MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium difficile 630 plasmid pCD630

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008226	AT	3	6	21	26	50 %	50 %	0 %	0 %	110666923
2	NC_008226	A	6	6	32	37	100 %	0 %	0 %	0 %	110666923
3	NC_008226	TCA	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666923
4	NC_008226	T	6	6	49	54	0 %	100 %	0 %	0 %	110666923
5	NC_008226	AT	3	6	57	62	50 %	50 %	0 %	0 %	110666923
6	NC_008226	TCTT	2	8	312	319	0 %	75 %	0 %	25 %	110666924
7	NC_008226	T	6	6	329	334	0 %	100 %	0 %	0 %	110666924
8	NC_008226	CAT	2	6	391	396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666924
9	NC_008226	ATG	2	6	425	430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666924
10	NC_008226	CTT	2	6	433	438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666924
11	NC_008226	CA	3	6	460	465	50 %	0 %	0 %	50 %	110666924
12	NC_008226	TAA	2	6	481	486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666924
13	NC_008226	TAT	2	6	517	522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666924
14	NC_008226	CT	3	6	539	544	0 %	50 %	0 %	50 %	110666924
15	NC_008226	TA	3	6	551	556	50 %	50 %	0 %	0 %	110666925
16	NC_008226	CTTA	2	8	586	593	25 %	50 %	0 %	25 %	110666925
17	NC_008226	ATCA	2	8	601	608	50 %	25 %	0 %	25 %	110666925
18	NC_008226	CTT	2	6	642	647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666925
19	NC_008226	TCA	2	6	650	655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666925
20	NC_008226	AAT	2	6	721	726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666925
21	NC_008226	ATC	2	6	742	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666925
22	NC_008226	TTC	2	6	758	763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666925
23	NC_008226	TTC	2	6	1063	1068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
24	NC_008226	TCAT	2	8	1069	1076	25 %	50 %	0 %	25 %	110666926
25	NC_008226	CAA	2	6	1088	1093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666926
26	NC_008226	TTCA	2	8	1266	1273	25 %	50 %	0 %	25 %	110666926
27	NC_008226	TGT	2	6	1284	1289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666926
28	NC_008226	TAA	2	6	1296	1301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666926
29	NC_008226	TA	3	6	1328	1333	50 %	50 %	0 %	0 %	110666926
30	NC_008226	T	7	7	1359	1365	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
31	NC_008226	TTTA	2	8	1428	1435	25 %	75 %	0 %	0 %	110666926
32	NC_008226	TCT	2	6	1468	1473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
33	NC_008226	T	6	6	1665	1670	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
34	NC_008226	ATT	2	6	1713	1718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
35	NC_008226	ATT	2	6	1777	1782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
36	NC_008226	TA	3	6	1893	1898	50 %	50 %	0 %	0 %	110666926
37	NC_008226	ATT	2	6	1923	1928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
38	NC_008226	T	8	8	1976	1983	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
39	NC_008226	TTG	2	6	1991	1996	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666926
40	NC_008226	T	7	7	2014	2020	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
41	NC_008226	TTA	2	6	2080	2085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
42	NC_008226	TAT	3	9	2117	2125	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
43	NC_008226	TTTG	2	8	2155	2162	0 %	75 %	25 %	0 %	110666926
44	NC_008226	TAT	3	9	2168	2176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
45	NC_008226	TTTG	2	8	2206	2213	0 %	75 %	25 %	0 %	110666926
46	NC_008226	T	7	7	2235	2241	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
47	NC_008226	TTA	2	6	2245	2250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
48	NC_008226	CTT	2	6	2255	2260	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
49	NC_008226	CTT	2	6	2264	2269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
50	NC_008226	T	6	6	2273	2278	0 %	100 %	0 %	0 %	110666926
51	NC_008226	CAT	2	6	2279	2284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666926
52	NC_008226	T	8	8	2646	2653	0 %	100 %	0 %	0 %	110666927
53	NC_008226	A	6	6	2681	2686	100 %	0 %	0 %	0 %	110666927
54	NC_008226	A	6	6	2693	2698	100 %	0 %	0 %	0 %	110666927
55	NC_008226	T	8	8	2712	2719	0 %	100 %	0 %	0 %	110666927
56	NC_008226	TCA	2	6	2940	2945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
57	NC_008226	TTTA	2	8	2960	2967	25 %	75 %	0 %	0 %	110666928
58	NC_008226	CTA	2	6	2977	2982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
59	NC_008226	T	6	6	3023	3028	0 %	100 %	0 %	0 %	110666928
60	NC_008226	CTT	2	6	3050	3055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
61	NC_008226	T	6	6	3077	3082	0 %	100 %	0 %	0 %	110666928
