MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 22965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_020929	GA	3	6	248823	248828	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5502	NC_020929	T	7	7	248844	248850	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5503	NC_020929	A	6	6	248860	248865	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5504	NC_020929	GCAG	2	8	248873	248880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5505	NC_020929	AG	3	6	248948	248953	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5506	NC_020929	TAT	2	6	248971	248976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5507	NC_020929	ACA	2	6	249012	249017	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5508	NC_020929	A	6	6	249061	249066	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5509	NC_020929	TTG	2	6	249241	249246	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478451543
5510	NC_020929	TCT	2	6	249263	249268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451543
5511	NC_020929	TC	3	6	249310	249315	0 %	50 %	0 %	50 %	478451543
5512	NC_020929	T	7	7	249346	249352	0 %	100 %	0 %	0 %	478451543
5513	NC_020929	CCA	2	6	249359	249364	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478451543
5514	NC_020929	AAC	2	6	249412	249417	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451543
5515	NC_020929	AATA	2	8	249466	249473	75 %	25 %	0 %	0 %	478451543
5516	NC_020929	GCT	2	6	249476	249481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451543
5517	NC_020929	ACA	2	6	249541	249546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451543
5518	NC_020929	CCA	2	6	249573	249578	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478451543
5519	NC_020929	CAA	2	6	249621	249626	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451543
5520	NC_020929	CCCA	2	8	249746	249753	25 %	0 %	0 %	75 %	478451544
5521	NC_020929	CTT	2	6	249875	249880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451544
5522	NC_020929	AAT	2	6	249954	249959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451544
5523	NC_020929	CTC	2	6	249965	249970	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451544
5524	NC_020929	ACT	2	6	249973	249978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451544
5525	NC_020929	GAA	2	6	249991	249996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451544
5526	NC_020929	CTC	2	6	250022	250027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451544
5527	NC_020929	GCAA	2	8	250036	250043	50 %	0 %	25 %	25 %	478451544
5528	NC_020929	AAC	2	6	250053	250058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451544
5529	NC_020929	GTT	2	6	250098	250103	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478451544
5530	NC_020929	AAC	2	6	250137	250142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5531	NC_020929	A	6	6	250151	250156	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5532	NC_020929	TAA	2	6	250202	250207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5533	NC_020929	TTC	2	6	250220	250225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451545
5534	NC_020929	GCT	2	6	250252	250257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451545
5535	NC_020929	T	7	7	250261	250267	0 %	100 %	0 %	0 %	478451545
5536	NC_020929	AGCA	2	8	250298	250305	50 %	0 %	25 %	25 %	478451545
5537	NC_020929	CTT	2	6	250315	250320	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451545
5538	NC_020929	TCT	3	9	250326	250334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451545
5539	NC_020929	GATAA	2	10	250354	250363	60 %	20 %	20 %	0 %	478451545
5540	NC_020929	TCG	2	6	250420	250425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451545
5541	NC_020929	CATA	2	8	250441	250448	50 %	25 %	0 %	25 %	478451545
5542	NC_020929	TCC	2	6	250460	250465	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451545
5543	NC_020929	TAA	2	6	250493	250498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451545
5544	NC_020929	AG	4	8	250518	250525	50 %	0 %	50 %	0 %	478451545
5545	NC_020929	A	6	6	250537	250542	100 %	0 %	0 %	0 %	478451545
5546	NC_020929	AGA	2	6	250548	250553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451545
5547	NC_020929	CAC	2	6	250555	250560	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478451545
5548	NC_020929	CAA	2	6	250601	250606	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451545
5549	NC_020929	GTA	2	6	250623	250628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451545
5550	NC_020929	ACA	2	6	250682	250687	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451545
5551	NC_020929	A	6	6	250722	250727	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5552	NC_020929	TA	3	6	250769	250774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5553	NC_020929	CCAA	2	8	250804	250811	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5554	NC_020929	A	7	7	250828	250834	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5555	NC_020929	TAT	2	6	250847	250852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451546
5556	NC_020929	TTCA	2	8	250879	250886	25 %	50 %	0 %	25 %	478451546
5557	NC_020929	AGA	3	9	250915	250923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451546
5558	NC_020929	TGTT	2	8	250953	250960	0 %	75 %	25 %	0 %	478451546
