MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13501	NC_022109	A	6	6	611167	611172	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13502	NC_022109	AC	3	6	611240	611245	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13503	NC_022109	CCT	2	6	611292	611297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13504	NC_022109	TCT	2	6	611365	611370	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352800
13505	NC_022109	TTC	2	6	611394	611399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352800
13506	NC_022109	TGCCA	2	10	611426	611435	20 %	20 %	20 %	40 %	532352800
13507	NC_022109	GTA	2	6	611485	611490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352800
13508	NC_022109	CT	3	6	611491	611496	0 %	50 %	0 %	50 %	532352800
13509	NC_022109	GATT	2	8	611575	611582	25 %	50 %	25 %	0 %	532352800
13510	NC_022109	TCT	2	6	611602	611607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352800
13511	NC_022109	TC	3	6	611612	611617	0 %	50 %	0 %	50 %	532352800
13512	NC_022109	GGTT	2	8	611658	611665	0 %	50 %	50 %	0 %	532352800
13513	NC_022109	GGATGG	2	12	611670	611681	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	532352800
13514	NC_022109	AG	4	8	611723	611730	50 %	0 %	50 %	0 %	532352800
13515	NC_022109	TGG	2	6	611736	611741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352800
13516	NC_022109	ATA	2	6	611761	611766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352800
13517	NC_022109	GGCGC	2	10	611821	611830	0 %	0 %	60 %	40 %	532352800
13518	NC_022109	ATT	2	6	611847	611852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352800
13519	NC_022109	ATCG	2	8	611877	611884	25 %	25 %	25 %	25 %	532352800
13520	NC_022109	AGA	2	6	611939	611944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352800
13521	NC_022109	GAA	2	6	611961	611966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352800
13522	NC_022109	AG	3	6	612000	612005	50 %	0 %	50 %	0 %	532352800
13523	NC_022109	CT	3	6	612006	612011	0 %	50 %	0 %	50 %	532352800
13524	NC_022109	TTAC	2	8	612028	612035	25 %	50 %	0 %	25 %	532352800
13525	NC_022109	TAA	2	6	612044	612049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352800
13526	NC_022109	CCT	2	6	612073	612078	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352800
13527	NC_022109	TTTA	2	8	612081	612088	25 %	75 %	0 %	0 %	532352800
13528	NC_022109	CT	3	6	612121	612126	0 %	50 %	0 %	50 %	532352800
13529	NC_022109	ATT	2	6	612145	612150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352800
13530	NC_022109	TTTG	2	8	612179	612186	0 %	75 %	25 %	0 %	532352800
13531	NC_022109	ATT	2	6	612197	612202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352800
13532	NC_022109	GGCT	2	8	612219	612226	0 %	25 %	50 %	25 %	532352800
13533	NC_022109	TCT	2	6	612271	612276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352800
13534	NC_022109	ATT	2	6	612284	612289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352800
13535	NC_022109	TGG	2	6	612333	612338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352800
13536	NC_022109	T	6	6	612368	612373	0 %	100 %	0 %	0 %	532352800
13537	NC_022109	ATG	2	6	612390	612395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352800
13538	NC_022109	ATTGG	2	10	612396	612405	20 %	40 %	40 %	0 %	532352800
13539	NC_022109	A	6	6	612426	612431	100 %	0 %	0 %	0 %	532352800
13540	NC_022109	AGC	2	6	612479	612484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352800
13541	NC_022109	TTG	2	6	612541	612546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352800
13542	NC_022109	TCAA	2	8	612706	612713	50 %	25 %	0 %	25 %	532352801
13543	NC_022109	TTG	2	6	612719	612724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352801
13544	NC_022109	CGCT	2	8	612752	612759	0 %	25 %	25 %	50 %	532352801
13545	NC_022109	TTTG	2	8	612777	612784	0 %	75 %	25 %	0 %	532352801
13546	NC_022109	ATC	2	6	612832	612837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352801
13547	NC_022109	A	9	9	612877	612885	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13548	NC_022109	CTT	2	6	612919	612924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352801
13549	NC_022109	GAA	2	6	612934	612939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13550	NC_022109	TTTG	2	8	612953	612960	0 %	75 %	25 %	0 %	532352801
13551	NC_022109	CTCTC	2	10	612961	612970	0 %	40 %	0 %	60 %	532352801
13552	NC_022109	ATAG	2	8	613006	613013	50 %	25 %	25 %	0 %	532352801
13553	NC_022109	GAA	2	6	613099	613104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13554	NC_022109	AAG	2	6	613145	613150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13555	NC_022109	AGA	2	6	613185	613190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13556	NC_022109	GAA	2	6	613207	613212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13557	NC_022109	AAAAC	2	10	613221	613230	80 %	0 %	0 %	20 %	532352801
13558	NC_022109	AAC	2	6	613250	613255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352801
13559	NC_022109	GCTC	2	8	613350	613357	0 %	25 %	25 %	50 %	532352801
13560	NC_022109	AG	3	6	613384	613389	50 %	0 %	50 %	0 %	532352801
13561	NC_022109	TAG	2	6	613449	613454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352801
13562	NC_022109	ATTTT	2	10	613458	613467	20 %	80 %	0 %	0 %	532352801
13563	NC_022109	GCA	2	6	613498	613503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352801
13564	NC_022109	CTATC	2	10	613578	613587	20 %	40 %	0 %	40 %	532352801
13565	NC_022109	A	8	8	613607	613614	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13566	NC_022109	AGA	2	6	613626	613631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13567	NC_022109	CTT	2	6	613656	613661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352801
13568	NC_022109	AGA	2	6	613662	613667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13569	NC_022109	AC	3	6	613697	613702	50 %	0 %	0 %	50 %	532352801
