MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 20222

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243209
2	NC_017434	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385243209
3	NC_017434	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385243209
4	NC_017434	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243209
5	NC_017434	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	385243209
6	NC_017434	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243209
7	NC_017434	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243209
8	NC_017434	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243209
9	NC_017434	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243209
10	NC_017434	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	385243209
11	NC_017434	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385243209
12	NC_017434	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243209
13	NC_017434	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243210
14	NC_017434	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243210
15	NC_017434	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243210
16	NC_017434	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	385243210
17	NC_017434	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	385243210
18	NC_017434	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243210
19	NC_017434	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243210
20	NC_017434	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243210
21	NC_017434	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243210
22	NC_017434	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	385243211
23	NC_017434	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243211
24	NC_017434	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	385243211
25	NC_017434	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385243211
26	NC_017434	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385243211
27	NC_017434	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385243211
28	NC_017434	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385243211
29	NC_017434	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243211
30	NC_017434	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243211
31	NC_017434	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243211
32	NC_017434	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243211
33	NC_017434	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243211
34	NC_017434	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385243211
35	NC_017434	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	385243211
36	NC_017434	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	385243211
37	NC_017434	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243211
38	NC_017434	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243211
39	NC_017434	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243211
40	NC_017434	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	385243211
41	NC_017434	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243211
42	NC_017434	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243211
43	NC_017434	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243211
44	NC_017434	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243211
45	NC_017434	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385243211
46	NC_017434	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	385243211
47	NC_017434	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243211
48	NC_017434	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243211
49	NC_017434	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243211
50	NC_017434	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385243211
51	NC_017434	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385243212
52	NC_017434	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243212
53	NC_017434	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243212
54	NC_017434	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	385243212
55	NC_017434	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243212
56	NC_017434	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385243212
57	NC_017434	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243212
58	NC_017434	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	385243212
59	NC_017434	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243212
60	NC_017434	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243212
61	NC_017434	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	385243212
62	NC_017434	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243212
63	NC_017434	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385243212
64	NC_017434	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	385243212
65	NC_017434	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243212
66	NC_017434	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	385243212
67	NC_017434	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385243212
68	NC_017434	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243212
69	NC_017434	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243212
70	NC_017434	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243212
71	NC_017434	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243212
72	NC_017434	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243212
73	NC_017434	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	385243212
74	NC_017434	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385243212
75	NC_017434	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243212
76	NC_017434	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	385243212
77	NC_017434	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385243212
78	NC_017434	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243212
79	NC_017434	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243213
80	NC_017434	TCT	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243213
81	NC_017434	GCT	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243213
82	NC_017434	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385243213
83	NC_017434	GAT	2	6	5248	5253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243213
84	NC_017434	TC	3	6	5264	5269	0 %	50 %	0 %	50 %	385243213
85	NC_017434	GA	3	6	5275	5280	50 %	0 %	50 %	0 %	385243213
86	NC_017434	ACG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243213
87	NC_017434	GAA	2	6	5310	5315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243213
88	NC_017434	TGGA	2	8	5323	5330	25 %	25 %	50 %	0 %	385243213
89	NC_017434	AT	3	6	5379	5384	50 %	50 %	0 %	0 %	385243213
90	NC_017434	AGA	3	9	5387	5395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243213
91	NC_017434	GCT	2	6	5396	5401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243213
92	NC_017434	AGA	2	6	5405	5410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243213
93	NC_017434	TGG	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385243213
94	NC_017434	AGA	3	9	5459	5467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243213
95	NC_017434	GGA	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243213
96	NC_017434	TG	3	6	5532	5537	0 %	50 %	50 %	0 %	385243213
97	NC_017434	T	6	6	5610	5615	0 %	100 %	0 %	0 %	385243213
98	NC_017434	TCA	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243213
99	NC_017434	GGA	2	6	5690	5695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243213
100	NC_017434	CTTT	2	8	5700	5707	0 %	75 %	0 %	25 %	385243213
101	NC_017434	CTT	2	6	5750	5755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243213
102	NC_017434	CTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243213
103	NC_017434	CAG	2	6	5911	5916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243213
104	NC_017434	AG	3	6	5940	5945	50 %	0 %	50 %	0 %	385243213
105	NC_017434	GGGA	2	8	6215	6222	25 %	0 %	75 %	0 %	385243213
106	NC_017434	AGG	2	6	6440	6445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243214
107	NC_017434	GAA	2	6	6484	6489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243214
108	NC_017434	GGTG	2	8	6518	6525	0 %	25 %	75 %	0 %	385243214
109	NC_017434	AAAT	2	8	6584	6591	75 %	25 %	0 %	0 %	385243214
110	NC_017434	GCA	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243214
111	NC_017434	AAG	2	6	6789	6794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243214
112	NC_017434	TGC	2	6	6822	6827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243214
113	NC_017434	TCG	2	6	7315	7320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243215
114	NC_017434	TCC	2	6	7358	7363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385243215
115	NC_017434	GTT	2	6	7466	7471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385243215
116	NC_017434	AC	3	6	7648	7653	50 %	0 %	0 %	50 %	385243215
117	NC_017434	T	6	6	7684	7689	0 %	100 %	0 %	0 %	385243215
118	NC_017434	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	385243215
119	NC_017434	AAGC	2	8	7821	7828	50 %	0 %	25 %	25 %	385243215
120	NC_017434	TTA	2	6	7836	7841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243215
121	NC_017434	A	6	6	7968	7973	100 %	0 %	0 %	0 %	385243215
122	NC_017434	T	6	6	8053	8058	0 %	100 %	0 %	0 %	385243215
123	NC_017434	TTC	2	6	8159	8164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243215
124	NC_017434	ATTG	2	8	8219	8226	25 %	50 %	25 %	0 %	385243216
125	NC_017434	GAA	2	6	8303	8308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243216
126	NC_017434	AG	3	6	8391	8396	50 %	0 %	50 %	0 %	385243216
127	NC_017434	ACC	2	6	8431	8436	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385243216
128	NC_017434	CTT	2	6	8484	8489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243216
129	NC_017434	CT	4	8	8510	8517	0 %	50 %	0 %	50 %	385243216
130	NC_017434	GAG	2	6	8564	8569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243216
131	NC_017434	ATA	2	6	8581	8586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385243216
132	NC_017434	GT	3	6	8592	8597	0 %	50 %	50 %	0 %	385243216
133	NC_017434	AGG	2	6	8605	8610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243216
134	NC_017434	AGCG	2	8	8686	8693	25 %	0 %	50 %	25 %	385243216
135	NC_017434	AAAG	2	8	8707	8714	75 %	0 %	25 %	0 %	385243216
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271	NC_017434	AAAT	2	8	15560	15567	75 %	25 %	0 %	0 %	385243222
272	NC_017434	TCA	2	6	15697	15702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243222
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274	NC_017434	GTA	2	6	15714	15719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243222
275	NC_017434	AG	3	6	15745	15750	50 %	0 %	50 %	0 %	385243222
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300	NC_017434	A	6	6	16864	16869	100 %	0 %	0 %	0 %	385243223
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385	NC_017434	TCT	2	6	22079	22084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243227
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390	NC_017434	AT	3	6	22511	22516	50 %	50 %	0 %	0 %	385243227
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