	1207	1212	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434389903
9	NC_019698	AGT	2	6	1259	1264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389903
10	NC_019698	CTT	2	6	1350	1355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434389903
11	NC_019698	TAG	2	6	1362	1367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389903
12	NC_019698	ATA	2	6	1376	1381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389903
13	NC_019698	TAATT	2	10	1399	1408	40 %	60 %	0 %	0 %	434389903
14	NC_019698	TCAACT	2	12	1412	1423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389903
15	NC_019698	TAG	2	6	1480	1485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389903
16	NC_019698	ATC	2	6	1520	1525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389903
17	NC_019698	GCC	2	6	1589	1594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389903
18	NC_019698	ATT	2	6	1702	1707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389903
19	NC_019698	CGG	2	6	1805	1810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389903
20	NC_019698	ACC	2	6	1853	1858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389903
21	NC_019698	CCCG	2	8	1863	1870	0 %	0 %	25 %	75 %	434389903
22	NC_019698	GAC	2	6	1887	1892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389903
23	NC_019698	CGC	2	6	1928	1933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389903
24	NC_019698	A	6	6	2039	2044	100 %	0 %	0 %	0 %	434389903
25	NC_019698	AAC	2	6	2051	2056	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389903
26	NC_019698	TGGTCG	2	12	2069	2080	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	434389903
27	NC_019698	T	6	6	2107	2112	0 %	100 %	0 %	0 %	434389903
28	NC_019698	TAG	2	6	2131	2136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389903
29	NC_019698	ACA	2	6	2347	2352	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389904
30	NC_019698	AAAG	2	8	2391	2398	75 %	0 %	25 %	0 %	434389904
31	NC_019698	TGC	2	6	2595	2600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389904
32	NC_019698	ATG	2	6	2636	2641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389904
33	NC_019698	GCT	3	9	2647	2655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389904
34	NC_019698	AAG	2	6	2675	2680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434389904
35	NC_019698	AGC	2	6	2706	2711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389904
36	NC_019698	AATC	2	8	2718	2725	50 %	25 %	0 %	25 %	434389904
37	NC_019698	AG	3	6	2752	2757	50 %	0 %	50 %	0 %	434389904
38	NC_019698	ATC	2	6	2832	2837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389904
39	NC_019698	TGC	2	6	2862	2867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389904
40	NC_019698	TGA	2	6	2883	2888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389904
41	NC_019698	A	6	6	2961	2966	100 %	0 %	0 %	0 %	434389905
42	NC_019698	ACC	2	6	2970	2975	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389905
43	NC_019698	AAT	2	6	2976	2981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389905
44	NC_019698	GAT	2	6	2997	3002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389905
45	NC_019698	AGC	2	6	3083	3088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389905
46	NC_019698	AG	3	6	3095	3100	50 %	0 %	50 %	0 %	434389905
47	NC_019698	CGAT	2	8	3198	3205	25 %	25 %	25 %	25 %	434389905
48	NC_019698	AGG	2	6	3244	3249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434389905
49	NC_019698	AGAT	2	8	3434	3441	50 %	25 %	25 %	0 %	434389906
50	NC_019698	TCT	2	6	3522	3527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434389906
51	NC_019698	CCG	2	6	3660	3665	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389906
52	NC_019698	TGT	2	6	3672	3677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434389906
53	NC_019698	GAT	2	6	3706	3711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389906
54	NC_019698	CGT	2	6	3714	3719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389906
55	NC_019698	CAG	2	6	3746	3751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389906
56	NC_019698	TTG	2	6	3760	3765	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434389906
57	NC_019698	CAGA	2	8	3776	3783	50 %	0 %	25 %	25 %	434389906
58	NC_019698	TGA	2	6	3797	3802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389906
59	NC_019698	A	6	6	3861	3866	100 %	0 %	0 %	0 %	434389906
60	NC_019698	CTAA	2	8	3898	3905	50 %	25 %	0 %	25 %	434389906
61	NC_019698	CCG	2	6	3971	3976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389906
62	NC_019698	GAACG	2	10	3979	3988	40 %	0 %	40 %	20 %	434389906
