MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 22965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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12126	NC_020512	T	7	7	549332	549338	0 %	100 %	0 %	0 %	478428610
12127	NC_020512	CTTC	2	8	549361	549368	0 %	50 %	0 %	50 %	478428610
12128	NC_020512	TCCCTC	2	12	549391	549402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12129	NC_020512	CTA	2	6	549413	549418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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12245	NC_020512	GCT	2	6	554541	554546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428614
12246	NC_020512	TTG	2	6	554601	554606	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428614
12247	NC_020512	GAA	2	6	554607	554612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428614
12248	NC_020512	GTT	2	6	554627	554632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428614
12249	NC_020512	CA	3	6	554771	554776	50 %	0 %	0 %	50 %	478428614
12250	NC_020512	TAAAA	2	10	554797	554806	80 %	20 %	0 %	0 %	478428614
12251	NC_020512	A	6	6	554803	554808	100 %	0 %	0 %	0 %	478428614
12252	NC_020512	A	6	6	554833	554838	100 %	0 %	0 %	0 %	478428614
12253	NC_020512	TAT	2	6	555015	555020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428614
12254	NC_020512	A	6	6	555028	555033	100 %	0 %	0 %	0 %	478428614
12255	NC_020512	CCTT	2	8	555070	555077	0 %	50 %	0 %	50 %	478428615
12256	NC_020512	TCT	2	6	555078	555083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428615
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12258	NC_020512	CAC	2	6	555176	555181	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428615
12259	NC_020512	CTC	2	6	555262	555267	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428615
12260	NC_020512	AGT	2	6	555270	555275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428615
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12264	NC_020512	AAG	2	6	555511	555516	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428615
12265	NC_020512	TTTA	2	8	555590	555597	25 %	75 %	0 %	0 %	478428615
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12273	NC_020512	TCC	2	6	556053	556058	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428615
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12277	NC_020512	CTG	2	6	556111	556116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428615
12278	NC_020512	GAA	2	6	556143	556148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428615
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12283	NC_020512	CT	3	6	556346	556351	0 %	50 %	0 %	50 %	478428615
12284	NC_020512	TACG	2	8	556380	556387	25 %	25 %	25 %	25 %	478428615
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12300	NC_020512	CGAT	2	8	557273	557280	25 %	25 %	25 %	25 %	478428616
12301	NC_020512	AAAGA	2	10	557317	557326	80 %	0 %	20 %	0 %	478428616
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12304	NC_020512	CCTCT	2	10	557388	557397	0 %	40 %	0 %	60 %	478428616
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12314	NC_020512	AACG	2	8	557865	557872	50 %	0 %	25 %	25 %	478428616
12315	NC_020512	CCGAA	2	10	557896	557905	40 %	0 %	20 %	40 %	478428616
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12319	NC_020512	CTC	2	6	558175	558180	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428616
12320	NC_020512	CCTT	2	8	558320	558327	0 %	50 %	0 %	50 %	478428616
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12326	NC_020512	AAAAG	2	10	558722	558731	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12327	NC_020512	ACAA	2	8	558744	558751	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12328	NC_020512	GAT	2	6	558752	558757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12329	NC_020512	GAAA	2	8	558767	558774	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12330	NC_020512	A	6	6	558781	558786	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12331	NC_020512	AGGA	2	8	558792	558799	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12332	NC_020512	A	9	9	558823	558831	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12333	NC_020512	CT	3	6	558849	558854	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12334	NC_020512	A	6	6	558860	558865	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12335	NC_020512	AAT	2	6	558872	558877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12336	NC_020512	CTT	2	6	558901	558906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12337	NC_020512	AAC	2	6	558926	558931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12338	NC_020512	AGA	2	6	558935	558940	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12339	NC_020512	CTT	2	6	558943	558948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12340	NC_020512	TCT	2	6	558951	558956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12341	NC_020512	TCA	2	6	558963	558968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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12343	NC_020512	GCA	2	6	558990	558995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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12346	NC_020512	TC	3	6	559083	559088	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12347	NC_020512	A	6	6	559093	559098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12348	NC_020512	TG	3	6	559332	559337	0 %	50 %	50 %	0 %	478428617