62	NC_008226	TGT	2	6	3147	3152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666928
63	NC_008226	ATTG	2	8	3171	3178	25 %	50 %	25 %	0 %	110666928
64	NC_008226	CTT	2	6	3209	3214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
65	NC_008226	TAG	2	6	3217	3222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666928
66	NC_008226	CAA	2	6	3241	3246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666928
67	NC_008226	TTC	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
68	NC_008226	TATAAG	2	12	3310	3321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110666928
69	NC_008226	ATC	2	6	3332	3337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
70	NC_008226	TTTAT	2	10	3489	3498	20 %	80 %	0 %	0 %	110666929
71	NC_008226	TAA	2	6	3510	3515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666929
72	NC_008226	TCA	2	6	3526	3531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
73	NC_008226	T	6	6	3615	3620	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
74	NC_008226	CT	3	6	3643	3648	0 %	50 %	0 %	50 %	110666929
75	NC_008226	T	6	6	3669	3674	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
76	NC_008226	TA	4	8	3697	3704	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
77	NC_008226	TAGTA	2	10	3774	3783	40 %	40 %	20 %	0 %	110666929
78	NC_008226	T	8	8	3806	3813	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
79	NC_008226	TA	3	6	3897	3902	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
80	NC_008226	ACT	2	6	3910	3915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
81	NC_008226	TCA	2	6	3928	3933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
82	NC_008226	CT	3	6	3963	3968	0 %	50 %	0 %	50 %	110666929
83	NC_008226	TTTA	2	8	3978	3985	25 %	75 %	0 %	0 %	110666929
84	NC_008226	TTG	2	6	4022	4027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
85	NC_008226	TAT	2	6	4058	4063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
86	NC_008226	ATT	3	9	4104	4112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
87	NC_008226	ATT	2	6	4114	4119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
88	NC_008226	TA	3	6	4124	4129	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
89	NC_008226	TGT	3	9	4160	4168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
90	NC_008226	TCATG	2	10	4175	4184	20 %	40 %	20 %	20 %	110666929
91	NC_008226	TAA	2	6	4194	4199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666929
92	NC_008226	CTG	2	6	4204	4209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110666929
93	NC_008226	CTT	2	6	4218	4223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
94	NC_008226	GTT	2	6	4265	4270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
95	NC_008226	TTC	2	6	4320	4325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
96	NC_008226	T	7	7	4331	4337	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
97	NC_008226	TAT	2	6	4356	4361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
98	NC_008226	TTA	2	6	4369	4374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
99	NC_008226	CTAT	2	8	4402	4409	25 %	50 %	0 %	25 %	110666929
100	NC_008226	TAG	2	6	4423	4428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
101	NC_008226	TA	4	8	4449	4456	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
102	NC_008226	TA	3	6	4495	4500	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
103	NC_008226	T	6	6	4513	4518	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
104	NC_008226	TC	3	6	4564	4569	0 %	50 %	0 %	50 %	110666929
105	NC_008226	TA	3	6	4585	4590	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
106	NC_008226	TAT	2	6	4761	4766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
107	NC_008226	ATT	2	6	4788	4793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
108	NC_008226	AAC	2	6	4908	4913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666929
109	NC_008226	CTTT	2	8	4931	4938	0 %	75 %	0 %	25 %	110666929
110	NC_008226	AT	3	6	4940	4945	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
111	NC_008226	GCATT	2	10	4976	4985	20 %	40 %	20 %	20 %	110666929
112	NC_008226	ATT	2	6	4992	4997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
113	NC_008226	TAACT	2	10	5037	5046	40 %	40 %	0 %	20 %	110666929
114	NC_008226	TA	3	6	5090	5095	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
115	NC_008226	TTA	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
116	NC_008226	TAT	2	6	5159	5164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
117	NC_008226	TTGCT	2	10	5177	5186	0 %	60 %	20 %	20 %	110666929
118	NC_008226	TCA	2	6	5218	5223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
119	NC_008226	TAT	2	6	5229	5234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
