MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 65849

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_009012	GCG	2	6	167607	167612	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3002	NC_009012	AG	3	6	167695	167700	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3003	NC_009012	AGGC	2	8	167715	167722	25 %	0 %	50 %	25 %	125972659
3004	NC_009012	AAC	2	6	167770	167775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972659
3005	NC_009012	TGCT	2	8	167841	167848	0 %	50 %	25 %	25 %	125972659
3006	NC_009012	TGA	2	6	167860	167865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3007	NC_009012	GGC	2	6	167908	167913	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3008	NC_009012	CGG	2	6	167974	167979	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3009	NC_009012	TTC	2	6	168053	168058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3010	NC_009012	AT	3	6	168091	168096	50 %	50 %	0 %	0 %	125972659
3011	NC_009012	A	6	6	168182	168187	100 %	0 %	0 %	0 %	125972659
3012	NC_009012	AAC	2	6	168299	168304	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972659
3013	NC_009012	CAA	2	6	168366	168371	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972659
3014	NC_009012	CGGG	2	8	168404	168411	0 %	0 %	75 %	25 %	125972659
3015	NC_009012	GAA	2	6	168420	168425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3016	NC_009012	TTC	2	6	168465	168470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3017	NC_009012	CTG	2	6	168477	168482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3018	NC_009012	ACT	2	6	168509	168514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972659
3019	NC_009012	AGA	3	9	168551	168559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3020	NC_009012	CGG	2	6	168675	168680	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3021	NC_009012	TC	3	6	168813	168818	0 %	50 %	0 %	50 %	125972659
3022	NC_009012	ATGTGC	2	12	168832	168843	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125972659
3023	NC_009012	AC	3	6	168922	168927	50 %	0 %	0 %	50 %	125972659
3024	NC_009012	AGA	2	6	168943	168948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3025	NC_009012	TCC	2	6	168985	168990	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125972659
3026	NC_009012	TAA	2	6	169071	169076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972659
3027	NC_009012	A	6	6	169122	169127	100 %	0 %	0 %	0 %	125972659
3028	NC_009012	GAA	2	6	169224	169229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3029	NC_009012	CTG	2	6	169314	169319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3030	NC_009012	ACAAGA	2	12	169383	169394	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125972659
3031	NC_009012	AT	3	6	169428	169433	50 %	50 %	0 %	0 %	125972659
3032	NC_009012	GAT	2	6	169534	169539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3033	NC_009012	AGG	2	6	169563	169568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972659
3034	NC_009012	CTA	2	6	169593	169598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972659
3035	NC_009012	TGT	2	6	169606	169611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972659
3036	NC_009012	GCA	2	6	169659	169664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3037	NC_009012	GAA	2	6	169739	169744	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3038	NC_009012	ATGGAA	2	12	169802	169813	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	125972659
3039	NC_009012	GAAA	2	8	169966	169973	75 %	0 %	25 %	0 %	125972659
3040	NC_009012	TGT	2	6	170008	170013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972659
3041	NC_009012	AAT	2	6	170015	170020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972659
3042	NC_009012	AAT	2	6	170111	170116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972659
3043	NC_009012	GAA	2	6	170129	170134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3044	NC_009012	AAT	2	6	170146	170151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972659
3045	NC_009012	CCA	2	6	170238	170243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	125972659
3046	NC_009012	GCA	2	6	170319	170324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3047	NC_009012	A	6	6	170351	170356	100 %	0 %	0 %	0 %	125972659
3048	NC_009012	GAA	2	6	170357	170362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3049	NC_009012	CTT	2	6	170364	170369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3050	NC_009012	GGC	2	6	170392	170397	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3051	NC_009012	GAT	2	6	170411	170416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3052	NC_009012	AAG	2	6	170472	170477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3053	NC_009012	AAGG	2	8	170545	170552	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3054	NC_009012	GAA	2	6	170588	170593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3055	NC_009012	GCA	2	6	170618	170623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3056	NC_009012	GAA	3	9	170729	170737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3057	NC_009012	TG	4	8	170827	170834	0 %	50 %	50 %	0 %	125972659
3058	NC_009012	TTG	2	6	170880	170885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972659
3059	NC_009012	GAT	2	6	171044	171049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3060	NC_009012	TAA	2	6	171084	171089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972659
3061	NC_009012	TTA	2	6	171153	171158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972659
3062	NC_009012	CGG	3	9	171160	171168	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3063	NC_009012	AGGA	2	8	171235	171242	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3064	NC_009012	GAT	2	6	171254	171259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3065	NC_009012	AATT	2	8	171264	171271	50 %	50 %	0 %	0 %	125972659
