MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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15002	NC_022109	CTTTT	2	10	677619	677628	0 %	80 %	0 %	20 %	532352848
15003	NC_022109	AGA	3	9	677694	677702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352848
15004	NC_022109	CTC	2	6	677720	677725	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352848
15005	NC_022109	TTA	2	6	677777	677782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352849
15006	NC_022109	A	6	6	677833	677838	100 %	0 %	0 %	0 %	532352849
15007	NC_022109	ACCAT	2	10	677876	677885	40 %	20 %	0 %	40 %	532352849
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15009	NC_022109	GCT	2	6	677970	677975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352849
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15011	NC_022109	GAA	2	6	678066	678071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352849
15012	NC_022109	ATC	2	6	678120	678125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352849
15013	NC_022109	GGA	2	6	678138	678143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352850
15014	NC_022109	A	7	7	678166	678172	100 %	0 %	0 %	0 %	532352850
15015	NC_022109	TC	3	6	678182	678187	0 %	50 %	0 %	50 %	532352850
15016	NC_022109	TCG	2	6	678205	678210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352850
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15018	NC_022109	A	6	6	678303	678308	100 %	0 %	0 %	0 %	532352850
15019	NC_022109	CAAA	2	8	678358	678365	75 %	0 %	0 %	25 %	532352850
15020	NC_022109	CGC	2	6	678376	678381	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352850
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15022	NC_022109	A	6	6	678417	678422	100 %	0 %	0 %	0 %	532352850
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15030	NC_022109	TCT	2	6	678832	678837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352850
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15035	NC_022109	A	6	6	679101	679106	100 %	0 %	0 %	0 %	532352851
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15037	NC_022109	CT	3	6	679121	679126	0 %	50 %	0 %	50 %	532352851
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15041	NC_022109	T	6	6	679224	679229	0 %	100 %	0 %	0 %	532352851
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15053	NC_022109	TG	3	6	679835	679840	0 %	50 %	50 %	0 %	532352851
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15058	NC_022109	A	7	7	679988	679994	100 %	0 %	0 %	0 %	532352851
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15071	NC_022109	TCG	2	6	680610	680615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352852
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15093	NC_022109	ACTA	2	8	681551	681558	50 %	25 %	0 %	25 %	532352854
15094	NC_022109	ATC	2	6	681561	681566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352854
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15101	NC_022109	AAG	2	6	681967	681972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352855
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15103	NC_022109	GTC	2	6	682055	682060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352855
15104	NC_022109	ATCT	2	8	682108	682115	25 %	50 %	0 %	25 %	532352855
15105	NC_022109	AGA	2	6	682168	682173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352855
15106	NC_022109	AG	3	6	682203	682208	50 %	0 %	50 %	0 %	532352855
15107	NC_022109	TTTC	2	8	682210	682217	0 %	75 %	0 %	25 %	532352855
15108	NC_022109	TCT	2	6	682218	682223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352855
15109	NC_022109	AAC	2	6	682229	682234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352855
15110	NC_022109	ATA	2	6	682281	682286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352855
15111	NC_022109	CTC	2	6	682287	682292	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352855
15112	NC_022109	AGAA	2	8	682295	682302	75 %	0 %	25 %	0 %	532352855
15113	NC_022109	ACC	2	6	682333	682338	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352855
15114	NC_022109	A	6	6	682382	682387	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15115	NC_022109	AGG	2	6	682397	682402	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15116	NC_022109	A	6	6	682449	682454	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15117	NC_022109	TTC	2	6	682494	682499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15118	NC_022109	CT	3	6	682509	682514	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15119	NC_022109	AAC	2	6	682555	682560	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352856
15120	NC_022109	GTC	2	6	682567	682572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352856
15121	NC_022109	GA	3	6	682688	682693	50 %	0 %	50 %	0 %	532352856
15122	NC_022109	CCT	3	9	682709	682717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352856
15123	NC_022109	CTG	2	6	682726	682731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352856
15124	NC_022109	GAAT	2	8	682841	682848	50 %	25 %	25 %	0 %	532352856
15125	NC_022109	CACC	2	8	682852	682859	25 %	0 %	0 %	75 %	532352856
15126	NC_022109	AGA	2	6	682905	682910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352856
15127	NC_022109	TCC	2	6	682927	682932	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352856
15128	NC_022109	GCA	2	6	682948	682953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352856
15129	NC_022109	ATAC	2	8	682960	682967	50 %	25 %	0 %	25 %	532352856
15130	NC_022109	GAA	2	6	682975	682980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352856
15131	NC_022109	CTT	2	6	683018	683023	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352856
