MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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12002	NC_022109	CTA	2	6	543314	543319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352727
12003	NC_022109	TGC	2	6	543342	543347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352727
12004	NC_022109	GAA	2	6	543417	543422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352727
12005	NC_022109	CCA	2	6	543444	543449	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352727
12006	NC_022109	ACAAGA	2	12	543519	543530	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	532352727
12007	NC_022109	GGA	2	6	543544	543549	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352727
12008	NC_022109	CCCT	2	8	543557	543564	0 %	25 %	0 %	75 %	532352727
12009	NC_022109	CTA	2	6	543642	543647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352727
12010	NC_022109	TCCC	2	8	543674	543681	0 %	25 %	0 %	75 %	532352727
12011	NC_022109	AGA	2	6	543696	543701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352727
12012	NC_022109	TCC	2	6	543704	543709	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352727
12013	NC_022109	TAC	2	6	543721	543726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352727
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12015	NC_022109	ATT	2	6	543800	543805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352727
12016	NC_022109	CT	3	6	543829	543834	0 %	50 %	0 %	50 %	532352727
12017	NC_022109	CGAA	2	8	543843	543850	50 %	0 %	25 %	25 %	532352727
12018	NC_022109	GCTC	2	8	543891	543898	0 %	25 %	25 %	50 %	532352727
12019	NC_022109	TCCT	2	8	543962	543969	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12020	NC_022109	GGT	2	6	544015	544020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12021	NC_022109	CTT	2	6	544059	544064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12022	NC_022109	T	7	7	544070	544076	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12023	NC_022109	TCT	2	6	544120	544125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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12025	NC_022109	TCCC	2	8	544190	544197	0 %	25 %	0 %	75 %	532352728
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12037	NC_022109	A	6	6	544740	544745	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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12039	NC_022109	TCC	2	6	544821	544826	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12040	NC_022109	CTTC	2	8	544986	544993	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12041	NC_022109	T	8	8	545022	545029	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12042	NC_022109	CTA	2	6	545041	545046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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12064	NC_022109	GAAA	2	8	545970	545977	75 %	0 %	25 %	0 %	532352729
12065	NC_022109	GCAA	2	8	546007	546014	50 %	0 %	25 %	25 %	532352729
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12082	NC_022109	GAA	2	6	546820	546825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352730
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12084	NC_022109	TGA	2	6	546975	546980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352730
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12092	NC_022109	GAA	2	6	547464	547469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12093	NC_022109	GAC	2	6	547506	547511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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12095	NC_022109	CTT	2	6	547537	547542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352731
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12097	NC_022109	AAGAG	2	10	547637	547646	60 %	0 %	40 %	0 %	532352731
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12104	NC_022109	CCA	2	6	547884	547889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352731
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12106	NC_022109	A	7	7	547921	547927	100 %	0 %	0 %	0 %	532352731
12107	NC_022109	CT	3	6	547949	547954	0 %	50 %	0 %	50 %	532352731
12108	NC_022109	TAA	2	6	548037	548042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352731
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12113	NC_022109	GCTT	2	8	548345	548352	0 %	50 %	25 %	25 %	532352731
12114	NC_022109	T	7	7	548367	548373	0 %	100 %	0 %	0 %	532352731
12115	NC_022109	CTTC	2	8	548396	548403	0 %	50 %	0 %	50 %	532352731
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12120	NC_022109	TCT	2	6	548536	548541	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12121	NC_022109	CT	4	8	548543	548550	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12122	NC_022109	TGT	2	6	548631	548636	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352732
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12124	NC_022109	ATC	2	6	548725	548730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352732
12125	NC_022109	CAT	2	6	548757	548762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352732
12126	NC_022109	A	6	6	548824	548829	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12127	NC_022109	TGT	2	6	548863	548868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352732
12128	NC_022109	CTC	2	6	548939	548944	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352732
12129	NC_022109	GAA	2	6	549082	549087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352732
12130	NC_022109	TATTC	2	10	549155	549164	20 %	60 %	0 %	20 %	532352732
12131	NC_022109	CGA	2	6	549190	549195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352732
12132	NC_022109	AGC	2	6	549213	549218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352732
12133	NC_022109	TC	3	6	549334	549339	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12134	NC_022109	ATA	2	6	549434	549439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352732
12135	NC_022109	TGC	2	6	549468	549473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352732
12136	NC_022109	TCT	2	6	549475	549480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352732
12137	NC_022109	ACA	2	6	549493	549498	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352732
12138	NC_022109	CA	3	6	549568	549573	50 %	0 %	0 %	50 %	532352732
12139	NC_022109	GAG	2	6	549596	549601	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352732
12140	NC_022109	TGC	2	6	549633	549638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352732
12141	NC_022109	TC	3	6	549677	549682	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12142	NC_022109	A	6	6	549689	549694	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12143	NC_022109	GAT	2	6	549700	549705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352732
12144	NC_022109	CT	3	6	549796	549801	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12145	NC_022109	CAG	2	6	549818	549823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352732
12146	NC_022109	AGA	2	6	549825	549830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352732
12147	NC_022109	TCGAG	2	10	549840	549849	20 %	20 %	40 %	20 %	532352732
12148	NC_022109	GACC	2	8	549882	549889	25 %	0 %	25 %	50 %	532352732
12149	NC_022109	TTG	2	6	549890	549895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352732
