MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 23107

< Previous12...35363738394041424344454647Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
23001	NC_020942	CAA	2	6	1044325	1044330	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456735
23002	NC_020942	TAT	2	6	1044335	1044340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456735
23003	NC_020942	GGA	2	6	1044443	1044448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478456735
23004	NC_020942	TCGC	2	8	1044492	1044499	0 %	25 %	25 %	50 %	478456735
23005	NC_020942	ATA	2	6	1044510	1044515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478456735
23006	NC_020942	TCC	2	6	1044568	1044573	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478456735
23007	NC_020942	ATT	2	6	1044644	1044649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456735
23008	NC_020942	CTT	3	9	1044700	1044708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478456735
23009	NC_020942	TCA	2	6	1044733	1044738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456735
23010	NC_020942	TCG	3	9	1044775	1044783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478456735
23011	NC_020942	TAA	2	6	1044827	1044832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478456735
23012	NC_020942	TTTTC	2	10	1044837	1044846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23013	NC_020942	GTT	2	6	1044897	1044902	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23014	NC_020942	GAT	2	6	1044913	1044918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23015	NC_020942	A	6	6	1044940	1044945	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23016	NC_020942	CT	3	6	1044953	1044958	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23017	NC_020942	AG	3	6	1044967	1044972	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23018	NC_020942	CAAA	2	8	1044992	1044999	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23019	NC_020942	T	8	8	1045009	1045016	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23020	NC_020942	A	6	6	1045020	1045025	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23021	NC_020942	AAG	2	6	1045104	1045109	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23022	NC_020942	TGG	2	6	1045138	1045143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23023	NC_020942	ATTTTT	2	12	1045146	1045157	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	478456736
23024	NC_020942	AAT	2	6	1045158	1045163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478456736
23025	NC_020942	A	6	6	1045164	1045169	100 %	0 %	0 %	0 %	478456736
23026	NC_020942	TTA	2	6	1045202	1045207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456736
23027	NC_020942	T	6	6	1045219	1045224	0 %	100 %	0 %	0 %	478456736
23028	NC_020942	TAC	2	6	1045270	1045275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23029	NC_020942	CA	3	6	1045370	1045375	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23030	NC_020942	AGA	2	6	1045406	1045411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23031	NC_020942	TCA	2	6	1045414	1045419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23032	NC_020942	CAA	2	6	1045433	1045438	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456737
23033	NC_020942	A	7	7	1045441	1045447	100 %	0 %	0 %	0 %	478456737
23034	NC_020942	TGT	2	6	1045460	1045465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478456737
23035	NC_020942	AAAAG	2	10	1045468	1045477	80 %	0 %	20 %	0 %	478456737
23036	NC_020942	TA	3	6	1045562	1045567	50 %	50 %	0 %	0 %	478456737
23037	NC_020942	GA	3	6	1045601	1045606	50 %	0 %	50 %	0 %	478456737
23038	NC_020942	AG	3	6	1045647	1045652	50 %	0 %	50 %	0 %	478456737
23039	NC_020942	GTTAG	2	10	1045660	1045669	20 %	40 %	40 %	0 %	478456737
23040	NC_020942	AAG	2	6	1045717	1045722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456737
23041	NC_020942	A	7	7	1045828	1045834	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23042	NC_020942	AG	4	8	1045846	1045853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23043	NC_020942	TAG	2	6	1046147	1046152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456738
23044	NC_020942	T	6	6	1046160	1046165	0 %	100 %	0 %	0 %	478456738
23045	NC_020942	T	8	8	1046170	1046177	0 %	100 %	0 %	0 %	478456738
23046	NC_020942	TC	3	6	1046238	1046243	0 %	50 %	0 %	50 %	478456738
23047	NC_020942	CTC	2	6	1046251	1046256	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478456738
23048	NC_020942	CTT	2	6	1046397	1046402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478456738
23049	NC_020942	TA	3	6	1046509	1046514	50 %	50 %	0 %	0 %	478456738
23050	NC_020942	TAA	2	6	1046535	1046540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478456738
23051	NC_020942	AGAA	2	8	1046583	1046590	75 %	0 %	25 %	0 %	478456738
23052	NC_020942	ATG	2	6	1046641	1046646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456738
23053	NC_020942	CAG	2	6	1046700	1046705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478456738
23054	NC_020942	ATAG	2	8	1046721	1046728	50 %	25 %	25 %	0 %	478456738
