MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 21283

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	ACA	2	6	259	264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443756
2	NC_015408	GAA	2	6	333	338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
3	NC_015408	AGA	2	6	410	415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
4	NC_015408	ATA	2	6	468	473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443756
5	NC_015408	CCAA	2	8	478	485	50 %	0 %	0 %	50 %	330443756
6	NC_015408	CTTG	2	8	550	557	0 %	50 %	25 %	25 %	330443756
7	NC_015408	ACC	2	6	576	581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443756
8	NC_015408	TCC	2	6	594	599	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443756
9	NC_015408	GCA	2	6	655	660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443756
10	NC_015408	TTC	2	6	672	677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443756
11	NC_015408	GCA	2	6	765	770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443756
12	NC_015408	TC	3	6	802	807	0 %	50 %	0 %	50 %	330443756
13	NC_015408	TCT	2	6	897	902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443756
14	NC_015408	AAG	2	6	904	909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443756
15	NC_015408	CAT	2	6	946	951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443756
16	NC_015408	CGC	2	6	967	972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330443756
17	NC_015408	TCC	2	6	1088	1093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443756
18	NC_015408	AAG	2	6	1970	1975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
19	NC_015408	CAG	2	6	2100	2105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443757
20	NC_015408	ATA	2	6	2132	2137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443757
21	NC_015408	AAG	2	6	2141	2146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
22	NC_015408	CCT	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
23	NC_015408	AGA	2	6	2189	2194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
24	NC_015408	GAA	2	6	2292	2297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
25	NC_015408	AAG	2	6	2394	2399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
26	NC_015408	CT	4	8	2458	2465	0 %	50 %	0 %	50 %	330443757
27	NC_015408	TGC	2	6	2508	2513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443757
28	NC_015408	AAG	2	6	2630	2635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
29	NC_015408	GAA	2	6	2686	2691	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
30	NC_015408	CCT	2	6	2727	2732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
31	NC_015408	GAA	2	6	2745	2750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443757
32	NC_015408	ATC	2	6	2804	2809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443757
33	NC_015408	CCT	2	6	3084	3089	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443757
34	NC_015408	TC	3	6	3118	3123	0 %	50 %	0 %	50 %	330443757
35	NC_015408	CAG	2	6	3175	3180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443757
36	NC_015408	TGTA	2	8	3233	3240	25 %	50 %	25 %	0 %	330443757
37	NC_015408	CTG	2	6	3293	3298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443757
38	NC_015408	A	8	8	3582	3589	100 %	0 %	0 %	0 %	330443758
39	NC_015408	ACG	2	6	3843	3848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443758
40	NC_015408	T	6	6	3868	3873	0 %	100 %	0 %	0 %	330443758
41	NC_015408	TC	3	6	3954	3959	0 %	50 %	0 %	50 %	330443758
42	NC_015408	AAG	2	6	3965	3970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443758
43	NC_015408	GCT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443758
44	NC_015408	TC	4	8	4008	4015	0 %	50 %	0 %	50 %	330443758
45	NC_015408	TG	3	6	4085	4090	0 %	50 %	50 %	0 %	330443758
46	NC_015408	ATG	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330443758
47	NC_015408	CT	3	6	4201	4206	0 %	50 %	0 %	50 %	330443758
48	NC_015408	GAA	2	6	4243	4248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443758
49	NC_015408	CT	3	6	4258	4263	0 %	50 %	0 %	50 %	330443758
50	NC_015408	A	7	7	4272	4278	100 %	0 %	0 %	0 %	330443758
51	NC_015408	CAAA	2	8	4320	4327	75 %	0 %	0 %	25 %	330443758
52	NC_015408	TC	3	6	4343	4348	0 %	50 %	0 %	50 %	330443758
53	NC_015408	TTC	3	9	4566	4574	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443759
54	NC_015408	T	6	6	4585	4590	0 %	100 %	0 %	0 %	330443759
55	NC_015408	ATA	2	6	4608	4613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443759
56	NC_015408	ATA	2	6	4632	4637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443759
57	NC_015408	TCA	2	6	4666	4671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443759
58	NC_015408	ACA	2	6	4684	4689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443759
59	NC_015408	TGT	2	6	4714	4719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443759
60	NC_015408	AGA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443759
61	NC_015408	CAC	2	6	4755	4760	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443759
62	NC_015408	ACA	2	6	4767	4772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443759
63	NC_015408	CAT	2	6	4773	4778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443759
64	NC_015408	TAGC	2	8	4790	4797	25 %	25 %	25 %	25 %	330443759
65	NC_015408	TAT	2	6	5007	5012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443760
66	NC_015408	TCT	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443760
67	NC_015408	T	6	6	5028	5033	0 %	100 %	0 %	0 %	330443760
68	NC_015408	C	6	6	5050	5055	0 %	0 %	0 %	100 %	330443760
69	NC_015408	CT	3	6	5127	5132	0 %	50 %	0 %	50 %	330443760
70	NC_015408	AGA	2	6	5222	5227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
71	NC_015408	CCT	2	6	5245	5250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
72	NC_015408	CCT	2	6	5260	5265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
73	NC_015408	GAA	2	6	5319	5324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
74	NC_015408	TTC	2	6	5336	5341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
75	NC_015408	TGT	2	6	5354	5359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443761
76	NC_015408	AAC	2	6	5383	5388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
77	NC_015408	TCC	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