15132	NC_022109	A	6	6	683050	683055	100 %	0 %	0 %	0 %	532352856
15133	NC_022109	AGA	2	6	683115	683120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352856
15134	NC_022109	TC	3	6	683160	683165	0 %	50 %	0 %	50 %	532352856
15135	NC_022109	CACAG	2	10	683265	683274	40 %	0 %	20 %	40 %	532352856
15136	NC_022109	CT	3	6	683287	683292	0 %	50 %	0 %	50 %	532352856
15137	NC_022109	TAA	2	6	683316	683321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352856
15138	NC_022109	AAC	2	6	683373	683378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352856
15139	NC_022109	GAA	2	6	683384	683389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352856
15140	NC_022109	A	6	6	683395	683400	100 %	0 %	0 %	0 %	532352856
15141	NC_022109	AAT	2	6	683411	683416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352856
15142	NC_022109	ACTA	2	8	683430	683437	50 %	25 %	0 %	25 %	532352856
15143	NC_022109	TAA	2	6	683483	683488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352856
15144	NC_022109	CA	3	6	683515	683520	50 %	0 %	0 %	50 %	532352856
15145	NC_022109	TTC	2	6	683562	683567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352856
15146	NC_022109	TTC	2	6	683584	683589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352856
15147	NC_022109	CG	3	6	683644	683649	0 %	0 %	50 %	50 %	532352856
15148	NC_022109	ATAC	2	8	683657	683664	50 %	25 %	0 %	25 %	532352856
15149	NC_022109	A	6	6	683705	683710	100 %	0 %	0 %	0 %	532352856
15150	NC_022109	TTTTC	2	10	683720	683729	0 %	80 %	0 %	20 %	532352856
15151	NC_022109	AAG	2	6	683733	683738	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352856
15152	NC_022109	TAA	2	6	683799	683804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352856
15153	NC_022109	CG	3	6	684034	684039	0 %	0 %	50 %	50 %	532352856
15154	NC_022109	AAC	2	6	684150	684155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15155	NC_022109	GAA	2	6	684189	684194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15156	NC_022109	CA	3	6	684234	684239	50 %	0 %	0 %	50 %	532352857
15157	NC_022109	TAA	2	6	684304	684309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352857
15158	NC_022109	TAA	3	9	684346	684354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352857
15159	NC_022109	GAA	2	6	684426	684431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352857
15160	NC_022109	A	6	6	684493	684498	100 %	0 %	0 %	0 %	532352857
15161	NC_022109	CATA	2	8	684504	684511	50 %	25 %	0 %	25 %	532352857
15162	NC_022109	GAA	2	6	684516	684521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352857
15163	NC_022109	TTTA	2	8	684544	684551	25 %	75 %	0 %	0 %	532352857
15164	NC_022109	CATC	2	8	684573	684580	25 %	25 %	0 %	50 %	532352857
15165	NC_022109	GATA	2	8	684634	684641	50 %	25 %	25 %	0 %	532352857
15166	NC_022109	TGT	2	6	684658	684663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352857
15167	NC_022109	AATC	2	8	684718	684725	50 %	25 %	0 %	25 %	532352857
15168	NC_022109	TCCC	2	8	684900	684907	0 %	25 %	0 %	75 %	532352857
15169	NC_022109	AATT	2	8	684931	684938	50 %	50 %	0 %	0 %	532352857
15170	NC_022109	CTT	2	6	684940	684945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352857
15171	NC_022109	GCT	2	6	684946	684951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352857
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15174	NC_022109	CAG	2	6	685056	685061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352857
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15177	NC_022109	TAG	2	6	685360	685365	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352857
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15179	NC_022109	T	7	7	685452	685458	0 %	100 %	0 %	0 %	532352857
15180	NC_022109	TAAAA	2	10	685488	685497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15181	NC_022109	A	6	6	685494	685499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15182	NC_022109	GAAA	2	8	685507	685514	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15183	NC_022109	CGC	2	6	685523	685528	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15184	NC_022109	ATC	2	6	685530	685535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15185	NC_022109	CT	3	6	685545	685550	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15186	NC_022109	T	8	8	685569	685576	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15187	NC_022109	A	7	7	685655	685661	100 %	0 %	0 %	0 %	532352858
15188	NC_022109	TCT	2	6	685678	685683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352858
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15197	NC_022109	CTT	2	6	685902	685907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352858
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15199	NC_022109	TTTG	2	8	686069	686076	0 %	75 %	25 %	0 %	532352858
15200	NC_022109	CT	3	6	686230	686235	0 %	50 %	0 %	50 %	532352858
15201	NC_022109	TCTGC	2	10	686270	686279	0 %	40 %	20 %	40 %	532352858
15202	NC_022109	ATC	2	6	686442	686447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352859
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15204	NC_022109	TAAT	2	8	686472	686479	50 %	50 %	0 %	0 %	532352859
15205	NC_022109	GCAA	2	8	686540	686547	50 %	0 %	25 %	25 %	532352860
15206	NC_022109	GCA	2	6	686598	686603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352860
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15208	NC_022109	GA	3	6	686695	686700	50 %	0 %	50 %	0 %	532352860
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15211	NC_022109	T	6	6	686972	686977	0 %	100 %	0 %	0 %	532352860
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15213	NC_022109	GCAA	2	8	687018	687025	50 %	0 %	25 %	25 %	532352860
