MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia muridarum Nigg plasmid pMoPn

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002182	AGAA	2	8	188	195	75 %	0 %	25 %	0 %	10957569
2	NC_002182	GCT	2	6	359	364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957569
3	NC_002182	T	6	6	455	460	0 %	100 %	0 %	0 %	10957569
4	NC_002182	AAG	2	6	497	502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957569
5	NC_002182	T	6	6	515	520	0 %	100 %	0 %	0 %	10957569
6	NC_002182	AATT	2	8	564	571	50 %	50 %	0 %	0 %	10957569
7	NC_002182	GGA	2	6	616	621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957569
8	NC_002182	T	6	6	626	631	0 %	100 %	0 %	0 %	10957569
9	NC_002182	TTTCG	2	10	645	654	0 %	60 %	20 %	20 %	10957569
10	NC_002182	A	7	7	659	665	100 %	0 %	0 %	0 %	10957569
11	NC_002182	TGA	2	6	711	716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957569
12	NC_002182	TGG	2	6	736	741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10957569
13	NC_002182	GT	3	6	753	758	0 %	50 %	50 %	0 %	10957569
14	NC_002182	GGAT	2	8	769	776	25 %	25 %	50 %	0 %	10957569
15	NC_002182	CAA	2	6	786	791	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957569
16	NC_002182	AGT	2	6	796	801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957569
17	NC_002182	AGC	2	6	817	822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957569
18	NC_002182	GAA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957569
19	NC_002182	TGTT	2	8	964	971	0 %	75 %	25 %	0 %	10957569
20	NC_002182	TCT	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957568
21	NC_002182	TCT	2	6	1095	1100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957568
22	NC_002182	TG	3	6	1139	1144	0 %	50 %	50 %	0 %	10957568
23	NC_002182	ATG	2	6	1158	1163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957568
24	NC_002182	GA	3	6	1264	1269	50 %	0 %	50 %	0 %	10957568
25	NC_002182	CCA	2	6	1294	1299	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10957568
26	NC_002182	CT	3	6	1349	1354	0 %	50 %	0 %	50 %	10957568
27	NC_002182	TAA	2	6	1387	1392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957568
28	NC_002182	TCTG	2	8	1401	1408	0 %	50 %	25 %	25 %	10957568
29	NC_002182	TTG	2	6	1442	1447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957568
30	NC_002182	GATC	2	8	1459	1466	25 %	25 %	25 %	25 %	10957568
31	NC_002182	AGA	2	6	1484	1489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957568
32	NC_002182	CCT	2	6	1497	1502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10957568
33	NC_002182	GCA	2	6	1504	1509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957568
34	NC_002182	GATT	2	8	1537	1544	25 %	50 %	25 %	0 %	10957568
35	NC_002182	T	8	8	1543	1550	0 %	100 %	0 %	0 %	10957568
36	NC_002182	AAGA	2	8	1560	1567	75 %	0 %	25 %	0 %	10957568
37	NC_002182	A	6	6	1863	1868	100 %	0 %	0 %	0 %	10957568
38	NC_002182	AT	3	6	2007	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	10957568
39	NC_002182	TGC	2	6	2028	2033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957568
40	NC_002182	AAG	2	6	2372	2377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
41	NC_002182	ATG	2	6	2422	2427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957567
42	NC_002182	GAA	2	6	2499	2504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
43	NC_002182	TCGT	2	8	2525	2532	0 %	50 %	25 %	25 %	10957567
44	NC_002182	A	8	8	2702	2709	100 %	0 %	0 %	0 %	10957567
45	NC_002182	GGC	2	6	2714	2719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957567
46	NC_002182	AAT	2	6	2730	2735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957567
47	NC_002182	ACG	2	6	2891	2896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957567
48	NC_002182	T	6	6	2906	2911	0 %	100 %	0 %	0 %	10957567
49	NC_002182	ATT	2	6	2949	2954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957567
50	NC_002182	GA	3	6	2977	2982	50 %	0 %	50 %	0 %	10957567
51	NC_002182	CT	3	6	2996	3001	0 %	50 %	0 %	50 %	10957567
52	NC_002182	GAA	2	6	3006	3011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
53	NC_002182	T	6	6	3016	3021	0 %	100 %	0 %	0 %	10957567
54	NC_002182	GAA	2	6	3027	3032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957567
55	NC_002182	GAT	2	6	3129	3134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957567
56	NC_002182	TTAC	2	8	3158	3165	25 %	50 %	0 %	25 %	10957567
57	NC_002182	TTA	2	6	3169	3174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957567
58	NC_002182	AT	3	6	3214	3219	50 %	50 %	0 %	0 %	10957567
59	NC_002182	GTTT	2	8	3264	3271	0 %	75 %	25 %	0 %	10957567
60	NC_002182	CAAA	2	8	3304	3311	75 %	0 %	0 %	25 %	10957567
61	NC_002182	TCA	2	6	3376	3381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957567
62	NC_002182	AAGT	2	8	3476	3483	50 %	25 %	25 %	0 %	10957567
63	NC_002182	A	6	6	3495	3500	100 %	0 %	0 %	0 %	10957567
64	NC_002182	CAA	2	6	4724	4729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957573
