MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 432

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	29648115
2	NC_004704	GGT	2	6	246	251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648115
3	NC_004704	AGA	2	6	363	368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
4	NC_004704	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	29648115
5	NC_004704	CA	3	6	422	427	50 %	0 %	0 %	50 %	29648115
6	NC_004704	A	8	8	455	462	100 %	0 %	0 %	0 %	29648115
7	NC_004704	GAA	2	6	529	534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
8	NC_004704	GTC	2	6	675	680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648117
9	NC_004704	A	6	6	722	727	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
10	NC_004704	CCG	2	6	733	738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648117
11	NC_004704	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	29648117
12	NC_004704	A	6	6	862	867	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
13	NC_004704	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	29648117
14	NC_004704	CAT	2	6	905	910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648117
15	NC_004704	CAATGG	2	12	937	948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29648117
16	NC_004704	TGA	2	6	963	968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648117
17	NC_004704	A	6	6	996	1001	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
18	NC_004704	AGA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648117
19	NC_004704	A	7	7	1051	1057	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
20	NC_004704	GAA	2	6	2573	2578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
21	NC_004704	A	9	9	2577	2585	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
22	NC_004704	GTTT	2	8	2607	2614	0 %	75 %	25 %	0 %	29648119
23	NC_004704	AGG	2	6	2668	2673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648119
24	NC_004704	T	6	6	2749	2754	0 %	100 %	0 %	0 %	29648119
25	NC_004704	GTT	2	6	2762	2767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648119
26	NC_004704	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648119
27	NC_004704	AATT	2	8	2973	2980	50 %	50 %	0 %	0 %	29648119
28	NC_004704	TGA	2	6	3024	3029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648119
29	NC_004704	AGA	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
30	NC_004704	CAC	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648119
31	NC_004704	TGAT	2	8	3099	3106	25 %	50 %	25 %	0 %	29648119
32	NC_004704	GAA	2	6	3149	3154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
33	NC_004704	A	6	6	3173	3178	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
34	NC_004704	GGT	2	6	3182	3187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
35	NC_004704	A	7	7	3270	3276	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
36	NC_004704	CGG	2	6	3284	3289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
37	NC_004704	GTG	2	6	3312	3317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
38	NC_004704	CCGG	2	8	3344	3351	0 %	0 %	50 %	50 %	29648119
39	NC_004704	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648119
40	NC_004704	GGC	2	6	3445	3450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
41	NC_004704	AGC	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648119
42	NC_004704	CATCAA	2	12	3534	3545	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29648119
43	NC_004704	CTG	2	6	3786	3791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648120
44	NC_004704	TG	3	6	3804	3809	0 %	50 %	50 %	0 %	29648120
45	NC_004704	GCCAC	2	10	3876	3885	20 %	0 %	20 %	60 %	29648120
46	NC_004704	A	6	6	3931	3936	100 %	0 %	0 %	0 %	29648120
47	NC_004704	ATG	2	6	3992	3997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648120
48	NC_004704	AAT	2	6	4060	4065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
49	NC_004704	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
50	NC_004704	T	6	6	4190	4195	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
51	NC_004704	CAG	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648120
52	NC_004704	TTC	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
53	NC_004704	ATT	2	6	4276	4281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
54	NC_004704	ATT	2	6	4300	4305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
55	NC_004704	CTTG	2	8	4307	4314	0 %	50 %	25 %	25 %	29648120
56	NC_004704	T	6	6	4332	4337	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
57	NC_004704	CTT	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
58	NC_004704	TTC	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
59	NC_004704	ATA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
60	NC_004704	TCA	2	6	4439	4444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
61	NC_004704	CGC	2	6	4450	4455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648120
62	NC_004704	ATC	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
63	NC_004704	ATT	2	6	4573	4578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
64	NC_004704	CTT	3	9	4596	4604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
65	NC_004704	CAA	3	9	4624	4632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648120
66	NC_004704	TTGA	2	8	4633	4640	25 %	50 %	25 %	0 %	29648120
67	NC_004704	TTCT	2	8	4670	4677	0 %	75 %	0 %	25 %	29648120
68	NC_004704	A	6	6	4712	4717	100 %	0 %	0 %	0 %	29648120
69	NC_004704	AG	3	6	4775	4780	50 %	0 %	50 %	0 %	29648120
70	NC_004704	ATTTT	2	10	4809	4818	20 %	80 %	0 %	0 %	29648120
71	NC_004704	T	8	8	4815	4822	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
72	NC_004704	T	8	8	11395	11402	0 %	100 %	0 %	0 %	29648122
73	NC_004704	CAT	2	6	11476	11481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
