MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 22983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_020940	ATC	2	6	520151	520156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11502	NC_020940	TCA	2	6	520192	520197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11503	NC_020940	TTC	2	6	520217	520222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11504	NC_020940	GGA	2	6	520248	520253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478475227
11505	NC_020940	AATG	2	8	520301	520308	50 %	25 %	25 %	0 %	478475227
11506	NC_020940	GTT	2	6	520365	520370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
11507	NC_020940	TCT	2	6	520399	520404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11508	NC_020940	CAT	2	6	520411	520416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11509	NC_020940	TCT	2	6	520458	520463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11510	NC_020940	AAT	2	6	520478	520483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11511	NC_020940	TCA	2	6	520516	520521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11512	NC_020940	TTGC	2	8	520531	520538	0 %	50 %	25 %	25 %	478475227
11513	NC_020940	AATC	2	8	520540	520547	50 %	25 %	0 %	25 %	478475227
11514	NC_020940	AGCAC	2	10	520581	520590	40 %	0 %	20 %	40 %	478475227
11515	NC_020940	TAA	2	6	520598	520603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11516	NC_020940	AAT	2	6	520692	520697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11517	NC_020940	AGT	2	6	520784	520789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475227
11518	NC_020940	GAA	2	6	520816	520821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475227
11519	NC_020940	GAT	2	6	520831	520836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475227
11520	NC_020940	TTCTG	2	10	520848	520857	0 %	60 %	20 %	20 %	478475227
11521	NC_020940	AT	3	6	520907	520912	50 %	50 %	0 %	0 %	478475227
11522	NC_020940	TTG	2	6	520973	520978	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
11523	NC_020940	CA	4	8	521023	521030	50 %	0 %	0 %	50 %	478475227
11524	NC_020940	ATCC	2	8	521066	521073	25 %	25 %	0 %	50 %	478475227
11525	NC_020940	ACT	2	6	521127	521132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11526	NC_020940	AAG	2	6	521166	521171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475227
11527	NC_020940	TCA	2	6	521197	521202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11528	NC_020940	TC	4	8	521215	521222	0 %	50 %	0 %	50 %	478475227
11529	NC_020940	GAT	2	6	521294	521299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475227
11530	NC_020940	CAG	2	6	521342	521347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475227
11531	NC_020940	TAG	2	6	521365	521370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475227
11532	NC_020940	ATA	2	6	521514	521519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11533	NC_020940	CAG	2	6	521588	521593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475227
11534	NC_020940	GTA	2	6	521627	521632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475227
11535	NC_020940	CAACA	2	10	521666	521675	60 %	0 %	0 %	40 %	478475227
11536	NC_020940	GA	3	6	521676	521681	50 %	0 %	50 %	0 %	478475227
11537	NC_020940	CTT	2	6	521725	521730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11538	NC_020940	CTCC	2	8	521904	521911	0 %	25 %	0 %	75 %	478475227
11539	NC_020940	T	6	6	521925	521930	0 %	100 %	0 %	0 %	478475227
11540	NC_020940	CTT	2	6	521944	521949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11541	NC_020940	TTG	2	6	521978	521983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
11542	NC_020940	CT	3	6	522140	522145	0 %	50 %	0 %	50 %	478475227
11543	NC_020940	AAG	2	6	522187	522192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475227
11544	NC_020940	GAG	2	6	522325	522330	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478475227
11545	NC_020940	CTT	2	6	522402	522407	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11546	NC_020940	AGA	2	6	522467	522472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475227
11547	NC_020940	CTG	2	6	522478	522483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478475227
11548	NC_020940	TCA	2	6	522570	522575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11549	NC_020940	TAA	2	6	522605	522610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11550	NC_020940	CCT	2	6	522651	522656	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478475227
11551	NC_020940	TCT	2	6	522838	522843	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11552	NC_020940	TAC	2	6	522854	522859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475227
11553	NC_020940	TGT	2	6	523044	523049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
11554	NC_020940	AGC	2	6	523055	523060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475227
11555	NC_020940	TTC	2	6	523061	523066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11556	NC_020940	GCC	2	6	523338	523343	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478475227
11557	NC_020940	AACT	2	8	523463	523470	50 %	25 %	0 %	25 %	478475227
11558	NC_020940	AGC	2	6	523481	523486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475227
11559	NC_020940	AAC	2	6	523509	523514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475227
11560	NC_020940	GA	3	6	523552	523557	50 %	0 %	50 %	0 %	478475227
11561	NC_020940	CAA	2	6	523570	523575	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475227
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11564	NC_020940	CTTC	2	8	523663	523670	0 %	50 %	0 %	50 %	478475227
11565	NC_020940	TGT	2	6	523680	523685	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