120	NC_008226	AT	3	6	5233	5238	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
121	NC_008226	CTA	2	6	5288	5293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
122	NC_008226	TTG	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
123	NC_008226	TAG	2	6	5318	5323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
124	NC_008226	TATAT	2	10	5346	5355	40 %	60 %	0 %	0 %	110666929
125	NC_008226	TTG	2	6	5367	5372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
126	NC_008226	GTA	2	6	5494	5499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
127	NC_008226	ATT	2	6	5557	5562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
128	NC_008226	ATTTT	2	10	5606	5615	20 %	80 %	0 %	0 %	110666929
129	NC_008226	CTTT	2	8	5637	5644	0 %	75 %	0 %	25 %	110666929
130	NC_008226	CTT	2	6	5705	5710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
131	NC_008226	TTTCT	2	10	5712	5721	0 %	80 %	0 %	20 %	110666929
132	NC_008226	T	6	6	5742	5747	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
133	NC_008226	T	6	6	5761	5766	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
134	NC_008226	ATT	2	6	5772	5777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
135	NC_008226	T	7	7	5780	5786	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
136	NC_008226	TTG	2	6	5830	5835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
137	NC_008226	CAA	2	6	5909	5914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666929
138	NC_008226	TA	3	6	5936	5941	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
139	NC_008226	TTTA	2	8	5946	5953	25 %	75 %	0 %	0 %	110666929
140	NC_008226	ACC	2	6	5979	5984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110666929
141	NC_008226	T	6	6	6064	6069	0 %	100 %	0 %	0 %	110666929
142	NC_008226	AATT	2	8	6078	6085	50 %	50 %	0 %	0 %	110666929
143	NC_008226	AT	5	10	6369	6378	50 %	50 %	0 %	0 %	110666930
144	NC_008226	T	7	7	6401	6407	0 %	100 %	0 %	0 %	110666930
145	NC_008226	AT	3	6	6492	6497	50 %	50 %	0 %	0 %	110666930
146	NC_008226	T	6	6	6497	6502	0 %	100 %	0 %	0 %	110666930
147	NC_008226	ATCA	2	8	6510	6517	50 %	25 %	0 %	25 %	110666930
148	NC_008226	T	7	7	6521	6527	0 %	100 %	0 %	0 %	110666930
149	NC_008226	TTC	2	6	6537	6542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666930
150	NC_008226	TAA	2	6	6552	6557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666930
151	NC_008226	ATT	2	6	6565	6570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666930
152	NC_008226	T	6	6	6582	6587	0 %	100 %	0 %	0 %	110666930
153	NC_008226	TATG	2	8	6639	6646	25 %	50 %	25 %	0 %	110666930
154	NC_008226	TAA	2	6	6663	6668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666930
155	NC_008226	ATC	2	6	6669	6674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666930
156	NC_008226	A	6	6	6835	6840	100 %	0 %	0 %	0 %	110666931
157	NC_008226	CAA	2	6	6861	6866	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666931
158	NC_008226	ATTT	2	8	6873	6880	25 %	75 %	0 %	0 %	110666931
159	NC_008226	AACA	2	8	6903	6910	75 %	0 %	0 %	25 %	110666931
160	NC_008226	CTAA	2	8	6920	6927	50 %	25 %	0 %	25 %	110666931
161	NC_008226	A	6	6	6959	6964	100 %	0 %	0 %	0 %	110666931
162	NC_008226	AT	3	6	7099	7104	50 %	50 %	0 %	0 %	110666932
163	NC_008226	TAA	2	6	7105	7110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
164	NC_008226	TAAC	2	8	7134	7141	50 %	25 %	0 %	25 %	110666932
165	NC_008226	ATTGGT	2	12	7154	7165	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110666932
166	NC_008226	ACA	2	6	7192	7197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666932
167	NC_008226	AAG	2	6	7220	7225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110666932
168	NC_008226	TTG	2	6	7239	7244	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666932
169	NC_008226	AGT	2	6	7262	7267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
170	NC_008226	AGT	2	6	7273	7278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
171	NC_008226	TAA	2	6	7333	7338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
172	NC_008226	AAT	2	6	7364	7369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
173	NC_008226	AGT	2	6	7406	7411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
174	NC_008226	AGT	2	6	7417	7422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
175	NC_008226	AAAT	2	8	7440	7447	75 %	25 %	0 %	0 %	110666932
176	NC_008226	TAA	2	6	7528	7533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
177	NC_008226	ATT	2	6	7553	7558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666932
178	NC_008226	AAC	2	6	7596	7601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666932

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.