13570	NC_022109	TAT	3	9	613788	613796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352801
13571	NC_022109	ATT	2	6	613837	613842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352801
13572	NC_022109	TTC	2	6	613957	613962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352801
13573	NC_022109	TCA	2	6	613970	613975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352801
13574	NC_022109	CGATAT	3	18	613998	614015	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	532352801
13575	NC_022109	AG	3	6	614029	614034	50 %	0 %	50 %	0 %	532352801
13576	NC_022109	TTA	2	6	614039	614044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352801
13577	NC_022109	ATT	2	6	614086	614091	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352801
13578	NC_022109	TGTA	2	8	614246	614253	25 %	50 %	25 %	0 %	532352801
13579	NC_022109	A	6	6	614290	614295	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13580	NC_022109	TGC	2	6	614328	614333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352801
13581	NC_022109	T	6	6	614460	614465	0 %	100 %	0 %	0 %	532352801
13582	NC_022109	CA	3	6	614499	614504	50 %	0 %	0 %	50 %	532352801
13583	NC_022109	A	7	7	614515	614521	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13584	NC_022109	TC	3	6	614573	614578	0 %	50 %	0 %	50 %	532352801
13585	NC_022109	TTC	2	6	614579	614584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352801
13586	NC_022109	GAA	2	6	614668	614673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13587	NC_022109	CAT	2	6	614723	614728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352801
13588	NC_022109	CGC	2	6	614887	614892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352801
13589	NC_022109	A	6	6	614902	614907	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13590	NC_022109	GA	3	6	614933	614938	50 %	0 %	50 %	0 %	532352801
13591	NC_022109	TAA	2	6	615030	615035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352801
13592	NC_022109	ACA	2	6	615070	615075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352801
13593	NC_022109	GCC	2	6	615112	615117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352801
13594	NC_022109	AAG	2	6	615167	615172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13595	NC_022109	CCT	2	6	615199	615204	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352801
13596	NC_022109	TTG	2	6	615305	615310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352801
13597	NC_022109	AG	4	8	615312	615319	50 %	0 %	50 %	0 %	532352801
13598	NC_022109	A	7	7	615320	615326	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13599	NC_022109	A	6	6	615373	615378	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13600	NC_022109	TGG	2	6	615404	615409	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352801
13601	NC_022109	TAA	2	6	615438	615443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352801
13602	NC_022109	A	8	8	615494	615501	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13603	NC_022109	GCT	2	6	615505	615510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352801
13604	NC_022109	T	7	7	615526	615532	0 %	100 %	0 %	0 %	532352801
13605	NC_022109	TC	3	6	615572	615577	0 %	50 %	0 %	50 %	532352801
13606	NC_022109	GTT	2	6	615609	615614	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352801
13607	NC_022109	ATT	2	6	615739	615744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352801
13608	NC_022109	ACT	2	6	615772	615777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352801
13609	NC_022109	GCAGA	2	10	615790	615799	40 %	0 %	40 %	20 %	532352801
13610	NC_022109	A	6	6	615799	615804	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13611	NC_022109	GAA	2	6	615892	615897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352801
13612	NC_022109	TTAT	2	8	615905	615912	25 %	75 %	0 %	0 %	532352801
13613	NC_022109	CGA	2	6	616011	616016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352801
13614	NC_022109	A	6	6	616060	616065	100 %	0 %	0 %	0 %	532352801
13615	NC_022109	AAAG	2	8	616095	616102	75 %	0 %	25 %	0 %	532352801
13616	NC_022109	AG	3	6	616111	616116	50 %	0 %	50 %	0 %	532352801
13617	NC_022109	TC	3	6	616118	616123	0 %	50 %	0 %	50 %	532352801
13618	NC_022109	TAAA	2	8	616145	616152	75 %	25 %	0 %	0 %	532352801
13619	NC_022109	TTAT	2	8	616168	616175	25 %	75 %	0 %	0 %	532352801
13620	NC_022109	CT	4	8	616216	616223	0 %	50 %	0 %	50 %	532352801
13621	NC_022109	TC	3	6	616259	616264	0 %	50 %	0 %	50 %	532352801
13622	NC_022109	T	6	6	616275	616280	0 %	100 %	0 %	0 %	532352801
13623	NC_022109	GAT	2	6	616288	616293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352801
13624	NC_022109	TCTCT	2	10	616295	616304	0 %	60 %	0 %	40 %	532352801
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13742	NC_022109	CT	3	6	621454	621459	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13743	NC_022109	T	7	7	621482	621488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13744	NC_022109	T	6	6	621493	621498	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13745	NC_022109	GTT	2	6	621512	621517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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13747	NC_022109	TTCT	2	8	621543	621550	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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13992	NC_022109	ACGGA	2	10	633069	633078	40 %	0 %	40 %	20 %	532352814
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13998	NC_022109	TCT	2	6	633382	633387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352814
13999	NC_022109	AT	3	6	633406	633411	50 %	50 %	0 %	0 %	532352814
14000	NC_022109	A	8	8	633414	633421	100 %	0 %	0 %	0 %	532352814

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