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11567	NC_020940	TTG	2	6	523894	523899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475227
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11569	NC_020940	AAG	2	6	523975	523980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475227
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11572	NC_020940	ACA	2	6	524037	524042	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475227
11573	NC_020940	AATA	2	8	524096	524103	75 %	25 %	0 %	0 %	478475227
11574	NC_020940	TCT	2	6	524112	524117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475227
11575	NC_020940	TGC	2	6	524160	524165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478475227
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11577	NC_020940	AAT	3	9	524363	524371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478475227
11578	NC_020940	AGC	2	6	524460	524465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11579	NC_020940	GAAG	2	8	524468	524475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11580	NC_020940	AT	3	6	524494	524499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11581	NC_020940	AAAG	2	8	524507	524514	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11582	NC_020940	T	6	6	524555	524560	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11583	NC_020940	TTGGA	2	10	524578	524587	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11584	NC_020940	T	6	6	524601	524606	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11585	NC_020940	ACA	2	6	524609	524614	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11586	NC_020940	AACC	2	8	524642	524649	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11587	NC_020940	A	7	7	524713	524719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11588	NC_020940	T	6	6	524735	524740	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11589	NC_020940	A	7	7	524786	524792	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11590	NC_020940	AGA	2	6	524839	524844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475228
11591	NC_020940	AAAG	2	8	524852	524859	75 %	0 %	25 %	0 %	478475228
11592	NC_020940	CAA	2	6	524908	524913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475228
11593	NC_020940	GAACT	2	10	525065	525074	40 %	20 %	20 %	20 %	478475228
11594	NC_020940	TTG	2	6	525096	525101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475228
11595	NC_020940	ACTC	2	8	525133	525140	25 %	25 %	0 %	50 %	478475228
11596	NC_020940	TCA	2	6	525169	525174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11597	NC_020940	A	7	7	525179	525185	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11598	NC_020940	CTAA	2	8	525200	525207	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11599	NC_020940	AAT	2	6	525224	525229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11600	NC_020940	ACTT	2	8	525234	525241	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11601	NC_020940	GCT	2	6	525325	525330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11602	NC_020940	CAAAA	2	10	525344	525353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11603	NC_020940	AGA	2	6	525402	525407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11604	NC_020940	ATA	2	6	525436	525441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11605	NC_020940	CTA	2	6	525510	525515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11606	NC_020940	CTTTAG	2	12	525620	525631	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478475229
11607	NC_020940	TCCC	2	8	525673	525680	0 %	25 %	0 %	75 %	478475229
11608	NC_020940	CAT	3	9	525693	525701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475229
11609	NC_020940	TCG	2	6	525711	525716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478475229
11610	NC_020940	TTG	2	6	525797	525802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478475229
11611	NC_020940	ATT	2	6	525891	525896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478475229
11612	NC_020940	GCA	2	6	525920	525925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475229
11613	NC_020940	CT	3	6	525928	525933	0 %	50 %	0 %	50 %	478475229
11614	NC_020940	ACA	2	6	526004	526009	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475229
11615	NC_020940	CCT	2	6	526019	526024	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478475229
11616	NC_020940	ATTA	2	8	526066	526073	50 %	50 %	0 %	0 %	478475229
11617	NC_020940	A	7	7	526132	526138	100 %	0 %	0 %	0 %	478475229
11618	NC_020940	CAA	2	6	526348	526353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475229
11619	NC_020940	TAAA	2	8	526371	526378	75 %	25 %	0 %	0 %	478475229
11620	NC_020940	GTC	2	6	526437	526442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478475230
11621	NC_020940	TTC	2	6	526450	526455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475230
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11623	NC_020940	CTT	2	6	526518	526523	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475230
11624	NC_020940	TCC	2	6	526524	526529	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478475230
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11735	NC_020940	TGT	2	6	531860	531865	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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11737	NC_020940	CAT	2	6	531931	531936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475235
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11745	NC_020940	CCT	2	6	532123	532128	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478475235
11746	NC_020940	CTT	2	6	532129	532134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478475235
11747	NC_020940	CA	3	6	532136	532141	50 %	0 %	0 %	50 %	478475235
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