MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.03

Total Repeats: 389

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019758	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019758	CTAA	2	8	20	27	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019758	A	6	6	66	71	100 %	0 %	0 %	0 %	434408148
4	NC_019758	CAT	2	6	86	91	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
5	NC_019758	TAC	2	6	116	121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
6	NC_019758	A	8	8	235	242	100 %	0 %	0 %	0 %	434408148
7	NC_019758	ATC	2	6	284	289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
8	NC_019758	TGA	2	6	422	427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
9	NC_019758	CACT	2	8	527	534	25 %	25 %	0 %	50 %	434408148
10	NC_019758	TAGT	2	8	635	642	25 %	50 %	25 %	0 %	434408148
11	NC_019758	AGT	2	6	741	746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
12	NC_019758	TGA	2	6	786	791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
13	NC_019758	TAC	2	6	915	920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
14	NC_019758	GGA	2	6	930	935	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408148
15	NC_019758	CAT	2	6	945	950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
16	NC_019758	GGA	2	6	1023	1028	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408148
17	NC_019758	CAT	2	6	1086	1091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
18	NC_019758	CTG	2	6	1162	1167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408148
19	NC_019758	ATG	2	6	1217	1222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
20	NC_019758	CAGC	2	8	1253	1260	25 %	0 %	25 %	50 %	434408148
21	NC_019758	CGT	2	6	1302	1307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408148
22	NC_019758	TCC	2	6	1339	1344	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434408148
23	NC_019758	TGA	2	6	1350	1355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
24	NC_019758	ATT	2	6	1509	1514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408148
25	NC_019758	CAA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408148
26	NC_019758	CA	4	8	1696	1703	50 %	0 %	0 %	50 %	434408148
27	NC_019758	A	6	6	1708	1713	100 %	0 %	0 %	0 %	434408148
28	NC_019758	TGG	2	6	1722	1727	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434408148
29	NC_019758	ATT	2	6	1741	1746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408148
30	NC_019758	GGAT	2	8	1817	1824	25 %	25 %	50 %	0 %	434408148
31	NC_019758	AAT	2	6	1837	1842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408148
32	NC_019758	ACT	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
33	NC_019758	GAA	2	6	1965	1970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408148
34	NC_019758	CAA	2	6	2034	2039	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408148
35	NC_019758	TTG	2	6	2051	2056	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408148
36	NC_019758	AAT	2	6	2134	2139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408148
37	NC_019758	TTGCTG	3	18	2183	2200	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	434408148
38	NC_019758	G	6	6	2207	2212	0 %	0 %	100 %	0 %	434408148
39	NC_019758	TG	3	6	2216	2221	0 %	50 %	50 %	0 %	434408148
40	NC_019758	CAAC	2	8	2234	2241	50 %	0 %	0 %	50 %	434408148
41	NC_019758	GAGT	2	8	2307	2314	25 %	25 %	50 %	0 %	434408148
42	NC_019758	GA	3	6	2354	2359	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019758	TAG	2	6	2378	2383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
44	NC_019758	T	8	8	2384	2391	0 %	100 %	0 %	0 %	434408149
45	NC_019758	TCAC	2	8	2395	2402	25 %	25 %	0 %	50 %	434408149
46	NC_019758	ACC	2	6	2403	2408	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434408149
47	NC_019758	ATT	2	6	2426	2431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408149
48	NC_019758	T	6	6	2430	2435	0 %	100 %	0 %	0 %	434408149
49	NC_019758	TAG	2	6	2444	2449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
50	NC_019758	CA	3	6	2470	2475	50 %	0 %	0 %	50 %	434408149
51	NC_019758	ATG	2	6	2504	2509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
52	NC_019758	GAA	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408149
53	NC_019758	TTC	2	6	2636	2641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408150
54	NC_019758	GAAG	2	8	2659	2666	50 %	0 %	50 %	0 %	434408150
55	NC_019758	TAT	2	6	2675	2680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408150
56	NC_019758	T	6	6	2687	2692	0 %	100 %	0 %	0 %	434408150
57	NC_019758	TAT	2	6	2756	2761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408150
58	NC_019758	A	6	6	2780	2785	100 %	0 %	0 %	0 %	434408150
59	NC_019758	GTA	2	6	2798	2803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408150
60	NC_019758	CGA	2	6	2821	2826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408150
61	NC_019758	AC	3	6	2908	2913	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_019758	ACA	2	6	2941	2946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408151
63	NC_019758	AACCTT	2	12	2954	2965	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408151
64	NC_019758	TAT	2	6	3134	3139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408151
65	NC_019758	A	7	7	3163	3169	100 %	0 %	0 %	0 %	434408151