3066	NC_009012	GAT	2	6	171275	171280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3067	NC_009012	GA	3	6	171326	171331	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3068	NC_009012	CAA	2	6	171334	171339	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125972659
3069	NC_009012	CAATT	2	10	171391	171400	40 %	40 %	0 %	20 %	125972659
3070	NC_009012	AG	3	6	171412	171417	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3071	NC_009012	AGA	2	6	171424	171429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3072	NC_009012	AAG	2	6	171553	171558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3073	NC_009012	AGAA	2	8	171573	171580	75 %	0 %	25 %	0 %	125972659
3074	NC_009012	AGA	2	6	171583	171588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125972659
3075	NC_009012	ATG	2	6	171594	171599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3076	NC_009012	A	6	6	171650	171655	100 %	0 %	0 %	0 %	125972659
3077	NC_009012	TCC	2	6	171680	171685	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	125972659
3078	NC_009012	ACT	2	6	171720	171725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972659
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3080	NC_009012	CTT	2	6	171739	171744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3081	NC_009012	AT	4	8	171783	171790	50 %	50 %	0 %	0 %	125972659
3082	NC_009012	AAAC	2	8	171855	171862	75 %	0 %	0 %	25 %	125972659
3083	NC_009012	GTT	2	6	171953	171958	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972659
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3085	NC_009012	GAC	2	6	172013	172018	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972659
3086	NC_009012	GAT	2	6	172024	172029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3087	NC_009012	GTT	2	6	172076	172081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972659
3088	NC_009012	CGG	2	6	172140	172145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3089	NC_009012	GGC	2	6	172162	172167	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125972659
3090	NC_009012	GAG	2	6	172253	172258	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972659
3091	NC_009012	GA	3	6	172261	172266	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3092	NC_009012	AGGA	2	8	172290	172297	50 %	0 %	50 %	0 %	125972659
3093	NC_009012	ACGG	2	8	172298	172305	25 %	0 %	50 %	25 %	125972659
3094	NC_009012	CTT	2	6	172412	172417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3095	NC_009012	TGA	2	6	172422	172427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
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3097	NC_009012	CTT	2	6	172589	172594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125972659
3098	NC_009012	GGA	3	9	172597	172605	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972659
3099	NC_009012	ATC	2	6	172623	172628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972659
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3101	NC_009012	ATG	2	6	172824	172829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972659
3102	NC_009012	TTA	2	6	172830	172835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972659
3103	NC_009012	TAT	2	6	172862	172867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972659
3104	NC_009012	A	6	6	173085	173090	100 %	0 %	0 %	0 %	125972660
3105	NC_009012	T	7	7	173336	173342	0 %	100 %	0 %	0 %	125972660
3106	NC_009012	AG	3	6	173380	173385	50 %	0 %	50 %	0 %	125972660
3107	NC_009012	TGA	2	6	173415	173420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125972660
3108	NC_009012	TG	3	6	173425	173430	0 %	50 %	50 %	0 %	125972660
3109	NC_009012	GGAT	2	8	173492	173499	25 %	25 %	50 %	0 %	125972660
3110	NC_009012	GGA	2	6	173520	173525	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972660
3111	NC_009012	GGT	2	6	173529	173534	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	125972660
3112	NC_009012	AAAC	2	8	173543	173550	75 %	0 %	0 %	25 %	125972660
3113	NC_009012	AAT	2	6	173578	173583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972660
3114	NC_009012	TC	3	6	173591	173596	0 %	50 %	0 %	50 %	125972660
3115	NC_009012	TAA	2	6	173613	173618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125972660
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3118	NC_009012	AT	3	6	174017	174022	50 %	50 %	0 %	0 %	125972661
3119	NC_009012	CTG	2	6	174130	174135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125972661
3120	NC_009012	TGCGG	2	10	174153	174162	0 %	20 %	60 %	20 %	125972661
3121	NC_009012	ACT	2	6	174195	174200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125972661
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3123	NC_009012	TGTT	2	8	174274	174281	0 %	75 %	25 %	0 %	125972661
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3241	NC_009012	GTTG	2	8	180534	180541	0 %	50 %	50 %	0 %	125972666
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3243	NC_009012	TAT	2	6	180693	180698	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	125972666
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3493	NC_009012	GGA	2	6	193921	193926	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972679
3494	NC_009012	AGC	2	6	193950	193955	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125972679
3495	NC_009012	GGA	2	6	194060	194065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972679
3496	NC_009012	TTAT	2	8	194082	194089	25 %	75 %	0 %	0 %	125972679
3497	NC_009012	TTG	2	6	194097	194102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125972679
3498	NC_009012	GC	3	6	194174	194179	0 %	0 %	50 %	50 %	125972679
3499	NC_009012	GGA	2	6	194365	194370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	125972679
3500	NC_009012	A	6	6	194377	194382	100 %	0 %	0 %	0 %	125972679

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