65	NC_002182	ATA	2	6	4730	4735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957573
66	NC_002182	GCA	2	6	4760	4765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957573
67	NC_002182	TAACAA	2	12	4794	4805	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10957573
68	NC_002182	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957573
69	NC_002182	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957573
70	NC_002182	AGG	2	6	5062	5067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957573
71	NC_002182	AAG	2	6	5181	5186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957573
72	NC_002182	TTC	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957573
73	NC_002182	AGG	2	6	5305	5310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957573
74	NC_002182	AG	3	6	5314	5319	50 %	0 %	50 %	0 %	10957573
75	NC_002182	T	6	6	5392	5397	0 %	100 %	0 %	0 %	10957573
76	NC_002182	A	7	7	5412	5418	100 %	0 %	0 %	0 %	10957573
77	NC_002182	AAT	2	6	5425	5430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957573
78	NC_002182	CAAAA	2	10	5497	5506	80 %	0 %	0 %	20 %	10957572
79	NC_002182	TTA	2	6	5525	5530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957572
80	NC_002182	T	6	6	5604	5609	0 %	100 %	0 %	0 %	10957572
81	NC_002182	ACA	2	6	5664	5669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957572
82	NC_002182	ATT	2	6	5688	5693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957572
83	NC_002182	A	7	7	5742	5748	100 %	0 %	0 %	0 %	10957572
84	NC_002182	T	6	6	5844	5849	0 %	100 %	0 %	0 %	10957571
85	NC_002182	ACA	2	6	5876	5881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957571
86	NC_002182	AG	3	6	5925	5930	50 %	0 %	50 %	0 %	10957571
87	NC_002182	TC	3	6	5962	5967	0 %	50 %	0 %	50 %	10957571
88	NC_002182	TG	3	6	6021	6026	0 %	50 %	50 %	0 %	10957571
89	NC_002182	AAT	2	6	6046	6051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10957571
90	NC_002182	A	8	8	6061	6068	100 %	0 %	0 %	0 %	10957571
91	NC_002182	CAT	2	6	6090	6095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957571
92	NC_002182	AGC	2	6	6140	6145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957571
93	NC_002182	ATG	2	6	6186	6191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957571
94	NC_002182	TG	3	6	6190	6195	0 %	50 %	50 %	0 %	10957571
95	NC_002182	TAG	2	6	6198	6203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10957571
96	NC_002182	TGG	2	6	6220	6225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10957571
97	NC_002182	AAG	2	6	6234	6239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957571
98	NC_002182	GAA	2	6	6347	6352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957571
99	NC_002182	T	6	6	6447	6452	0 %	100 %	0 %	0 %	10957571
100	NC_002182	CAA	2	6	6453	6458	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957571
101	NC_002182	CTT	2	6	6491	6496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957571
102	NC_002182	AC	3	6	6560	6565	50 %	0 %	0 %	50 %	10957571
103	NC_002182	ACAA	2	8	6594	6601	75 %	0 %	0 %	25 %	10957571
104	NC_002182	T	6	6	6652	6657	0 %	100 %	0 %	0 %	10957570
105	NC_002182	A	8	8	6658	6665	100 %	0 %	0 %	0 %	10957570
106	NC_002182	TTC	2	6	6702	6707	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
107	NC_002182	CTT	2	6	6725	6730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
108	NC_002182	GGA	2	6	6738	6743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10957570
109	NC_002182	T	7	7	6764	6770	0 %	100 %	0 %	0 %	10957570
110	NC_002182	GAA	2	6	6796	6801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957570
111	NC_002182	AAG	2	6	6809	6814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10957570
112	NC_002182	ACA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957570
113	NC_002182	CTT	2	6	6877	6882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
114	NC_002182	GA	3	6	6884	6889	50 %	0 %	50 %	0 %	10957570
115	NC_002182	GTT	2	6	6923	6928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957570
116	NC_002182	CAA	2	6	6935	6940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10957570
117	NC_002182	ATC	2	6	6978	6983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957570
118	NC_002182	TTA	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10957570
119	NC_002182	CAAT	2	8	7054	7061	50 %	25 %	0 %	25 %	10957570
120	NC_002182	AT	3	6	7077	7082	50 %	50 %	0 %	0 %	10957570
121	NC_002182	GCT	2	6	7087	7092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10957570
122	NC_002182	CTT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
123	NC_002182	TCT	2	6	7257	7262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10957570
124	NC_002182	GCA	2	6	7326	7331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957570
125	NC_002182	GTT	2	6	7332	7337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10957570

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.