66	NC_019758	CAAAA	2	10	3248	3257	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019758	A	8	8	3254	3261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019758	T	6	6	3294	3299	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019758	ATT	2	6	3312	3317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019758	CAA	2	6	3355	3360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019758	CT	3	6	3435	3440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_019758	CAA	2	6	3447	3452	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019758	CT	3	6	3527	3532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_019758	CAA	2	6	3539	3544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019758	CT	3	6	3619	3624	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_019758	CAA	2	6	3631	3636	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019758	AATC	2	8	3798	3805	50 %	25 %	0 %	25 %	434408152
78	NC_019758	TCT	2	6	3851	3856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408152
79	NC_019758	ACTC	2	8	3942	3949	25 %	25 %	0 %	50 %	434408152
80	NC_019758	CGG	2	6	4057	4062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434408152
81	NC_019758	ATT	2	6	4073	4078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408152
82	NC_019758	ATTT	2	8	4096	4103	25 %	75 %	0 %	0 %	434408152
83	NC_019758	GCA	2	6	4115	4120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408152
84	NC_019758	CAG	2	6	4142	4147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408152
85	NC_019758	GAGT	2	8	4190	4197	25 %	25 %	50 %	0 %	434408152
86	NC_019758	TGA	2	6	4320	4325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408152
87	NC_019758	GCG	3	9	4342	4350	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434408152
88	NC_019758	TGT	2	6	4358	4363	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408152
89	NC_019758	GGA	2	6	4374	4379	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408152
90	NC_019758	GAT	2	6	4441	4446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408152
91	NC_019758	GCT	3	9	4474	4482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408153
92	NC_019758	CAG	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408153
93	NC_019758	AGA	2	6	4606	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408153
94	NC_019758	AAC	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408154
95	NC_019758	TAA	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
96	NC_019758	GGA	2	6	4876	4881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408154
97	NC_019758	TGA	2	6	4947	4952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408154
98	NC_019758	TAA	2	6	4953	4958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
99	NC_019758	CAA	2	6	4963	4968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408154
100	NC_019758	A	8	8	4967	4974	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
101	NC_019758	ATT	2	6	5029	5034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408154
102	NC_019758	AG	3	6	5035	5040	50 %	0 %	50 %	0 %	434408154
103	NC_019758	A	6	6	5063	5068	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
104	NC_019758	ATT	2	6	5083	5088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408154
105	NC_019758	ATTAA	2	10	5218	5227	60 %	40 %	0 %	0 %	434408154
106	NC_019758	GCT	2	6	5275	5280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408154
107	NC_019758	TAA	2	6	5361	5366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
108	NC_019758	A	6	6	5372	5377	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
109	NC_019758	A	6	6	5484	5489	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
110	NC_019758	TA	3	6	5549	5554	50 %	50 %	0 %	0 %	434408154
111	NC_019758	TAAGA	2	10	5691	5700	60 %	20 %	20 %	0 %	434408154
112	NC_019758	A	6	6	5719	5724	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
113	NC_019758	GAA	2	6	5758	5763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408154
114	NC_019758	A	6	6	5769	5774	100 %	0 %	0 %	0 %	434408154
115	NC_019758	AT	3	6	5939	5944	50 %	50 %	0 %	0 %	434408155
116	NC_019758	TAA	2	6	5983	5988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408155
117	NC_019758	TCAA	2	8	5993	6000	50 %	25 %	0 %	25 %	434408155
118	NC_019758	TCCA	2	8	6028	6035	25 %	25 %	0 %	50 %	434408155
119	NC_019758	CATAA	2	10	6105	6114	60 %	20 %	0 %	20 %	434408155
120	NC_019758	TTA	2	6	6213	6218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408155
121	NC_019758	TCA	2	6	6221	6226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
122	NC_019758	T	7	7	6228	6234	0 %	100 %	0 %	0 %	434408155
123	NC_019758	CTA	2	6	6308	6313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
124	NC_019758	ACT	2	6	6328	6333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
125	NC_019758	AAAC	2	8	6353	6360	75 %	0 %	0 %	25 %	434408155
126	NC_019758	ATTA	2	8	6379	6386	50 %	50 %	0 %	0 %	434408155
127	NC_019758	CAA	2	6	6557	6562	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_019758	TAAA	2	8	6568	6575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019758	ATT	2	6	6594	6599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019758	ACT	2	6	6611	6616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019758	ACG	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408156
132	NC_019758	AATG	2	8	6747	6754	50 %	25 %	25 %	0 %	434408156
