MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 22965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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13002	NC_020929	TCTT	2	8	584342	584349	0 %	75 %	0 %	25 %	478451840
13003	NC_020929	AAT	2	6	584358	584363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451840
13004	NC_020929	GGAA	2	8	584484	584491	50 %	0 %	50 %	0 %	478451840
13005	NC_020929	TGT	2	6	584589	584594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478451840
13006	NC_020929	AAATA	2	10	584614	584623	80 %	20 %	0 %	0 %	478451840
13007	NC_020929	ACA	2	6	584651	584656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451840
13008	NC_020929	AAC	2	6	584679	584684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451840
13009	NC_020929	ATTC	2	8	584688	584695	25 %	50 %	0 %	25 %	478451840
13010	NC_020929	GAC	2	6	584829	584834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451840
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13012	NC_020929	AAC	2	6	584871	584876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451840
13013	NC_020929	A	6	6	584918	584923	100 %	0 %	0 %	0 %	478451840
13014	NC_020929	GCAA	2	8	585037	585044	50 %	0 %	25 %	25 %	478451840
13015	NC_020929	T	6	6	585062	585067	0 %	100 %	0 %	0 %	478451840
13016	NC_020929	GCA	2	6	585179	585184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451841
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13018	NC_020929	TCTT	2	8	585262	585269	0 %	75 %	0 %	25 %	478451841
13019	NC_020929	GTTGT	2	10	585321	585330	0 %	60 %	40 %	0 %	478451841
13020	NC_020929	TTC	2	6	585334	585339	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451841
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13022	NC_020929	TTC	2	6	585519	585524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451841
13023	NC_020929	ATA	2	6	585588	585593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451842
13024	NC_020929	AG	3	6	585605	585610	50 %	0 %	50 %	0 %	478451842
13025	NC_020929	ATT	2	6	585653	585658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451842
13026	NC_020929	CAT	2	6	585778	585783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451842
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13028	NC_020929	T	6	6	585843	585848	0 %	100 %	0 %	0 %	478451842
13029	NC_020929	AGC	2	6	585851	585856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451842
13030	NC_020929	AAACT	2	10	585954	585963	60 %	20 %	0 %	20 %	478451842
13031	NC_020929	CCT	2	6	585969	585974	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451842
13032	NC_020929	AAC	2	6	585977	585982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451842
13033	NC_020929	ACA	2	6	585986	585991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451842
13034	NC_020929	GAC	2	6	585998	586003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451842
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13036	NC_020929	CTA	2	6	586116	586121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451843
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13039	NC_020929	T	6	6	586226	586231	0 %	100 %	0 %	0 %	478451843
13040	NC_020929	AAAT	2	8	586272	586279	75 %	25 %	0 %	0 %	478451843
13041	NC_020929	CAT	2	6	586299	586304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451843
13042	NC_020929	TA	3	6	586425	586430	50 %	50 %	0 %	0 %	478451843
13043	NC_020929	T	6	6	586468	586473	0 %	100 %	0 %	0 %	478451844
13044	NC_020929	GCT	2	6	586484	586489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451844
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13046	NC_020929	AACT	2	8	586591	586598	50 %	25 %	0 %	25 %	478451844
13047	NC_020929	GTCT	2	8	586833	586840	0 %	50 %	25 %	25 %	478451844
13048	NC_020929	CAA	2	6	586860	586865	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451844
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13050	NC_020929	TCA	2	6	586949	586954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451844
13051	NC_020929	ACCAA	2	10	587046	587055	60 %	0 %	0 %	40 %	478451845
13052	NC_020929	CGC	2	6	587067	587072	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478451845
13053	NC_020929	GAG	2	6	587115	587120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478451845
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13056	NC_020929	TCT	2	6	587282	587287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451845
13057	NC_020929	TGC	2	6	587315	587320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451845
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13059	NC_020929	ATTC	2	8	587550	587557	25 %	50 %	0 %	25 %	478451846
13060	NC_020929	ATC	2	6	587607	587612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451846
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13065	NC_020929	TA	3	6	587981	587986	50 %	50 %	0 %	0 %	478451846
13066	NC_020929	T	7	7	587988	587994	0 %	100 %	0 %	0 %	478451846
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13068	NC_020929	GAA	2	6	588041	588046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451847
13069	NC_020929	ACGT	2	8	588133	588140	25 %	25 %	25 %	25 %	478451847
13070	NC_020929	GAG	2	6	588153	588158	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478451847
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13079	NC_020929	ATCAC	2	10	588608	588617	40 %	20 %	0 %	40 %	478451848
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13091	NC_020929	TAT	2	6	589017	589022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451850
13092	NC_020929	TGA	2	6	589060	589065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451850
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13095	NC_020929	AG	3	6	589112	589117	50 %	0 %	50 %	0 %	478451850
13096	NC_020929	T	6	6	589119	589124	0 %	100 %	0 %	0 %	478451850
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13103	NC_020929	CAG	2	6	589383	589388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451851
13104	NC_020929	T	6	6	589390	589395	0 %	100 %	0 %	0 %	478451851
