MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 plasmid pSotonD5

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020958	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020958	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020958	TGG	2	6	55	60	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020958	TGG	2	6	77	82	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020958	A	6	6	110	115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020958	A	6	6	256	261	100 %	0 %	0 %	0 %	478455824
7	NC_020958	AT	3	6	475	480	50 %	50 %	0 %	0 %	478455824
8	NC_020958	T	6	6	521	526	0 %	100 %	0 %	0 %	478455824
9	NC_020958	T	8	8	579	586	0 %	100 %	0 %	0 %	478455824
10	NC_020958	ATTG	2	8	631	638	25 %	50 %	25 %	0 %	478455824
11	NC_020958	T	6	6	692	697	0 %	100 %	0 %	0 %	478455824
12	NC_020958	A	7	7	725	731	100 %	0 %	0 %	0 %	478455824
13	NC_020958	AAC	2	6	850	855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455824
14	NC_020958	TC	3	6	1000	1005	0 %	50 %	0 %	50 %	478455824
15	NC_020958	GT	4	8	1017	1024	0 %	50 %	50 %	0 %	478455824
16	NC_020958	A	6	6	1116	1121	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020958	TCT	2	6	1146	1151	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455825
18	NC_020958	TCT	2	6	1163	1168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455825
19	NC_020958	ATC	2	6	1193	1198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455825
20	NC_020958	GA	3	6	1332	1337	50 %	0 %	50 %	0 %	478455825
21	NC_020958	CCA	2	6	1362	1367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478455825
22	NC_020958	TAA	2	6	1455	1460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455825
23	NC_020958	TCTG	2	8	1469	1476	0 %	50 %	25 %	25 %	478455825
24	NC_020958	GAAA	2	8	1495	1502	75 %	0 %	25 %	0 %	478455825
25	NC_020958	TTG	2	6	1510	1515	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455825
26	NC_020958	CCT	2	6	1565	1570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455825
27	NC_020958	T	8	8	1611	1618	0 %	100 %	0 %	0 %	478455825
28	NC_020958	AGGA	2	8	1628	1635	50 %	0 %	50 %	0 %	478455825
29	NC_020958	A	6	6	1687	1692	100 %	0 %	0 %	0 %	478455825
30	NC_020958	TGC	2	6	1783	1788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455825
31	NC_020958	AAG	2	6	1815	1820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455825
32	NC_020958	T	6	6	1837	1842	0 %	100 %	0 %	0 %	478455825
33	NC_020958	GATTA	2	10	1855	1864	40 %	40 %	20 %	0 %	478455825
34	NC_020958	A	6	6	1931	1936	100 %	0 %	0 %	0 %	478455825
35	NC_020958	TGTT	2	8	1961	1968	0 %	75 %	25 %	0 %	478455825
36	NC_020958	ATA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455825
37	NC_020958	TGC	2	6	2096	2101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455825
38	NC_020958	AAT	2	6	2172	2177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020958	GTT	2	6	2181	2186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020958	T	7	7	2208	2214	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020958	GTT	2	6	2273	2278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
42	NC_020958	CAT	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455826
43	NC_020958	GCG	2	6	2441	2446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478455826
44	NC_020958	ATG	2	6	2491	2496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
45	NC_020958	GAT	2	6	2544	2549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
46	NC_020958	GT	3	6	2556	2561	0 %	50 %	50 %	0 %	478455826
47	NC_020958	GAA	2	6	2568	2573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
48	NC_020958	AT	3	6	2731	2736	50 %	50 %	0 %	0 %	478455826
49	NC_020958	A	8	8	2771	2778	100 %	0 %	0 %	0 %	478455826
50	NC_020958	AGC	2	6	2783	2788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455826
51	NC_020958	TTCT	2	8	2807	2814	0 %	75 %	0 %	25 %	478455826
52	NC_020958	TGA	2	6	2846	2851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
53	NC_020958	AGC	2	6	2891	2896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455826
54	NC_020958	TTG	2	6	3007	3012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
55	NC_020958	TTG	2	6	3019	3024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
56	NC_020958	TC	3	6	3068	3073	0 %	50 %	0 %	50 %	478455826
57	NC_020958	AGA	2	6	3077	3082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
58	NC_020958	ATT	2	6	3083	3088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455826
59	NC_020958	GAA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
60	NC_020958	TTAAT	2	10	3160	3169	40 %	60 %	0 %	0 %	478455826
61	NC_020958	AGA	2	6	3197	3202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
62	NC_020958	AT	3	6	3283	3288	50 %	50 %	0 %	0 %	478455826
63	NC_020958	GTTT	2	8	3333	3340	0 %	75 %	25 %	0 %	478455826
64	NC_020958	AGGA	2	8	3453	3460	50 %	0 %	50 %	0 %	478455826
65	NC_020958	TCT	2	6	3465	3470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455826
66	NC_020958	A	6	6	3564	3569	100 %	0 %	0 %	0 %	478455826
67	NC_020958	TCA	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455827
68	NC_020958	GAA	2	6	3636	3641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
69	NC_020958	TTTC	2	8	3713	3720	0 %	75 %	0 %	25 %	478455827
70	NC_020958	AGC	2	6	3739	3744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455827
71	NC_020958	GTT	2	6	3794	3799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455827