12349	NC_020512	TAC	2	6	559409	559414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428617
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12356	NC_020512	TGA	2	6	559614	559619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428617
12357	NC_020512	A	6	6	559647	559652	100 %	0 %	0 %	0 %	478428617
12358	NC_020512	GAA	2	6	559753	559758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428617
12359	NC_020512	TG	3	6	559770	559775	0 %	50 %	50 %	0 %	478428617
12360	NC_020512	AG	3	6	559869	559874	50 %	0 %	50 %	0 %	478428617
12361	NC_020512	TCT	2	6	559982	559987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12362	NC_020512	ATA	2	6	560012	560017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12363	NC_020512	TTC	2	6	560035	560040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12364	NC_020512	CTG	2	6	560052	560057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12365	NC_020512	GAG	2	6	560087	560092	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12366	NC_020512	CTG	2	6	560135	560140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428618
12367	NC_020512	AAG	2	6	560326	560331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428618
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12369	NC_020512	AAT	2	6	560457	560462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428618
12370	NC_020512	CTC	2	6	560466	560471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428618
12371	NC_020512	ACC	2	6	560536	560541	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428618
12372	NC_020512	GCATAG	2	12	560562	560573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478428618
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12380	NC_020512	GGTT	2	8	560860	560867	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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12383	NC_020512	GTT	2	6	560939	560944	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12384	NC_020512	AAG	2	6	560966	560971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12385	NC_020512	TCT	2	6	560974	560979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12386	NC_020512	GCTT	2	8	561004	561011	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12387	NC_020512	ACC	2	6	561030	561035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12388	NC_020512	CGAA	2	8	561053	561060	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12389	NC_020512	CTTT	2	8	561090	561097	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
12390	NC_020512	T	8	8	561109	561116	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12391	NC_020512	TCT	2	6	561129	561134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12392	NC_020512	AG	3	6	561143	561148	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12393	NC_020512	A	9	9	561169	561177	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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12401	NC_020512	AGG	2	6	561527	561532	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428619
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12431	NC_020512	GA	3	6	562641	562646	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12432	NC_020512	AAG	2	6	562759	562764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428621
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12440	NC_020512	TCC	2	6	563154	563159	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428621
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12465	NC_020512	CCAC	2	8	564509	564516	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12466	NC_020512	GAAA	2	8	564573	564580	75 %	0 %	25 %	0 %	478428623
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12473	NC_020512	GAAC	2	8	564801	564808	50 %	0 %	25 %	25 %	478428623
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12480	NC_020512	CAAA	2	8	565215	565222	75 %	0 %	0 %	25 %	478428624
12481	NC_020512	GA	3	6	565227	565232	50 %	0 %	50 %	0 %	478428624
12482	NC_020512	CCAT	2	8	565238	565245	25 %	25 %	0 %	50 %	478428624
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12487	NC_020512	CT	3	6	565407	565412	0 %	50 %	0 %	50 %	478428624
12488	NC_020512	CAT	2	6	565419	565424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428624
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12490	NC_020512	CAA	2	6	565476	565481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428624
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12492	NC_020512	AGA	2	6	565561	565566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428624
12493	NC_020512	AAT	2	6	565578	565583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428624
12494	NC_020512	A	6	6	565628	565633	100 %	0 %	0 %	0 %	478428624
12495	NC_020512	CTT	2	6	565650	565655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428624
12496	NC_020512	ATC	2	6	565699	565704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428624
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12498	NC_020512	T	6	6	565737	565742	0 %	100 %	0 %	0 %	478428624
12499	NC_020512	CCCA	2	8	565751	565758	25 %	0 %	0 %	75 %	478428624
12500	NC_020512	CTTG	2	8	565844	565851	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

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