MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_022109	AAG	2	6	587751	587756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352768
13002	NC_022109	AAC	2	6	587787	587792	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352768
13003	NC_022109	A	6	6	587834	587839	100 %	0 %	0 %	0 %	532352768
13004	NC_022109	GCAA	2	8	587953	587960	50 %	0 %	25 %	25 %	532352768
13005	NC_022109	T	6	6	587978	587983	0 %	100 %	0 %	0 %	532352768
13006	NC_022109	GCA	2	6	588095	588100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352769
13007	NC_022109	TC	3	6	588159	588164	0 %	50 %	0 %	50 %	532352769
13008	NC_022109	TCTT	2	8	588178	588185	0 %	75 %	0 %	25 %	532352769
13009	NC_022109	GTTGT	2	10	588237	588246	0 %	60 %	40 %	0 %	532352769
13010	NC_022109	TTC	2	6	588250	588255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352769
13011	NC_022109	AGA	2	6	588406	588411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352769
13012	NC_022109	TTC	2	6	588435	588440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352769
13013	NC_022109	ATA	2	6	588504	588509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352769
13014	NC_022109	AG	3	6	588521	588526	50 %	0 %	50 %	0 %	532352769
13015	NC_022109	AGG	2	6	588531	588536	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352770
13016	NC_022109	ATT	2	6	588569	588574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352770
13017	NC_022109	CAT	2	6	588694	588699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352770
13018	NC_022109	TCC	2	6	588728	588733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352770
13019	NC_022109	T	6	6	588759	588764	0 %	100 %	0 %	0 %	532352770
13020	NC_022109	AGC	2	6	588767	588772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352770
13021	NC_022109	AAACT	2	10	588870	588879	60 %	20 %	0 %	20 %	532352770
13022	NC_022109	CCT	2	6	588885	588890	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352770
13023	NC_022109	AAC	2	6	588893	588898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352770
13024	NC_022109	ACA	2	6	588902	588907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352770
13025	NC_022109	GAC	2	6	588914	588919	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352770
13026	NC_022109	CT	3	6	589006	589011	0 %	50 %	0 %	50 %	532352770
13027	NC_022109	CTA	2	6	589032	589037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352771
13028	NC_022109	CTC	2	6	589056	589061	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352771
13029	NC_022109	AAC	2	6	589069	589074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352771
13030	NC_022109	T	6	6	589142	589147	0 %	100 %	0 %	0 %	532352771
13031	NC_022109	CAT	2	6	589215	589220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352771
13032	NC_022109	TA	3	6	589341	589346	50 %	50 %	0 %	0 %	532352771
13033	NC_022109	T	6	6	589384	589389	0 %	100 %	0 %	0 %	532352771
13034	NC_022109	GCT	2	6	589400	589405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352771
13035	NC_022109	ACG	2	6	589417	589422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13036	NC_022109	AACT	2	8	589507	589514	50 %	25 %	0 %	25 %	532352772
13037	NC_022109	TCTA	2	8	589750	589757	25 %	50 %	0 %	25 %	532352772
13038	NC_022109	AACA	2	8	589777	589784	75 %	0 %	0 %	25 %	532352772
13039	NC_022109	CTT	2	6	589812	589817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352772
13040	NC_022109	TCA	2	6	589865	589870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352772
13041	NC_022109	ACCAA	2	10	589962	589971	60 %	0 %	0 %	40 %	532352772
13042	NC_022109	CGC	2	6	589983	589988	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13043	NC_022109	GAG	2	6	590031	590036	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352773
13044	NC_022109	TGC	2	6	590083	590088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352773
13045	NC_022109	CCT	2	6	590101	590106	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352773
13046	NC_022109	AC	3	6	590118	590123	50 %	0 %	0 %	50 %	532352773
13047	NC_022109	TCT	2	6	590153	590158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352773
13048	NC_022109	TCT	2	6	590198	590203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352773
13049	NC_022109	TGC	2	6	590231	590236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352773
13050	NC_022109	CTT	2	6	590388	590393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352773
13051	NC_022109	ATTC	2	8	590466	590473	25 %	50 %	0 %	25 %	532352774
13052	NC_022109	ATC	2	6	590523	590528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352774
13053	NC_022109	CATA	2	8	590630	590637	50 %	25 %	0 %	25 %	532352774
13054	NC_022109	TTA	2	6	590813	590818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352774
13055	NC_022109	TCT	2	6	590822	590827	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352774
13056	NC_022109	TCTT	2	8	590879	590886	0 %	75 %	0 %	25 %	532352774
13057	NC_022109	TA	3	6	590897	590902	50 %	50 %	0 %	0 %	532352774
13058	NC_022109	T	7	7	590904	590910	0 %	100 %	0 %	0 %	532352774
13059	NC_022109	TC	4	8	590932	590939	0 %	50 %	0 %	50 %	532352774
13060	NC_022109	GAA	2	6	590957	590962	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352774
13061	NC_022109	TC	3	6	591000	591005	0 %	50 %	0 %	50 %	532352775
13062	NC_022109	ACGT	2	8	591049	591056	25 %	25 %	25 %	25 %	532352775
13063	NC_022109	GAG	2	6	591069	591074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352775
13064	NC_022109	T	6	6	591125	591130	0 %	100 %	0 %	0 %	532352775
13065	NC_022109	AAC	2	6	591171	591176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352775
13066	NC_022109	AGCA	2	8	591211	591218	50 %	0 %	25 %	25 %	532352775
13067	NC_022109	ATC	2	6	591373	591378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352776
13068	NC_022109	GAT	2	6	591379	591384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352776
13069	NC_022109	AAC	2	6	591466	591471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352776
13070	NC_022109	CTT	2	6	591478	591483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352776
13071	NC_022109	ATCAC	2	10	591524	591533	40 %	20 %	0 %	40 %	532352776
13072	NC_022109	CGA	2	6	591551	591556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352776
13073	NC_022109	TAT	2	6	591600	591605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352776
13074	NC_022109	ACT	2	6	591652	591657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352776
