MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 22914

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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14002	NC_020932	A	6	6	631167	631172	100 %	0 %	0 %	0 %	478453705
14003	NC_020932	CCT	2	6	631232	631237	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453705
14004	NC_020932	AAG	2	6	631239	631244	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453705
14005	NC_020932	TCC	2	6	631250	631255	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453705
14006	NC_020932	CCT	2	6	631347	631352	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453705
14007	NC_020932	ATT	2	6	631364	631369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478453705
14008	NC_020932	TTC	2	6	631377	631382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453705
14009	NC_020932	ACA	2	6	631402	631407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453705
14010	NC_020932	CCT	2	6	631412	631417	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453705
14011	NC_020932	A	6	6	631499	631504	100 %	0 %	0 %	0 %	478453705
14012	NC_020932	TCGAG	2	10	631509	631518	20 %	20 %	40 %	20 %	478453705
14013	NC_020932	T	6	6	631536	631541	0 %	100 %	0 %	0 %	478453705
14014	NC_020932	TTG	2	6	631566	631571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478453705
14015	NC_020932	TCCT	2	8	631601	631608	0 %	50 %	0 %	50 %	478453705
14016	NC_020932	CAA	2	6	631685	631690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453705
14017	NC_020932	ATC	2	6	631712	631717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453705
14018	NC_020932	TCA	2	6	631728	631733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453705
14019	NC_020932	CTTT	2	8	631782	631789	0 %	75 %	0 %	25 %	478453705
14020	NC_020932	ATG	3	9	631832	631840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478453705
14021	NC_020932	TC	4	8	631857	631864	0 %	50 %	0 %	50 %	478453705
14022	NC_020932	CTA	2	6	631910	631915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453705
14023	NC_020932	TGA	2	6	631923	631928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478453705
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14025	NC_020932	TTTG	2	8	631986	631993	0 %	75 %	25 %	0 %	478453706
14026	NC_020932	TTA	2	6	632014	632019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478453706
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14028	NC_020932	TAT	2	6	632043	632048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478453706
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14033	NC_020932	GGCTC	2	10	632273	632282	0 %	20 %	40 %	40 %	478453707
14034	NC_020932	TA	3	6	632296	632301	50 %	50 %	0 %	0 %	478453707
14035	NC_020932	AGCC	2	8	632309	632316	25 %	0 %	25 %	50 %	478453707
14036	NC_020932	TCTT	2	8	632333	632340	0 %	75 %	0 %	25 %	478453707
14037	NC_020932	ATC	2	6	632374	632379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453707
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14039	NC_020932	TGC	2	6	632447	632452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453707
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14041	NC_020932	TGC	2	6	632577	632582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453707
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14043	NC_020932	CT	3	6	632643	632648	0 %	50 %	0 %	50 %	478453707
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14047	NC_020932	ATG	2	6	632800	632805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478453707
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14051	NC_020932	CTAC	2	8	632961	632968	25 %	25 %	0 %	50 %	478453707
14052	NC_020932	TGG	2	6	633016	633021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478453707
14053	NC_020932	ATT	2	6	633041	633046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478453707
14054	NC_020932	CTA	2	6	633074	633079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453707
14055	NC_020932	TCC	2	6	633096	633101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453707
14056	NC_020932	A	9	9	633118	633126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14057	NC_020932	CTCC	2	8	633130	633137	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
14058	NC_020932	A	6	6	633138	633143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14059	NC_020932	TTC	2	6	633151	633156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14060	NC_020932	TTG	2	6	633177	633182	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14061	NC_020932	TGC	2	6	633221	633226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453708
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14065	NC_020932	C	6	6	633526	633531	0 %	0 %	0 %	100 %	478453708
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14067	NC_020932	GAG	2	6	633605	633610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453708
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14069	NC_020932	T	6	6	633650	633655	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14070	NC_020932	A	6	6	633716	633721	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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14098	NC_020932	TCCAT	2	10	634843	634852	20 %	40 %	0 %	40 %	478453710