13105	NC_020929	GGC	2	6	589485	589490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478451851
13106	NC_020929	ATCC	2	8	589496	589503	25 %	25 %	0 %	50 %	478451851
13107	NC_020929	CAA	2	6	589539	589544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451851
13108	NC_020929	CTG	2	6	589582	589587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451851
13109	NC_020929	ATA	2	6	589619	589624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451851
13110	NC_020929	CA	3	6	589628	589633	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13111	NC_020929	GCA	2	6	589657	589662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451852
13112	NC_020929	AGC	2	6	589671	589676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451852
13113	NC_020929	CTT	2	6	589704	589709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451852
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13115	NC_020929	CCGA	2	8	589832	589839	25 %	0 %	25 %	50 %	478451852
13116	NC_020929	GAAA	2	8	589938	589945	75 %	0 %	25 %	0 %	478451852
13117	NC_020929	CGA	2	6	589979	589984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451852
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13119	NC_020929	AAC	2	6	590157	590162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451852
13120	NC_020929	GCA	2	6	590170	590175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451852
13121	NC_020929	AAG	2	6	590183	590188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451852
13122	NC_020929	TCT	2	6	590192	590197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451852
13123	NC_020929	ATT	2	6	590250	590255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451852
13124	NC_020929	CT	3	6	590345	590350	0 %	50 %	0 %	50 %	478451853
13125	NC_020929	CAA	2	6	590354	590359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451853
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13127	NC_020929	CAA	2	6	590585	590590	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451853
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13149	NC_020929	CTT	2	6	591708	591713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451855
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13201	NC_020929	A	6	6	593959	593964	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13227	NC_020929	TACA	2	8	594892	594899	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13228	NC_020929	AG	3	6	594906	594911	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13229	NC_020929	GCA	2	6	594953	594958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13230	NC_020929	A	7	7	594992	594998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13231	NC_020929	T	6	6	595027	595032	0 %	100 %	0 %	0 %	478451860
13232	NC_020929	AACC	2	8	595046	595053	50 %	0 %	0 %	50 %	478451860
13233	NC_020929	A	7	7	595067	595073	100 %	0 %	0 %	0 %	478451860
13234	NC_020929	AG	3	6	595223	595228	50 %	0 %	50 %	0 %	478451860
13235	NC_020929	GATA	2	8	595260	595267	50 %	25 %	25 %	0 %	478451860
13236	NC_020929	TCCC	2	8	595345	595352	0 %	25 %	0 %	75 %	478451860
13237	NC_020929	CCA	2	6	595458	595463	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478451860
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13240	NC_020929	ATCC	2	8	595547	595554	25 %	25 %	0 %	50 %	478451860
13241	NC_020929	CAGA	2	8	595582	595589	50 %	0 %	25 %	25 %	478451860
13242	NC_020929	CCAT	2	8	595596	595603	25 %	25 %	0 %	50 %	478451860
13243	NC_020929	GCT	2	6	595623	595628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451860
13244	NC_020929	GTA	2	6	595642	595647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451860
13245	NC_020929	AAC	2	6	595666	595671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451860
13246	NC_020929	CGA	2	6	595720	595725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451860
13247	NC_020929	AAC	2	6	595886	595891	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451860
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13249	NC_020929	T	6	6	595995	596000	0 %	100 %	0 %	0 %	478451861
13250	NC_020929	CT	4	8	596039	596046	0 %	50 %	0 %	50 %	478451861
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13263	NC_020929	CAT	2	6	596702	596707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451861
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13280	NC_020929	TGC	2	6	597703	597708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451863
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13282	NC_020929	CTGCTC	2	12	597769	597780	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478451863
13283	NC_020929	CCTG	2	8	597788	597795	0 %	25 %	25 %	50 %	478451863
13284	NC_020929	CAA	2	6	597901	597906	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451863
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13287	NC_020929	T	11	11	598178	598188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13289	NC_020929	A	6	6	598206	598211	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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13491	NC_020929	T	6	6	607849	607854	0 %	100 %	0 %	0 %	478451873
13492	NC_020929	T	7	7	607970	607976	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13493	NC_020929	ACT	2	6	608022	608027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13494	NC_020929	TC	3	6	608045	608050	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13495	NC_020929	TAT	2	6	608051	608056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13496	NC_020929	AC	3	6	608069	608074	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13497	NC_020929	ATCC	2	8	608089	608096	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13498	NC_020929	CGC	2	6	608103	608108	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13499	NC_020929	CT	3	6	608126	608131	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13500	NC_020929	TCT	2	6	608151	608156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

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