MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 60963

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	TGAA	2	8	225	232	50 %	25 %	25 %	0 %	385777387
2	NC_017304	A	6	6	240	245	100 %	0 %	0 %	0 %	385777387
3	NC_017304	CGG	2	6	351	356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
4	NC_017304	CAA	2	6	361	366	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
5	NC_017304	CCG	2	6	498	503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385777387
6	NC_017304	TGGCCG	2	12	600	611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385777387
7	NC_017304	AT	3	6	644	649	50 %	50 %	0 %	0 %	385777387
8	NC_017304	ATGC	2	8	680	687	25 %	25 %	25 %	25 %	385777387
9	NC_017304	TTC	2	6	715	720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
10	NC_017304	ACA	2	6	783	788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777387
11	NC_017304	GAA	2	6	794	799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
12	NC_017304	GAC	2	6	839	844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777387
13	NC_017304	GGAAA	2	10	860	869	60 %	0 %	40 %	0 %	385777387
14	NC_017304	GGA	3	9	874	882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
15	NC_017304	TTC	2	6	884	889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777387
16	NC_017304	CAAA	2	8	915	922	75 %	0 %	0 %	25 %	385777387
17	NC_017304	GAAA	2	8	952	959	75 %	0 %	25 %	0 %	385777387
18	NC_017304	A	6	6	1055	1060	100 %	0 %	0 %	0 %	385777387
19	NC_017304	CAC	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777387
20	NC_017304	GAA	2	6	1310	1315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
21	NC_017304	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
22	NC_017304	TCCC	2	8	1397	1404	0 %	25 %	0 %	75 %	385777387
23	NC_017304	CGG	2	6	1423	1428	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385777387
24	NC_017304	TAC	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777387
25	NC_017304	CATG	2	8	1451	1458	25 %	25 %	25 %	25 %	385777387
26	NC_017304	GAA	2	6	1472	1477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777387
27	NC_017304	AGG	2	6	1499	1504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777387
28	NC_017304	CTG	2	6	1529	1534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777387
29	NC_017304	A	6	6	1542	1547	100 %	0 %	0 %	0 %	385777387
30	NC_017304	GGAA	2	8	1825	1832	50 %	0 %	50 %	0 %	385777388
31	NC_017304	CGT	2	6	1837	1842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777388
32	NC_017304	GGAA	2	8	1882	1889	50 %	0 %	50 %	0 %	385777388
33	NC_017304	AAG	2	6	2023	2028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
34	NC_017304	GGAA	2	8	2230	2237	50 %	0 %	50 %	0 %	385777388
35	NC_017304	A	6	6	2326	2331	100 %	0 %	0 %	0 %	385777388
36	NC_017304	AAC	2	6	2336	2341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777388
37	NC_017304	TGA	2	6	2416	2421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777388
38	NC_017304	TAT	2	6	2524	2529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777388
39	NC_017304	ACC	2	6	2530	2535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385777388
40	NC_017304	GAA	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777388
41	NC_017304	GCA	2	6	2721	2726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777388
42	NC_017304	TTCAA	2	10	2804	2813	40 %	40 %	0 %	20 %	385777388
43	NC_017304	AATA	3	12	2881	2892	75 %	25 %	0 %	0 %	385777388
44	NC_017304	TGA	2	6	3000	3005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777389
45	NC_017304	AAG	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
46	NC_017304	GAA	2	6	3054	3059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777389
47	NC_017304	TTG	2	6	3078	3083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777389
48	NC_017304	A	6	6	3095	3100	100 %	0 %	0 %	0 %	385777389
49	NC_017304	A	6	6	3198	3203	100 %	0 %	0 %	0 %	385777390
50	NC_017304	A	8	8	3372	3379	100 %	0 %	0 %	0 %	385777390
51	NC_017304	GTA	2	6	3412	3417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
52	NC_017304	AAAT	2	8	3419	3426	75 %	25 %	0 %	0 %	385777390
53	NC_017304	A	8	8	3438	3445	100 %	0 %	0 %	0 %	385777390
54	NC_017304	ATA	2	6	3502	3507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
55	NC_017304	AAG	2	6	3509	3514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
56	NC_017304	AGA	2	6	3526	3531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
57	NC_017304	GCA	2	6	3585	3590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777390
58	NC_017304	ACA	2	6	3712	3717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777390
59	NC_017304	TG	3	6	3740	3745	0 %	50 %	50 %	0 %	385777390
60	NC_017304	A	8	8	3753	3760	100 %	0 %	0 %	0 %	385777390
61	NC_017304	GACG	2	8	3774	3781	25 %	0 %	50 %	25 %	385777390
62	NC_017304	A	6	6	3852	3857	100 %	0 %	0 %	0 %	385777390
63	NC_017304	CA	3	6	3926	3931	50 %	0 %	0 %	50 %	385777390
64	NC_017304	GAT	2	6	3934	3939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
65	NC_017304	CCT	2	6	4001	4006	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777390
66	NC_017304	TGT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777390
67	NC_017304	ATA	2	6	4036	4041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777390
68	NC_017304	TGA	2	6	4077	4082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777390
69	NC_017304	AGA	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
70	NC_017304	TTA	2	6	4151	4156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
71	NC_017304	ATT	2	6	4173	4178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