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14102	NC_020932	CTA	2	6	634912	634917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453710
14103	NC_020932	GAAA	2	8	635006	635013	75 %	0 %	25 %	0 %	478453710
14104	NC_020932	A	6	6	635011	635016	100 %	0 %	0 %	0 %	478453710
14105	NC_020932	CTCTTT	2	12	635114	635125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453710
14106	NC_020932	ATATCC	2	12	635131	635142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453710
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14108	NC_020932	T	6	6	635229	635234	0 %	100 %	0 %	0 %	478453710
14109	NC_020932	TAAACA	2	12	635242	635253	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478453710
14110	NC_020932	AGG	2	6	635351	635356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453711
14111	NC_020932	CAA	2	6	635418	635423	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453711
14112	NC_020932	GA	3	6	635444	635449	50 %	0 %	50 %	0 %	478453711
14113	NC_020932	TCC	2	6	635480	635485	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453711
14114	NC_020932	A	7	7	635491	635497	100 %	0 %	0 %	0 %	478453711
14115	NC_020932	ATGC	2	8	635507	635514	25 %	25 %	25 %	25 %	478453711
14116	NC_020932	ACGA	2	8	635547	635554	50 %	0 %	25 %	25 %	478453711
14117	NC_020932	GA	4	8	635606	635613	50 %	0 %	50 %	0 %	478453711
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14120	NC_020932	A	6	6	635633	635638	100 %	0 %	0 %	0 %	478453711
14121	NC_020932	ACA	2	6	635709	635714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453712
14122	NC_020932	TCAT	2	8	635730	635737	25 %	50 %	0 %	25 %	478453712
14123	NC_020932	AAG	2	6	635744	635749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453712
14124	NC_020932	TCT	2	6	635751	635756	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453712
14125	NC_020932	AAG	2	6	635771	635776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453712
14126	NC_020932	TTTC	2	8	635777	635784	0 %	75 %	0 %	25 %	478453712
14127	NC_020932	CAC	2	6	635793	635798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453712
14128	NC_020932	TCT	2	6	635805	635810	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453712
14129	NC_020932	CAT	2	6	635870	635875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453712
14130	NC_020932	CCA	2	6	635964	635969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453712
14131	NC_020932	ATA	2	6	635970	635975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453712
14132	NC_020932	CAT	2	6	635996	636001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453712
14133	NC_020932	T	8	8	636028	636035	0 %	100 %	0 %	0 %	478453712
14134	NC_020932	TTC	2	6	636039	636044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453712
14135	NC_020932	CCT	2	6	636053	636058	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14136	NC_020932	GAA	2	6	636092	636097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453713
14137	NC_020932	AATC	2	8	636111	636118	50 %	25 %	0 %	25 %	478453713
14138	NC_020932	ACC	2	6	636226	636231	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453713
14139	NC_020932	TTC	2	6	636246	636251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453713
14140	NC_020932	TCC	2	6	636321	636326	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453713
14141	NC_020932	AAC	2	6	636330	636335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453713
14142	NC_020932	CTT	2	6	636347	636352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453713
14143	NC_020932	CCT	2	6	636424	636429	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453713
14144	NC_020932	CAG	2	6	636437	636442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478453713
14145	NC_020932	TCT	2	6	636503	636508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453713
14146	NC_020932	T	6	6	636543	636548	0 %	100 %	0 %	0 %	478453713
14147	NC_020932	TCC	2	6	636582	636587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453713
14148	NC_020932	TTTC	2	8	636677	636684	0 %	75 %	0 %	25 %	478453713
14149	NC_020932	AGAA	2	8	636706	636713	75 %	0 %	25 %	0 %	478453713
14150	NC_020932	CAC	2	6	636714	636719	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453713
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14153	NC_020932	CT	3	6	636847	636852	0 %	50 %	0 %	50 %	478453713
14154	NC_020932	AAG	2	6	636950	636955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453713
14155	NC_020932	CAGC	2	8	636965	636972	25 %	0 %	25 %	50 %	478453713
14156	NC_020932	TAA	3	9	637035	637043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453713
14157	NC_020932	TC	4	8	637095	637102	0 %	50 %	0 %	50 %	478453713
14158	NC_020932	AGC	2	6	637137	637142	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478453713
14159	NC_020932	AAG	2	6	637143	637148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453713
14160	NC_020932	CT	3	6	637149	637154	0 %	50 %	0 %	50 %	478453713
14161	NC_020932	CGT	2	6	637189	637194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453713
14162	NC_020932	T	6	6	637194	637199	0 %	100 %	0 %	0 %	478453713
14163	NC_020932	CCT	2	6	637243	637248	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14164	NC_020932	CGGAA	2	10	637459	637468	40 %	0 %	40 %	20 %	478453714