72	NC_020958	GGAT	2	8	3833	3840	25 %	25 %	50 %	0 %	478455827
73	NC_020958	AAG	2	6	3933	3938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
74	NC_020958	TAG	2	6	4029	4034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455827
75	NC_020958	GAA	2	6	4097	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
76	NC_020958	ATATAG	2	12	4104	4115	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478455827
77	NC_020958	CAG	2	6	4302	4307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455827
78	NC_020958	TTA	2	6	4361	4366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455827
79	NC_020958	AACGTT	2	12	4367	4378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455827
80	NC_020958	AT	3	6	4390	4395	50 %	50 %	0 %	0 %	478455827
81	NC_020958	A	7	7	4433	4439	100 %	0 %	0 %	0 %	478455827
82	NC_020958	AGA	2	6	4496	4501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
83	NC_020958	TTC	2	6	4522	4527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455827
84	NC_020958	CT	3	6	4532	4537	0 %	50 %	0 %	50 %	478455827
85	NC_020958	A	6	6	4538	4543	100 %	0 %	0 %	0 %	478455827
86	NC_020958	TAAA	2	8	4557	4564	75 %	25 %	0 %	0 %	478455827
87	NC_020958	GAA	2	6	4574	4579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
88	NC_020958	ATTA	2	8	4619	4626	50 %	50 %	0 %	0 %	478455827
89	NC_020958	ATTT	2	8	4653	4660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020958	A	6	6	4673	4678	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020958	ATA	2	6	4741	4746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
92	NC_020958	AAT	2	6	4787	4792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
93	NC_020958	AAT	2	6	4863	4868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
94	NC_020958	TCA	2	6	4869	4874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455828
95	NC_020958	TTG	2	6	4975	4980	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
96	NC_020958	TTG	2	6	5034	5039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
97	NC_020958	AAC	2	6	5049	5054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455828
98	NC_020958	TAA	2	6	5066	5071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
99	NC_020958	AGG	2	6	5120	5125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455828
100	NC_020958	CAG	2	6	5185	5190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455828
101	NC_020958	ATT	2	6	5193	5198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455828
102	NC_020958	GGC	2	6	5214	5219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478455828
103	NC_020958	GTT	2	6	5220	5225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
104	NC_020958	TCA	2	6	5280	5285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455828
105	NC_020958	CAA	2	6	5341	5346	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455828
106	NC_020958	T	6	6	5450	5455	0 %	100 %	0 %	0 %	478455828
107	NC_020958	CAAA	2	8	5469	5476	75 %	0 %	0 %	25 %	478455828
108	NC_020958	AAAAG	2	10	5562	5571	80 %	0 %	20 %	0 %	478455829
109	NC_020958	TTA	2	6	5584	5589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455829
110	NC_020958	A	6	6	5607	5612	100 %	0 %	0 %	0 %	478455829
111	NC_020958	CAA	2	6	5724	5729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455829
112	NC_020958	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455829
113	NC_020958	A	6	6	5801	5806	100 %	0 %	0 %	0 %	478455829
114	NC_020958	T	6	6	5902	5907	0 %	100 %	0 %	0 %	478455830
115	NC_020958	GGA	2	6	5919	5924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455830
116	NC_020958	ACA	2	6	5934	5939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
117	NC_020958	A	6	6	5982	5987	100 %	0 %	0 %	0 %	478455830
118	NC_020958	TCT	2	6	6024	6029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455830
119	NC_020958	ATCA	2	8	6101	6108	50 %	25 %	0 %	25 %	478455830
120	NC_020958	A	7	7	6119	6125	100 %	0 %	0 %	0 %	478455830
121	NC_020958	CAT	2	6	6148	6153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455830
122	NC_020958	AAC	2	6	6201	6206	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
123	NC_020958	ATA	2	6	6255	6260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455830
124	NC_020958	CCTAG	2	10	6270	6279	20 %	20 %	20 %	40 %	478455830
125	NC_020958	AAG	2	6	6292	6297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
126	NC_020958	TTG	2	6	6301	6306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455830
127	NC_020958	AATT	2	8	6316	6323	50 %	50 %	0 %	0 %	478455830
128	NC_020958	TTCTA	2	10	6347	6356	20 %	60 %	0 %	20 %	478455830
129	NC_020958	TCGG	2	8	6387	6394	0 %	25 %	50 %	25 %	478455830
130	NC_020958	GAA	3	9	6402	6410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
131	NC_020958	GAT	2	6	6441	6446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455830
132	NC_020958	TA	3	6	6468	6473	50 %	50 %	0 %	0 %	478455830
133	NC_020958	T	6	6	6505	6510	0 %	100 %	0 %	0 %	478455830
134	NC_020958	CAA	2	6	6511	6516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
135	NC_020958	TCG	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455830
136	NC_020958	TC	3	6	6534	6539	0 %	50 %	0 %	50 %	478455830
137	NC_020958	TCT	2	6	6548	6553	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455830
138	NC_020958	AGA	2	6	6557	6562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
139	NC_020958	AGA	2	6	6599	6604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.