5559	NC_020929	CGA	2	6	251074	251079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451546
5560	NC_020929	GCAAA	2	10	251086	251095	60 %	0 %	20 %	20 %	478451546
5561	NC_020929	AATA	2	8	251172	251179	75 %	25 %	0 %	0 %	478451546
5562	NC_020929	A	6	6	251238	251243	100 %	0 %	0 %	0 %	478451546
5563	NC_020929	A	7	7	251269	251275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5564	NC_020929	ATA	2	6	251283	251288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5565	NC_020929	CCT	2	6	251338	251343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5566	NC_020929	AAAC	2	8	251412	251419	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5567	NC_020929	AAG	2	6	251536	251541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451547
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5569	NC_020929	CAAT	2	8	251676	251683	50 %	25 %	0 %	25 %	478451547
5570	NC_020929	TTA	2	6	251749	251754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451548
5571	NC_020929	CTTCT	2	10	251781	251790	0 %	60 %	0 %	40 %	478451548
5572	NC_020929	T	6	6	251824	251829	0 %	100 %	0 %	0 %	478451548
5573	NC_020929	CA	3	6	251883	251888	50 %	0 %	0 %	50 %	478451548
5574	NC_020929	AAT	2	6	251898	251903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451548
5575	NC_020929	ACA	2	6	251974	251979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451548
5576	NC_020929	TTG	2	6	252038	252043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478451548
5577	NC_020929	AGA	2	6	252093	252098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451548
5578	NC_020929	TAG	2	6	252113	252118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451548
5579	NC_020929	TTTTTA	2	12	252135	252146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5580	NC_020929	GAG	2	6	252262	252267	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5581	NC_020929	ATT	2	6	252274	252279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451549
5582	NC_020929	T	6	6	252278	252283	0 %	100 %	0 %	0 %	478451549
5583	NC_020929	ACG	2	6	252284	252289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451549
5584	NC_020929	CCTGCA	2	12	252295	252306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451549
5585	NC_020929	CTG	2	6	252352	252357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451549
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5587	NC_020929	TCTG	2	8	252408	252415	0 %	50 %	25 %	25 %	478451549
5588	NC_020929	TCC	2	6	252438	252443	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451549
5589	NC_020929	TTG	2	6	252457	252462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478451549
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5591	NC_020929	TACT	2	8	252513	252520	25 %	50 %	0 %	25 %	478451549
5592	NC_020929	CGA	2	6	252528	252533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451549
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5594	NC_020929	CTC	2	6	252587	252592	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478451549
5595	NC_020929	ACG	2	6	252635	252640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451549
5596	NC_020929	AACC	2	8	252679	252686	50 %	0 %	0 %	50 %	478451549
5597	NC_020929	CAG	2	6	252703	252708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451549
5598	NC_020929	AAG	2	6	252712	252717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451549
5599	NC_020929	CTG	2	6	252736	252741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451549
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5601	NC_020929	GCT	2	6	252864	252869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451549
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5603	NC_020929	ATA	2	6	252975	252980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5604	NC_020929	AAT	2	6	252999	253004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5605	NC_020929	AG	3	6	253061	253066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5606	NC_020929	A	8	8	253079	253086	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5607	NC_020929	TC	3	6	253087	253092	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5608	NC_020929	TC	3	6	253173	253178	0 %	50 %	0 %	50 %	478451550
5609	NC_020929	A	6	6	253182	253187	100 %	0 %	0 %	0 %	478451550
5610	NC_020929	ATG	2	6	253193	253198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451550
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5612	NC_020929	T	7	7	253284	253290	0 %	100 %	0 %	0 %	478451550
5613	NC_020929	GCT	2	6	253294	253299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451550
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5615	NC_020929	T	6	6	253325	253330	0 %	100 %	0 %	0 %	478451550
5616	NC_020929	CT	4	8	253393	253400	0 %	50 %	0 %	50 %	478451550
5617	NC_020929	TTA	2	6	253458	253463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451550
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5622	NC_020929	TTC	2	6	253854	253859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451550
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5624	NC_020929	TC	3	6	253884	253889	0 %	50 %	0 %	50 %	478451550
5625	NC_020929	TCT	2	6	253946	253951	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451550
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