23055	NC_020942	CTC	2	6	1046730	1046735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478456738
23056	NC_020942	ATC	2	6	1046753	1046758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456738
23057	NC_020942	TCA	2	6	1046879	1046884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456738
23058	NC_020942	AG	3	6	1046932	1046937	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23059	NC_020942	AG	4	8	1046974	1046981	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23060	NC_020942	AG	3	6	1047055	1047060	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23061	NC_020942	T	6	6	1047105	1047110	0 %	100 %	0 %	0 %	478456738
23062	NC_020942	AAG	2	6	1047174	1047179	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456738
23063	NC_020942	GAG	2	6	1047196	1047201	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478456738
23064	NC_020942	GA	5	10	1047216	1047225	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23065	NC_020942	GCT	2	6	1047285	1047290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478456738
23066	NC_020942	T	6	6	1047318	1047323	0 %	100 %	0 %	0 %	478456738
23067	NC_020942	CTT	2	6	1047324	1047329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478456738
23068	NC_020942	AGG	2	6	1047435	1047440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478456738
23069	NC_020942	TGC	2	6	1047456	1047461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478456738
23070	NC_020942	AAAGA	2	10	1047484	1047493	80 %	0 %	20 %	0 %	478456738
23071	NC_020942	GAA	2	6	1047518	1047523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456738
23072	NC_020942	GAACA	2	10	1047598	1047607	60 %	0 %	20 %	20 %	478456738
23073	NC_020942	AG	3	6	1047628	1047633	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23074	NC_020942	CTCC	2	8	1047635	1047642	0 %	25 %	0 %	75 %	478456738
23075	NC_020942	TGT	2	6	1047678	1047683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478456738
23076	NC_020942	TTGC	2	8	1047761	1047768	0 %	50 %	25 %	25 %	478456738
23077	NC_020942	CAAG	2	8	1047788	1047795	50 %	0 %	25 %	25 %	478456738
23078	NC_020942	AG	6	12	1047794	1047805	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23079	NC_020942	ACA	2	6	1047835	1047840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456738
23080	NC_020942	AG	3	6	1047879	1047884	50 %	0 %	50 %	0 %	478456738
23081	NC_020942	TAC	2	6	1047912	1047917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456738
23082	NC_020942	GCC	2	6	1047928	1047933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478456738
23083	NC_020942	GAAA	2	8	1047958	1047965	75 %	0 %	25 %	0 %	478456738
23084	NC_020942	AGA	2	6	1048027	1048032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456738
23085	NC_020942	GTTGT	2	10	1048060	1048069	0 %	60 %	40 %	0 %	478456738
23086	NC_020942	CTC	2	6	1048095	1048100	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478456738
23087	NC_020942	ATT	2	6	1048141	1048146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456738
23088	NC_020942	TGA	2	6	1048172	1048177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456738
23089	NC_020942	ATA	2	6	1048178	1048183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478456738
23090	NC_020942	AAGGA	2	10	1048217	1048226	60 %	0 %	40 %	0 %	478456738
23091	NC_020942	TACA	2	8	1048330	1048337	50 %	25 %	0 %	25 %	478456738
23092	NC_020942	ATC	2	6	1048342	1048347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456738
23093	NC_020942	A	6	6	1048402	1048407	100 %	0 %	0 %	0 %	478456738
23094	NC_020942	GAC	2	6	1048414	1048419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478456738
23095	NC_020942	GAG	2	6	1048438	1048443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478456738
23096	NC_020942	AGC	2	6	1048498	1048503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478456738
23097	NC_020942	ACA	2	6	1048510	1048515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456738
23098	NC_020942	AGA	2	6	1048563	1048568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23099	NC_020942	A	8	8	1048578	1048585	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23100	NC_020942	TAA	2	6	1048587	1048592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23101	NC_020942	A	6	6	1048707	1048712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23102	NC_020942	AAT	2	6	1048716	1048721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23103	NC_020942	TTATT	2	10	1048735	1048744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23104	NC_020942	T	7	7	1048750	1048756	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23105	NC_020942	TAAAAT	2	12	1048769	1048780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23106	NC_020942	TTTTA	2	10	1048785	1048794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23107	NC_020942	GGTT	2	8	1048801	1048808	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

< Previous12...35363738394041424344454647Next >

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.