78	NC_015408	CTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
79	NC_015408	G	6	6	5495	5500	0 %	0 %	100 %	0 %	330443761
80	NC_015408	AGA	2	6	5519	5524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
81	NC_015408	CTC	2	6	5554	5559	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443761
82	NC_015408	CAC	2	6	5680	5685	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	330443761
83	NC_015408	A	6	6	5686	5691	100 %	0 %	0 %	0 %	330443761
84	NC_015408	CTT	2	6	5692	5697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
85	NC_015408	CTG	2	6	5746	5751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443761
86	NC_015408	CAA	2	6	5760	5765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
87	NC_015408	GCT	2	6	5766	5771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443761
88	NC_015408	AG	3	6	5778	5783	50 %	0 %	50 %	0 %	330443761
89	NC_015408	AAC	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443761
90	NC_015408	AGG	2	6	5885	5890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443761
91	NC_015408	GA	3	6	5900	5905	50 %	0 %	50 %	0 %	330443761
92	NC_015408	AAGC	2	8	5985	5992	50 %	0 %	25 %	25 %	330443761
93	NC_015408	AAAG	2	8	6086	6093	75 %	0 %	25 %	0 %	330443761
94	NC_015408	ATT	2	6	6110	6115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443761
95	NC_015408	AAGCAG	2	12	6220	6231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330443761
96	NC_015408	ATA	2	6	6271	6276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	330443761
97	NC_015408	AAG	2	6	6318	6323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
98	NC_015408	AGA	2	6	6425	6430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443761
99	NC_015408	A	7	7	6430	6436	100 %	0 %	0 %	0 %	330443761
100	NC_015408	CTT	2	6	6438	6443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
101	NC_015408	AGAA	2	8	6494	6501	75 %	0 %	25 %	0 %	330443761
102	NC_015408	CTT	2	6	6567	6572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443761
103	NC_015408	ATTT	2	8	6590	6597	25 %	75 %	0 %	0 %	330443761
104	NC_015408	A	6	6	6744	6749	100 %	0 %	0 %	0 %	330443762
105	NC_015408	AAGG	2	8	6788	6795	50 %	0 %	50 %	0 %	330443762
106	NC_015408	CCTA	2	8	6804	6811	25 %	25 %	0 %	50 %	330443762
107	NC_015408	AG	3	6	6826	6831	50 %	0 %	50 %	0 %	330443762
108	NC_015408	TCT	2	6	6855	6860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443762
109	NC_015408	AGC	2	6	6898	6903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443762
110	NC_015408	CTT	2	6	6959	6964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443762
111	NC_015408	ATT	2	6	6987	6992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443762
112	NC_015408	CATA	2	8	6996	7003	50 %	25 %	0 %	25 %	330443762
113	NC_015408	GAA	2	6	7028	7033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443762
114	NC_015408	AGA	2	6	7099	7104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443762
115	NC_015408	TTA	2	6	7187	7192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
116	NC_015408	CAAAG	2	10	7323	7332	60 %	0 %	20 %	20 %	330443763
117	NC_015408	A	6	6	7389	7394	100 %	0 %	0 %	0 %	330443763
118	NC_015408	TC	3	6	7412	7417	0 %	50 %	0 %	50 %	330443763
119	NC_015408	CTT	2	6	7440	7445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
120	NC_015408	T	6	6	7473	7478	0 %	100 %	0 %	0 %	330443763
121	NC_015408	TCA	2	6	7480	7485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
122	NC_015408	AAAC	2	8	7502	7509	75 %	0 %	0 %	25 %	330443763
123	NC_015408	TC	3	6	7527	7532	0 %	50 %	0 %	50 %	330443763
124	NC_015408	TCA	2	6	7586	7591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
125	NC_015408	TCC	2	6	7616	7621	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443763
126	NC_015408	TCTT	2	8	7640	7647	0 %	75 %	0 %	25 %	330443763
127	NC_015408	TCC	2	6	7654	7659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	330443763
128	NC_015408	GCA	2	6	7738	7743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330443763
129	NC_015408	CAA	2	6	7746	7751	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443763
130	NC_015408	A	6	6	7757	7762	100 %	0 %	0 %	0 %	330443763
131	NC_015408	GAA	2	6	7763	7768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
132	NC_015408	A	6	6	7838	7843	100 %	0 %	0 %	0 %	330443763
133	NC_015408	GTC	2	6	7901	7906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330443763
134	NC_015408	ATT	2	6	7910	7915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
135	NC_015408	TCT	2	6	7951	7956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
136	NC_015408	GAA	2	6	8048	8053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
137	NC_015408	AGA	2	6	8086	8091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443763
138	NC_015408	CT	3	6	8110	8115	0 %	50 %	0 %	50 %	330443763
139	NC_015408	ATTT	2	8	8143	8150	25 %	75 %	0 %	0 %	330443763
140	NC_015408	GGA	3	9	8183	8191	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	330443763
141	NC_015408	TTTTC	2	10	8195	8204	0 %	80 %	0 %	20 %	330443763
142	NC_015408	ATT	2	6	8209	8214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	330443763
143	NC_015408	CAT	2	6	8242	8247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330443763
144	NC_015408	TCCT	2	8	8283	8290	0 %	50 %	0 %	50 %	330443763
145	NC_015408	A	6	6	8301	8306	100 %	0 %	0 %	0 %	330443763
146	NC_015408	TTG	2	6	8319	8324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	330443763
147	NC_015408	CTT	2	6	8408	8413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443763
148	NC_015408	TTCA	2	8	8573	8580	25 %	50 %	0 %	25 %	330443763
149	NC_015408	ACA	2	6	8598	8603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	330443763
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159	NC_015408	AAAC	2	8	9044	9051	75 %	0 %	0 %	25 %	330443764
160	NC_015408	TTC	2	6	9053	9058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	330443764
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162	NC_015408	AAG	2	6	9150	9155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	330443764
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261	NC_015408	ATCC	2	8	14124	14131	25 %	25 %	0 %	50 %	330443768
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