14165	NC_020932	TAA	2	6	637529	637534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453714
14166	NC_020932	CA	3	6	637556	637561	50 %	0 %	0 %	50 %	478453714
14167	NC_020932	TTG	2	6	637621	637626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478453714
14168	NC_020932	ATA	2	6	637630	637635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453714
14169	NC_020932	CAT	2	6	637684	637689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453714
14170	NC_020932	GGA	2	6	637887	637892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453714
14171	NC_020932	TCT	2	6	637893	637898	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453714
14172	NC_020932	TA	3	6	637945	637950	50 %	50 %	0 %	0 %	478453714
14173	NC_020932	GTC	2	6	637956	637961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453714
14174	NC_020932	AGG	2	6	638026	638031	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453714
14175	NC_020932	AGG	2	6	638042	638047	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453714
14176	NC_020932	ACC	2	6	638103	638108	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453714
14177	NC_020932	ATGA	2	8	638117	638124	50 %	25 %	25 %	0 %	478453714
14178	NC_020932	TCC	2	6	638159	638164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453714
14179	NC_020932	TAA	2	6	638242	638247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453714
14180	NC_020932	GCTC	2	8	638355	638362	0 %	25 %	25 %	50 %	478453714
14181	NC_020932	AAG	2	6	638429	638434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453714
14182	NC_020932	TA	3	6	638518	638523	50 %	50 %	0 %	0 %	478453714
14183	NC_020932	AAT	2	6	638540	638545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453714
14184	NC_020932	CTT	2	6	638551	638556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453714
14185	NC_020932	T	7	7	638623	638629	0 %	100 %	0 %	0 %	478453714
14186	NC_020932	GCA	2	6	638674	638679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478453714
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14188	NC_020932	A	6	6	638694	638699	100 %	0 %	0 %	0 %	478453714
14189	NC_020932	CAT	2	6	638750	638755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453714
14190	NC_020932	GGA	2	6	638778	638783	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478453715
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14192	NC_020932	TTTC	2	8	638809	638816	0 %	75 %	0 %	25 %	478453715
14193	NC_020932	AGC	2	6	638829	638834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478453715
14194	NC_020932	CTG	2	6	638835	638840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453715
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14199	NC_020932	ATAAAC	2	12	638953	638964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478453715
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14201	NC_020932	C	6	6	639078	639083	0 %	0 %	0 %	100 %	478453715
14202	NC_020932	AAT	2	6	639084	639089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453715
14203	NC_020932	TAA	2	6	639203	639208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453715
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14210	NC_020932	T	7	7	639614	639620	0 %	100 %	0 %	0 %	478453715
14211	NC_020932	CAA	2	6	639639	639644	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453715
14212	NC_020932	ATCTTG	2	12	639646	639657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478453715
14213	NC_020932	CTT	2	6	639665	639670	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453715
14214	NC_020932	CTT	2	6	639737	639742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453715
14215	NC_020932	CTC	2	6	639751	639756	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453715
14216	NC_020932	ACT	2	6	639831	639836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453715
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14218	NC_020932	CT	3	6	639952	639957	0 %	50 %	0 %	50 %	478453715
14219	NC_020932	AGCG	2	8	640027	640034	25 %	0 %	50 %	25 %	478453715
14220	NC_020932	AGA	2	6	640074	640079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453715
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14223	NC_020932	GCT	2	6	640114	640119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453715
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14225	NC_020932	C	6	6	640263	640268	0 %	0 %	0 %	100 %	478453715
14226	NC_020932	AGA	2	6	640347	640352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453715
14227	NC_020932	CTT	2	6	640532	640537	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453715
14228	NC_020932	GAT	2	6	640655	640660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478453715
14229	NC_020932	C	9	9	640685	640693	0 %	0 %	0 %	100 %	478453715
14230	NC_020932	GTT	2	6	640739	640744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478453715
14231	NC_020932	TC	3	6	640793	640798	0 %	50 %	0 %	50 %	478453715
14232	NC_020932	GA	3	6	640809	640814	50 %	0 %	50 %	0 %	478453715
14233	NC_020932	CTT	2	6	640820	640825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453715
14234	NC_020932	CAT	2	6	640844	640849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453715
