MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 22946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10001	NC_022109	A	6	6	453216	453221	100 %	0 %	0 %	0 %	532352657
10002	NC_022109	AAGC	2	8	453231	453238	50 %	0 %	25 %	25 %	532352657
10003	NC_022109	AGA	2	6	453250	453255	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352657
10004	NC_022109	CAA	2	6	453263	453268	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352657
10005	NC_022109	ACAA	2	8	453303	453310	75 %	0 %	0 %	25 %	532352657
10006	NC_022109	AAG	2	6	453315	453320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352657
10007	NC_022109	AGA	2	6	453457	453462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352657
10008	NC_022109	AGC	2	6	453484	453489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352657
10009	NC_022109	TGA	2	6	453493	453498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352657
10010	NC_022109	A	6	6	453516	453521	100 %	0 %	0 %	0 %	532352657
10011	NC_022109	ATCCGC	2	12	453544	453555	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	532352657
10012	NC_022109	AGC	2	6	453556	453561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352657
10013	NC_022109	TCT	2	6	453563	453568	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352657
10014	NC_022109	AGG	2	6	453583	453588	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352657
10015	NC_022109	A	6	6	453614	453619	100 %	0 %	0 %	0 %	532352657
10016	NC_022109	CAG	2	6	453642	453647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352657
10017	NC_022109	ACA	2	6	453669	453674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352657
10018	NC_022109	TTG	2	6	453696	453701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352657
10019	NC_022109	T	8	8	453772	453779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10020	NC_022109	A	6	6	453780	453785	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10021	NC_022109	CT	3	6	453794	453799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10022	NC_022109	TCTT	2	8	453800	453807	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10023	NC_022109	TAAT	2	8	453813	453820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10024	NC_022109	CAT	2	6	453894	453899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10025	NC_022109	CTA	2	6	453915	453920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10026	NC_022109	A	6	6	454040	454045	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10027	NC_022109	TGGA	2	8	454177	454184	25 %	25 %	50 %	0 %	532352658
10028	NC_022109	GGA	2	6	454221	454226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352658
10029	NC_022109	A	6	6	454228	454233	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10030	NC_022109	TCAT	2	8	454243	454250	25 %	50 %	0 %	25 %	532352658
10031	NC_022109	TTCT	2	8	454255	454262	0 %	75 %	0 %	25 %	532352658
10032	NC_022109	TAG	2	6	454279	454284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352658
10033	NC_022109	TC	3	6	454294	454299	0 %	50 %	0 %	50 %	532352658
10034	NC_022109	GTT	2	6	454403	454408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352658
10035	NC_022109	TG	3	6	454421	454426	0 %	50 %	50 %	0 %	532352658
10036	NC_022109	ACC	2	6	454451	454456	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352658
10037	NC_022109	TTA	2	6	454516	454521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352658
10038	NC_022109	AGA	2	6	454541	454546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10039	NC_022109	GCT	2	6	454785	454790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352658
10040	NC_022109	TGC	2	6	454834	454839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352658
10041	NC_022109	GTA	2	6	454966	454971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352658
10042	NC_022109	A	6	6	455013	455018	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10043	NC_022109	T	6	6	455071	455076	0 %	100 %	0 %	0 %	532352658
10044	NC_022109	AAC	2	6	455089	455094	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352658
10045	NC_022109	TTC	2	6	455113	455118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352658
10046	NC_022109	TTCA	2	8	455120	455127	25 %	50 %	0 %	25 %	532352658
10047	NC_022109	ACAA	2	8	455173	455180	75 %	0 %	0 %	25 %	532352658
10048	NC_022109	GCT	2	6	455184	455189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352658
10049	NC_022109	CA	3	6	455276	455281	50 %	0 %	0 %	50 %	532352658
10050	NC_022109	CCT	2	6	455286	455291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352658
10051	NC_022109	GAA	2	6	455295	455300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10052	NC_022109	ACT	2	6	455506	455511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352658
10053	NC_022109	AC	4	8	455512	455519	50 %	0 %	0 %	50 %	532352658
10054	NC_022109	CCG	2	6	455534	455539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532352658
10055	NC_022109	CT	4	8	455578	455585	0 %	50 %	0 %	50 %	532352658
10056	NC_022109	AGA	3	9	455588	455596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10057	NC_022109	AAG	2	6	455676	455681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10058	NC_022109	CTT	2	6	455687	455692	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352658