63	NC_019698	GGA	2	6	4069	4074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434389906
64	NC_019698	TGT	2	6	4113	4118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434389906
65	NC_019698	TAA	2	6	4133	4138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389906
66	NC_019698	A	7	7	4157	4163	100 %	0 %	0 %	0 %	434389906
67	NC_019698	ACA	2	6	4489	4494	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389907
68	NC_019698	ACA	2	6	4513	4518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389907
69	NC_019698	CGC	2	6	4540	4545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
70	NC_019698	GGTC	2	8	4561	4568	0 %	25 %	50 %	25 %	434389907
71	NC_019698	CGC	2	6	4607	4612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
72	NC_019698	AGGC	2	8	4662	4669	25 %	0 %	50 %	25 %	434389907
73	NC_019698	GGAT	2	8	4670	4677	25 %	25 %	50 %	0 %	434389907
74	NC_019698	GAC	2	6	4751	4756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
75	NC_019698	AGC	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
76	NC_019698	TTTG	2	8	4812	4819	0 %	75 %	25 %	0 %	434389907
77	NC_019698	GCC	2	6	4898	4903	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
78	NC_019698	CGA	2	6	4912	4917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
79	NC_019698	A	6	6	4985	4990	100 %	0 %	0 %	0 %	434389907
80	NC_019698	CGG	2	6	5007	5012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389907
81	NC_019698	CGC	2	6	5173	5178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
82	NC_019698	GAC	2	6	5205	5210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
83	NC_019698	TGA	2	6	5241	5246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389907
84	NC_019698	GAC	2	6	5273	5278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
85	NC_019698	TGGC	2	8	5489	5496	0 %	25 %	50 %	25 %	434389907
86	NC_019698	ACG	2	6	5520	5525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
87	NC_019698	GCG	2	6	5529	5534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389907
88	NC_019698	CAAGT	2	10	5672	5681	40 %	20 %	20 %	20 %	434389907
89	NC_019698	AGT	2	6	5710	5715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389907
90	NC_019698	CGA	2	6	5719	5724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
91	NC_019698	CTG	2	6	5747	5752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389907
92	NC_019698	CGC	2	6	5821	5826	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
93	NC_019698	CGGG	2	8	5829	5836	0 %	0 %	75 %	25 %	434389907
94	NC_019698	CAG	2	6	5979	5984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
95	NC_019698	AGC	2	6	5992	5997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
96	NC_019698	ATC	2	6	6029	6034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389907
97	NC_019698	CTCG	2	8	6197	6204	0 %	25 %	25 %	50 %	434389907
98	NC_019698	TCGA	2	8	6248	6255	25 %	25 %	25 %	25 %	434389907
99	NC_019698	CAT	2	6	6260	6265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389907
100	NC_019698	GCA	2	6	6399	6404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
101	NC_019698	GCCA	2	8	6425	6432	25 %	0 %	25 %	50 %	434389907
102	NC_019698	CGC	2	6	6457	6462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
103	NC_019698	CGA	2	6	6493	6498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389907
104	NC_019698	CAT	2	6	6577	6582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389907
105	NC_019698	TCA	2	6	6634	6639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389907
106	NC_019698	CAA	2	6	6689	6694	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389907
107	NC_019698	A	6	6	6749	6754	100 %	0 %	0 %	0 %	434389907
108	NC_019698	ACT	2	6	6888	6893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389907
109	NC_019698	GCC	3	9	6917	6925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389907
110	NC_019698	GACCGC	2	12	6929	6940	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	434389907
111	NC_019698	TCGC	2	8	6947	6954	0 %	25 %	25 %	50 %	434389907
112	NC_019698	G	6	6	7113	7118	0 %	0 %	100 %	0 %	434389907
113	NC_019698	CG	3	6	7242	7247	0 %	0 %	50 %	50 %	434389907
114	NC_019698	GGT	2	6	7308	7313	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434389907
115	NC_019698	CG	4	8	7315	7322	0 %	0 %	50 %	50 %	434389907
116	NC_019698	CAC	2	6	7339	7344	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389907
117	NC_019698	TAA	2	6	7348	7353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389907
118	NC_019698	TTGC	2	8	7383	7390	0 %	50 %	25 %	25 %	434389907
119	NC_019698	ACTT	2	8	7820	7827	25 %	50 %	0 %	25 %	434389908
