MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci MN plasmid pcpMN

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018636	GGT	2	6	6	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018636	GGT	2	6	28	33	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018636	GGT	2	6	50	55	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598902
4	NC_018636	GGT	2	6	72	77	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598902
5	NC_018636	CAC	3	9	157	165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598902
6	NC_018636	ATT	2	6	174	179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598903
7	NC_018636	AGC	2	6	195	200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598903
8	NC_018636	AGAA	2	8	235	242	75 %	0 %	25 %	0 %	406598903
9	NC_018636	TAG	2	6	266	271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598903
10	NC_018636	AT	3	6	278	283	50 %	50 %	0 %	0 %	406598903
11	NC_018636	TGT	2	6	316	321	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598903
12	NC_018636	AGC	2	6	408	413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598903
13	NC_018636	TA	3	6	418	423	50 %	50 %	0 %	0 %	406598903
14	NC_018636	TTA	2	6	461	466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598903
15	NC_018636	AG	3	6	550	555	50 %	0 %	50 %	0 %	406598903
16	NC_018636	GTT	2	6	558	563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598903
17	NC_018636	T	6	6	565	570	0 %	100 %	0 %	0 %	406598903
18	NC_018636	A	6	6	708	713	100 %	0 %	0 %	0 %	406598903
19	NC_018636	AG	3	6	793	798	50 %	0 %	50 %	0 %	406598903
20	NC_018636	ACA	2	6	825	830	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598903
21	NC_018636	CAAT	2	8	836	843	50 %	25 %	0 %	25 %	406598903
22	NC_018636	TAT	3	9	850	858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598903
23	NC_018636	A	8	8	939	946	100 %	0 %	0 %	0 %	406598903
24	NC_018636	TCT	2	6	988	993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598903
25	NC_018636	TA	3	6	1078	1083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018636	GAT	2	6	1090	1095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018636	T	6	6	1113	1118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018636	ATT	2	6	1127	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018636	T	7	7	1164	1170	0 %	100 %	0 %	0 %	406598904
30	NC_018636	TAG	2	6	1187	1192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598904
31	NC_018636	T	7	7	1268	1274	0 %	100 %	0 %	0 %	406598904
32	NC_018636	TG	3	6	1328	1333	0 %	50 %	50 %	0 %	406598904
33	NC_018636	TTTC	2	8	1417	1424	0 %	75 %	0 %	25 %	406598904
34	NC_018636	TAA	2	6	1469	1474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598904
35	NC_018636	TTG	2	6	1475	1480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598904
36	NC_018636	AC	3	6	1487	1492	50 %	0 %	0 %	50 %	406598904
37	NC_018636	TGT	2	6	1548	1553	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598904
38	NC_018636	GAA	2	6	1589	1594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598904
39	NC_018636	ATA	2	6	1649	1654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598904
40	NC_018636	TGA	2	6	1726	1731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598904
41	NC_018636	ATT	2	6	1750	1755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598904
42	NC_018636	TTAG	2	8	1780	1787	25 %	50 %	25 %	0 %	406598904
43	NC_018636	AT	3	6	1790	1795	50 %	50 %	0 %	0 %	406598904
44	NC_018636	TGC	2	6	1800	1805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598904
45	NC_018636	AC	3	6	1833	1838	50 %	0 %	0 %	50 %	406598904
46	NC_018636	TGT	2	6	1877	1882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598904
47	NC_018636	TTCT	2	8	1934	1941	0 %	75 %	0 %	25 %	406598904
48	NC_018636	AGA	2	6	1989	1994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598904
49	NC_018636	AGAA	2	8	2064	2071	75 %	0 %	25 %	0 %	406598904
50	NC_018636	GTT	2	6	2088	2093	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598904
51	NC_018636	CA	4	8	2154	2161	50 %	0 %	0 %	50 %	406598904
52	NC_018636	AAT	2	6	2201	2206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018636	GAA	3	9	2275	2283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598905
54	NC_018636	T	6	6	2305	2310	0 %	100 %	0 %	0 %	406598905
55	NC_018636	ATT	2	6	2330	2335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598905
56	NC_018636	TGT	3	9	2349	2357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598905
57	NC_018636	CAC	2	6	2374	2379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598905
58	NC_018636	AT	3	6	2402	2407	50 %	50 %	0 %	0 %	406598905
59	NC_018636	AT	3	6	2423	2428	50 %	50 %	0 %	0 %	406598905
60	NC_018636	CAATAT	2	12	2444	2455	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406598905
61	NC_018636	AGA	2	6	2479	2484	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598905
62	NC_018636	ATC	2	6	2558	2563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598905
63	NC_018636	GATT	2	8	2841	2848	25 %	50 %	25 %	0 %	406598905
64	NC_018636	TTC	2	6	2874	2879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598905
65	NC_018636	ATTAT	2	10	2896	2905	40 %	60 %	0 %	0 %	406598905
66	NC_018636	TGT	2	6	2919	2924	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598905
67	NC_018636	TGC	2	6	2928	2933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598905
68	NC_018636	CAAAT	2	10	3035	3044	60 %	20 %	0 %	20 %	406598905
69	NC_018636	AG	3	6	3048	3053	50 %	0 %	50 %	0 %	406598905
70	NC_018636	CTT	2	6	3077	3082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598905
71	NC_018636	A	6	6	3289	3294	100 %	0 %	0 %	0 %	406598905
72	NC_018636	AGA	2	6	3402	3407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598905
73	NC_018636	TGT	2	6	3428	3433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598905
74	NC_018636	TAT	2	6	3502	3507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598905
75	NC_018636	TAG	2	6	3542	3547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598905
76	NC_018636	CAA	2	6	3575	3580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598905
77	NC_018636	AAG	2	6	3623	3628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598905