14235	NC_020932	CAAA	2	8	640977	640984	75 %	0 %	0 %	25 %	478453715
14236	NC_020932	TCC	2	6	641028	641033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453716
14237	NC_020932	CAA	2	6	641126	641131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478453716
14238	NC_020932	TCT	2	6	641239	641244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453716
14239	NC_020932	ATC	2	6	641298	641303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453716
14240	NC_020932	AGAA	2	8	641307	641314	75 %	0 %	25 %	0 %	478453716
14241	NC_020932	CTG	2	6	641330	641335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453716
14242	NC_020932	TAA	2	6	641336	641341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478453716
14243	NC_020932	GAA	2	6	641410	641415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453716
14244	NC_020932	CTG	2	6	641436	641441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453716
14245	NC_020932	TCA	2	6	641444	641449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453716
14246	NC_020932	CAT	2	6	641478	641483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453716
14247	NC_020932	ATC	2	6	641487	641492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478453716
14248	NC_020932	AAG	2	6	641685	641690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478453716
14249	NC_020932	CA	3	6	641706	641711	50 %	0 %	0 %	50 %	478453716
14250	NC_020932	GCT	2	6	641720	641725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453716
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14252	NC_020932	CCT	2	6	641836	641841	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478453716
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14262	NC_020932	CTG	2	6	642161	642166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453716
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14265	NC_020932	AAC	2	6	642252	642257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14266	NC_020932	A	6	6	642266	642271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14267	NC_020932	A	8	8	642298	642305	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14268	NC_020932	T	7	7	642338	642344	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14269	NC_020932	A	7	7	642348	642354	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14270	NC_020932	A	7	7	642356	642362	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14271	NC_020932	TTAAAT	2	12	642418	642429	50 %	50 %	0 %	0 %	478453717
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14273	NC_020932	CT	3	6	642572	642577	0 %	50 %	0 %	50 %	478453717
14274	NC_020932	ATGA	2	8	642599	642606	50 %	25 %	25 %	0 %	478453717
14275	NC_020932	TCCAT	2	10	642615	642624	20 %	40 %	0 %	40 %	478453717
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14281	NC_020932	TTC	2	6	643055	643060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453717
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14283	NC_020932	CAC	2	6	643247	643252	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478453717
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14330	NC_020932	GA	3	6	645244	645249	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14331	NC_020932	AGG	2	6	645276	645281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14332	NC_020932	AC	3	6	645306	645311	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14333	NC_020932	GCT	2	6	645312	645317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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14335	NC_020932	TTA	2	6	645385	645390	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14336	NC_020932	TAG	2	6	645430	645435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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14338	NC_020932	T	7	7	645451	645457	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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14353	NC_020932	CGAT	2	8	645985	645992	25 %	25 %	25 %	25 %	478453719
14354	NC_020932	GCA	2	6	646036	646041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478453719
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14358	NC_020932	GCT	2	6	646140	646145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478453719
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14360	NC_020932	A	6	6	646192	646197	100 %	0 %	0 %	0 %	478453720
14361	NC_020932	CAAG	2	8	646206	646213	50 %	0 %	25 %	25 %	478453720
14362	NC_020932	CA	3	6	646214	646219	50 %	0 %	0 %	50 %	478453720
14363	NC_020932	CTT	2	6	646220	646225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478453720
14364	NC_020932	A	6	6	646258	646263	100 %	0 %	0 %	0 %	478453720
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14489	NC_020932	ATT	2	6	652706	652711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14490	NC_020932	CA	3	6	652718	652723	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14491	NC_020932	A	6	6	652796	652801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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14495	NC_020932	TCC	2	6	653085	653090	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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