120	NC_019698	ACC	2	6	7833	7838	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389908
121	NC_019698	TAAC	2	8	7890	7897	50 %	25 %	0 %	25 %	434389908
122	NC_019698	ATT	2	6	7918	7923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389908
123	NC_019698	ATC	2	6	7927	7932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389908
124	NC_019698	ATAG	2	8	7999	8006	50 %	25 %	25 %	0 %	434389908
125	NC_019698	TG	3	6	8033	8038	0 %	50 %	50 %	0 %	434389908
126	NC_019698	GCA	2	6	8093	8098	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389908
127	NC_019698	ATC	2	6	8099	8104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389908
128	NC_019698	GCA	2	6	8156	8161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389908
129	NC_019698	CCGA	2	8	8170	8177	25 %	0 %	25 %	50 %	434389908
130	NC_019698	CAT	2	6	8226	8231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389908
131	NC_019698	CAG	2	6	8298	8303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389908
132	NC_019698	CTG	2	6	8314	8319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389908
133	NC_019698	TTA	2	6	8375	8380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389908
134	NC_019698	ATC	2	6	8960	8965	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389909
135	NC_019698	ATT	2	6	8977	8982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389909
136	NC_019698	CTG	2	6	9016	9021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389909
137	NC_019698	CGG	2	6	9044	9049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389909
138	NC_019698	CAC	2	6	9063	9068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389909
139	NC_019698	TCT	2	6	9077	9082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434389909
140	NC_019698	CTA	2	6	9083	9088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389909
141	NC_019698	GAC	2	6	9099	9104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389910
142	NC_019698	AGC	2	6	9142	9147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389910
143	NC_019698	TCC	2	6	9194	9199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434389910
144	NC_019698	CCGCT	2	10	9225	9234	0 %	20 %	20 %	60 %	434389910
145	NC_019698	TAT	2	6	9293	9298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389910
146	NC_019698	CTCATC	2	12	9309	9320	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	434389910
147	NC_019698	CAT	2	6	9491	9496	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389910
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149	NC_019698	TAA	2	6	9515	9520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389910
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151	NC_019698	GATC	2	8	9560	9567	25 %	25 %	25 %	25 %	434389910
152	NC_019698	CA	3	6	9683	9688	50 %	0 %	0 %	50 %	434389910
153	NC_019698	CCA	3	9	9739	9747	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389910
154	NC_019698	ATCT	3	12	9766	9777	25 %	50 %	0 %	25 %	434389910
155	NC_019698	CTT	2	6	9831	9836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434389911
156	NC_019698	GCT	2	6	9889	9894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389911
157	NC_019698	TTA	2	6	9961	9966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389911
158	NC_019698	GCGTAG	2	12	9998	10009	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	434389911
159	NC_019698	ACT	2	6	10035	10040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389911
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162	NC_019698	GCG	2	6	10884	10889	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434389912
163	NC_019698	TCCC	2	8	10896	10903	0 %	25 %	0 %	75 %	434389912
164	NC_019698	CCT	2	6	10935	10940	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434389912
165	NC_019698	GAA	2	6	11021	11026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434389912
166	NC_019698	CAGC	2	8	11037	11044	25 %	0 %	25 %	50 %	434389912
167	NC_019698	TCGG	2	8	11088	11095	0 %	25 %	50 %	25 %	434389912
168	NC_019698	TGG	2	6	11146	11151	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434389912
169	NC_019698	CCG	2	6	11202	11207	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389912
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172	NC_019698	TAAAGA	2	12	11537	11548	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	434389913
173	NC_019698	GGT	2	6	11571	11576	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434389913
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179	NC_019698	AATC	2	8	11858	11865	50 %	25 %	0 %	25 %	434389913