133	NC_019758	ACTA	2	8	6768	6775	50 %	25 %	0 %	25 %	434408156
134	NC_019758	TCCAT	2	10	6834	6843	20 %	40 %	0 %	40 %	434408156
135	NC_019758	GAT	2	6	6945	6950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
136	NC_019758	AGA	2	6	7107	7112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
137	NC_019758	A	6	6	7191	7196	100 %	0 %	0 %	0 %	434408156
138	NC_019758	CAT	2	6	7247	7252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408156
139	NC_019758	TTA	2	6	7296	7301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408156
140	NC_019758	ATAG	2	8	7353	7360	50 %	25 %	25 %	0 %	434408156
141	NC_019758	CGT	2	6	7362	7367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408156
142	NC_019758	AGT	2	6	7385	7390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
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144	NC_019758	GAA	2	6	7449	7454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
145	NC_019758	GCA	2	6	7519	7524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408156
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151	NC_019758	GA	3	6	7726	7731	50 %	0 %	50 %	0 %	434408156
152	NC_019758	CAA	2	6	7758	7763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408156
153	NC_019758	TTA	2	6	7768	7773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408156
154	NC_019758	TAG	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
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156	NC_019758	ATA	2	6	7882	7887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408156
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159	NC_019758	AACC	2	8	8171	8178	50 %	0 %	0 %	50 %	434408156
160	NC_019758	GAA	2	6	8196	8201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
161	NC_019758	A	6	6	8200	8205	100 %	0 %	0 %	0 %	434408156
162	NC_019758	AGA	2	6	8208	8213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
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164	NC_019758	CTCA	2	8	8344	8351	25 %	25 %	0 %	50 %	434408156
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167	NC_019758	CGC	2	6	8520	8525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_019758	GTT	2	6	8641	8646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_019758	CTG	2	6	8717	8722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408157
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174	NC_019758	AGC	2	6	8913	8918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_019758	CAATT	2	10	8963	8972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
176	NC_019758	GAAA	2	8	9015	9022	75 %	0 %	25 %	0 %	434408158
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181	NC_019758	A	6	6	9267	9272	100 %	0 %	0 %	0 %	434408158
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199	NC_019758	TTC	2	6	10286	10291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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212	NC_019758	T	6	6	11003	11008	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_019758	CAGC	2	8	11419	11426	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
221	NC_019758	GTA	2	6	11532	11537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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228	NC_019758	AAT	2	6	12321	12326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
229	NC_019758	TAA	2	6	12340	12345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
230	NC_019758	TCA	2	6	12460	12465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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233	NC_019758	ATA	2	6	12614	12619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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238	NC_019758	CTACA	2	10	12876	12885	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
239	NC_019758	ATA	2	6	12891	12896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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241	NC_019758	TTAAA	2	10	13248	13257	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
242	NC_019758	T	6	6	13267	13272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_019758	AT	4	8	13290	13297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_019758	CTT	2	6	13304	13309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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247	NC_019758	A	6	6	13403	13408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_019758	CGGT	2	8	13428	13435	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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266	NC_019758	TTTCT	2	10	14766	14775	0 %	80 %	0 %	20 %	434408161
267	NC_019758	TTC	2	6	14785	14790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
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270	NC_019758	CTT	2	6	14859	14864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
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274	NC_019758	ATC	2	6	15065	15070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
275	NC_019758	T	6	6	15094	15099	0 %	100 %	0 %	0 %	434408161
276	NC_019758	AAAT	2	8	15108	15115	75 %	25 %	0 %	0 %	434408161
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389	NC_019758	CAG	2	6	20856	20861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408167

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.