MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_022109	CAG	2	6	520482	520487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11502	NC_022109	TAG	2	6	520505	520510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352709
11503	NC_022109	ATA	2	6	520654	520659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352709
11504	NC_022109	CAG	2	6	520728	520733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11505	NC_022109	GTA	2	6	520767	520772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352709
11506	NC_022109	CAACA	2	10	520806	520815	60 %	0 %	0 %	40 %	532352709
11507	NC_022109	GA	3	6	520816	520821	50 %	0 %	50 %	0 %	532352709
11508	NC_022109	CTT	2	6	520865	520870	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11509	NC_022109	CTCC	2	8	521044	521051	0 %	25 %	0 %	75 %	532352709
11510	NC_022109	T	6	6	521065	521070	0 %	100 %	0 %	0 %	532352709
11511	NC_022109	CTT	2	6	521084	521089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11512	NC_022109	TTG	2	6	521118	521123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352709
11513	NC_022109	CT	3	6	521280	521285	0 %	50 %	0 %	50 %	532352709
11514	NC_022109	AAG	2	6	521327	521332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352709
11515	NC_022109	CT	3	6	521373	521378	0 %	50 %	0 %	50 %	532352709
11516	NC_022109	GAG	2	6	521465	521470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352709
11517	NC_022109	CTT	2	6	521542	521547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11518	NC_022109	AGA	2	6	521607	521612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352709
11519	NC_022109	CTG	2	6	521618	521623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11520	NC_022109	TCA	2	6	521710	521715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352709
11521	NC_022109	TAA	2	6	521745	521750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352709
11522	NC_022109	CCT	2	6	521791	521796	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352709
11523	NC_022109	TCT	2	6	521978	521983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11524	NC_022109	TAC	2	6	521994	521999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352709
11525	NC_022109	TGT	2	6	522184	522189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352709
11526	NC_022109	AGC	2	6	522195	522200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11527	NC_022109	TTC	2	6	522201	522206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11528	NC_022109	GCC	2	6	522478	522483	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352709
11529	NC_022109	AACT	2	8	522603	522610	50 %	25 %	0 %	25 %	532352709
11530	NC_022109	AGC	2	6	522621	522626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11531	NC_022109	AAC	2	6	522649	522654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352709
11532	NC_022109	GA	3	6	522692	522697	50 %	0 %	50 %	0 %	532352709
11533	NC_022109	CAA	2	6	522710	522715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352709
11534	NC_022109	AAG	2	6	522776	522781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352709
11535	NC_022109	CTC	2	6	522792	522797	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352709
11536	NC_022109	CTTC	2	8	522803	522810	0 %	50 %	0 %	50 %	532352709
11537	NC_022109	TGT	2	6	522820	522825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352709
11538	NC_022109	ATAA	2	8	523024	523031	75 %	25 %	0 %	0 %	532352709
11539	NC_022109	TTG	2	6	523034	523039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352709
11540	NC_022109	AAAG	2	8	523093	523100	75 %	0 %	25 %	0 %	532352709
11541	NC_022109	AAG	2	6	523115	523120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352709
11542	NC_022109	AAC	2	6	523143	523148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352709
11543	NC_022109	TC	3	6	523151	523156	0 %	50 %	0 %	50 %	532352709
11544	NC_022109	ACA	2	6	523177	523182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352709
11545	NC_022109	AATA	2	8	523236	523243	75 %	25 %	0 %	0 %	532352709
11546	NC_022109	TCT	2	6	523252	523257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352709
11547	NC_022109	TGC	2	6	523300	523305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352709
11548	NC_022109	CAAAGC	2	12	523482	523493	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532352709
11549	NC_022109	AAT	3	9	523503	523511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352709
11550	NC_022109	AGC	2	6	523600	523605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11551	NC_022109	GAAG	2	8	523608	523615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11552	NC_022109	AT	3	6	523634	523639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11553	NC_022109	AAAG	2	8	523647	523654	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11554	NC_022109	T	6	6	523695	523700	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11555	NC_022109	TTGGA	2	10	523718	523727	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11556	NC_022109	T	6	6	523741	523746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11557	NC_022109	ACA	2	6	523749	523754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11558	NC_022109	AACC	2	8	523782	523789	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11559	NC_022109	A	7	7	523853	523859	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11560	NC_022109	T	6	6	523875	523880	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11561	NC_022109	A	7	7	523926	523932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11562	NC_022109	AGA	2	6	523979	523984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11563	NC_022109	AAAG	2	8	523992	523999	75 %	0 %	25 %	0 %	532352710