15214	NC_022109	G	6	6	687078	687083	0 %	0 %	100 %	0 %	532352860
15215	NC_022109	TTC	2	6	687160	687165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352860
15216	NC_022109	AT	4	8	687176	687183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15217	NC_022109	GCA	2	6	687214	687219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15218	NC_022109	AGCTGG	2	12	687264	687275	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	532352861
15219	NC_022109	AGT	2	6	687291	687296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352861
15220	NC_022109	TTTA	2	8	687311	687318	25 %	75 %	0 %	0 %	532352861
15221	NC_022109	AGA	2	6	687321	687326	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352861
15222	NC_022109	AGC	2	6	687375	687380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352861
15223	NC_022109	TAGA	2	8	687500	687507	50 %	25 %	25 %	0 %	532352861
15224	NC_022109	TTAT	2	8	687521	687528	25 %	75 %	0 %	0 %	532352861
15225	NC_022109	ATTA	2	8	687549	687556	50 %	50 %	0 %	0 %	532352861
15226	NC_022109	TGCAA	3	15	687595	687609	40 %	20 %	20 %	20 %	532352861
15227	NC_022109	TC	3	6	687617	687622	0 %	50 %	0 %	50 %	532352861
15228	NC_022109	A	6	6	687627	687632	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
15229	NC_022109	TGC	2	6	687720	687725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352861
15230	NC_022109	GAT	2	6	687742	687747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352861
15231	NC_022109	TTG	2	6	687820	687825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352861
15232	NC_022109	ACCA	2	8	687844	687851	50 %	0 %	0 %	50 %	532352861
15233	NC_022109	TGC	2	6	687879	687884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352861
15234	NC_022109	TA	3	6	687927	687932	50 %	50 %	0 %	0 %	532352861
15235	NC_022109	ATT	2	6	687980	687985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352861
15236	NC_022109	GTT	2	6	687997	688002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352861
15237	NC_022109	AGA	2	6	688008	688013	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352861
15238	NC_022109	AAT	2	6	688066	688071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352861
15239	NC_022109	A	6	6	688085	688090	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
15240	NC_022109	CT	4	8	688211	688218	0 %	50 %	0 %	50 %	532352861
15241	NC_022109	CGAA	2	8	688237	688244	50 %	0 %	25 %	25 %	532352861
15242	NC_022109	CTT	2	6	688273	688278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352861
15243	NC_022109	TAA	2	6	688371	688376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352861
15244	NC_022109	A	6	6	688414	688419	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
15245	NC_022109	ACA	2	6	688468	688473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352861
15246	NC_022109	ACCT	2	8	688475	688482	25 %	25 %	0 %	50 %	532352861
15247	NC_022109	TTG	2	6	688494	688499	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352861
15248	NC_022109	A	6	6	688513	688518	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
15249	NC_022109	A	6	6	688534	688539	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
15250	NC_022109	AGC	2	6	688586	688591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352861
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15253	NC_022109	A	6	6	688692	688697	100 %	0 %	0 %	0 %	532352861
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15258	NC_022109	GAACG	2	10	689027	689036	40 %	0 %	40 %	20 %	532352861
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15262	NC_022109	TCC	2	6	689259	689264	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352862
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15264	NC_022109	CAA	2	6	689497	689502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352862
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15283	NC_022109	CT	4	8	690064	690071	0 %	50 %	0 %	50 %	532352862
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15352	NC_022109	CCGCT	2	10	692981	692990	0 %	20 %	20 %	60 %	532352866
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15356	NC_022109	TCC	3	9	693231	693239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352866
15357	NC_022109	AGC	2	6	693254	693259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352866
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15360	NC_022109	AAG	2	6	693325	693330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352866
15361	NC_022109	AGAA	2	8	693338	693345	75 %	0 %	25 %	0 %	532352866
15362	NC_022109	ATCAAT	2	12	693431	693442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	532352866
15363	NC_022109	AAG	2	6	693463	693468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352866
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15365	NC_022109	TCAA	2	8	693507	693514	50 %	25 %	0 %	25 %	532352866
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15492	NC_022109	TGC	2	6	699338	699343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352872
15493	NC_022109	TCTT	2	8	699423	699430	0 %	75 %	0 %	25 %	532352872
15494	NC_022109	CTT	2	6	699450	699455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352872
15495	NC_022109	AG	3	6	699459	699464	50 %	0 %	50 %	0 %	532352872
15496	NC_022109	ATA	2	6	699489	699494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352872
15497	NC_022109	TGCG	2	8	699522	699529	0 %	25 %	50 %	25 %	532352872
15498	NC_022109	CTAG	2	8	699585	699592	25 %	25 %	25 %	25 %	532352872
15499	NC_022109	AT	3	6	699645	699650	50 %	50 %	0 %	0 %	532352872
15500	NC_022109	CCT	2	6	699712	699717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352872

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