72	NC_017304	TA	4	8	4205	4212	50 %	50 %	0 %	0 %	385777390
73	NC_017304	GAA	2	6	4226	4231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777390
74	NC_017304	TTA	2	6	4233	4238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777390
75	NC_017304	GGA	2	6	4425	4430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
76	NC_017304	GTA	2	6	4437	4442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777391
77	NC_017304	A	6	6	4448	4453	100 %	0 %	0 %	0 %	385777391
78	NC_017304	GAA	3	9	4524	4532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777391
79	NC_017304	TAA	2	6	4576	4581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777391
80	NC_017304	A	7	7	4593	4599	100 %	0 %	0 %	0 %	385777391
81	NC_017304	TAT	2	6	4601	4606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777391
82	NC_017304	TTAT	3	12	4603	4614	25 %	75 %	0 %	0 %	385777391
83	NC_017304	TTC	2	6	4622	4627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385777391
84	NC_017304	GGA	2	6	4658	4663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777391
85	NC_017304	GCAA	2	8	4775	4782	50 %	0 %	25 %	25 %	385777392
86	NC_017304	TAA	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
87	NC_017304	TA	3	6	4866	4871	50 %	50 %	0 %	0 %	385777392
88	NC_017304	CCATA	2	10	5069	5078	40 %	20 %	0 %	40 %	385777392
89	NC_017304	GCGG	2	8	5085	5092	0 %	0 %	75 %	25 %	385777392
90	NC_017304	GGA	2	6	5124	5129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
91	NC_017304	GAAGTT	2	12	5178	5189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777392
92	NC_017304	AT	3	6	5203	5208	50 %	50 %	0 %	0 %	385777392
93	NC_017304	ACT	2	6	5286	5291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
94	NC_017304	T	6	6	5369	5374	0 %	100 %	0 %	0 %	385777392
95	NC_017304	GAG	2	6	5415	5420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777392
96	NC_017304	ATTT	2	8	5508	5515	25 %	75 %	0 %	0 %	385777392
97	NC_017304	ATA	2	6	5602	5607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
98	NC_017304	GAGG	2	8	5619	5626	25 %	0 %	75 %	0 %	385777392
99	NC_017304	A	6	6	5682	5687	100 %	0 %	0 %	0 %	385777392
100	NC_017304	TCA	2	6	5755	5760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777392
101	NC_017304	AAG	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
102	NC_017304	TTG	2	6	5833	5838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
103	NC_017304	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
104	NC_017304	AG	3	6	5934	5939	50 %	0 %	50 %	0 %	385777392
105	NC_017304	AAG	2	6	5966	5971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
106	NC_017304	A	6	6	5972	5977	100 %	0 %	0 %	0 %	385777392
107	NC_017304	TTG	2	6	6055	6060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777392
108	NC_017304	AAT	2	6	6263	6268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777392
109	NC_017304	GCCGAT	2	12	6276	6287	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777392
110	NC_017304	TA	3	6	6367	6372	50 %	50 %	0 %	0 %	385777392
111	NC_017304	GA	3	6	6457	6462	50 %	0 %	50 %	0 %	385777392
112	NC_017304	A	6	6	6471	6476	100 %	0 %	0 %	0 %	385777392
113	NC_017304	GAA	2	6	6477	6482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777392
114	NC_017304	AGTTG	2	10	6575	6584	20 %	40 %	40 %	0 %	385777392
115	NC_017304	CGA	2	6	6602	6607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777392
116	NC_017304	AT	3	6	6691	6696	50 %	50 %	0 %	0 %	385777392
117	NC_017304	ACT	3	9	7733	7741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385777393
118	NC_017304	TCTTG	2	10	7757	7766	0 %	60 %	20 %	20 %	385777393
119	NC_017304	A	6	6	7778	7783	100 %	0 %	0 %	0 %	385777393
120	NC_017304	AATC	2	8	7857	7864	50 %	25 %	0 %	25 %	385777393
121	NC_017304	AT	3	6	7869	7874	50 %	50 %	0 %	0 %	385777393
122	NC_017304	TAA	2	6	7875	7880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
123	NC_017304	ATG	2	6	7896	7901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
124	NC_017304	AC	3	6	7911	7916	50 %	0 %	0 %	50 %	385777393
125	NC_017304	AG	3	6	7994	7999	50 %	0 %	50 %	0 %	385777393
126	NC_017304	ATTG	2	8	8054	8061	25 %	50 %	25 %	0 %	385777393
127	NC_017304	TCC	2	6	8062	8067	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385777393
128	NC_017304	GCT	2	6	8077	8082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
129	NC_017304	CTG	2	6	8100	8105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777393
130	NC_017304	AGT	2	6	8224	8229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777393
131	NC_017304	A	6	6	8285	8290	100 %	0 %	0 %	0 %	385777393
132	NC_017304	ATT	2	6	8318	8323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777393
133	NC_017304	ATA	2	6	8369	8374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777393
134	NC_017304	GAG	2	6	8444	8449	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777393
135	NC_017304	GAA	2	6	8512	8517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777394
136	NC_017304	AAAT	2	8	8546	8553	75 %	25 %	0 %	0 %	385777394
137	NC_017304	GTC	2	6	8641	8646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777394
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268	NC_017304	TTTA	2	8	16153	16160	25 %	75 %	0 %	0 %	385777400
269	NC_017304	ACA	2	6	16217	16222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385777400
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392	NC_017304	GAA	2	6	23689	23694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777408
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