10059	NC_022109	A	6	6	455694	455699	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10060	NC_022109	AGA	2	6	455705	455710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10061	NC_022109	ATT	2	6	455739	455744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352658
10062	NC_022109	TCC	2	6	455773	455778	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352658
10063	NC_022109	CAAA	2	8	455838	455845	75 %	0 %	0 %	25 %	532352658
10064	NC_022109	AGA	2	6	455855	455860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10065	NC_022109	CA	3	6	455924	455929	50 %	0 %	0 %	50 %	532352658
10066	NC_022109	GTTG	2	8	455945	455952	0 %	50 %	50 %	0 %	532352658
10067	NC_022109	CTAAAG	2	12	455962	455973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532352658
10068	NC_022109	A	7	7	455994	456000	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10069	NC_022109	AAAGA	2	10	456018	456027	80 %	0 %	20 %	0 %	532352658
10070	NC_022109	A	6	6	456048	456053	100 %	0 %	0 %	0 %	532352658
10071	NC_022109	GAA	2	6	456068	456073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352658
10072	NC_022109	ATT	2	6	456102	456107	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352658
10073	NC_022109	T	6	6	456119	456124	0 %	100 %	0 %	0 %	532352658
10074	NC_022109	CTT	2	6	456179	456184	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10075	NC_022109	T	6	6	456236	456241	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10076	NC_022109	GGA	2	6	456296	456301	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10077	NC_022109	CATG	2	8	456347	456354	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10078	NC_022109	A	6	6	456420	456425	100 %	0 %	0 %	0 %	532352659
10079	NC_022109	GAA	2	6	456486	456491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352659
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10081	NC_022109	GATCA	2	10	456561	456570	40 %	20 %	20 %	20 %	532352659
10082	NC_022109	GCT	2	6	456591	456596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352659
10083	NC_022109	A	8	8	456599	456606	100 %	0 %	0 %	0 %	532352659
10084	NC_022109	TAA	2	6	456647	456652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352659
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10086	NC_022109	TCT	2	6	456716	456721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352659
10087	NC_022109	TC	3	6	456724	456729	0 %	50 %	0 %	50 %	532352659
10088	NC_022109	GAAA	2	8	456731	456738	75 %	0 %	25 %	0 %	532352659
10089	NC_022109	TC	3	6	456740	456745	0 %	50 %	0 %	50 %	532352659
10090	NC_022109	TAG	2	6	456758	456763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352659
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10093	NC_022109	GAA	2	6	456810	456815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352659
10094	NC_022109	GAAA	2	8	456848	456855	75 %	0 %	25 %	0 %	532352659
10095	NC_022109	ATT	2	6	456869	456874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352659
10096	NC_022109	CAA	3	9	456896	456904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352659
10097	NC_022109	GTT	2	6	456915	456920	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352659
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10099	NC_022109	CAG	2	6	457063	457068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352659
10100	NC_022109	CGT	5	15	457086	457100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352659
10101	NC_022109	A	6	6	457157	457162	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10102	NC_022109	GCT	2	6	457314	457319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10103	NC_022109	AAC	2	6	457383	457388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10104	NC_022109	GAG	2	6	457427	457432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10105	NC_022109	GCAA	2	8	457467	457474	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10106	NC_022109	T	7	7	457527	457533	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10107	NC_022109	TAA	2	6	457538	457543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10108	NC_022109	GCAT	2	8	457560	457567	25 %	25 %	25 %	25 %	532352660
10109	NC_022109	GTA	2	6	457570	457575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352660
10110	NC_022109	CAA	2	6	457579	457584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352660
10111	NC_022109	GTT	3	9	457591	457599	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352660
10112	NC_022109	CAT	2	6	457643	457648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352660
10113	NC_022109	TGT	2	6	457710	457715	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352660
10114	NC_022109	TCC	2	6	457736	457741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352660
10115	NC_022109	TAA	2	6	457787	457792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352660
10116	NC_022109	TAC	2	6	457808	457813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352660
10117	NC_022109	AC	3	6	457818	457823	50 %	0 %	0 %	50 %	532352660
10118	NC_022109	GAA	2	6	457836	457841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352660
10119	NC_022109	AGT	2	6	457865	457870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352660