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192	NC_019698	CCG	2	6	12388	12393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389913
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200	NC_019698	AG	3	6	12692	12697	50 %	0 %	50 %	0 %	434389913
201	NC_019698	ACA	3	9	12725	12733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434389913
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209	NC_019698	ATT	2	6	13384	13389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389914
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227	NC_019698	CTA	2	6	14123	14128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389914
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229	NC_019698	ATG	2	6	14170	14175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389914
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232	NC_019698	TCAG	2	8	14381	14388	25 %	25 %	25 %	25 %	434389914
233	NC_019698	AATACA	2	12	14446	14457	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	434389914
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235	NC_019698	CATG	2	8	14568	14575	25 %	25 %	25 %	25 %	434389914
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237	NC_019698	ATG	2	6	14672	14677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389914
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239	NC_019698	GTA	3	9	14723	14731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389914
240	NC_019698	AGA	2	6	14750	14755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434389914
241	NC_019698	AAT	2	6	14764	14769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389914
242	NC_019698	TCA	2	6	17768	17773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434389915
243	NC_019698	TGAAGC	2	12	17803	17814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	434389915
244	NC_019698	CCA	2	6	17816	17821	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389915
245	NC_019698	CTC	2	6	17845	17850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434389915
246	NC_019698	TTA	2	6	17878	17883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389915
247	NC_019698	CGC	2	6	17934	17939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434389915
248	NC_019698	GAC	2	6	17957	17962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389915
249	NC_019698	AGC	2	6	18123	18128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434389915
250	NC_019698	CCAA	2	8	18247	18254	50 %	0 %	0 %	50 %	434389915
251	NC_019698	A	6	6	22140	22145	100 %	0 %	0 %	0 %	434389916
252	NC_019698	CCA	2	6	22213	22218	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434389916
253	NC_019698	ATCG	2	8	22219	22226	25 %	25 %	25 %	25 %	434389916
254	NC_019698	TAT	2	6	22302	22307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389916
255	NC_019698	A	6	6	22319	22324	100 %	0 %	0 %	0 %	434389916
256	NC_019698	TG	3	6	22349	22354	0 %	50 %	50 %	0 %	434389916
257	NC_019698	T	6	6	22402	22407	0 %	100 %	0 %	0 %	434389916
258	NC_019698	AGGA	2	8	22418	22425	50 %	0 %	50 %	0 %	434389916
259	NC_019698	TCGA	2	8	22448	22455	25 %	25 %	25 %	25 %	434389916
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261	NC_019698	AAT	2	6	22564	22569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389916
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390	NC_019698	AGT	2	6	30567	30572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389921
391	NC_019698	GTG	3	9	30584	30592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434389921
392	NC_019698	G	7	7	30637	30643	0 %	0 %	100 %	0 %	434389921
393	NC_019698	AGT	2	6	30681	30686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389921
394	NC_019698	CAGG	2	8	30689	30696	25 %	0 %	50 %	25 %	434389921
395	NC_019698	GGT	2	6	30706	30711	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434389922
396	NC_019698	AATTGG	2	12	30724	30735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434389922
397	NC_019698	TAA	2	6	30744	30749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434389922
398	NC_019698	TTA	2	6	30765	30770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434389922
399	NC_019698	TCG	2	6	30784	30789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389922
400	NC_019698	GCT	2	6	30901	30906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434389922
401	NC_019698	TTG	2	6	30930	30935	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434389922
402	NC_019698	AATT	2	8	30990	30997	50 %	50 %	0 %	0 %	434389922
403	NC_019698	TTGATT	2	12	31006	31017	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	434389922

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.