MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 22972

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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4002	NC_020964	GAATG	2	10	183053	183062	40 %	20 %	40 %	0 %	478474023
4003	NC_020964	CT	3	6	183103	183108	0 %	50 %	0 %	50 %	478474023
4004	NC_020964	TGA	2	6	183117	183122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474023
4005	NC_020964	GA	4	8	183145	183152	50 %	0 %	50 %	0 %	478474023
4006	NC_020964	AAC	2	6	183200	183205	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474023
4007	NC_020964	TGA	2	6	183219	183224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474023
4008	NC_020964	TGC	2	6	183255	183260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474023
4009	NC_020964	CCAG	2	8	183275	183282	25 %	0 %	25 %	50 %	478474023
4010	NC_020964	TTG	2	6	183284	183289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474023
4011	NC_020964	ACT	2	6	183294	183299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474023
4012	NC_020964	GAT	2	6	183323	183328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474023
4013	NC_020964	GA	3	6	183349	183354	50 %	0 %	50 %	0 %	478474023
4014	NC_020964	GCG	2	6	183357	183362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474023
4015	NC_020964	ACT	2	6	183405	183410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474023
4016	NC_020964	TAG	2	6	183439	183444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474023
4017	NC_020964	TCGC	2	8	183537	183544	0 %	25 %	25 %	50 %	478474024
4018	NC_020964	AGA	2	6	183548	183553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474024
4019	NC_020964	GCA	2	6	183557	183562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474024
4020	NC_020964	TA	3	6	183592	183597	50 %	50 %	0 %	0 %	478474024
4021	NC_020964	GAA	2	6	183627	183632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474024
4022	NC_020964	AGA	2	6	183666	183671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474024
4023	NC_020964	GA	3	6	183705	183710	50 %	0 %	50 %	0 %	478474024
4024	NC_020964	GTT	2	6	183722	183727	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474024
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4033	NC_020964	AGA	2	6	184006	184011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474024
4034	NC_020964	TGA	2	6	184028	184033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474024
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4036	NC_020964	GTA	2	6	184144	184149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474024
4037	NC_020964	GTTG	2	8	184184	184191	0 %	50 %	50 %	0 %	478474024
4038	NC_020964	GGA	3	9	184199	184207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474024
4039	NC_020964	TC	3	6	184215	184220	0 %	50 %	0 %	50 %	478474024
4040	NC_020964	ATT	2	6	184234	184239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474024
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4042	NC_020964	T	8	8	184276	184283	0 %	100 %	0 %	0 %	478474024
4043	NC_020964	ATA	2	6	184326	184331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474024
4044	NC_020964	A	6	6	184331	184336	100 %	0 %	0 %	0 %	478474024
4045	NC_020964	TAT	2	6	184407	184412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4046	NC_020964	GA	3	6	184447	184452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4047	NC_020964	AGA	2	6	184489	184494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474025
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4054	NC_020964	AGT	2	6	184920	184925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474025
4055	NC_020964	ATCG	2	8	184947	184954	25 %	25 %	25 %	25 %	478474025
4056	NC_020964	TCA	2	6	185030	185035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474026
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4059	NC_020964	GCA	2	6	185234	185239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474026
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4062	NC_020964	ATA	2	6	185660	185665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474026
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4065	NC_020964	TGC	2	6	185902	185907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474027
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4070	NC_020964	T	7	7	186192	186198	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4071	NC_020964	T	6	6	186204	186209	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4072	NC_020964	T	7	7	186254	186260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4073	NC_020964	A	7	7	186276	186282	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4074	NC_020964	T	6	6	186299	186304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4075	NC_020964	T	7	7	186394	186400	0 %	100 %	0 %	0 %	478474028
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4104	NC_020964	A	6	6	187482	187487	100 %	0 %	0 %	0 %	478474028
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4108	NC_020964	TAG	2	6	187914	187919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474028
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4111	NC_020964	TTA	2	6	187987	187992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474028
4112	NC_020964	ATC	2	6	187994	187999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4113	NC_020964	CGATA	2	10	188022	188031	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4114	NC_020964	T	6	6	188035	188040	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4115	NC_020964	TCC	2	6	188055	188060	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4116	NC_020964	ACA	3	9	188061	188069	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4117	NC_020964	AGT	2	6	188079	188084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4118	NC_020964	AAAC	2	8	188104	188111	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4119	NC_020964	TGC	2	6	188170	188175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4120	NC_020964	AGT	2	6	188238	188243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4121	NC_020964	AGT	2	6	188261	188266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4122	NC_020964	TTG	2	6	188269	188274	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_020964	TAT	2	6	188349	188354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4124	NC_020964	T	6	6	188368	188373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_020964	GCA	2	6	188421	188426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4126	NC_020964	CTT	2	6	188436	188441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4127	NC_020964	GGAC	2	8	188463	188470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4128	NC_020964	AAG	2	6	188573	188578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4132	NC_020964	TAA	2	6	188723	188728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4230	NC_020964	AAG	2	6	193467	193472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4231	NC_020964	T	6	6	193517	193522	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4232	NC_020964	ATT	2	6	193530	193535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4233	NC_020964	T	6	6	193546	193551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4234	NC_020964	AAACAT	2	12	193593	193604	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474034
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4248	NC_020964	GGA	2	6	194349	194354	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474034
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4250	NC_020964	GCA	2	6	194379	194384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474034
4251	NC_020964	TCT	2	6	194432	194437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474034
4252	NC_020964	ACTC	2	8	194466	194473	25 %	25 %	0 %	50 %	478474034
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4254	NC_020964	T	6	6	194582	194587	0 %	100 %	0 %	0 %	478474034
4255	NC_020964	ATT	2	6	194610	194615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474034
4256	NC_020964	ATC	2	6	194733	194738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474034
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4374	NC_020964	GAA	2	6	200040	200045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474042
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