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10122	NC_022109	A	6	6	458026	458031	100 %	0 %	0 %	0 %	532352660
10123	NC_022109	GCA	2	6	458142	458147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352660
10124	NC_022109	CAA	2	6	458155	458160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352660
10125	NC_022109	TTC	2	6	458175	458180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352660
10126	NC_022109	TC	3	6	458203	458208	0 %	50 %	0 %	50 %	532352660
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10129	NC_022109	TCG	2	6	458323	458328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352660
10130	NC_022109	A	7	7	458371	458377	100 %	0 %	0 %	0 %	532352660
10131	NC_022109	TGA	2	6	458388	458393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352660
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10133	NC_022109	TGA	2	6	458415	458420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352660
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10135	NC_022109	A	7	7	458540	458546	100 %	0 %	0 %	0 %	532352660
10136	NC_022109	TCCA	2	8	458616	458623	25 %	25 %	0 %	50 %	532352661
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10143	NC_022109	CTT	2	6	458970	458975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352661
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10154	NC_022109	TATCT	2	10	459591	459600	20 %	60 %	0 %	20 %	532352661
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10157	NC_022109	GAA	2	6	459774	459779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10158	NC_022109	A	6	6	459804	459809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10159	NC_022109	TAA	2	6	459825	459830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10160	NC_022109	T	6	6	459890	459895	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10161	NC_022109	AG	3	6	459935	459940	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10162	NC_022109	AGGA	2	8	459977	459984	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10163	NC_022109	AGA	2	6	460004	460009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352662
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10165	NC_022109	CAA	2	6	460045	460050	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352662
10166	NC_022109	TC	3	6	460089	460094	0 %	50 %	0 %	50 %	532352662
10167	NC_022109	CGAT	2	8	460098	460105	25 %	25 %	25 %	25 %	532352662
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10171	NC_022109	GAA	2	6	460365	460370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352662
10172	NC_022109	T	6	6	460380	460385	0 %	100 %	0 %	0 %	532352662
10173	NC_022109	ACT	2	6	460421	460426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352662
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10183	NC_022109	A	6	6	460842	460847	100 %	0 %	0 %	0 %	532352662
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10229	NC_022109	TAGG	2	8	463537	463544	25 %	25 %	50 %	0 %	532352665
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10233	NC_022109	AAGA	2	8	463597	463604	75 %	0 %	25 %	0 %	532352665
10234	NC_022109	TCT	2	6	463612	463617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352665
10235	NC_022109	A	6	6	463625	463630	100 %	0 %	0 %	0 %	532352665
10236	NC_022109	T	7	7	463663	463669	0 %	100 %	0 %	0 %	532352665
10237	NC_022109	GCT	2	6	463684	463689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352665
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10240	NC_022109	CCA	2	6	463899	463904	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352665
10241	NC_022109	CAG	2	6	463964	463969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352665
10242	NC_022109	AGG	2	6	463985	463990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352665
10243	NC_022109	AGA	2	6	464019	464024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352665
10244	NC_022109	AAC	2	6	464080	464085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352665
10245	NC_022109	CAT	2	6	464094	464099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352665
10246	NC_022109	TCA	2	6	464155	464160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352666
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10255	NC_022109	CTT	2	6	464671	464676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352666
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10259	NC_022109	AAG	2	6	464861	464866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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10494	NC_022109	CAT	2	6	475389	475394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352674
10495	NC_022109	GAA	2	6	475418	475423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352674
10496	NC_022109	GAG	2	6	475428	475433	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352674
10497	NC_022109	CTAT	2	8	475434	475441	25 %	50 %	0 %	25 %	532352674
10498	NC_022109	TCAAT	2	10	475457	475466	40 %	40 %	0 %	20 %	532352674
10499	NC_022109	GGT	2	6	475508	475513	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352674
10500	NC_022109	GAA	2	6	475556	475561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352674

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