MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium difficile R20291 chromosome

Total Repeats: 92300

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013316	TAC	2	6	9479	9484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260685376
2	NC_013316	TAA	2	6	9505	9510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685376
3	NC_013316	GAT	2	6	9555	9560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685376
4	NC_013316	AGA	2	6	9563	9568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685376
5	NC_013316	GAT	2	6	9621	9626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685376
6	NC_013316	ATG	2	6	9697	9702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685376
7	NC_013316	AG	3	6	9740	9745	50 %	0 %	50 %	0 %	260685376
8	NC_013316	GAT	2	6	9780	9785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685376
9	NC_013316	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	260685376
10	NC_013316	ATTTA	2	10	9910	9919	40 %	60 %	0 %	0 %	260685377
11	NC_013316	TA	3	6	9918	9923	50 %	50 %	0 %	0 %	260685377
12	NC_013316	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	260685377
13	NC_013316	AAG	2	6	9995	10000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685377
14	NC_013316	TA	3	6	10001	10006	50 %	50 %	0 %	0 %	260685377
15	NC_013316	AT	4	8	10029	10036	50 %	50 %	0 %	0 %	260685377
16	NC_013316	GATA	2	8	10070	10077	50 %	25 %	25 %	0 %	260685377
17	NC_013316	TAG	2	6	10125	10130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685377
18	NC_013316	A	6	6	10138	10143	100 %	0 %	0 %	0 %	260685377
19	NC_013316	AAG	2	6	10180	10185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685377
20	NC_013316	AAG	2	6	10244	10249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685377
21	NC_013316	TA	3	6	10277	10282	50 %	50 %	0 %	0 %	260685377
22	NC_013316	GAA	2	6	10292	10297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685377
23	NC_013316	CTT	2	6	10320	10325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260685377
24	NC_013316	TCA	2	6	10352	10357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260685377
25	NC_013316	ATG	2	6	10362	10367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685377
26	NC_013316	AGA	2	6	10411	10416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685377
27	NC_013316	TAA	2	6	10453	10458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685377
28	NC_013316	AGAT	2	8	10501	10508	50 %	25 %	25 %	0 %	260685377
29	NC_013316	CTAGA	2	10	10572	10581	40 %	20 %	20 %	20 %	260685377
30	NC_013316	GTA	2	6	10589	10594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685377
31	NC_013316	A	6	6	10604	10609	100 %	0 %	0 %	0 %	260685377
32	NC_013316	A	7	7	10617	10623	100 %	0 %	0 %	0 %	260685377
33	NC_013316	A	7	7	10629	10635	100 %	0 %	0 %	0 %	260685377
34	NC_013316	TGA	2	6	15861	15866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685378
35	NC_013316	AAG	3	9	15867	15875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685378
36	NC_013316	ATA	2	6	16003	16008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685378
37	NC_013316	AT	3	6	16023	16028	50 %	50 %	0 %	0 %	260685378
38	NC_013316	AT	3	6	16030	16035	50 %	50 %	0 %	0 %	260685378
39	NC_013316	ATG	2	6	16097	16102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685378
40	NC_013316	ATT	2	6	16111	16116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685378
41	NC_013316	ATC	2	6	16154	16159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260685378
42	NC_013316	GAA	2	6	16224	16229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685378
43	NC_013316	AGA	2	6	16305	16310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685378
44	NC_013316	AGG	2	6	16362	16367	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260685378
45	NC_013316	T	6	6	16379	16384	0 %	100 %	0 %	0 %	260685379
46	NC_013316	GCT	2	6	16398	16403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260685379
47	NC_013316	CAA	2	6	16405	16410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260685379
48	NC_013316	TAA	2	6	16448	16453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
49	NC_013316	ATA	2	6	16462	16467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
50	NC_013316	TA	3	6	16478	16483	50 %	50 %	0 %	0 %	260685379
51	NC_013316	AAT	2	6	16487	16492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
52	NC_013316	TA	3	6	16512	16517	50 %	50 %	0 %	0 %	260685379
53	NC_013316	AAGA	2	8	16529	16536	75 %	0 %	25 %	0 %	260685379
54	NC_013316	AAT	2	6	16581	16586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
55	NC_013316	TAT	2	6	16622	16627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685379
56	NC_013316	GCT	2	6	16689	16694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260685379
57	NC_013316	ATT	2	6	16752	16757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685379
58	NC_013316	T	6	6	16761	16766	0 %	100 %	0 %	0 %	260685379
59	NC_013316	ATA	2	6	16861	16866	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
60	NC_013316	TAAT	2	8	16909	16916	50 %	50 %	0 %	0 %	260685379
61	NC_013316	AC	3	6	16918	16923	50 %	0 %	0 %	50 %	260685379
62	NC_013316	AAG	2	6	16934	16939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685379
63	NC_013316	ATA	2	6	16954	16959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
64	NC_013316	TGAA	2	8	16999	17006	50 %	25 %	25 %	0 %	260685379
65	NC_013316	A	6	6	17020	17025	100 %	0 %	0 %	0 %	260685379
66	NC_013316	ACA	2	6	17074	17079	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260685379