74	NC_004704	CAT	2	6	11512	11517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
75	NC_004704	TTCA	2	8	11555	11562	25 %	50 %	0 %	25 %	29648122
76	NC_004704	CAA	2	6	11687	11692	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648122
77	NC_004704	TCTT	2	8	11789	11796	0 %	75 %	0 %	25 %	29648122
78	NC_004704	ACC	2	6	11821	11826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648122
79	NC_004704	CCATCA	2	12	11832	11843	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	29648122
80	NC_004704	ATA	2	6	11928	11933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
81	NC_004704	TCTTA	2	10	12023	12032	20 %	60 %	0 %	20 %	29648122
82	NC_004704	T	6	6	12064	12069	0 %	100 %	0 %	0 %	29648122
83	NC_004704	TTC	2	6	12104	12109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648122
84	NC_004704	GCA	2	6	12112	12117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648122
85	NC_004704	AAT	2	6	12118	12123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
86	NC_004704	A	7	7	12125	12131	100 %	0 %	0 %	0 %	29648122
87	NC_004704	ATT	2	6	12182	12187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648122
88	NC_004704	GCC	2	6	12244	12249	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648122
89	NC_004704	TAA	3	9	12280	12288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
90	NC_004704	GGC	2	6	12294	12299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648122
91	NC_004704	T	6	6	12329	12334	0 %	100 %	0 %	0 %	29648122
92	NC_004704	ATAA	2	8	12341	12348	75 %	25 %	0 %	0 %	29648122
93	NC_004704	ATC	2	6	12359	12364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
94	NC_004704	TTA	2	6	12387	12392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648122
95	NC_004704	TTG	2	6	12484	12489	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648122
96	NC_004704	ATC	2	6	12500	12505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
97	NC_004704	AAT	2	6	12532	12537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
98	NC_004704	CAG	2	6	12544	12549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648122
99	NC_004704	TCA	2	6	12592	12597	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
100	NC_004704	A	6	6	12961	12966	100 %	0 %	0 %	0 %	29648123
101	NC_004704	AAT	2	6	13248	13253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648124
102	NC_004704	ATC	2	6	13320	13325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648124
103	NC_004704	ATT	2	6	13386	13391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648124
104	NC_004704	GAT	2	6	13505	13510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648124
105	NC_004704	CCG	2	6	13583	13588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648124
106	NC_004704	T	7	7	14426	14432	0 %	100 %	0 %	0 %	29648125
107	NC_004704	CTT	2	6	14530	14535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648125
108	NC_004704	TATT	2	8	14536	14543	25 %	75 %	0 %	0 %	29648125
109	NC_004704	A	6	6	14652	14657	100 %	0 %	0 %	0 %	29648125
110	NC_004704	TGG	2	6	14702	14707	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648125
111	NC_004704	GAA	2	6	14745	14750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648125
112	NC_004704	TCC	2	6	14772	14777	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648125
113	NC_004704	CGC	2	6	14790	14795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648125
114	NC_004704	A	6	6	14810	14815	100 %	0 %	0 %	0 %	29648125
115	NC_004704	TAT	2	6	14918	14923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648125
116	NC_004704	ACA	2	6	14942	14947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648125
117	NC_004704	TCG	2	6	15052	15057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648125
118	NC_004704	TTG	2	6	15073	15078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648125
119	NC_004704	AGC	2	6	15089	15094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648125
120	NC_004704	TAA	2	6	15116	15121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648125
121	NC_004704	ATC	2	6	15544	15549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648126
122	NC_004704	A	6	6	15619	15624	100 %	0 %	0 %	0 %	29648126
123	NC_004704	ATT	2	6	15626	15631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648126
124	NC_004704	TTCTCT	2	12	15658	15669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648126
125	NC_004704	GGT	2	6	16224	16229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648127
126	NC_004704	ATA	2	6	16337	16342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648127
127	NC_004704	GAA	2	6	16363	16368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648127
128	NC_004704	CTC	2	6	16417	16422	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648127
129	NC_004704	AAG	2	6	16442	16447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648127
130	NC_004704	CTT	2	6	16454	16459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648127
131	NC_004704	GAAC	2	8	16510	16517	50 %	0 %	25 %	25 %	29648127
132	NC_004704	AACTAA	2	12	16629	16640	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29648127
133	NC_004704	TTAAC	2	10	16654	16663	40 %	40 %	0 %	20 %	29648127
134	NC_004704	AAT	2	6	16682	16687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648128
135	NC_004704	AAC	2	6	16696	16701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648128
136	NC_004704	AAG	2	6	16718	16723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
137	NC_004704	A	6	6	16833	16838	100 %	0 %	0 %	0 %	29648128
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432	NC_004704	TTGAT	2	10	36975	36984	20 %	60 %	20 %	0 %	29648150

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.