78	NC_018636	AGA	2	6	3710	3715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018636	AGC	2	6	3803	3808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018636	CAA	2	6	3829	3834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018636	TTAT	2	8	3860	3867	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018636	A	7	7	3953	3959	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018636	AAG	2	6	3997	4002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018636	GAA	2	6	4086	4091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018636	TC	3	6	4114	4119	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_018636	GAA	2	6	4183	4188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018636	A	6	6	4210	4215	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018636	TCA	2	6	4226	4231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018636	TAG	2	6	4250	4255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018636	A	8	8	4380	4387	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018636	AAATAG	2	12	4421	4432	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018636	AT	3	6	4470	4475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018636	A	7	7	4492	4498	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018636	AAAC	2	8	4551	4558	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018636	A	6	6	4588	4593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018636	TATTT	2	10	4598	4607	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018636	CAA	2	6	4634	4639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018636	CAA	2	6	4658	4663	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018636	TTG	2	6	4675	4680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018636	A	8	8	4687	4694	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018636	TTAAA	2	10	4695	4704	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018636	CAA	2	6	4823	4828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598906
103	NC_018636	CAG	2	6	4857	4862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598906
104	NC_018636	CCA	2	6	4923	4928	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598906
105	NC_018636	AAG	2	6	5034	5039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598906
106	NC_018636	AAT	2	6	5050	5055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598906
107	NC_018636	A	6	6	5109	5114	100 %	0 %	0 %	0 %	406598906
108	NC_018636	TTTA	2	8	5128	5135	25 %	75 %	0 %	0 %	406598906
109	NC_018636	CTG	2	6	5226	5231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598906
110	NC_018636	CAT	2	6	5233	5238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598906
111	NC_018636	TCA	2	6	5321	5326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598906
112	NC_018636	TGTT	2	8	5338	5345	0 %	75 %	25 %	0 %	406598906
113	NC_018636	ACA	2	6	5364	5369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598906
114	NC_018636	TC	3	6	5391	5396	0 %	50 %	0 %	50 %	406598906
115	NC_018636	TGG	2	6	5404	5409	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598906
116	NC_018636	GTG	2	6	5418	5423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598906
117	NC_018636	AT	3	6	5484	5489	50 %	50 %	0 %	0 %	406598906
118	NC_018636	ACA	2	6	5506	5511	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598906
119	NC_018636	TAA	2	6	5522	5527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598906
120	NC_018636	TTAA	2	8	5540	5547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018636	AT	3	6	5548	5553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018636	T	8	8	5566	5573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018636	A	6	6	5587	5592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018636	GA	3	6	5611	5616	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018636	ATGA	2	8	5619	5626	50 %	25 %	25 %	0 %	406598907
126	NC_018636	A	6	6	5719	5724	100 %	0 %	0 %	0 %	406598907
127	NC_018636	T	6	6	5729	5734	0 %	100 %	0 %	0 %	406598907
128	NC_018636	ACTT	2	8	5782	5789	25 %	50 %	0 %	25 %	406598907
129	NC_018636	ATA	2	6	5851	5856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598907
130	NC_018636	A	7	7	5867	5873	100 %	0 %	0 %	0 %	406598907
131	NC_018636	GGT	2	6	5988	5993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018636	AAC	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018636	GTA	2	6	6025	6030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018636	A	7	7	6050	6056	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018636	GAT	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018636	AGA	2	6	6165	6170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018636	CATA	2	8	6173	6180	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_018636	AGA	2	6	6227	6232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018636	ATG	2	6	6310	6315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018636	CCT	2	6	6333	6338	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_018636	AAG	2	6	6358	6363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018636	TG	3	6	6389	6394	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018636	CAA	2	6	6451	6456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_018636	GAAA	2	8	6503	6510	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018636	CAA	2	6	6513	6518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_018636	CAG	2	6	6598	6603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_018636	TTA	2	6	6608	6613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018636	ATC	2	6	6619	6624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_018636	TAA	2	6	6627	6632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018636	AGC	2	6	6652	6657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_018636	TGA	2	6	6706	6711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018636	ATTA	2	8	6741	6748	50 %	50 %	0 %	0 %	406598908
153	NC_018636	AAG	2	6	6749	6754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598908
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167	NC_018636	CAG	2	6	7481	7486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.