67	NC_013316	TGA	2	6	17114	17119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685379
68	NC_013316	AAAT	2	8	17159	17166	75 %	25 %	0 %	0 %	260685379
69	NC_013316	ATA	2	6	17176	17181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
70	NC_013316	TTCC	2	8	17197	17204	0 %	50 %	0 %	50 %	260685379
71	NC_013316	TTA	2	6	17208	17213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685379
72	NC_013316	TAA	2	6	17216	17221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685379
73	NC_013316	GAT	2	6	17746	17751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685380
74	NC_013316	A	6	6	17755	17760	100 %	0 %	0 %	0 %	260685380
75	NC_013316	AGA	2	6	17770	17775	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
76	NC_013316	ATA	2	6	17816	17821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685380
77	NC_013316	AGA	2	6	17824	17829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
78	NC_013316	AAG	2	6	17840	17845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
79	NC_013316	A	7	7	17881	17887	100 %	0 %	0 %	0 %	260685380
80	NC_013316	TAA	2	6	17897	17902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685380
81	NC_013316	AAG	2	6	17903	17908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
82	NC_013316	AGA	2	6	17922	17927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
83	NC_013316	AGATA	2	10	17952	17961	60 %	20 %	20 %	0 %	260685380
84	NC_013316	TGA	2	6	17970	17975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685380
85	NC_013316	AAG	2	6	17984	17989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
86	NC_013316	CTA	2	6	18101	18106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260685380
87	NC_013316	TA	3	6	18206	18211	50 %	50 %	0 %	0 %	260685380
88	NC_013316	GAA	2	6	18355	18360	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
89	NC_013316	CAG	2	6	18512	18517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260685380
90	NC_013316	ACA	2	6	18543	18548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260685380
91	NC_013316	TAA	2	6	18555	18560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685380
92	NC_013316	AGA	2	6	18588	18593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
93	NC_013316	ATG	2	6	18623	18628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685380
94	NC_013316	TCT	2	6	18763	18768	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260685380
95	NC_013316	CAAG	2	8	18790	18797	50 %	0 %	25 %	25 %	260685380
96	NC_013316	A	6	6	18826	18831	100 %	0 %	0 %	0 %	260685380
97	NC_013316	GCT	2	6	18892	18897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260685380
98	NC_013316	CAG	2	6	18913	18918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260685380
99	NC_013316	GTA	2	6	18931	18936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685380
100	NC_013316	AGA	2	6	18942	18947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685380
101	NC_013316	AAAT	2	8	18979	18986	75 %	25 %	0 %	0 %	260685380
102	NC_013316	AAG	2	6	19326	19331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685381
103	NC_013316	AAG	2	6	19338	19343	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685381
104	NC_013316	ATA	2	6	19356	19361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685381
105	NC_013316	A	6	6	19361	19366	100 %	0 %	0 %	0 %	260685381
106	NC_013316	TAT	2	6	19384	19389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685381
107	NC_013316	ATA	2	6	19406	19411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685381
108	NC_013316	GGT	2	6	19499	19504	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260685381
109	NC_013316	A	6	6	19585	19590	100 %	0 %	0 %	0 %	260685381
110	NC_013316	A	6	6	19615	19620	100 %	0 %	0 %	0 %	260685381
111	NC_013316	AT	3	6	19624	19629	50 %	50 %	0 %	0 %	260685381
112	NC_013316	ATT	2	6	19656	19661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685381
113	NC_013316	TAA	4	12	19663	19674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685381
114	NC_013316	AAG	2	6	19701	19706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685381
115	NC_013316	T	6	6	19730	19735	0 %	100 %	0 %	0 %	260685381
116	NC_013316	TA	3	6	20243	20248	50 %	50 %	0 %	0 %	260685382
117	NC_013316	ATT	2	6	20296	20301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685382
118	NC_013316	A	6	6	20310	20315	100 %	0 %	0 %	0 %	260685382
119	NC_013316	AT	3	6	20320	20325	50 %	50 %	0 %	0 %	260685382
120	NC_013316	ATA	2	6	20330	20335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685382
121	NC_013316	TTTGT	2	10	20349	20358	0 %	80 %	20 %	0 %	260685382
122	NC_013316	T	6	6	20396	20401	0 %	100 %	0 %	0 %	260685382
123	NC_013316	AATAA	2	10	20422	20431	80 %	20 %	0 %	0 %	260685382
124	NC_013316	GAA	2	6	20434	20439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260685382
125	NC_013316	ATA	2	6	20480	20485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685382
126	NC_013316	TGT	2	6	20493	20498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260685382
127	NC_013316	ATA	2	6	20519	20524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260685382
128	NC_013316	GAT	2	6	20530	20535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260685382
129	NC_013316	AG	3	6	20539	20544	50 %	0 %	50 %	0 %	260685382
130	NC_013316	TA	4	8	20591	20598	50 %	50 %	0 %	0 %	260685382
131	NC_013316	TGT	2	6	20615	20620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260685382
132	NC_013316	ATT	2	6	20640	20645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260685382
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