12150	NC_022109	CAC	2	6	549909	549914	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352732
12151	NC_022109	A	6	6	549926	549931	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12152	NC_022109	A	6	6	549935	549940	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12153	NC_022109	TGG	2	6	550002	550007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352732
12154	NC_022109	ACA	2	6	550011	550016	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352732
12155	NC_022109	TTC	2	6	550095	550100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352732
12156	NC_022109	CTT	2	6	550120	550125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352732
12157	NC_022109	CTA	2	6	550148	550153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352732
12158	NC_022109	CT	3	6	550255	550260	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12159	NC_022109	GAT	2	6	550273	550278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352732
12160	NC_022109	CT	4	8	550298	550305	0 %	50 %	0 %	50 %	532352732
12161	NC_022109	TAT	2	6	550337	550342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352732
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12163	NC_022109	CAGC	2	8	550383	550390	25 %	0 %	25 %	50 %	532352732
12164	NC_022109	A	6	6	550432	550437	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12165	NC_022109	CTTT	2	8	550519	550526	0 %	75 %	0 %	25 %	532352732
12166	NC_022109	A	6	6	550545	550550	100 %	0 %	0 %	0 %	532352732
12167	NC_022109	ATTACA	2	12	550606	550617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	532352732
12168	NC_022109	ATAG	2	8	550618	550625	50 %	25 %	25 %	0 %	532352732
12169	NC_022109	CAG	2	6	550634	550639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352732
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12171	NC_022109	ACGA	2	8	550772	550779	50 %	0 %	25 %	25 %	532352732
12172	NC_022109	AGA	3	9	550800	550808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352732
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12174	NC_022109	TAA	2	6	550964	550969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352733
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12182	NC_022109	CAA	2	6	551356	551361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352733
12183	NC_022109	TTC	2	6	551393	551398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352733
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12186	NC_022109	ATG	2	6	551431	551436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352733
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12188	NC_022109	ACTCG	2	10	551464	551473	20 %	20 %	20 %	40 %	532352733
12189	NC_022109	TGG	2	6	551540	551545	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352733
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12191	NC_022109	A	6	6	551651	551656	100 %	0 %	0 %	0 %	532352733
12192	NC_022109	GCA	2	6	551711	551716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352733
12193	NC_022109	GCG	2	6	551748	551753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352733
12194	NC_022109	TGT	2	6	551870	551875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352733
12195	NC_022109	ATT	2	6	551952	551957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352734
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12197	NC_022109	GCC	2	6	552095	552100	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352734
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12200	NC_022109	GAA	2	6	552351	552356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352734
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12202	NC_022109	AAC	2	6	552426	552431	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352735
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12205	NC_022109	CTCTC	2	10	552525	552534	0 %	40 %	0 %	60 %	532352735
12206	NC_022109	A	6	6	552543	552548	100 %	0 %	0 %	0 %	532352735
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12209	NC_022109	ATA	2	6	552642	552647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352735
12210	NC_022109	AGC	2	6	552674	552679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352735
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12212	NC_022109	T	8	8	552785	552792	0 %	100 %	0 %	0 %	532352735
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12218	NC_022109	CCA	2	6	552948	552953	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352735
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12221	NC_022109	CCG	2	6	553059	553064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352735
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12223	NC_022109	GCT	2	6	553085	553090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352735
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12227	NC_022109	CTT	2	6	553276	553281	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352735
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12232	NC_022109	GCT	2	6	553576	553581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352735
12233	NC_022109	TTG	2	6	553636	553641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352735
12234	NC_022109	GAA	2	6	553642	553647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352735
12235	NC_022109	GTT	2	6	553662	553667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352735
12236	NC_022109	CA	3	6	553806	553811	50 %	0 %	0 %	50 %	532352735
12237	NC_022109	TAAAA	2	10	553832	553841	80 %	20 %	0 %	0 %	532352735
12238	NC_022109	A	6	6	553838	553843	100 %	0 %	0 %	0 %	532352735
12239	NC_022109	A	6	6	553868	553873	100 %	0 %	0 %	0 %	532352735
12240	NC_022109	TAT	2	6	554050	554055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352735
12241	NC_022109	A	6	6	554063	554068	100 %	0 %	0 %	0 %	532352735
12242	NC_022109	CCTT	2	8	554105	554112	0 %	50 %	0 %	50 %	532352735
12243	NC_022109	TCT	2	6	554113	554118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352735
12244	NC_022109	AAG	2	6	554136	554141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352735
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12246	NC_022109	ACT	2	6	554287	554292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352736
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12491	NC_022109	GAT	2	6	565002	565007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352746
12492	NC_022109	AAC	2	6	565020	565025	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352746
12493	NC_022109	CAG	2	6	565096	565101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352746
12494	NC_022109	TCA	2	6	565105	565110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352746
12495	NC_022109	CAT	2	6	565185	565190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352746
12496	NC_022109	CA	3	6	565283	565288	50 %	0 %	0 %	50 %	532352746
12497	NC_022109	AAT	2	6	565317	565322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352746
12498	NC_022109	GAT	2	6	565334	565339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352746
12499	NC_022109	C	6	6	565359	565364	0 %	0 %	0 %	100 %	532352746
12500	NC_022109	TCA	2	6	565366	565371	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352746

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