13075	NC_022109	CTT	2	6	591733	591738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352777
13076	NC_022109	ATA	2	6	591761	591766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352777
13077	NC_022109	ACC	2	6	591783	591788	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352777
13078	NC_022109	AAC	3	9	591827	591835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352777
13079	NC_022109	T	6	6	591838	591843	0 %	100 %	0 %	0 %	532352777
13080	NC_022109	TGA	2	6	591851	591856	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352777
13081	NC_022109	ACT	2	6	591858	591863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352777
13082	NC_022109	T	7	7	591919	591925	0 %	100 %	0 %	0 %	532352777
13083	NC_022109	TGA	2	6	591976	591981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353166
13084	NC_022109	AGC	2	6	592005	592010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353166
13085	NC_022109	CGCA	2	8	592014	592021	25 %	0 %	25 %	50 %	532353166
13086	NC_022109	AG	3	6	592028	592033	50 %	0 %	50 %	0 %	532353166
13087	NC_022109	T	6	6	592035	592040	0 %	100 %	0 %	0 %	532353166
13088	NC_022109	TC	3	6	592079	592084	0 %	50 %	0 %	50 %	532353166
13089	NC_022109	TAA	2	6	592095	592100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353166
13090	NC_022109	T	6	6	592105	592110	0 %	100 %	0 %	0 %	532353166
13091	NC_022109	GCA	2	6	592169	592174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352778
13092	NC_022109	TCT	2	6	592199	592204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352778
13093	NC_022109	ACA	2	6	592247	592252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352778
13094	NC_022109	CAG	2	6	592299	592304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352778
13095	NC_022109	T	6	6	592306	592311	0 %	100 %	0 %	0 %	532352778
13096	NC_022109	GGC	2	6	592401	592406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352778
13097	NC_022109	ATCC	2	8	592412	592419	25 %	25 %	0 %	50 %	532352778
13098	NC_022109	CAA	2	6	592455	592460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352778
13099	NC_022109	CTG	2	6	592498	592503	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352778
13100	NC_022109	ATA	2	6	592535	592540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352778
13101	NC_022109	CA	3	6	592544	592549	50 %	0 %	0 %	50 %	532352778
13102	NC_022109	GCA	2	6	592573	592578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352778
13103	NC_022109	AGC	2	6	592587	592592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13104	NC_022109	CTT	2	6	592620	592625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352779
13105	NC_022109	AGT	2	6	592668	592673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352779
13106	NC_022109	CCGA	2	8	592748	592755	25 %	0 %	25 %	50 %	532352779
13107	NC_022109	GAAA	2	8	592854	592861	75 %	0 %	25 %	0 %	532352779
13108	NC_022109	CGA	2	6	592895	592900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352779
13109	NC_022109	TTC	2	6	593005	593010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352779
13110	NC_022109	AAC	2	6	593073	593078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352779
13111	NC_022109	GCA	2	6	593086	593091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352779
13112	NC_022109	AAG	2	6	593099	593104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352779
13113	NC_022109	TCT	2	6	593108	593113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352779
13114	NC_022109	ATT	2	6	593166	593171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352779
13115	NC_022109	CT	3	6	593261	593266	0 %	50 %	0 %	50 %	532352779
13116	NC_022109	CAA	2	6	593270	593275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352779
13117	NC_022109	T	6	6	593445	593450	0 %	100 %	0 %	0 %	532352780
13118	NC_022109	CAA	2	6	593501	593506	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352780
13119	NC_022109	TCA	2	6	593519	593524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352780
13120	NC_022109	GTAT	2	8	593561	593568	25 %	50 %	25 %	0 %	532352780
13121	NC_022109	T	6	6	593613	593618	0 %	100 %	0 %	0 %	532352780
13122	NC_022109	TTG	2	6	593642	593647	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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13227	NC_022109	AACC	2	8	597962	597969	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13228	NC_022109	A	7	7	597983	597989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13229	NC_022109	TCA	2	6	598000	598005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352786
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13231	NC_022109	GATA	2	8	598176	598183	50 %	25 %	25 %	0 %	532352786
13232	NC_022109	TCCC	2	8	598261	598268	0 %	25 %	0 %	75 %	532352786
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13237	NC_022109	CAGA	2	8	598498	598505	50 %	0 %	25 %	25 %	532352786
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13245	NC_022109	T	6	6	598911	598916	0 %	100 %	0 %	0 %	532352786
13246	NC_022109	CT	4	8	598955	598962	0 %	50 %	0 %	50 %	532352787
13247	NC_022109	TCT	2	6	599029	599034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352787
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13286	NC_022109	A	6	6	601124	601129	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13289	NC_022109	TGG	2	6	601175	601180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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13490	NC_022109	ACT	2	6	610941	610946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13491	NC_022109	TC	3	6	610964	610969	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13492	NC_022109	TAT	2	6	610970	610975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13493	NC_022109	AC	3	6	610988	610993	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13494	NC_022109	ATCC	2	8	611008	611015	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13495	NC_022109	CGC	2	6	611022	611027	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13496	NC_022109	CT	3	6	611045	611050	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13497	NC_022109	TCT	2	6	611070	611075	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13498	NC_022109	GAC	2	6	611107	611112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13499	NC_022109	TAC	2	6	611115	611120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13500	NC_022109	ATG	2	6	611132	611137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

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