11564	NC_022109	CAA	2	6	524048	524053	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352710
11565	NC_022109	GAACT	2	10	524205	524214	40 %	20 %	20 %	20 %	532352710
11566	NC_022109	TTG	2	6	524236	524241	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352710
11567	NC_022109	ACTC	2	8	524273	524280	25 %	25 %	0 %	50 %	532352710
11568	NC_022109	TCA	2	6	524309	524314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352710
11569	NC_022109	A	7	7	524319	524325	100 %	0 %	0 %	0 %	532352710
11570	NC_022109	CTAA	2	8	524340	524347	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11571	NC_022109	AAT	2	6	524364	524369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11572	NC_022109	ACTT	2	8	524374	524381	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11573	NC_022109	GCT	2	6	524465	524470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353159
11574	NC_022109	CAAAA	2	10	524484	524493	80 %	0 %	0 %	20 %	532353159
11575	NC_022109	AGA	2	6	524542	524547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353159
11576	NC_022109	ATA	2	6	524576	524581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353159
11577	NC_022109	CTA	2	6	524650	524655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11578	NC_022109	CTTTAG	2	12	524760	524771	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11579	NC_022109	TCCC	2	8	524813	524820	0 %	25 %	0 %	75 %	532352711
11580	NC_022109	CAT	3	9	524833	524841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352711
11581	NC_022109	TCG	2	6	524851	524856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352711
11582	NC_022109	TTG	2	6	524937	524942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352711
11583	NC_022109	ATT	2	6	525031	525036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352711
11584	NC_022109	GCA	2	6	525060	525065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352711
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11586	NC_022109	ACA	2	6	525144	525149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352711
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11588	NC_022109	ATTA	2	8	525206	525213	50 %	50 %	0 %	0 %	532352711
11589	NC_022109	A	7	7	525272	525278	100 %	0 %	0 %	0 %	532352711
11590	NC_022109	CAA	2	6	525488	525493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352711
11591	NC_022109	TAAA	2	8	525511	525518	75 %	25 %	0 %	0 %	532352711
11592	NC_022109	GTC	2	6	525577	525582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352712
11593	NC_022109	TTC	2	6	525590	525595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11594	NC_022109	TTC	2	6	525611	525616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11595	NC_022109	CTT	2	6	525658	525663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11596	NC_022109	TCC	2	6	525664	525669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352712
11597	NC_022109	TTTC	2	8	525728	525735	0 %	75 %	0 %	25 %	532352712
11598	NC_022109	TTCT	2	8	525838	525845	0 %	75 %	0 %	25 %	532352712
11599	NC_022109	CTT	2	6	525846	525851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11600	NC_022109	GTT	2	6	525921	525926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352712
11601	NC_022109	TCC	2	6	525962	525967	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352712
11602	NC_022109	TGG	2	6	526015	526020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352712
11603	NC_022109	ACA	2	6	526039	526044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352712
11604	NC_022109	CTT	2	6	526068	526073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11605	NC_022109	A	6	6	526090	526095	100 %	0 %	0 %	0 %	532352712
11606	NC_022109	AGT	2	6	526128	526133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352712
11607	NC_022109	ATCT	2	8	526158	526165	25 %	50 %	0 %	25 %	532352712
11608	NC_022109	CTT	2	6	526174	526179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11609	NC_022109	CAG	2	6	526323	526328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352712
11610	NC_022109	GGA	2	6	526345	526350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352712
11611	NC_022109	CTT	2	6	526375	526380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352712
11612	NC_022109	TCC	2	6	526403	526408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352712
11613	NC_022109	GAT	2	6	526436	526441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352712
11614	NC_022109	CAGGAA	2	12	526462	526473	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	532352712
11615	NC_022109	AAG	2	6	526579	526584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352713
11616	NC_022109	AGA	2	6	526592	526597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352713
11617	NC_022109	CCT	2	6	526611	526616	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352713
11618	NC_022109	TTTC	2	8	526618	526625	0 %	75 %	0 %	25 %	532352713
11619	NC_022109	AAG	2	6	526696	526701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352713
11620	NC_022109	TCT	2	6	526849	526854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352713
11621	NC_022109	ACG	2	6	526883	526888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352713
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11623	NC_022109	CAA	2	6	526965	526970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352713
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11853	NC_022109	CT	3	6	536791	536796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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11862	NC_022109	AAC	2	6	537266	537271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11863	NC_022109	AGC	2	6	537278	537283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352721
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